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侯君集被收，贺兰楚石复诣阙告其事，上引君集谓曰：“朕不欲令刀笔吏辱公，故自鞫公耳。”君集初不承。引楚石具陈始末，又以所与承乾往来启示之，君集辞穷，乃服。上谓侍臣曰：“君集有功，欲乞其生，可乎？”群臣以为不可。上乃谓君集曰：“与公长诀矣！”因泣下。君集亦自投于地，遂斩之于市。君集临刑，谓监刑将军曰：“君集蹉跌至此！然事陛下于藩邸，击取二国，乞全一子以奉祭祀。”上乃原其妻及子，徙岭南。籍没其家，得二美人，自幼饮人乳而不食。
侯君集被收入狱中，贺兰楚石又到宫阙前告发他谋反的事，太宗召见侯君集对他说：“朕不想让那些刀笔吏羞辱你，所以便亲自审问你。”君集起初不认罪。太宗便召见贺兰楚石详细陈述始末原委，又拿出与承乾来往的书信启给他看，君集理屈词穷，只得服罪。太宗对身边大臣说：“君集有功于大唐，乞求还他一条生路，可以吗？”众位大臣都认为不可。太宗便对君集说：“与你永别了！”因而流下眼泪。君集也磕头表示服罪，于是将他斩首于集市上。侯君集临刑前，对监刑的将军说：“君集我一时失足走到了这一步！然而当年在秦王府时即侍奉陛下，又有攻取吐谷浑、高昌二国的功绩，请求保全我一个儿子以维持家族的祭祀烟火。”太宗便宽宥了他的妻子和子女，将他们迁徙到岭南。没收了他所有的家产，得到二个美女，从小喝人奶不吃别的食物。
初，上使李靖教君集兵法，君集言于上曰：“李靖将反矣。”上问其故，对曰：“靖独教臣以其粗而匿其精，以是知之。”上以问靖，靖对曰：“此乃君集欲反耳。今诸夏已定，臣之所教，足以制四夷，而君集固求尽臣之术，非反而何！”江夏王道宗尝从容言于上曰：“君集志大而智小，自负微功，耻在房玄龄、李靖之下，虽为吏部尚书，未满其志。以臣观之，心将为乱。”上曰：“君集材器，亦何施不可！朕岂惜重位，但次第未至耳，岂可亿度，妄生猜贰邪！”及君集反诛，上乃谢道宗曰：“果如卿言。”
起初，太宗让李靖教授侯君集兵法，侯君集对太宗说：“李靖将要谋反。”太宗问他是什么原因，侯君集答道：“李靖教我兵法时只教给我粗浅的内容，而隐匿精华，因此知道他要谋反。”太宗将这些话问李靖，李靖答道：“此乃是君集想要谋反。如今中原已经平定，我所教的兵法，足以制服四方民族，而君集执意请求倾尽我的谋略，这不是想要谋反又是什么呢？”江夏王李道宗曾经语气和缓地对太宗说：“侯君集志大才疏，自认为有些功劳，对于位居房玄龄、李靖之下感到羞耻，虽然身为吏部尚书，还是不能满足他的愿望。依我观察，他一定会叛乱。”太宗说：“依侯君集的才气，做什么不行呢！朕难道是珍惜高位不封予他？只是因为按顺序还排不到他，怎么可以随意猜忌，乱生疑惑呢？”等到侯君集因谋反伏诛，太宗便当面感谢李道宗说：“果然不出你之所料。”
李安俨父，年九十余，上愍之，赐奴婢以养之。
李安俨的父亲，年高九十多岁，太宗怜悯他，赐给奴婢以侍奉他。
太子承乾既获罪，魏王泰日入侍奉，上面许立为太子，岑文本、刘洎亦劝之；长孙无忌固请立晋王治。上谓侍臣曰：“昨青雀投我怀云：‘臣今日始得为陛下子，乃更生之日也。臣有一子，臣死之日，当为陛下杀之，传位晋王。’人谁不爱其子，朕见其如此，甚怜之。”谏议大夫褚遂良曰：“陛下言大失。愿审思，勿误也！安有陛下万岁后，魏王据天下，肯杀其爱子，传位晋王者乎！陛下日者既立承乾为太子，复宠魏王，礼秩过于承乾，以成今日之祸。前事不远，足以为鉴。陛下今立魏王，愿先措置晋王，始得安全耳。”上流涕曰：“我不能尔。”因起，入宫。魏王泰恐上立晋王治，谓之曰：“汝与元昌善，元昌今败，得无忧乎？”治由是忧形于色。上怪，屡问其故，治乃以状告；上怃然，始悔立泰之言矣。上面责承乾，承乾曰：“臣为太子，复何所求！但为泰所图，时与朝臣谋自安之术，不逞之人遂教臣为不轨耳。今若泰为太子，所谓落其度内。”
太子李承乾已经获罪幽禁，魏王李泰便每天进宫侍奉太宗，太宗当面许诺立他为太子，岑文本、刘洎也劝说太宗立李泰；长孙无忌执意请求立晋王李治。太宗对身边大臣说：“昨天李泰投到我怀里对我说：‘我到今天才得以成为陛下最亲近的儿子，此乃我再生之日。我有一个儿子，我死之日，当为陛下将他杀死，传位给晋王李治。’人谁不爱惜自己的儿子，朕见李泰这么做，内心十分怜悯他。”谏议大夫褚遂良说：“陛下此言大为不妥。希望陛下深思熟虑，千万不要出现失误。陛下百年之后，魏王占有天下，他怎么肯杀自己的爱子，将皇位传给晋王呢？从前陛下既立承乾为太子，又宠爱魏王，对他的礼遇超过承乾，以致造成了今日的灾祸。承乾谋反的事刚刚过去，足可做为今日的借鉴。陛下如今要立魏王为太子，希望先安置好晋王，只有这样政局才得稳定。”太宗流着眼泪说：“朕不能这么做。”说完站起身，回到宫中。魏王李泰惟恐太宗立晋王李治为太子，对李治说：“你与李元昌关系密切，元昌谋反未成已自尽，你能够一点不担心吗？”李治听到这番话满脸忧愁。太宗感到奇怪，多次问他是什么原因，李治便将李泰对他说过的话告诉太宗；太宗很失望，开始后悔说过立李泰的话。太宗曾当面指责李承乾，李承乾说：“我身为太子，还有什么更多的要求！只是因为被李泰图谋，便常与朝廷大臣们谋求自我保存的策略，那些不逞之徒趁机唆我图谋不轨。如今若是立李泰为太子，那就正好落入他的谋划之内。”
承乾既废，上御两仪殿，群臣俱出，独留长孙无忌、房玄龄、李世、褚遂良，谓曰：“我三子一弟，所为如是，我心诚无聊赖！”因自投于床，无忌等争前扶抱；上又抽佩刀欲自刺，遂良夺刀以授晋王治。无忌等请上所欲，上曰：“我欲立晋王。”无忌曰：“谨奉诏；有异议者，臣请斩之！”上谓治曰：“汝舅许汝矣，宜拜谢。”治因拜之。上谓无忌等曰：“公等已同我意，未知外议何如？”对曰：“晋王仁孝，天下属心久矣，乞陛下试召问百官，有不同者，臣负陛下万死。”上乃御太极殿，召文武六品以上，谓曰：“承乾悖逆，泰亦凶险，皆不可立。朕欲选诸子为嗣，谁可者？卿辈明言之。”众皆欢呼曰：“晋王仁孝，当为嗣。”上悦。是日，泰从百余骑至永安门；敕门司尽辟其骑，引泰入肃章门，幽于北苑。
李承乾被废掉太子后，太宗亲御两仪殿，群臣都退朝，只留下长孙无忌、房玄龄、李世、褚遂良四人，太宗对他们说：“朕的三个儿子、一个弟弟，如此作为，我的心里实在是苦闷、百无聊赖。”于是将身体向床头撞去，长孙无忌等人争抢上前抱住他；太宗又抽出佩刀想要自杀，褚遂良夺下刀交给晋王李治。长孙无忌等请求太宗告知有什么要求，太宗说：“朕想要立晋王为太子。”无忌说：“我等谨奉诏令；如有异议者，我请求将其斩首。”太宗对李治说：“你舅父许诺你为太子，你应当拜谢他。”李治拜谢长孙无忌。太宗对长孙无忌等人说：“你们已经与朕的意见相同，但不知外朝议论如何？”答道：“晋王仁义孝敬，天下百姓属心很久了，望陛下召见文武百官试探问一下，如有不同意的，就是臣等有负陛下罪该万死。”太宗于是亲临太极殿，召见六品以上文武大臣，对他们说：“李承乾大逆不道，李泰也居心险恶，都不能立为太子。朕想要从众位皇子中选一人为继承人，谁可以为太子？你们须当面明讲。”众人都高声说道：“晋王仁义孝敬，应当做太子。”太宗十分高兴。这一天，李泰率领一百多骑兵到永安门；太宗敕令城门官员遣散李泰的护骑，带李泰进入肃章门，将其幽禁在北苑。
丙戌，诏立晋王治为皇太子，御承天门楼，赦天下，三日。上谓侍臣曰：“我若立泰，则是太子之位可经营而得。自今太子失道，藩王窥伺者，皆两弃之，传诸子孙，永为后法。且泰立，承乾与治皆不全；治立，则承乾与泰皆无恙矣。”
丙戌（初七），太宗下诏立晋王李治为皇太子，太宗亲临承天门楼，大赦天下，饮宴三天。太宗对身边大臣说：“朕如果立李泰为太子，那就表明太子的位置可以苦心经营而得到。自今往后，太子失德背道，而潘王企图谋取的，两人都要弃置不用，这一规定传给子孙后代，永为后代效法。而且李泰为太子，则李承乾和李治均难以保全，李治为太子，则李承乾与李泰均安然无恙。”
臣光曰：唐太宗不以天下大器私其所爱，以杜祸乱之原，可谓能远谋矣！
臣司马光曰：唐太宗并不将天下重任私与所偏爱的人，以此来杜绝祸乱的根源，可称得上是深谋远虑呀！
＇2＇丁亥，以中书令杨师道为吏部尚书。初，长广公主适赵慈景，生节；慈景死，更适师道。师道与长孙无忌等共鞫承乾狱，阴为赵节道地，由是获谴，上至公主所，公主以首击地，泣谢子罪，上亦拜泣曰：“赏不避仇雠，罚不阿亲戚，此天下至公之道，不敢违也，以是负姊。”
＇2＇丁亥（初八），任命中书令杨师道为吏部尚书。起初，长广公主嫁给赵慈景，生下赵节；赵慈景死后，长广公主改嫁杨师道。杨师道曾与长孙无忌等人一道审讯承乾太子的狱案，暗中为赵节开脱罪责，由此获罪。太宗到公主住所，公主以头触地，哭泣着为儿子的罪过道歉，太宗回拜并流着泪说：“赏赐不回避仇敌，惩罚不袒护亲属，这是天下至公至正的道理，不敢违背，因此有负于姐姐。”
己丑，诏以长孙无忌为太子太师，房玄龄为太傅，萧为太保，李世为詹事，、世并同中书门下三品。同中书门下三品自此始。又以左卫大将军李大亮领右卫率，前詹事于志宁、中书侍郎马周为左庶子，吏部侍郎苏勖、中书舍人高季辅为右庶子，刑部侍郎张行成为少詹事，谏议大夫褚遂良为宾客。
己丑（初十），太宗下诏任命长孙无忌为太子太师，房玄龄为太傅，萧为太保，李世为太子詹事，萧、李世同为同中书门下三品。同中书门下三品这一位同宰相的要职从此开始。又任命左卫大将军李大亮领右卫率，前任太子詹事于志宁、中书侍郎马周为左庶子，吏部侍郎苏勖、中书舍人高季辅为右庶子，刑部侍郎张行成为少詹事，谏议大夫褚遂良为太子宾客。
李世尝得暴疾，方云“须灰可疗”，上自剪须，为之和药。世顿首出血泣谢。上曰：“为社稷，非为卿也，何谢之有！”世尝侍宴，上从容谓曰：“朕求群臣可托幼孤者，无以逾公，公往不负李密，岂负朕哉！”世流涕辞谢，啮指出血，因饮沈醉，上解御服以覆之。
李世曾得暴病，药方说“胡须烧成灰可治疗”，太宗剪下自己的胡须，为他配药。李世连连磕头哭谢，直至头颅出血。太宗说：“这是为了社稷江山，并非为你个人，有什么可谢的？”李世曾侍奉太宗饮宴，太宗和缓地对他说：“朕一心想找到一个可以托孤的大臣，没有人能超过你的，往年你曾经不负于李密，岂能辜负朕！”李世流着泪辞谢，咬破指头沾血为誓，喝得酩酊大醉，太宗解下身上的皇袍给他披上。
癸巳，诏解魏王泰雍州牧、相州都督、左武候大将军，降爵为东莱郡王。泰府僚属为泰所亲狎者，皆迁岭表；以杜楚客兄如晦有功，免死，废为庶人。给事中崔仁师尝密请立魏王泰为太子，左迁鸿胪少卿。
癸巳（十四日），太宗下诏解除魏王李泰的雍州牧、相州都督、左武候大将军等职务，降爵位为东莱郡王。李泰王府的僚属中凡是李泰的亲信，都迁徙流放到岭南；杜楚客因兄长杜如晦有功，免去死罪，废为平民。给事中崔仁师曾私下请求立魏王李泰为太子，降职为鸿胪寺少卿。
庚子，定太子见三师仪：迎于殿门外，先拜，三师答拜；每门让于三师，三师坐，太子乃坐。其与三师书，前后称名、“惶恐”。
庚子（二十一日），规定太子见三师的礼仪：在殿门外迎接，太子先拜，三师答拜；每道门都要让三师先行。三师坐下后，太子才能坐下。太子给三师的书启，前后自称名字加“惶恐”二字。
五月，癸酉，太子上表，以“承乾、泰衣服不过随身，饮食不能适口，幽忧可愍，乞敕有司，优加供给；”上从之。
五月，癸酉（二十五日），太子上表章，言道：“李承乾与李泰只有随身几件衣服，饮食也不能对口味，幽禁忧愁可怜，请求敕令有关官署，优厚供给他们。”太宗应允。
黄门侍郎刘洎上言，以“太子宜勤学问，亲师友。今入侍宫闱，动逾旬朔，师保以下，接对甚希，伏愿少抑下流之爱，弘远大之规，则海内幸甚！”上乃命洎与岑文本、褚遂良、马周更日诣东宫，与太子游处谈论。
黄门侍郎刘洎上书言道：“太子应当勤学好问，亲善师友。如今太子入侍宫闱，动辄超过十天半个月，太师太保以下官员，很少与太子应对答问，希望能稍微抑制一下对子孙的爱心，弘扬传之久远的规制，则是天下百姓的幸事。”于是太宗让刘洎与岑文本、褚遂良、马周几个人轮流到东宫，与太子相处谈论政事。
＇3＇六月，己卯朔，日有食之。
＇3＇六月，己卯朔（初一），出现日食。
＇4＇丁亥，太常丞邓素使高丽还，请于怀远镇增戍兵以逼高丽，上曰：“‘远人不服，则修文德以来之，’未闻一二百戍兵能威绝域者也！”
＇4＇丁亥（初九），太常寺丞邓素出使高丽回到朝廷，请求太宗在怀远镇增派戍边兵力以威逼高丽，太宗说