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尽管四川与外界相对来说是隔绝的，但张献忠并不安全。顺治三年（1646年），满清肃亲王豪格和吴三桂率清军由陕南入川，攻打张献忠的大西军。顺治四年（1647年）七月，张献忠撤离成都，向陕西进发，此时李自成的西安已经沦入清军之手，张献忠企图与清军争夺西安。同年十一月，大西军在西充凤凰山被清军包围，张献忠被清军射中，“痛极而亡”。
但是，谁也没有想到的是，农民军领袖张献忠死后留下的遗产，直接影响到南明永历朝廷最后10年的进程。
“献忠死后，各营大乱”，大西军顿时惊溃，伤亡惨重。孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军在危难中收集残部数千、家口万余人，由顺庆（今南充市）急速南下，一昼夜驰数百里，急速南撤，才保存下部分有生力量。此时他们面临着严峻的考验，后面是穷追而来的强劲清军，前面又有南明军队凭借长江扼守，几乎已经到了山穷水尽的境地。然而，在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇的领导下，大西军余部一举击破据守重庆的南明总兵曾英，曾英落水淹死，部众溃逃。大西军渡过长江天险，打开了南进的通途。
张献忠有四名养子——孙可望、李定国、刘文秀和艾能奇。四人中孙可望原来的地位和威信比较高，年纪稍大，又读书识字，张献忠死后，领导大西军的重任很自然地落到了孙可望的肩上。孙可望掌握政权后，立即整肃军队，改变张献忠以往滥杀无辜的过火行动。但此时张献忠的妻子和亲信宰相汪兆龄仍然高踞诸将之上，主张照旧行事，即继续推行献忠在世时的过激政策。
孙可望与李定国、刘文秀、艾能奇商议后，一致决定把“皇后”和汪兆龄处死。张献忠的亲信倒台后，大西军内部就形成了四将军领导的体制。
大西军进入贵州以后，豪格统率的清军已经由四川撤回北京，南明杂牌官军又不足以同大西军相抗衡，孙可望等人本来可以把贵州作为基地，休整士马，建立政权。
此时云南正值阿迷州土司沙定洲叛乱，明黔国公沐天波逃离昆明。由于沐天波的副将龙在田早在张献忠谷城诈降时与孙可望相识，便派人向孙可望求援，告知：“假大义来讨，全省可定也。”四将军认为这是扩大农民军辖地的好机会，便以为黔国公复仇的名义出兵云南。
有明朝一代，云南的治理很特殊。像西南其他省份一样，云南采用通常的省、府和州县等明朝政府任命的机构与世袭的土司和宣威司（通常是在土著居民地区）相结合的治理办法。另外，在军事体制上，云南则由沐氏黔国公镇守。沐英是明朝开国功臣，明太祖朱元璋的义子，世封于云南。沐氏家族镇守云南两百多年，在当地声望很高，历代黔国公也是明朝唯一持续掌握实际领土权力的勋臣。
然而，云南本身并不平静。云南东南部的土司沙定洲发生了叛乱，并击溃了沐天波的军队，在1646年一月攻占了云南府（今昆明），沐天波率领残部退往云南西北部。
孙可望等率部进入云南时，为了减少进军的阻力，事先派出间谍前往云南，利用汉族官绅、部分土司对沙定洲的不满情绪和黔国公在云南长期享有的威望，散布假情报，说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南为沐氏复仇。这一策略果然收到奇效，大西军所到之处，不但畅通无阻，还有云贵百姓主动提供粮饷。
因为孙可望先派人佯攻沙定洲的老家，沙定洲主动放弃昆明，逃回故里。此刻留在昆明城内的明朝巡抚吴兆元等人已经弄明白了入滇的并不是什么焦家救兵，而是大西军，但是他们手头无兵，只有听任绅民投降。大西军顺利地进入昆明。“孙、李诸军入城，秋毫无犯”。
随即，孙可望平定了沐天波据守的楚雄、大理等滇西地区，沐天波被俘。孙可望以“共扶明后，恢复江山”为条件同沐天波谈判。沐天波亲身遭到沙定洲叛乱的荼毒，弄得家破人亡，自己的兵力又非常有限，决定借大西军复仇，双方很快达成合作协议，宣布“共襄勤王，恢复大明天下”。此后，沐天波不仅派自己的儿子先行前往大西军营中纳款，还发出檄文责成属下官员向大西军缴印投降。
由于沐氏家族自明初以来世镇云南，佩征南将军印，在军卫、土司中享有很高的威信，孙可望等入滇后收缴了明朝颁发的文武各官印信，只有沐天波所佩世代相传的“征南将军印”仍予保留，让他行文招抚各土司。于是，迤西一带不战而下，“各土司次第来归”，“去方三月，而迤西尽平”。
但北将军艾能奇却在征东川的时候中了土司禄＇www。wrshu。com＇万亿部下的毒箭，不治身死。
1648年（永历二年、顺治五年）十月，沙定洲等在昆明被处死。这样，在孙可望的部署下，经过一年多时间的东征西讨，平定了云南全省，使当地百姓自明末兵燹以来过上了安宁的生活，生产也有了很大发展，当年就出现了“滇南大熟，百姓丰足”，“兵民相安”的景象。连清初人士也记载，“孙可望等倡义之名至今人犹称道焉”。由于四将军在云南实行了恢复生产有利于民的政策，彝、白、壮、傣等族人民纷纷参军，大西军扩大到二十多万，还增加了新武装——象队。
关于象队的威力，大家应该在《亚历山大》的电影中见识过。“让我们把战争带给亚洲，把财富带回希腊”。这是希腊最著名的雄辩家的雄心。横跨中东的亚历山大所向无敌，唯独到了印度，也被象队所阻。
【七 “秦王”孙可望】
平定云南后，孙可望和李定国之间开始出现不和。早先，孙可望与李定国、刘文秀、艾能奇的地位本来不相上下，入滇以后可望虽被推为盟主，但他毕竟不能同张献忠相比，李定国、刘文秀手握重兵，各以“西府”、“南府”老爷自居，并不能惟孙可望之命是从。尤其是李定国，他是少有的将才，在军队中有很高的声望。出于各方面的考虑，孙可望决定与南明联合抗清，借此请求永历朝廷加封，这样他的爵位高于二人后，就能名正言顺地继承张献忠的遗产，节制李定国和刘文秀，并为他将来挟天子以令诸侯，甚至当皇帝铺平道路。
1649年（永历三年，顺治六年），孙可望派杨畏知和户部龚彝充当使者，前往广东肇庆，同永历朝廷联络。杨畏知到达肇庆后，呈上孙可望请封秦王的书信，并进献礼物以表善意。
在当时参与抗清的各种力量之中，孙可望为首的大西军实力最强，孙可望等人决策同永历朝廷携手抗清，本是这个小朝廷的最佳福音。可是，阶级的偏见和政治上的鼠目寸光，却在永历朝廷内部引起了一场轩然大波。
廷臣会议时，赞成封孙可望为王的固不乏人，当政的一批人物却因种种私虑表示坚决反对，惟恐拥有庞大实力的大西军参加永历朝廷将会削弱自己把持朝政的局面。还有人建议在封爵的同时趁机挑拨大西军各将领之间的关系。
争论持续了几个月，杨畏知见封孙可望为王的阻力太大，不得已上疏改请封孙可望为公爵，以便回滇复命。永历朝廷勉强同意了，决定封孙可望为景国公，赐名朝宗。后经督师阁部堵胤锡一再上疏，永历帝同意封孙可望为平辽王。
一波未平，一波又起。南明浔州守将庆国公陈邦傅担心自身利益，他的中军胡执恭建议结好于孙可望，倚仗大西军的声势。二人利用永历帝颁给的空白敕书，私自填写，又暗中铸造了“秦王之宝”金印，由胡执恭冒充朝廷使臣迳自前往云南封孙可望为秦王。
孙可望并不知道封王内幕，对胡执恭送来的敕书和“秦王之宝”极为满意。他安排了隆重的仪式，亲自郊迎使者，“肃然就臣礼，先五拜叩头，舞蹈称臣。受秦王封后，率其义兄弟三人并三军士卒各呼万岁后，又秦王升座受义兄弟三人并三军士卒庆贺”。然后把敕书誊黄布告云南各地，欢庆三天。这一连串盛大仪式表明孙可望和义兄弟李定国、刘文秀统辖下的大西军以及他们管理得颇有条理的云南全省已经遵奉南明永历正朔，孙可望本人的领导地位也得到了正式肯定。
谁知不久杨畏知等人回到昆明，带来了封孙可望为平辽王的敕印。孙可望大为惊异，说：“我已经封了秦王了！”杨畏知也大吃了一惊，问明情况后，说那是假的。胡执恭到昆明时，并不知道朝廷采纳了堵胤锡的建议，把封号由原议景国公改为平辽王，争辩说平辽王敕印也是假的。
孙可望既误信了陈邦傅、胡执恭假造的敕印，举行了隆重的受封典礼，弄得云南军民皆知，这时要降格为二字王，处境的尴尬可想而知。他极为愤慨，下令把杨畏知、胡执恭关进监狱，给朝廷送去启本，表示接到秦王敕印后已经郑重宣布，大小官员和军民都已祝贺，无法改变，请朝廷定夺。
平心而论，问题出在永历滥发空白敕书和陈邦傅以公爵身分矫诏伪封一字王，孙可望不仅不负任何责任，而且在宣布受封秦王、接受拜贺以后也确实难以退步。永历朝廷在既成事实面前竟毫无灵活性，坚持拒绝封孙可望为秦王。在大西军提出联合抗清的建议以后，永历朝廷不仅在封爵上多方刁难，还不顾大敌当前，加强了对大西军的防范。“是冬，封黔镇皮熊为匡国公，播镇王祥为忠国公，防滇寇也”。
大西军建立起以云贵为中心的新基地后，永历小朝廷的处境开始江河日下。
顺治六年（1649年）清军攻占了湖南，翌年清军攻克广州和桂林，驻于梧州的永历君臣在同一天里得到两省省会陷落的消息，立即乱成一团。永历帝仓猝登舟，向南宁逃难。永历帝生性懦弱无能，一有风吹草动立即“起驾”逃难。他从梧州窜往南宁时，根本没有作留守地方的任何部署，像普通百姓一样只知逃命要紧。
永历帝君臣经过浔州时，庆国公陈邦傅已经决定投降清朝，准备邀劫永历帝献给清方。永历帝得到报告，“冲雨而过”，脱离了危险。陈邦傅没有抓到永历帝，就将明宣国公焦琏刺杀，将其首级献给清军作进见礼。
原先聚集于两广的朝廷和地方官员大有树倒猢狲散之势。除了镇西将军朱旻如在昭平县同清军格斗而死，被革职的朝臣汪皞投水自尽以外，其他未随驾的官员有的降清，有的窜入深山，有的剃发为僧。王夫之等人都是在这时脱离永历朝廷返回清政府统治下的故乡，以明朝遗民自居。“山中宰相”方以智、原给事中金堡做了和尚。以风节自命的“五虎”首领袁彭年（左都御史）和丁时魁再次降清，都自称1648年在广州反正是被李成栋所逼迫。
永历帝逃到南宁后，无兵无将，辖地全失，已经走投无路，只得依靠大西军这唯一的一支力量了。于是顺治八年初，永历帝派使臣前往贵州，封孙可望为冀王，让他带兵到南宁护卫。
按明朝制度，一字王为亲王，二字王为郡王，永历帝到危难关头决定破格封孙可望为一字王，却不同意真封秦王，原因是明初朱元璋的次子朱樉受封秦王，位居诸藩之首，传世二百多年，需要避免重复，也有恩自上出的意思。孙可望却因为用秦王名义发号施令已久，不愿拆穿早已誊黄公布的“伪敕”，拒不接受。杨畏知劝他接受冀王封号，说“假王何如真王”，孙可望置之不理。
1651年（永历五年，顺治八年）二月，清军由柳州南下，南宁岌岌可危，永历朝廷覆亡在即。孙可望见事态紧急，急忙派遣劲兵五千赶赴南宁护卫永历皇帝。孙可望的军队一到南宁，就杀了永历朝廷的兵部尚书杨鼎和，逼死了阻挠封秦的首席大学士严起恒。在这样的状况下，永历帝被迫正式承认孙可望为秦王。
南宁又陷落后，朱由榔仓皇逃到濑湍。顺治九年正月，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名安龙府。答应每年向永历“致银八千两，米百石”，而永历帝允许孙可望今后“大小战争，诛斩封奏，先行后奏”。这个时候，永历政权才完全在孙可望的控制下。
作为对比，我们再来看看后来孙可望投降清廷后的待遇。1657年（顺治十四年，永历十一年）八月初一日，南明内讧又起，孙可望在贵阳誓师，亲自统率十四万兵马向云南进发，攻打李定国。但由于孙可望师出无名，他手下的重将白文选不支持他，结果兵败。孙可望一路奔逃，走投无路下，终于决定投降清廷。
而清廷得知可望处境危急后，为了捞到这张王牌，立即派出大军接应，击退南明的拦截之兵，孙可望和家眷等四百多人才得以脱险。
在这以前，洪承畴受命经略五省总督军务，始终局促于湖南、广西境内，毫无进展。孙可望一手挑起的南明内讧和兵败降清，对清廷来说无异是喜从天降。
清廷对于孙可望的来归极为重视，特旨封孙可望为义王。孙可望应诏赴京陛见，到达京师后，清廷命和硕简亲王济度、和硕安亲王岳乐带领公、侯、伯、梅勒章京、侍郎等大批高官显爵出城迎接，场面相当隆重。明遗民方文当时正在北京，目睹其事，赋诗寄慨云：“南海降王款北庭，路人争拥看其形。紫貂白马苍颜者，曾搅中原是杀星。”次日，顺治皇帝亲自在太和殿接见孙可望。十天之内，皇帝赐宴多达三次，赐银两次共一万二千两，此外赐府第、赐蟒袍、朝衣、缎匹等，孙可望成了清廷上红极一时的人物。
我们可以看到，1649年，孙可望统率数十万貔貅之众，以云南全省之地，自愿归附风雨飘摇中的永历朝廷，南明君臣在封一字王上备极刁难；而清廷对仅率数百人狼狈来归的孙可望却毫不犹豫地加封王爵。不能不看到清廷的度量和眼光比永历朝廷高明得多。
可惜的是，孙可望受到清廷特殊的恩遇，靠的是出卖云贵川抗清事业。孙可望本人的地位随着永历朝廷的衰微逐渐走向没落。顺治十六年（1659）闰三月，有人揭发孙可望放债取利等事。这种事情在满洲八旗中本是习以为常的现象，顺治皇帝却不愿放过这个机会进一步贬损孙可望的