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731部队在战争结束前夕，作为“可以使用”而保存着的各种细菌，数量是非常可观的，“如果用理想的办法全部把它撒布开来的话，地球上的人类就会全部死光”。（原部队人员语）
上级机关下达了“增产300万只”老鼠的命令。为了捕捉老鼠，组织了“特别攻击队”，部队人员把大量捕鼠器装在卡车上，在哈尔滨和新京市内到处转来转去，动员居民、中学生、女学生们大捉老鼠。731部队的各支队自不待言，无论办公室或宿舍，都围起了不到一米高的木板围墙，甚至派上守夜的人，疯狂地进行老鼠增产活动。鼠疫跳蚤的增产指标，定为“300公斤”（约十亿只）。田中班里共有4500个跳蚤饲养器。据说仅在几天内就确保生产了一亿只跳蚤。
“可是，10亿只马上就能使用的活蹦乱跳的跳蚤，是一个很严重的问题……他们深感在这些跳蚤中撒上鼠疫菌，然后都放到苏军中去，放到苏联的城市中去……那将会造成怎样严重的后果啊……”原部队人员回忆说道。
但是，席卷731部队的“增产细菌、老鼠、跳蚤狂想曲”至1945年8月9日宣告结束。
8月9日拂晓，苏军宣布开始对日作战。
“731可以独断专行”
1945年8月9日凌晨0时至1时，苏军开始进攻满洲和朝鲜。在远东军总司令华西列夫斯基元帅的指挥下，梅列柯夫元帅统率的第一方面军从满洲东部和北朝鲜，布尔柯耶夫大将率领的第二方面军从北部正面，马利诺夫斯基元帅统率的第三方面军从西部边境，约150万名苏军怒涛般地全线发起进攻。
1945年4月5日，苏联政府废除了和日本签订的中立条约。在此之前，于同年2月，美、苏、英三巨头在克里米亚半岛举行的会谈（雅尔塔会议）确认：“苏军在德国投降后三个月内参加对日作战。”不久后的5月，德军宣布无条件投降，只剩下日军以盟军为对手还在进行作战。
另方面“苏军在苏满边界集结了异常大的兵力”的情报，不断地送到了大本营参谋总部，日本政府认为，苏联宣布对日作战已仅仅是个时间问题了。
关东军总司令部也估计苏军将要大规模进攻，把迎击敌人的主力部署在牡丹江一线；从前一年底起，便在吉林省的通化地区修建了大规模的兵站基地，以“6号作战”为名，把战略器材和秘密文件等都转移到了通化。随之，731部队的部分器材也转移到了通化，什么情况也不了解的只是一般官兵和住在中国东北地区的日本市民，而军队的上级机关是深知苏联即将参战的形势的。
“苏军开始进攻”的消息，使整个中国东北地区陷入了大混乱之中。
8月9日苏军轰炸机出现在长春上空，并进行空袭。当时很多人都误认为是美军飞机，这个笑话广为人们所知晓。由于市民一点也不知道苏满边界的紧张局势，所以，苏军进攻简直如同晴天霹雳。
苏联采取的战术是建立在事先透彻研究和周密准备的基础上的。空军炸毁了铁路、军事设施和机场，尔后，从8月9日半夜到10日拂晓，在坦克的引导下，装甲部队怒涛般地向前推进，虽说因地形而有所不同，他们自豪地说，以每天50公里的速度向前推进。
8月10日午夜1时，苏军第一远东方面军先遣支队从滨海省地区跨越边界，开始向哈尔滨——吉林一线发起进攻。根据原苏联国防部长马利诺夫斯基元帅的回忆，上午8时30分，从边界进入纵深20公里，轻而易举地突破了日军防守阵地，当时几乎连炮兵的支援射击都不需要。
在苏军进攻的当天，731部队是处于何种状态呢？据许多原部队人员做出的一致的供词，8月9日那一天，石井四郎部队长不在平房。部队像平时一样地执行任务。苏联空军飞机已在中国东北各地开始轰炸，而731部队全体人员还很平静，这是一件怪事。但是，有一种说法是：731部队的干部都飞往各支队，正在指挥向通化转移，石井部队长从长春的关东军司令部发给731部队的密码电报由于无人译码而原封不动地放在部队里，这就是8月9日“731部队保持平静”的原因。
731部队人员从8月9日夜里开始为之骚动。这一天夜晚，出现在哈尔滨上空的几架战斗机投掷了照明弹。这些都是苏联空军的飞机。
哈尔滨被照得满天通亮，市民吓得目瞪口呆，街上乱成一团，甚至连空袭警报器都没有响。
731部队人员和他们的家属在防空洞里度过了一个不安的夜晚，因为有的情报说：“苏军已逼近哈尔滨。”
10日清晨，收到关东军司令部致石井部队长的一份电报：“立即前来接受命令。”
但是，石井部队长不在部队，他的行迹是秘密的，谁也不知道。部队干部慌忙利用飞机把N副官送往长春。
N副官到关东军司令部一看，关东军司令山田乙三以及各位参谋都巳飞往各地，那里没有一个负责干部。不断收到来自中国全国各地的紧急电报，询问有关陆军参谋本部指示的电报……关东军司令部像发生火灾的现场那样骚动起来。
N副官报告说前来领受命令，关东军司令的命令是：“苏军的进攻速度极为迅速，关东军各部队也都开始转战南下，731部队可以独断专行。”
独断专行是关东军的“绝招”，制造诺门坎事件，从柳条湖事件到进攻奉天，关东军一直无视本国政府的训令，一口气扩大了对中国的侵略。
但是，8月10日凌晨，731部队接到的可以“独断专行”的方针是尽快“转战”，所谓“转战”就是逃跑、撤退的代名词。
N副官8月10日中午回到731部队，接到“独断专行”、“转战”的命令以后，731部队高层机关骤然间紧张起来。
如果平房落到苏军手中，恶魔对3000多名“马鲁太”进行活体实验的所作所为就完全暴露出来，731部队全体人员将被追究战争罪犯的责任。
“即使不出现这种局面，最终全体人员也免不了遭到枪杀……”
他们围着副官举行了紧急会议。
残杀“马鲁太”的真相
领受关东军司令部可以“独断专行”的命令之后，没有一个人能够准确地忆起从N副官8月10日中午回到731部队起至8月15日期间的严重混乱的情况了。
据认为，实际的撤退工作是从10日晚上开始的，但是，关于作业内容、程序、时间和地点等的记忆因人而有所不同。“总之，象做恶梦似地过着混乱的日子”。只有这一点是一致的。
据说，石井四郎是8月10日夜回到731部队的，关于这一点，也不了解确切的情况。
再次召开关于撤退作战的干部会议，会上，石井部队长和菊地少将（第一部长）等人的意见严重分岐，双方进行了激烈的争论。
石井部队长的撤退方案：（一）保守“731的机密是最大的问题；（二）为此，已派西中佐（教育部长）前往地处苏军进攻线上的海拉尔、林口、孙吴和牡丹江支队，命令部队人员销毁证据，全体自杀；（三）同样，也命令住在东乡村宿舍的部队人员家属和全体人员自杀；（四）一个也不留地杀掉目前关押中的”马鲁太“，同时”彻底“毁掉”口“字楼，部队设施由工兵负责进行爆破；（五）尔后，包括少年兵在内，整个部队在严密的统率下南下至通化。
石井部队长和菊地部长进行激烈争论的原因，在于石井方案中的（二）和（三）。菊地少将认为：“731部队内有许多有才能的研究人员，与其强迫他们白白自杀，不如想出一个拯救支队的方法，这才是先决条件。”他气愤地说：“部队长应努力率领部队人员的家属先回国。”对石井部队长平日沉迷于酒色、工作放荡的态度，许多干部一直是很不满的。
结果，石井部队长做出让步，得出结论是“马上开始撤走家属，部队长前往各处，找火车，指挥各支队撤退。”石井部队长再次从731部队中消失。
其间，石井四郎干了三件事：第一，把731部队为进行细菌战准备而积存的各种资料和庞大的实验资料、菌株等送回日本进行准备；第二，安排731部队撤退列车优先通过，以免被苏军逮捕。为此，石井四郎充分利用731部队航空班的军用飞机，飞往长春、沈阳等城市。
石井四郎干的第三件事是：特别班人员的紧急避难。千代田村里有一个叫做加茂的小村落，特别班人员多是这个村落人，就是今天千叶县芝山町加茂地方。石井四郎于1933年创建细菌战部队时，把部队起名为“加茂部队”。这一名称的由来就是这一村落，特别班名副其实地是731部队的核心骨干。
“处理‘马鲁太’以后，全体人员立即紧急撤退……”，这是石井部队长对特别班人员下达的手谕。即在731部队中优先安排同乡出身的特别班人员逃跑。
来自平房站的货车已有三列进入了731部队的专用铁路线，这些满载特别班人员和贵重资料的货车11日从平房发车。
据说，至8月10日，被关押的“马鲁太”总人数已不到40人，关于如何处置掉“马鲁太”的问题，有关人员过去有种种说法，如“用氰酸化钾毒死”、“全部枪毙”等等，其中有的说法还印成文字。真相究竟如何呢？
据我的调查，“马鲁太”是用毒瓦斯杀害的。据说，犯人发生暴动以后，特设牢房换气系统很快把毒瓦斯注入了毒气管道。
“简直像观看大猩猩在善栏里发狂一般……”，这是一个亲眼看见残杀全体“马鲁太”情景的部队人员说的。
在“马鲁太”中，有几个人未被毒瓦斯杀死，他们敲打着铁门，发出令人恐惧的吼声，乱挠着喉咙，无比的痛苦。特别班人员慢慢地走近不胜痛苦的“马鲁太”跟前，对准他们的脑门扳动了毛瑟枪扳机。“不断地拖着杀掉了的‘马鲁太’”的腿，扔到7号楼旁的一个大坑里，浇上汽油和重油，点了火……我记得，那是11日下午的事。为了进行烧毁，731部队的焚尸炉里塞满人头标本、培养细菌用的琼脂、大量的文件和器具等。……‘马魯太’的尸体不太容易烧掉，可是撤退工作正在争分夺秒，慌忙逃跑的特别班人员们把尸体烧了一半就埋上土逃之夭夭……因此，有的尸体手脚从土中露了出来，难以发挥掩盖罪行的作用。部队干部看到这种情况后命令说：‘再把尸体挖出来彻底烧掉……’负责挖掘瞠目硬挺的‘马鲁太’尸体的部队人员边恶心边进行挖掘“，一个部队人员回忆道。
单人牢房墙上的血书
731部队急于处理的不仅仅是“马魯太”，还有1号楼二层“陈列室”以及第一部各课研究班里的许多人体标本。泡在大小容器内福尔马林溶液中的人头、手腕、躯体、腿以及各种内脏标本都是按传染病的种类、病情等制成的成套标本。
标本大约有1000多个，都是731部队进行残酷活体实猃的证据。
绝不能让一个标本落到进攻的苏军手中……根据上级的命令，10日深夜出动了卡车。
“从10日傍晚到深夜，哈尔滨市一带下雨，冒着雨把装有福尔马林溶液的器皿装上了卡车。运载着几十几百个的人体标本的卡车，从731部队出发，深夜中驶抵松花江岸，利用黑夜将标本都扔进了松花江。由于撒退仓促，未能把全部标本都装上卡车”，原部队人员这样回忆道。
“处理”一再增产而库存的各种细菌、大量老鼠和几亿只跳圣也是紧迫的大事。此外还有731部队各研究班保存的庞大的实验资料。其中，在中国各地进行细菌战的详细记录、解剖记录、病理记录、各种实验记录和培养细菌的记录等堆积如山。在10、11日两天内，他们在部队驻地内匆忙地挖了许多坑，把这些资料放进去，浇上重油加以烧毁。在从大学研究室抽调到731部队的学者中，有的人对于烧毁这些难得的研究资料感到可惜，想悄悄地把它带回国内；也有的人把这种人体实验记录往皮包里塞，准备带回去，以便将来在学会里出名。这种情景被发现后，有的学者挨了上司的严厉呵斥。不过，那时谁都不知道明天自己会怎样，他们的真正动机只是不忍心让贵重的纯学术资料化成灰烬。
当务之急是毁灭器材等，为数甚多的细菌培养器、冷冻设备、显微镜、化学天平和陶器炸弹等等。这些东西都要全部毁掉。
最困难的是破坏建筑设施。尤其是那座利用特殊钢材和近50公分厚的水泥墙盖起来的特设牢房，十分牢固，必须出动工兵队，在牢狱里的十几个地方放上炸药，进行爆破。
为了进行爆破，就要在特设牢房的地面和楼梯下挖很深的洞，教育部下属的人员奉命执行这项任务。
部队人员拿着铁镐和铁锨走进特设监狱单人牢房的一剎那，都吓得呆立不动了。
“马鲁太”的尸体已经运走，空荡荡的牢房里，充满消毒用的石碳酸味，直到昨天为止还紧闭的“马鲁太”地狱还留有痕迹，潮湿的冷风穿过了7号楼二层单人牢房前宽敞的走廊。他们之所以吓得呆立不动是因为他们发现在单人牢房墙上写满了大字。在不少地方已经剥落的水泥墙上闪耀着黑紫色的大字：“打倒日本帝国主义！”“中国共产党万岁！”
每个字约为20厘米见方。监狱里根本无法搞到笔墨，一看便知道那是用鲜血写成的。这恐怕是他们用满是鲜血的手掌，含着无比仇恨，躲开看守的监视写成的吧！这些一笔一划写成的大字，具有一种威力无边的力量，能够很自然地触动站在墙前人们的灵魂。个个黑紫色的字迹，像高压电流般地冲击着这些慌忙进行战败处理的731部队人员的大脑，使他们麻木了。
“我看到墙上的字时，受到了冲击，也许是在通过实验被杀害之前，他们竭尽全力写成的吧！我不懂得什么是共产党、什么是‘主义思想’，但是，却受到了一种无法形容的冲击。我直感到，世界上竟还有在最后时刻仍保持着如此信念的人，他们不是‘马鲁太’，而是勇敢的人”，当时曾经在牢房墙壁血书前站立过的一个部队人员这样追忆道。
墙上的血书是书写者为继续鼓舞后来不断关押进来的犯人为民族解放和维护人类的尊严坚持到最后而留下的。部队人员停下了挖爆破