平壤战后，平安道、江源道、黄海道、咸镜道、开城的日本军团纷纷放弃城池火速南遁，全线后撤数百里，不经战斗即向汉城方向撤退，加藤清正部也被迫放弃辛苦攻占的咸镜道，撤回到汉城一带布防。日军自入朝以来所取得的战争成果被抹掉一半。
丰臣秀吉妄图建立横跨中、朝、日三国空前帝国的痴梦还未实施一半，就被明军东征军的铁骑和火炮在事实上予以粉碎。
只在战术层面，明军的胜利也毫无挑剔，一日之内攻陷平壤。更为重要的是，明军的胜利绝非是靠人海战术取胜，而是以少量代价取得战役完胜，武器的先进性在战场上的优势表现得淋漓尽致。朝鲜方面对攻打明军在平壤战役的表现赞许有加：“倭铳之声虽四面俱发，而声声各闻，天兵之炮如天崩地裂，犯之无不焦烂”。
六 日军陷入全线被动（1）
碧蹄馆位于王京汉城北郊，是一座构建在山丘上的驿馆。公元1593年1月24日、25日在这里所爆发的一系列激战，使得这个原本默默无闻的驿馆载入中、日、朝三国战争史册。
平壤大捷之后，明军主帅李如松欲乘胜南下，追歼日军，副总兵查大受奉命率数百骑兵侦查开城至王京一线的进军道路，公元1593年1月24日，查大受侦查先锋在碧蹄馆南方的迎曙驿遭遇加藤光泰所率领的数百名日军侦查部队，双方爆发激战，明军取胜，日军向南逃逸。
加藤光泰撤退之后，立刻将战况报告给盘踞在汉城的日军诸将领，汉城当时驻扎着多部日军主力，实为在朝日军大本营。日本第六军团指挥官小早川隆景认为，查大受侦察部队是明军发动总攻击的前兆，必须对其全歼，打掉前锋，就可使明军主力两眼摸黑。随后，日军第六军团主力、第三、第九军团各一部近四万人先后赶赴战场，将这支明军骑兵部队包围在碧蹄馆，一场前哨战迅速演变成为一场大规模的遭遇战，“万历朝鲜役”中最惊心动魄的碧蹄馆大战打响了。
日军来势汹汹，但是他们所面对的查大受所率领的铁骑是中国辽东精锐，曾经与蒙古人有过多次较量，可谓明军精锐中的精锐，配备有佛郎机火炮、虎蹲火炮以及三眼火铳。
李如松亦获知前哨战战报，但当地朝鲜居民却提供了错误情报，报告说日军已弃汉城南逃，李如松决定出兵，追击日军，遂率领本部精锐骑兵三千从开城疾驰增援查大受。
在日本驻守汉城主力大军到来之前，将领立花宗茂率先领本部兵马三千余人在砺石岭设伏，以五百兵力进攻查大受，并退却示弱引诱查大受进入伏击圈，立花宗茂与其弟率本部余众从偷袭明军右翼，查大受被迫向碧蹄馆方向退军，日军在追击战中并未占到便宜，查大受已与驰援而来的李如松骑兵团会合。
立花宗茂率部转往碧蹄馆西南边的山地驻扎，以接应后续日军主力。
同时，明军一方也整合兵力，在碧蹄馆一带展开鹤翼战阵。
日近中午，两万名日军先锋头部队在小早川隆景、毛利辉元、小早川秀包等人的带领下占领附近山地，尾随其后的是宇喜多秀家、黑田长政所率领的两万日军。
日军的战略目的在于出动大军一举歼灭查大受；他们对明军规模也不清楚；但是害怕在查大受之后有明军主力增援，所以才出动如此大规模的兵团。李如松的目的则是解救四面受敌的侦查部队，情急之下只能率有限兵力出动，这时候，亲临第一线的李如松已经意识到面前的日军不在少数，实为日军主力部队。
碧蹄馆一带山地崎岖，又多水田，不利于明朝骑兵临阵冲杀，李如松一面且战且退，撤往北部，一面急派飞马回营，命明军主力全速进军。
退却中的李如松在战斗中指挥有方，大量消耗日军战力，但由于敌我悬殊之况，一时无法根本改变战斗格局，三千明军陷入被分割包围的境地。
日将小早川隆景率部进行正面冲击，但其三千先锋部队被成功压制。
立花宗茂所部移动至明军右侧，占领山地，并以铁炮炮轰明军右翼，立花宗茂军中一金甲小将向明军冲锋，眼见一位将军，便与其单枪对战，这位将军便是明朝总兵官李如松，但这一勇武小将很快被李如梅远距离射杀。
混战之中，明军左翼也遭围攻，日将毛利元康等人倾巢突击。
六 日军陷入全线被动（2）
李如柏、李宁、查大受、张世爵等明军高、中级将领亲自策马挥刀作战。
李如松又遭小早川隆景部下井上景贞来犯，李有声将军为护卫主讲，英勇战死。立花宗茂两位亲信部将也被明军斩杀，小早川秀包八名家臣全部身亡。
小早川隆景率部试图加入吉川广家、宇喜多秀家、黑田长政军阵，欲以绝对优势兵力冲击明军骑阵。
数千明军精锐对阵四万日军兵团，两军从午后交战恶杀至黄昏时分，明军被压制在碧蹄馆之一隅。战斗进行到最惨烈阶段，明军仅剩铁骑数百，弹药全部耗尽，但大明军旗依然屹立不倒。
明军身陷险境之时，左协大将杨元率援军驰临碧蹄馆。杨元冲破日军，抢占被围明军右侧山地，李如松麾下火炮队发炮轰击日军，对日军形成夹击之势，小早川隆景阵地首先被明军突破。受到明军有力反攻之后，日军撤回王京。
碧蹄馆一战，据中国史料记载明军伤亡两千五百人，日军死亡超过八千人；朝鲜史料则显示中日双方两军各死伤五六千人；日本战史则认为该战明军总共投入兵力不下两万人，明军战亡六千人，另据日本《立花家传》、《武将列传》记载，日军阵亡将领多达十五名。
碧蹄馆战后，李如松乘胜追击，向汉城方向推进三十里，与十二万日军对峙；日军官兵领略到明军的武勇和超强火力，再加上无法判断明军规模，只能龟缩于汉城城中，不予接战。而李如松所部亲兵也死伤惨重，无力展开强攻，加之明军得到错误情报，听闻加藤清正率日军第二军团进攻平壤，经过三天对决，李如松遣军撤退，回到开城。
日军反应也非常迅速，他们保留有限兵力守卫汉城，派出绝大部分主力围攻开城，面对这三倍于己的日军攻势，李如柏全面统驭，组织反击，开城城墙几经易手，双方损失惨重，日军无奈只能再次退守汉城。
李如松则整备兵力，移驻平壤。
进入2月，约两万日本兵力转攻朝鲜军队防守的幸州山城，该地位于王京西北部，为京城门户。朝鲜守将权栗以寡敌众，致使多名日将负伤，日军撤退。
同时，李如松立即组织新一轮攻势，这一次，他不打算派出大规模兵团，而是实施釜底抽薪策略，计划焚毁汉城附近的龙山大仓。龙山大仓本为朝鲜国仓，囤积着朝鲜在战前数十年的粮食，王京沦陷之后，龙山大仓成为日军主要粮库，日军后续援助粮草也都囤于该处。
查大受、李如梅等人受命，率七百名敢死队员，迂回穿插，深入日军腹地，于深夜奇袭龙山大仓。十三座大仓、数十万石粮食，一夜之间被明军悉数焚毁。战役胜利结束后明军敢死队仅剩数人。但龙山一战，明军仅以数百人的代价就使日本侵朝大军陷入全线被动境地。
4月18日，日军陷入粮草不继的境地，全军被迫撤出汉城。李如松于第二天整军进入王京。
至此，王京、开城、平壤“三都”全部光复。
5月，刘铤率五千川军赶赴朝鲜，被任命为副总兵。
日军大部分主力向南退却至釜山一带，两周之后，明军主力推进至庆州。日军自上年登陆釜山入侵朝鲜，至此全军减员四万余众。
明朝“征倭大军”在入朝作战数月之内，攻城掠地，横扫千里，除全罗道和庆尚道等沿海地区为日军所占外，成功收复朝鲜大半国土。
此后陆战主要集中于朝鲜南部地区进行，战斗双方以朝鲜勤王军与日军为主。6月中旬，日军攻打南部从城镇晋州，加藤清正、黑田长政分别派出本军悍将，以龟甲车攻毁城墙之薄弱部分，打开缺口之后，日军蜂拥攻入城内，朝鲜守将自杀殉国，晋州再次沦陷。 电子书 分享网站
六 日军陷入全线被动（3）
与陆军的作战不利相反，朝鲜水军却是连连获胜。
由于日本军团后勤给养发生严重困难，在朝日军统帅宇喜多秀家多次向名护屋发出告急信。九鬼嘉隆又率领三支舰队同时增援日军。
7月7日，李舜臣得到日本舰队停靠在见乃梁的情报，但因该海域过窄，朝鲜板屋船很难调动方向，加上日舰一旦势弱，很有可能逃窜，李舜臣最终决定将日舰引至开阔水域予以歼灭。
第二天，李舜臣率几艘船只前去诱敌，其他舰队在闲山岛海域设伏。朝鲜小股舰队诱敌成功后，撤退到达预定地点后，与朝鲜主力舰队汇合。李舜臣登临旗舰，展开鹤翼阵形攻击敌舰，把日本舰队成功包围，并率先攻打日军旗舰，大部分的日本战船还没来得及接近朝鲜舰队，就被火炮击沉海底，在这场战役中，朝鲜以五十四艘舰只对战日舰七十三艘，结果日方共损失五十九艘，朝鲜舰队则毫无半点损失。
闲山岛海战被世界著名海洋历史学家马汉写入《海权论》，并成为名震世界的著名海战案例。
闲山岛海战之后，李舜臣率领新编水军在南部海域展开还击，使得丰臣秀吉“水陆并进”全面落空，日军输送后续兵力和粮食辎重至朝鲜半岛的企图被有力遏制。
李舜臣的龟船舰队一个多月的时间先在玉埔海面击沉击伤了日本水军战船近五十艘，朝鲜水军仅仅一人轻伤；随后又转战露梁海面连破日军龟井兹矩的补给舰队，击毙龟井兹矩，并将九鬼嘉隆水军的主力舰队完全摧毁。
自从日军登陆之后，朝鲜水军就在全罗道左水使李舜臣的率领下展开一连串反击，在明军驰援朝鲜的同时，朝鲜水师在海面上已获得大半制海权。
明军援朝部队虽然收复了朝鲜大半国土，但是本军也付出巨大代价，明朝国内也是不堪重负。特别是碧蹄馆一战，虽然明军有力地粉碎了日军的北进意图，但也使得明军看到了日军的强大战斗力。
朝鲜政府当然不愿意看到明军推进发生迟疑，在朝鲜大臣王德完给国王的上疏中抱怨道：“（碧蹄馆战后，明军）魄散胆破，乃悚心坚意，惟封贡是图，不复言战斗事矣。”
明军是否真的是“魄散胆破”了？朝鲜大臣说了不算，他们一心想的是请“上国天兵”火速收复失地，但是兵饷粮草、损兵折将这样的战争代价却要“上国”自己全部担负，个中难处，朝鲜大臣不可能有切肤之感，他们的切肤之痛是沦丧国土于“倭贼”，其复仇心理应该理解，但明朝方面也有自己的现实困厄。
明朝兵科右给事中侯庆远也给万历皇帝上疏道：“我与倭何仇，为属国勤数道之师，力争平壤，以权收王京，挈两都授之，存亡兴灭，义声赫海外矣。全师而归，所获实多。”在明朝内部，也有部分官员认为明朝作为宗主国，征国内数道之师，劳民伤财，远赴属国，如今已经帮助朝鲜人民收复了平壤、王京等战略要地，可以说已经仁至义尽，剩下的事情就需要朝鲜自己去完成了。
但在朝明军将领却表达了不同意见，认为应该继续留守，以应其变。
万历皇帝倾向于利用战场上的胜利进行撤兵和谈，他虽然说明了在朝鲜留守明军对于和谈有重要作用，但后来因为各种条件的现实，明军未能留守，万历皇帝下令朝鲜国王还都王京，整兵自守，明军“以次撤归”。
就这样，明朝没有抓住战机乘胜追击，反而撤兵回国，给了侵朝日军以喘气的机会，使得战争时间延长。
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七 不该发生的议和
公元1593年6月，日军因海战屡次失利，陆战受压制，补给不继，为保全最后战果，决定议和解决。
7月，万历皇帝下诏赴朝军队回国，并对日本进行“封贡”事宜，于是明军主力退过鸭绿江，只留副总兵刘铤及游击将军吴惟忠率领七千六百人留守朝鲜，扼守要塞。后来再撤吴惟忠部，只留刘铤带领数千川军驻守。12月，万历皇帝下诏命令蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松，下令明朝大兵从朝鲜完全撤退，只是象征性地予以提醒：“倭情狡诈，未可遽称事完”。
公元1593年5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见明朝使团，并提出所谓的“日本、大明和平条件”七条：
一、迎娶明朝公主为日本皇后；
二、继续发展勘合贸易；
三、日、明双方武官永誓盟好；
四、朝鲜王京及北方四道归还朝鲜，南方四道割让给日本；
五、朝鲜送一王子赴日作为人质；
六、交还日本俘虏的朝鲜两位王子及其他朝鲜官吏；
七、朝鲜大臣永誓不叛日本。
实际此次会谈就在沈惟敬和小西行长之间展开。
沈惟敬个人答应了丰臣秀吉“七条建议”，但他却对同行的其他明朝使者称丰臣秀吉同意向明朝称臣，请求封贡，并退出侵朝日军。而小西行长则对丰臣秀吉汇报说，明朝使者已经同意了“七条建议”，只需要派出日本使者去往北京请明朝皇帝最后批准。
就这样，在双方谈判代表进行一番欺上瞒下的交易之后，公元1594年10月，日本派出使节小西如安随同沈惟敬由釜山来到北京城。
小西如安来到北京之后，与兵部尚书石星进行了会见，爽快地答应了石星所提出的三个条款：
一、日军在受封后立即撤离朝鲜半岛和对马岛；
二、日本只可受封但不许求贡；
三、与朝鲜永世修好。
而沈惟敬也早已私下炮制出假冒的日本降表。
朝廷上下大为满意，君臣们并不清楚沈惟敬答应日本的不仅是册封一事，对丰臣秀吉的七项条件也蒙然无知。甚至“大司马石公徒欲取效目前，不暇深考，竟不知日本为何国，关白为若何人”——连兵部尚书石星这样的朝廷重臣连日本是哪个国家，“关白”是干什么的都不知道。其他朝廷大臣也是只凭揣摩，不知所以，�