杏�4月4日到达横滨，随即转赴东京。
留学这事，后来鲁迅在《因太炎先生而想起的二三事》一文中回忆说：
清光绪中，曾有康有为者变过法，不成，作为反动，是义和团起事，而八国联军遂入京，这年代很容易记，是恰在一千九百年，十九世纪的结末。于是满清官民，又要维新了，维新有老谱，照例是派官出洋去考察，和派学生出洋去留学。我便是那时被两江总督派赴日本的人们之中的一个。
《在现代中国的孔夫子》一文中，他也作了类似的回忆：
但是义和团完全失败，徐桐氏也自杀了。政府就又以为外国的政治法律和学问技术颇有可取之处了。我的渴望到日本去留学，也就在那时候。
鲁迅到日本去留学，是公派的，也是他自己渴望的。他希望到外国学到新的知识，好来拯救祖国的危亡。他的知心朋友也是这样希望他的。水师学堂的同学好友胡朝栋（字韵仙），一位不幸早逝的诗人，写了三首诗给他送行：
1904年东京的四个绍兴留学生：坐在鲁迅前面的是陈仪，坐在许寿裳前面的是邵文镕。
忆昔同学，曾几何时，弟年岁徒增，而善状则一无可述。兹闻兄有东瀛之行，壮哉大志，钦慕何如，爰赋数语，以志别情，犹望斧正为荷。
英雄大志总难侔，夸向东瀛作远游。极目中原深暮色，回天责任在君流。
总角相逢忆昔年，羡君先着祖生鞭。敢云附骥云泥判，临别江干独怆然。
乘风破浪气豪哉，上国文光异地开。旧域江山几破碎，劝君更展济时才。
就诗来说，这三首说不上怎么出色，但诗人对好友的殷切期望，却是深挚的。
鲁迅到了东京，写回家信说，于二十六日（按：夏历二月二十六日，即阳历4月4日）抵横滨，现住东京市麯町区平河町四丁目三桥旅馆，不日进成城学校，又言其俗皆席地而坐云。（见《周作人日记》）成城学校是陆军士官学校的预备学校，中国官派来的陆军留学生多入此校学习，其中出了不少后来在军界政界崭露头角的人物。可是这一批同来的只有那二十二个陆师学堂毕业的进了成城，矿路学堂毕业的这几个没有被成城学校接受，鲁迅他们几个，包括自费留学生陈衡恪，都改进了弘文学院。
为了接纳迅速增加的中国留学生，日本在这几年里先后办起了好几所学校，为新来的留学生补习日语和各科基础知识。弘文学院就是1902年1月才新办起来的。后来鲁迅在《在现代中国的孔夫子》一文中回忆说：
1902年东京浙江同乡会合影。第四排左起第十四人为鲁迅。
入学的地方，是嘉纳先生所设立的东京的弘文学院；在这里，三泽力太郎先生教我水是养气和轻气所合成，山内繁雄先生教我贝壳里的什么地方其名为“外套”。这是有一天的事情。学监大久保先生集合起大家来，说：因为你们都是孔子之徒，今天到御茶之水的孔庙里去行礼罢！我大吃了一惊。现在还记得那时心里想，正因为绝望于孔夫子和他的之徒，所以到日本来的，然而又是拜么？一时觉得很奇怪。而且发生这样感觉的，我想决不止我一个人。
他出国留学，原是为了寻求新知识，寻求不同于孔子以至儒家学说的文化和思想啊。
日本距中国很近，来往方便。孙中山、章太炎、梁启超等许多政治亡命客都曾流寓到这里，时有活动。4月26日是夏历三月十九日，这是甲申年（1644）明朝崇祯皇帝自杀的日子，章太炎、秦力山等人发起在这一天举行一次纪念活动。又因为南明桂王（永历）是1661年被清军俘虏的，所以把这次###叫做“###亡国二百四十二年纪念会”。预定这天在上野公园内的精养轩###。章太炎为这次###写了一篇文告：《中夏亡国二百四十二年纪念会书》，在这篇极有感情也极有气势的文章里，章太炎说：
“我以我血荐轩辕”（2）
###之亡，既二百四十二年矣。……哀我汉民，宜台宜隶。鞭箠之不免，而欲参与政权；小丑之不制，而期扞御皙族，不其忸乎！……是用昭告于穆，类聚同气，雪涕来会，以志亡国。凡百君子，同兹恫瘝：愿吾滇人，无忘李定国；愿吾闽人，无忘郑成功；愿吾越人，无忘张煌言；愿吾桂人，无忘瞿式耜；愿吾楚人，无忘何腾蛟；愿吾辽人，无忘李成梁。……嗟乎！我生以来，华鬓未艾，上令阳九之运，去兹已远，复逾数稔，逝者日往，焚巢馀痛，谁能抚摩？每念及此，弥以腐心流涕者也，君子！
这纪念会却没有能够按照原定计划开成。日本政府应清廷驻日公使蔡钧的请求，会期那天派出了大批警察，站满精养轩门前，阻挡前来赴会的中国人。一天被阻拦散去的有好几百人。这一天孙中山也带领了华侨十多人从横滨赶来赴会，看到这情况，即邀章太炎秦力山等人同去横滨。当天下午，在横滨永乐酒楼把这纪念会开了。孙中山主席，章太炎宣读他写的纪念辞。晚上在这里设宴###桌，大家给章太炎敬酒，他大醉，不能当晚返回东京了。
这次活动，章士钊在《疏〈黄帝魂〉》一文中也有一点记载：
吾闻之秦力山：时当庚子之第三年，即光绪二十八年壬寅，中国革命党人，包括彼与太炎及冯自由辈，无过十馀人，自哀无国，聚而横议。上野公园内，有西式菜馆曰精养轩，顾名思义，以美馔驰名一时。若辈辄蜂拥而往，开会其名，轰饮其实，嬉笑怒骂，无所不至。席间人人手持太炎预草叙文一通，以志焚巢馀痛。而力山复作宝塔歌一首，其结尾十字句曰：“甚么亡国会，精养轩一顿”，馀一字至九字，吾悉忘之。（见《辛亥革命回忆录》第一集，文史资料出版社1981年版，第221页）
这里章士钊有一点没有说清楚。3月19日的纪念会，并没有能够按预定计划在精养轩举行。章士钊听秦力山说的，当是这以前或以后另一次的志士们的轰饮聚会。从这里也可以看出当年流亡海外的政治精英们相互间调侃取乐的情形吧。
这是鲁迅到东京半个月以后的事。不知道这一天他前去赴会没有。即使没有去，事后他必定知道这事，也必定受到这种激昂的反清气氛的感染。章太炎“是有学问的革命家”这印象，也许就是这时候开始留下的吧。
鲁迅在最后的绝笔《因太炎先生而想起的二三事》一文中回忆说：“凡留学生一到日本，急于寻求的大抵是新知识，除学习日文，准备进专门的学校之外，就赴会馆，跑书店，往###，听讲演。”鲁迅就参加过欢迎孙中山的一次###，听过孙的讲演。增田涉的《鲁迅的印象》中记下了鲁迅跟他谈的一件往事：“在东京的时候，孙文从海外归来的途中，在东京逗留，留学生们狂热地开欢迎会，我也去了，不知在讲演些什么，‘唉呀’的一声，这样就结束了。”由于浙江广东语音的差异，他听不懂孙中山的话。听不懂也去，去参加欢迎的###，可以说是表明了他那时的政治态度和思想倾向。
章太炎1902年秋天，浙江省派出的一批官费留学生也到弘文学院来入学了。其中有绍兴人许寿裳（字季黻），后来成了鲁迅的终身好友。他在《亡友鲁迅印象记》中这样记述了他同鲁迅最初的交往：
他在江南班，共有十馀人，也正在预备日语，比我早到半年。我这一班也有十馀人，名为浙江班，两班的自修室和寝室虽均是毗邻，当初却极少往来。我们二人怎样初次相见，谈些什么，已经记不清了。大约隔了半年之后吧，鲁迅的剪辫，是我对他的印象中要算最初的而且至今还历历如在目前的。
留学生初到，大抵留着辫子，把它散盘在囟门上，以便戴帽。……我不耐烦盘发，……就在到东京的头一天，把烦恼丝剪掉了。那时江南班还没有一个人剪辫的。原因之一，或许是监督——官费生每省有监督一人，名为率领学生出国，其实在东毫无事情，连言语也不通，习俗也不晓，真是官样文章——不允许吧。可笑的是江南班监督姚某，因为和一位钱姓的女子有奸私，被邹容等五个人闯入寓中，先批他的嘴巴，后用快剪刀截去他的辫子，挂在留学生会馆里示众，我也兴奋地跑去看过的。姚某便只得狼狈地偷偷地回国去了。鲁迅剪辫是江南班中的第一个，大约还在姚某偷偷回国之先，这天，他剪去之后，来到我的自修室，脸上微微现着喜悦的表情。我说：“阿，壁垒一新！”他便用手摩一下自己的头顶，相对一笑。此情此景，历久如新。
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“我以我血荐轩辕”（3）
邹容等人去剪监督姚某的辫子，这事鲁迅在1903年4月2日写回的家信中也说到了，可知是这不久前发生的。这是当时引起留学界轰动的一件事。章士钊的《疏〈黄帝魂〉》一文中有这样的记述：“姚昱一风尘下吏，偶辖一省海外学务（时充湖北留学生监督），无端撄留学生之逆鳞，由张继抱腰，邹容捧头，陈独秀挥剪，稍稍发抒割发代首之恨。驯致酿成交涉大故，三人被遣回国。”后来，鲁迅把这事写到小说《头发的故事》中，小说中的N先生说：
黄兴
我出去留学，便剪掉了辫子，这并没有别的奥妙，只为他太不便当罢了。不料有几位辫子盘在头顶上的同学便很厌恶我；监督也大怒，说要停了我的官费，送回中国去。
不几天，这位监督却自己被人剪去辫子逃走了。去剪的人们里面，一个便是做《革命军》的邹容，这人也因此不能再留学，回到上海来，后来死在西牢里。
这虽是一篇小说，写到邹容的几句却是写实的。字里行间，流露出了鲁迅对他的崇敬和怀念。二十多年之后，当浙江省政府的一些无知官僚妄指邹容为“落伍者”的时候，鲁迅即作文为他辩诬。（见《三闲集·“革命军马前卒”和“落伍者”》）
后来是辛亥革命重要领导人的黄兴（字克强），这时也在弘文学院留学。鲁迅在《因太炎先生而想起的二三事》一文里记下了对他的印象：“黄克强在东京作师范学生时，就始终没有断发，也未尝大叫革命，所略显其楚人的反抗的蛮性者，惟因日本学监，诫学生不可赤膊，他却偏光着上身，手挟洋磁脸盆，从浴室经过大院子，摇摇摆摆的走入自修室去而已。”
这时，梁启超也亡命日本，先在横滨办《清议报》，1902年起改出《新民丛报》，这在当时，都是影响极大的刊物。黄遵宪在给梁启超的一封信中作了这样的评价：“《清议报》胜《时务报》远矣，今之《新民丛报》又胜《清议报》百倍矣。……惊心动魄，一字千金。人人笔下所无，却为人人意中所有，虽铁石人亦应感动。文字之力之大，无过于此者矣。”（《黄遵宪全集》，中华书局2005年版，上册，第429页）继《新民丛报》之后不久，梁启超又创刊了《新小说报》，这刊物成了鲁迅所喜爱的读物。周作人在《关于鲁迅之二》中回忆说：“《清议报》与《新民丛报》的确都读过，也很受影响，但是《新小说》的影响总是只有更大不会更小。”《新小说报》介绍了法国儒勒·凡尔纳的科学幻想小说《十五小豪杰》和《海底旅行》，鲁迅读了很感兴趣，于是自己也动手翻译了他的《月界旅行》和《地底旅行》。《月界旅行》以“中国教育普及社译印”的名义，于1903年10月在东京进化社出版。译本前的《弁言》说：
盖胪陈科学，常人厌之，阅不终篇，辄欲睡去，强人所难，势必然矣。惟假小说之能力，被优孟之衣冠，则虽析理谭玄，亦能浸淫脑筋，不生厌倦。……使读者触目会心，不劳思索，则必能于不知不觉间，获一斑之智识，破遗传之迷信，改良思想，补助文明，势力之伟，有如此者！
梁启超的《论小说与群治之关系》一文中说：“欲新一国之民，不可不先新一国之小说；欲新道德，必新小说；欲新宗教，必新小说；欲新政治，必新小说。”鲁迅《弁言》中的这一段话，显然是对梁启超的响应。
1903年三四月间，弘文学院闹了一次###。###的远因是学生对于学院设施长期积累的不满，学生屡次要求改革普通科课程，而院方毫无反应。直接的导火线是，这时学院发布关于增收学生学习及医药卫生费用的新条例十二则，而且态度强硬，断然拒绝学生提出的意见，声称三日后即须实行，如果有人因此退学，学院“决不强留”。这样，学生也就别无选择，只好宣布罢课了。3月29日开始，学生大举离校，其中有张邦华、顾琅、伍崇学、鲁迅和许寿裳等人。他们在留学生会馆###，商议跟院方交涉的条件，包括改革课程、开办走读、撤去这次出面提出新条例的教务干事三矢重松等项要求。当离校学生达到五十多人的时候，校长嘉纳治五郎软化了，几经交涉，终于同意了学生提出的废除新条例、改良课程、开办走读等几项要求。这样才结束了这次###，离校学生于4月16日返校。几年之后，绍兴府中学堂发生了###，在这里担任教员兼监学的鲁迅在写给许寿裳的信中说到这事，对闹事的学生不无同情，说“此次风涛，别有由绪，学生之哄，不无可原。我辈之挤加纳于清风，责三矢于牛入，亦复如此。”（1910年12月21日）他是回想起他们自己在弘文学院闹风潮的往事了。信中说的“清风”指清风亭，东京地名；“牛入”指弘文学院的所在地牛込西五轩町。
“我以我血荐轩辕”（4）
1868年，日本明治天皇推翻德川幕府，开始了历史上称作“明治维新”的现代化过程，在政治、经济、社会等方面实行了一系列的重大改革。在“文明、开化”的旗帜下大量引进西方的文化，从思潮直到衣着和建筑，十六岁的天皇本人也穿西装，吃西餐。日本迅速发展成为亚洲强国，在甲午战争中战胜了清王朝。鲁迅到达日本的时候，正是明治维新取得巨大成功的时候。他从一个停滞的、几乎凝固的社会里突然来到一群奋发的进取的人们中间，这一对比是这样强烈，使他更加痛感到