蒋介石马上意识到这是怎么回事，当即命何应钦去把陈诚叫来研读那些“茅厕文学”，并在厕所旁边把陈训斥了一通，说他们小题大作，捕风捉影，推卸责任，攻击川军，才引起了川军的普遍不满。此事若弄不好，又将惹出大乱子，令其尽快做好川军将须的工作，抹平这件事。
其实，蒋介石在会上发那么大火，滔滔不绝地痛斥军中的可耻行为，只是因为长沙大火的气未消，一时发作。再者，他所指责的，也绝非川军。在蒋介石看来，川军的抗战总的来说是很不错的，而且由于川军人数众多，已成为抗战中一支举足轻重的力量，现在，陪都还设在重庆，若不对其好好安抚，势必将有不测风云。
第二天，会场气氛大变。
陈诚作大会发言，专门检讨武汉会战中南岸战场的得失情况，其功劳当然归功于各参战部队。对于南岸战场某些失利的责任，陈诚全揽在自己头上，向大会作了指挥失误上的检讨，请求统帅部对他本人从重处分。
陈诚检讨之后，蒋介石即兴插话，对王陵基将军指挥川军第30集团军在万家岭等战斗中的英勇善战行动，给予表扬鼓励。
王陵基等川军将领坐在下面，乐得台不拢嘴。
夜里，陈诚专门宴请王陵基等川军将领。席间，陈诚举怀敬酒，“希望川军继续保持光荣声誉，抗战到底，以争取最后胜利。”
陈诚还以军委会总部口气，向川军将领们许诺，今后在兵员粮饷，武器装备方面，将尽量先考虑补充川军各部。
“茅厕文学”引起的风波完全平息。
军事会议继续进行。
蒋介石和将领们分析了敌我双方的军力情况。认为：日军占顷武汉以后，因兵力不足，补充困难，已无力发动大规模的进攻。旦是，敌陆海空军种和兵种齐备，训练有素，兵器配备较充足，人力强大，战斗力仍很强。
鉴于以上情况，第二期作战，将是敌我相持时期，也就是说在这个时期，日军不可能再深入到国民政府的后方；中国军队也不可能一下打败日本人，将其赶出中国去。这无疑是明智的判断形势了。
蒋介石基于以上对形势的判断和综合全体到会将领们的意见，提出了中国军队第二期作战的指导方针和谋略：
连续发动有限度之攻势与反击，以牵制消耗敌人；策
应敌后之游击部队，加强敌后之控制与扰袭，化敌人后
方为前方，迫敌局促于点线，阻止其全面统治与物资掠
夺，粉碎其以华制华、以战养战之企图；同时，抽出部
队轮流整训，强化战力。准备总反攻。
在这里，蒋介石已把游击战提高到战略高度加以重视，这恐怕或多或少取决于在前十年内战中，他的正规军同红军游击队作战吃亏受挫而总结出的经验教训。
为扶持和培养敌后游击力量的发展壮大，蒋介石在这次军事会议上决定，正面第一线战场上，要不断地主动地出击日军，将日军主力和注意力都吸引到前线来，以此减轻敌后游击部队的压力。
此举，无论对国民党的敌后游击部队，还是对共产党敌后抗日力量的发展，都起到了一定的积极作用。当然人民抗战力量的发展壮大，牵制和消耗了相当数量的日军和伪军，反过来，也对抗战最后的胜利起到了决定性的推动作用。
为了适应这扯大了的战争摊子，便于指挥作战。蒋介石对军队体制进行了改革，废除了兵团、军团两个层次，以军为作战的基本单位；取消西安、广西、重庆等行营，另设天水、桂林两个行营。以程潜、白崇禧分任行营主任。在最高统帅部之下，由程、白二将军分别负责指挥南北两大战场。
会上，蒋介石重新划分了全国战区，调整了兵力部署：
第一战区司令长官：卫立煌。
兵力：第2、第3集团军，共12个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队。
负责防守河南及安徽一部。
第二战区司令长官：阎锡山。
兵力：第4、第5、第6、第7、第14、第18六个集团军。共32个步兵师，14个步兵旅；五个骑兵师，三个骑兵旅和其他特种部队。
负责防守山西及陕西一部。
第三战区司令长官：顾祝同。
兵力：第10、第23、第25、第32四个集团军和新编第4军。并32个步兵师，2个步兵旅，以及其他特种部队。
负责在苏南、皖南和浙闽两省开展游击战。
第四战区司令长官：张发奎。
兵力：第9、第12、第16三个集团军。共18个步兵师，2个独立步兵旅和其他特种部队。
防地：广东、广西。
第五战区司令长官：李宗仁。
兵力：第2、第22、第29、第33四个集团军，豫鄂皖边区游击总队。共26个步兵师；一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队。
防地：皖西、鄂北、豫南。
第八战区司令长官：朱绍良。
兵力：第7、第17两个集团军。共6个步兵师，9个步兵旅；4个骑兵师，4个骑兵旅和其他特种部队。
防地：甘宁青及绥远地区。
第九战区司令长官：陈诚（薛岳代理）。
兵力：第1、第20、第19、第27、第30、第31六个集团军，湘鄂赣边区游击总队。共52个步兵师，和特种部队、游击部队。
防地：湖南、鄂南、赣省一部。
第十战区司令长官：蒋鼎文。
兵力：第34集团军等，共9个步兵师，一个步兵旅；一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队、保安部队。
防地：陕西。
苏鲁战区总司令：于学忠。
兵力：7个步兵师和特种保安部队，游击部队。
防地：苏北、山东游击区。
冀察战区总司令：鹿钟麟。
兵力：5个步兵师，一个骑兵师和游击部队。
防地：冀察方面。
全国兵力总计：250个步兵师，29个独立步兵旅；13个骑兵师，10个独立骑兵旅；其他特种部队和游击部队若干。
仅步兵师来看，经过一年多的抗战，不但没被日军消灭，反比1938年1月的210个步兵师，多出40个师。中国军队在对日作战中，得到提高和加强。
蒋介石命令：长江方面各战区部队，从1939年初开始，分期分批整顿轮训，补充兵员装备，到1939年底，应全部整训结束，准备反攻。
3
1938年11月上旬。
当蒋介石在南岳召开军事会议的同一时间，在东京，天皇正召开大本营军事会议。中心议题是分析中国在武汉、广州失守以后的形势，制定日军对中国作战的方针策略。
天皇对形势的判断如下：
帝国于1938年秋季，以获取结束战局的时机为目的，实施攻占广州及武汉的积极作战，并取得了显赫战果。但判断蒋政权依然迷梦未醒，残存于西边数省，力图恢复其战力，建设新的补给路线，且在法属印度支那寻求补给港口，继续坚持抗战以挽回颓势。然而，在已丧失中原逃往内地，以及失去主要水陆交通线、丰富资源和大半人口的情况下，我方如采取适当的施策，即使不能加深其内部崩溃，但至少也可使之沦为地方政权。因此，从战略角度可以认为帝国已经粉碎了抗日的中国政权，今后已进入实施政略进攻、取得美满结果的阶段。因此，为即将诞生的新中国中央政权创造良好条件，支援其成长，是我军为达到战争目的的重要作业。
对华战争的本质属于持久战，对沦为地方政权的蒋政权，与其一味以武力深入穷追，莫如保持必要的战力，向建设新中国迈进。……
天皇和大本营对形势的估计确实大乐观了些、在他们看来，蒋介石及其国民政府已经降格为地方小政权。同时，他们尚有力量一直进攻下去，只是觉得一味深入穷追没意思，才停下来不追不打，而专心建设“新中国”。
实际上，当时日本陆军在国内的兵力，仅有一个近卫师团，完全唱着空诚计。而在中国已经配置了24个师团，完全丧失了继续进攻的能力。日本某些战略家也不得不承认：对华作战未能歼灭中国军队之主力即已达到攻击的极限。
根据天皇和大本营对形势的判断，日本陆军省于11月18日起草了攻占武汉以后，中日战争的战略指导方针。其核心之点为：
第一、日军从战略进攻阶段转变为长期持久战阶段；
第二、日军应采取局部作战，以确保占领区。今后的主要任务是“自主指导新中国建设。”
日本方面用主要精力在占领区扶持新的中央政权，其目的正如蒋介石所估计的那样，是为了达到以华制华，以战养战。
日军要重新建立一个全国性的中央政权，必然要物色一个合适的人选。他们看中了国民党副总裁、国民参政会议长、大亲日派汪精卫。
在日本方面看来，汪精卫自清末以来一直追随孙中山革命，很有些德高望重的份量，现在又在执政的国民党中身居要职，对中国中上层人士有号召力。只要他一出马收拾中国这残局，中国上下必然热烈拥护。待一个以汪精卫为首的“新中国”一建立，就把蒋介石的抗日政府孤立起来，日本征服中国的大业，也就圆满完成。
一贯反对以武力与日本相对抗的汪精卫，在武汉、广州失陷之后，其反对抗战的意图更加露骨。他认为中国再打下去，用不了多久必然全部变成日军的占领地一不如在尚未彻底失败之前，与日媾和，尚能保持一些力量，争取一些“自立”的条件。待讲和了。日军撤走了，中国在亲日的幌子下奋发图强，再行建设，再争取完全的独立自主，再与外强争个高低。但是，在国人积极主张抗战到底，在世界上许多国家对抗战鼓劲加油的一片喝彩声中，汪精卫自感无法说服蒋介石，更没有力量左右执政的国民党的抗战路线。因此，决心孤注一掷，挺身而出“收拾残局”；走“保种保民”，这一条“和平救国”的道路。
1938年10月下旬。
汪精卫暗中派亲信高宗武、梅思平去上海与日本特务影佐祯昭、今井武夫等人密商罢战媾和之事。10月20日，双方达成一致意见，即汪精卫由重庆出走，然后，汪、日双方相互发表和谈声明。
11月30日。
天皇批准了“调整日华新关系方针”。基本内容为“新中国”承认“满洲国”；华北、蒙古为日华军事合作特区；长江中下游地域和华南沿海为日华经济合作特区；规定“新中国”之政权形式为分治合作。在附属条款中，还有“中国应赔偿事变爆发以来日本国民在中国所蒙受之权利、利益的损失。”
12月18日。
汪精卫和夫人陈壁君，以及陈公博、周佛海、林柏生、陶希圣、曾仲鸣等人，趁蒋介石到陕西武功召开军事会议之机，从重庆乘飞机，经成都到达昆明，在云南省主席龙云的帮助下，包租一架飞机逃往越南河内。
12月21日，陕西武功。
蒋介石正在主持军事会议，向西北将领们传达南岳军事会议精神，突然接到行政院副院长张群从重庆打来的电报，说汪已去河内，与日方商谈和平。
蒋介石见电十分吃惊，因汪精卫此举，弄得不好会使国民政府分化瓦解，使抗日阵线精神崩溃。急电云南省主席龙云，询问详情。并让龙云转交他给汪精卫的电报，劝汪回国，勿搞和谈之事。蒋介石又急电正在河内进行国事活动的外交部长王宠惠面会汪，力促汪醒悟回国，不要被敌人的“和平”所利用。
汪精卫拒绝回国，决意寻求“和平救国”之路。
蒋介石害怕因汪出走与日和谈之事，引起人心浮动，也害怕家丑外扬，命令有关方面，严密封锁消息。
12月22日，东京。
日本方面得知汪精卫已顺利出走河内，顿时大喜过望。内阁首相近卫文（上麻下吕）发表声明，尊汪精卫为中国的有卓见之士，把汉奸势力称作复兴气势。近卫声明说：
日本政府，本年曾一再声明，始终一贯地以武力扫
荡抗日之国民政府，同时与中国同感忧虑并与有卓见之
士合作，为建设东亚新秩序而迈进。
现在感到中国各地复兴气势蓬勃而起，建设趋势日
盛一日，当此之时，政府向国内外阐明与新生中国调整
关系之总方针，以期彻底了解帝国之真意。
日满华三国应以建设东亚新秩序为共同目标而联合
起来，共谋实现睦邻友好，共同防共及经济合作。
12月24日，重庆。
蒋介石鉴于日本方面已公开向汪精卫伸出和谈橄榄枝，汪精卫潜去河内的消息又不胚而走，世界舆论哗然，而且各执己见，众说纷纭。特别是德国广播的消息说汪某是代表国民政府和军事委员会，前去与日本谈判和平问题的。蒋介石不得不在一定场合，在某些方面表明自己的立场观点，以澄清事实真象。
是日，蒋介石召见美、英大使，正式通知两国政府，汪精卫无权与任何人谈判和平之事，请美、英相信，中国政府绝不会向日本投降。
12月26日，蒋介石借国民党纪念周会之机，向党、政、军高级人员发表演讲。在长达八千字的长文中，对近卫声明进行强烈谴责和批驳，指出近卫声明是妄图灭亡中国的毒计，是扰乱中国内部的阴谋，中国各界不要受其迷惑，而应抗战到底。
在这里，蒋介石已微妙地透露汪精卫叛逃之事。但他仍未公开谴责汪，使其不致激化与汪的矛盾而公开主和。他把汪精卫划为“内部”一方，而给其留有后退的余地。
为了“和平”处理汪精卫事件的危机，蒋介石又叫驻英大使郭泰祺“迅向汪先生恳劝”，阻止其与日本进一步靠扰。12月27日，郭大使打电报给汪精卫，力劝其“勿公开主和，表示与中央异致，免于敌人以可乘之机，并早日来欧，暂事休养。”
12月31日上午。香港。
《南华日报》发表汪精卫对日通和的《艳电》。该电以汪精卫及其团体的名义，向国民党中央党部、总裁蒋介石及中央执监委员会建议，中国与日本罢战言和，与日本携手防共。
12月31日下