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中国地广人多。以家族宗法儒学为源的中国人，大多将朝代兴迭看成是天道循环。尤其是明清之际，中国仍处于封建性农业社会，占人口绝大多数的农民和相当一部分官绅地主居住于乡村。这些人一般和当地的政府关系很浅，和中央政府更是毫无直接关系，所以改朝换代从通常的意义来说很难刺激百姓的感情。也就是说，一朝天子一朝臣，谁当皇帝对这些人来说都无所谓。衣服装饰虽然看似无关紧要，但是习俗千百年的相沿，本身就是一种文化的表征。像满清这样用兵力侵略的异族，强使原来的汉族放弃原有的服饰而仿效自己，就不啻摧毁其文化，而且强行加上了一种屈服的标识，是一种对人格尊严的侮辱。如果从文化、财产、等级等等方面在士大夫和平常民众还存有歧异的话，在这种保卫自身精神和风俗的立场方面所有汉人几乎都表现出惊人的一致性。“身体发肤，受之父母，不得毁伤”。无论官绅还是普通百姓，都不能接受自己在形象上变成野蛮的“夷狄”。原本已经降附的地区纷纷反抗，整个中国大地陷入血雨腥风之中。
连真心归附清朝的汉人学者也在笔记中纷纷不平地记述道：“我朝（清）之初入中国也，衣冠一仍汉制。凡中朝臣子皆束发顶进贤冠，为长服大袖，分为满汉两班。有山东进士孙之獬，阴为计，首剃发迎降，以冀独得欢心。乃归满班则满以其为汉人也，不受。归汉班则汉以其为满饰也，不容。于是（孙之獬）羞愤上书……于是削发令下，而中国之民无不人人思螳臂拒车斗，处处蜂起，江南百万生灵尽膏野草，皆（孙）之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸！”（《研堂见闻杂记》）
不过，孙之獬后来的下场并不好。三年多以后，因为受人钱财卖官，孙之獬受弹劾，被夺职遣还老家淄川。恰好赶上山东谢迁等人起义，攻入淄川城，孙之獬一家上下男女老幼百口被愤怒的民众一并杀死，“皆备极淫惨以毙”。孙之獬本人则被五花大绑达十多天，五毒备下，头皮上被戮满细洞，人们争相用猪毛给他重新“植发”，最后还把他的一张臭嘴用大针密密缝起，肢解碎割而死。“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”此种下场，连仕清的汉人士大夫也不免幸灾乐祸。
多尔衮剃发令下后，太仓、秀水、昆山、苏州、常熟、吴江、嘉定等广大地区义民纷起，纷纷杀死清军安排的地方官吏，开始了反清复明的抵抗运功。但是百姓们无组织已久了，临时的集合，如何能敌得久经征战的军队？所以江南的义兵，大都不久即败。
【三 江阴抗清和嘉定三屠】
清军占领南京后，立即派出使者招抚南直隶各府县。绝大多数地方都慑于清朝兵威，纳土投降。只有杨文骢（即那位画桃花扇的才子）带领一支军队闯入苏州，将满清派来招抚苏淞地区的黄家鼎等处斩。但杨文骢却没有组织当地绅民据城固守，而是在清军来到之前退往浙江。
此时，清军基本上已经控制了江南，就连多尔衮也骄狂地以为天下已定，下令多铎等回师北京。但随后导致长期的政局不稳以至生灵涂炭的却是满清的剃发令，这是多尔衮的重大失策。
多尔衮在接到攻占南京的捷报后，即遣使谕豫亲王多铎，命令“各处文武军民尽令剃发，傥有不从，以军法从事”。在民族危难关头，江南各地的汉族绅民迫于剃发令，群情激奋，纷纷自发举兵抗清。其中的一个地方就是上海与南京之间的美丽水乡——江阴。它抵抗清军达八十天之久。陷落的时候，有七万多人死于清军将领下令进行的血腥屠杀之中。
满清委派的知县方亨到江阴上任后，遵照清廷法令张贴布告，令百姓剃发。方亨叫书吏把府文写成布告张贴，其中有“留头不留发，留发不留头”的话，书吏写到这句话时，义愤填膺，把笔扔到地上说：“就死也罢！”消息很快传遍全城，一时人人群情激愤。
方亨见士民不从，秘密报告常州府请上司派兵“多杀树威”。这封密信在送出城时被义民搜获，义民自发地将方亨逮捕，推典史陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民正式反清。
陈明遇自感到缺乏军事组织才能，在他推荐下，江阴士民将乡居的原任典史（弘光时调升广东英德县主簿，未赴任）阎应元迎接入城担负守城重任。
阎应元这个人因为江阴抗清而名垂青史，他之前名不经传。后面我们可以看到，无论从哪方面来说，他都是一个相当杰出的人才，军事才华远在史可法之上。但就是这样一个人才，竟然在明朝只是一个小小的典史！由此也可见陈明遇此人的眼光不凡。
阎应元入城后立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城，每个城垛十名，按时换班。由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，应元自任守北门。他和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才，物尽其用，各方面的工作做得井井有条。
清兵闻讯后，只派了三百人赶来镇压。可见清军统帅多铎根本没有将江阴这个小城放在眼中。但随后清军三百人都被江阴义民歼灭于秦望山下，多铎大为愤怒，派降将刘良佐领部兵数万来攻。刘良佐即当初的江北四镇之一，被弘光皇帝封为广昌伯，结果清军南下时不战而降。
刘良佐率军包围了江阴县城后，屡攻不利，一再派使者用弓箭射书信入城招降，甚至亲自来到城下现身说法，要阎应元投降。阎应元在城头痛斥刘良佐的背叛明朝，说：“有降将军，无降典史！”刘良佐无言可对。
多铎先派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携带红衣大炮前往攻城。这些红衣大炮都是明朝之物。博洛来到江阴城下，认为刘良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，却连一个江阴县城也攻不下来，一定是没有尽心尽力，于是下令打了他一顿板子。刘良佐惭恨不已，督促部下拚命攻城。
守城的阎应元、陈明遇也鼓励城乡义勇扼守危城，并派徽商程璧等人出城联络各地义师来援，却始终没有得到江浙救兵。坚持了八十天后，清军集中大炮轰击城东北角，城墙崩塌，清军蜂拥而上，江阴因此失守。陈明遇巷战而死，阎应元负伤后投湖自杀，却被清军及时从水中拖出，因不肯投降遇害。
清军屠城两日后才“出榜安民”，城内百姓仅剩“大小五十三人”，大概有将近七万人死于清军的血腥屠杀中。当时人士写了一副对联赞扬江阴百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”
《江阴城守后纪》的作者总结道：“有明之季，士林无羞恶之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降为得意；而封疆大帅，无不反戈内向。独陈、阎二典史乃于一城见义。向使守京口如是，则江南不至拱手献人矣。”在福州继统的隆武皇帝听说泾县和江阴百姓的坚贞不屈，深为感动，说：“吾家子孙即遇此二县之人，虽三尺童子亦当怜而敬之。”在江南各地望风披靡之时，阎应元、陈明遇以微末小吏的身份，凭借江阴百姓的支持，竟然面对强敌，临危不惧，坚持了近三个月，实在是南明史上光彩夺目的一页。
与江阴百姓抗清同时，嘉定县民也因清政府强迫剃发起兵。满清委派的知县颁布剃发令后，嘉定百姓愤愤不平，拒不从命。有人征询著名乡绅侯峒曾（天启五年进士，弘光时任通政司左通政使）的意见。他毅然回答：“闻徐太史汧护发自裁，何不奋义？即不可为，乃与城存亡，未晚也。”就是说，他反对刘宗周、徐汧的只顾自身名节的消极抵制，主张积极地起兵抗清。
于是侯峒曾带领两个儿子侯玄演、侯玄洁，进士黄淳耀及其弟黄渊耀入城倡义反清复明。他们同当地士绅会议后，决定率领百姓上城画地而守，并城上树立白旗，上面写着“嘉定恢剿义师”。
嘉定绅民起义反清后，清吴淞总兵李成栋立即领兵五千来攻。
李成栋原为高杰部将，曾任明朝徐州总兵。这个人是个极为复杂的人物，他的一生历程很难用忠或是奸加以定夺，更难以用好或是坏来对他个人加以形容——“扬州十日”的大屠杀中有他为清兵卖力杀戮的前驱身影，“嘉定三屠”则完全是由他一人屠刀上举发号施令而造成的惨剧，后来他还是击灭南明诸帝之一隆武帝朱聿键的首功之将，是生擒绍武帝朱聿粤的不替功臣，又是满清攻灭南明江浙，福建、两广广大地区的第一功臣。但最不可思议的是，也恰恰是忽然之间，这个人良心发现，摇身一变，又成为南明永历帝的不贰忠臣，与金声恒、王得仁一起在南中国“反正”，重新成为明朝的“忠臣义士”，而且蹈死不顾，死而后已。促使李成栋反正的原因跟吴三桂引清军入关如出一辙，竟然也是“冲冠一怒为红颜”。这位曾经杀人不眨眼的三心二意的将军最后竟能置安危于不顾，乱流趋敌，赴水而亡，被南明天子亲口谥“忠烈”二字，赠太傅、宁夏王。他一生反复的大起大落，比吴三桂有过之而无不及。历史原本就是一个神秘的作坊。关于李成栋，我们在后面的篇章中还会有专文讲述。
嘉定城在黄淳耀的领导下，重新用土石加固了城墙，并且派了一个密使前往在苏州与松江一带活动的复明分子吴志葵那里，请求立即给予增援。八天后，盼望已久的吴志葵的援军终于赶到了。然而，这支由蔡乔率领的队伍只有三百人，而且装备极差，转眼间就被李成栋的部队拦截击溃了。嘉定城的老百姓现在意识到，他们只有完全依靠自己了。
侯峒曾、黄淳耀等人本来想借用城外乡兵扼阻清兵。可是，四乡乡兵都是临时组织起来的农民，根本没有作战经验，人数虽多，实际上处于一种无序无领导的状态，难以同正规清军作战。双方才一交锋，乡兵就不战自溃，“走者不知所为，相蹈藉而死”，许多人被挤入河中淹死，“尸骸乱下，一望无际”。
不过乡兵经常能消灭一些小股的清兵，李成栋的弟弟就在乡兵的一次伏击中被杀死。李成栋恼羞成怒，亲自率领全部人马进攻城北的娄塘桥，大部分乡兵都聚集在这个地方，于是有上万的农民在这里被杀死了。
三天后的黎明时分，在红衣大炮的隆隆炮声中，李成栋下令攻城。次日城破，侯峒曾奋身投入池中，被清兵拖出斩首，他的儿子侯玄演、侯玄洁同时遇害。黄淳耀躲进一座寺庙，在墙上写下一段悲壮之辞后，上吊自杀。
出于野蛮的报复之心，李成栋下令屠城，清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草从棘，必用长枪乱搅”，一心要杀个鸡犬不留。当时的惨景，有亲历者朱子素的《嘉定屠城略》作证：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”，一幅活的人间地狱图。
就像扬州的情况一样，妇女们惨遭强奸。如遇抵抗，这些前南明军队就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。一顿杀戮过后，李成栋属下又四处劫掠财物，见人就喊“蛮子献宝”，随手一刀，也不砍死，被砍人拿出金银，前南明军队就欢跃而去；腰中金银不多者，必被砍三刀，或深或浅，刀刀见骨。当时“刀声割然，遍于远近。乞命之声，嘈杂如市”。大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。这就是史册上臭名昭彰的嘉定屠城。最后，这五千拖着大辫子的汉人清军竟抢夺三百大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。
但嘉定城的劫难仍然没有结束。李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定的幸存者开始溜回城里。中国人普遍有种强烈的乡土情结。黄河边的原住民宁可坐以待毙，也不愿意乔迁他乡；即使政府强令迁徙，没多久，他们也会回来，不管当地多穷多苦。嘉定的绅民也是如此，他们回城后看到如此惨状，立即在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。
同时，在嘉定城外，一支被打散的乡兵队伍聚集在葛隆和外冈，他们一旦发现那些剃了发的人，就将这些人当场处死。李成栋的一支小分队也被这群乡兵歼灭。李成栋狂怒下派了一支大军进入葛隆和外冈，屠杀了所有的居民。这两个城镇也被夷为平地。
李成栋任命的新县令浦嶂为虎作帐，又领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。据说，在“二屠”之后，嘉定的富人和穷人间已无区别。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己也提枪赴阵而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。
“三屠”留给这座城市是彻底的毁灭，以及不知道德为何物的寥寥幸存者。
无论如何，长江下游地区的抗清运动减慢了清军进军的势头，从而给南