李善长见他不与自己商量就如此行动，心中颇为不悦，认为这是在夺他的权。
这一天，刘伯温审理了一件违犯法纪的案子，主犯李彬系中书省都事。
这李彬是淮西旧人，曾跟随朱元璋东征西讨，立下过汗马功劳，眼下身居要津，很受李丞相器重，便放开胆子胡作非为。这次又因无故伤害人命，欺压良民，贪赃枉法而被人告发，御史台便将他拿问。
刘伯温正想找一个硬角色下手，以震慑朝野，见他自投罗网，便迅速查实案情，决心依法严惩。
他立即启奏皇太子朱标，按杀人偿命的规矩，将李彬判处斩刑，立即执行。
这李彬是李善长的亲信，他的弄权不法都是在李善长的庇护下干的。李善长便出面找刘伯温讲情道：
“王子犯法，与庶民同罪，此理之当然。怎奈李彬昔日屡立战功，今日纵然犯了法，也应从宽处置，饶他一死，以免冷了众功臣之心。”
刘伯温却不为所动，反驳他说：
“大臣有罪当诛则应诛之，纵之则有忤圣上旨意。且他昔日之功，皇上早有恩赐封赏，岂能又拿来抵杀人之罪呢？此人民愤极大，留他不得！”
李善长又劝说了好久，刘伯温却高低不肯让步，非要秉公执法不可。李善长恼了，便使出右丞相的权势，满面恼怒，气冲冲地叫嚷道：
“你要杀李彬，我坚决不允，看你怎办！”
说罢，拂袖而去。
刘伯温自有办法，派飞骑赶往汴梁，向朱元璋呈报，请诛李彬以整肃法纪。
朱元璋早从检校密报中得知此人劣迹斑斑，只是碍着李善长的面子未曾下手拿办。见了刘伯温的奏折，心中暗喜，正好借刘伯温之手去教训一下李善长，便立批照准。
这时南京周围大旱，李善长正准备求神祈雨，见到诛杀李彬的批文，心中无法可施，想起解铃还须系铃人这一俗谚，又去找刘伯温，说：
“老先生，现在正在求雨，这李彬只怕杀不得，能否缓一缓，待求完雨后再办？”
刘伯温半点情面不给，说：
“恶人干致天旱，杀了李彬，天必降雨！”
他当着李善长的面，下令将李彬推出斩首。
这下李善长就把他恨入骨髓。
朱元璋回到南京，李善长待散朝后，单独去见朱元璋，禀奏政务。
他说完自己在这段时间内所处置的各项要务之后，委婉地谈及刘伯温。他说：
“陛下离京，令臣与刘中丞共管朝中大事。依臣之观察，刘中丞才智过人，非臣可比，办事也果断公正。只是臣觉得他如今眼界很高，横傲得很，遇事独断专行，只怕久了臣难以与他共事。”
他见朱元璋默然不语，只是眉毛尖耸动了一下，知道他动了心，便举了几桩事，撩头去尾，避实就虚，谗言诬告，讲得活灵活现。
刘伯温不是盏省油的灯，还是防着点，叫他卷铺盖回家吧（2）
朱元璋已对李善长大权独揽之事不满，故叫刘伯温的御史台去牵制中书省。但他没想到刘伯温一旦权在手，就这么专横跋扈，这岂不是前门走了虎，后门又进了狼？他沉吟起来，觉得此事得琢磨透才行。
刘伯温的才识，神机妙算，早已使他放不下心，现在见他独当一面，行事如此果断利索，更引发了他内心的疑忌，觉得此人也应提防。
接着，宫中受过刘伯温处分的太监和侍卫们也有意无意地在朱元璋面前说起刘伯温目空一切，不把他们放在眼中；一些淮西旧人对刘伯温不给面子，杀了李彬不满，也来进言，说刘伯温有才却难以驾驭，提醒朱元璋小心。
这些话都挑动了朱元璋的那块心病，对刘伯温的疑忌更重，一连数日，都不召见他。
这时，南京附近的旱情仍在发展，许多地方颗粒无收，且因缺水，冬种也无法进行。
朱元璋满腔疑忌这时找到了发泄之处，他立即召来刘伯温申斥他说：
“久旱不雨，全是御史台干犯天怒所致。在京御史，在外巡按御史、按察司皆纵法冤枉，迫害小民，招致天惩！罪不容宽，宜重处之！”
他下令将巡按御史何士弘等逮到京师，捆在拴马柱上，让太阳暴晒。然后问刘伯温：
“汝善观天象，可知缘何干犯天怒，久旱不雨，朕应如何补救，方可挽回？”
刘伯温不敢推脱，只得说：
“久旱不雨，其原在天，其因在人。据臣所见，有三件事须妥善处置，方可感应神灵，调和气候，下雨去旱。”
“哪三件？”
“一是阵亡士卒数万人，其家属全安置在寡妇营中居住，既不能改嫁，又不能回家与亲人团聚，有的年老体衰，有的多病缺药，造成阴气郁结。”
朱元璋心生恻隐，觉得对不起那些跟随他打天下的已死将士，连忙点头，令解散寡妇营，听任她们改嫁，不愿改嫁者，发给赏钱送回乡间依亲。
“其二，因修城筑殿而死亡的工匠未得安葬，以致尸骸露天，怨气凝聚，干犯上天。”
朱元璋处事历来果断，马上下令全国各地，将所有服役工匠一律释放归家，已死的由各处官府买棺安葬，并抚恤其家人，不得暴尸山野。
“其三，东吴的降将降吏都沦为军户，日夜哀啼，这也有损和气，有伤于天意。”
朱元璋也不迟疑，下令将东吴的降将们免于充军。他是真心实意地想求得天神的谅解，普降甘霖，解除旱象，拯救百姓于灾荒之中。
谁知刘伯温所提的三事妥善解决之后仍天晴如昔。过了十天半个月，那太阳好似越来越亮，越来越圆。
朱元璋心中狂暴起来。他想，刘伯温往日算无不灵，言必有中，这次却一点也不灵验，是他没有尽心还是心无诚意？他想起李善长一班人对他进的谗言，认为刘伯温的确变得狂妄起来，竟连自己的话也不听。他现在最嫉恨的便是臣下的不忠不义，一怒之下便传旨宣刘伯温来见。
刘伯温也在为那天气久旱不雨而发愁，听见有旨宣他，料想必定是为了此事，自忖无法解释，今日难逃一祸，到了金殿，连忙跪倒，口喊万岁，请罪道：
“臣下不才，所算不中，误了皇上大事，有欺君之罪，真是罪该万死！”
朱元璋却不吃这一套，他脸色铁青，猛地一拍御案，厉声斥责道：
“好一个刘伯温，朕要你仰观天象，慎候风云，你却一再失去灵验，到底是何道理？今日要给朕说个明白，否则朕有饶人意，剑却不依人。”
刘伯温见朱元璋已怒不可遏，心下着慌，浑身吓出一身冷汗，连连叩头道：
“小臣无能，犯有欺君之罪，愿受皇上惩戒。”
“你往日居则每匡治道，动则仰观乾象。能察日月之经纬，验日月之休光，发踪指示，三军无往而不克。睹列曜垂象，每言有准，多效劳力。为何这次所言三事，朕皆准你，却毫无灵验？想必是你存心戏弄朕，是也不是？”
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刘伯温不是盏省油的灯，还是防着点，叫他卷铺盖回家吧（3）
“臣下不敢！”刘伯温见他口出如此重言，吓得心中直抖，却用力克制道：
“皇上一直视臣为心腹，小臣感恩戴德，终生难报，怎敢对皇上起此不忠歹念，万望皇上明察。此次实是小臣无能，推算有误，不敢存心欺瞒。”
朱元璋正在盛怒之时，哪容他解释，正待下令严惩，但一看刘伯温满头斑白的头发，心中一动，想起当年他来投之时，尚是乌发满头，转眼已到老年，又忍了下来。他往日许多好处，都涌上心头。
他想起他把刘伯温称为自己的张子房，为酬谢他的勋劳，自己还在诏书中夸他“仰观乾象，慎候风云，使三军避凶趋吉，数有利贞”。
建国以后，他为解除诸将兵权绞尽脑汁。他知道百姓渐安，天下粗定，再让将帅拥有兵权，这是最危险的。可是他又不想学宋太祖再来个杯酒释兵权，在这个关键问题上，又是刘伯温替他解了难题。
他为加强军队管理，提出了“军卫法”：在要冲之地驻兵，一郡者设所，几个郡连成一气的设卫。以五千六百人为一卫，一千一百二十人为千户所。卫的长官为指挥使，所的长官为正副千户和镇抚。若干个卫所之上再设一都指挥司，长官为都指挥使。所有的卫所，皆统属于中央的大都督府。
将帅们平时不统兵，遇有事征调，才令分统于指派的将领，事完立即遣散分归各卫。管军官员不得擅自调用，违者以造反处死。
这样，将不专兵，兵不私将，可避免将领培植党羽，拥兵自重。且卫的建制比过去缩小了一半，即使想称兵作乱也因兵少势弱，难于成事。
有了“军卫法”，朱元璋心中的石头落了地，即可高枕无忧，他不能忘记刘伯温的这一大功。
他想自己在大封功臣时只给刘伯温封了个诚意伯，所受俸禄只有李善长的二十分之一。现在若因天不降雨而重惩他，于心何忍。
想到这里，他决定暂且把惩罚之事缓一缓再说，便挥手叫刘伯温退下，说：
“今日且放你一马，此事明日再说。你先归家，好好想想自己的过错。”
没想到，刘伯温第二天即上了这道请假回乡安葬老妻的奏章，给自己出了道难题。
昨日退朝回宫之后，他心中余怒未消，被马皇后看出，温言劝他道：
“自古说，天有不测风云。刘先生虽说善知天象，但这老天之事终容不得他做主，就好比小妾当不得陛下的家一样，也难免有错的时候。刘先生自归顺陛下后，忠心耿耿，立过多少功劳，岂可因这次差错就惩责他呢？”
朱元璋听后，想想此言确有道理，所以那气慢慢地消了。故今日见了这个请假的奏折，也不怀疑他是有意对抗自己，而想妻死夫葬，乃人之常情，便在奏折上批了一个“准”字。
刘伯温告假获准，可以避开这是非之地，心中感激不已，又去上表谢恩。
刘伯温见到朱元璋，心潮翻滚，满怀忠诚，心中有无数的话想说，却只说了两件事：
“小臣此时叩别，不知何时才能见到皇上。小臣有两件事请皇上留意：其一，凤阳虽是龙兴之所，却非建都之处，请陛下三思。其二，扩廓帖木儿未可轻视。”
朱元璋见刘伯温临别时依然痴情一片，心中颇为感动，且他说的都是自己面临的两个棘手之事，长久没有解决，难为他时时记挂在心。他心中有些不舍，却只淡淡地说道：
“你安心去葬了妻子，歇些时日，朕自会派人去叫你回来，你说的事都在朕的心中。”
刘伯温含泪叩别而去。
金窝银窝，不如自己的狗窝，土佬儿皇帝要在家乡建都（1）
那扩廓帖木儿已成为朱元璋在西北的心腹大患，他骁勇难敌，时时侵扰大明西北边境，弄得边警不断，非囤积重兵不可。这就迫使朱元璋不得不考虑长此以往，那里会不会形成将帅尾大不掉之势。
朱元璋想，既然边患长期不除，为免统兵之将拥兵自重，就只有将都城迁到靠近西北边境的西安或汴梁去，可以就近指挥边兵，防止发生意外事变。
所以他一直在考虑要不要以南京为都城。
南京虽为古来建都之处，但如今风水泄尽，故六朝时建都于此的个个短寿，每念及此，总有不祥之感。再加上如今的宫殿是填了燕尾湖后建造的，地势前高后低，地基已在下沉，也不宜久住。况且它去中原颇远，控制北方甚难，与自己想直接制约边兵皆不相符。
但在北边建都也不易寻觅地址。汴梁经他实地考察，无险可据，建都不易。
西安、洛阳，虽系周、秦、汉、魏、唐诸朝建都之处，但开国未久，民力未苏，如在这些地方建都，供给力役都得依靠江南，那里的百姓承担得了吗？
北平虽有元朝的宫室可资利用，但胡人所据之处，如定为都城，还需花一番大功夫去改造修建，还得耗费大量民力、财力，且粮米都需从江南输去，水陆转运艰辛。
想来想去，比较来比较去，他终于想出个在自己的家乡凤阳建都的方案。
凤阳前有长江，后靠淮河，交通便利，有险可倚。它离中原不远，又靠近江南繁华富庶之地，粮米赋税转运便捷，不会给百姓增加多少负担。
最重要的是他相信凤阳的风水对他有利。他一直相信，他之所以能历尽艰险，由一个农家子弟变成真命天子，靠的是这块风水宝地的滋润，建都于此，也一定会福泽其子孙后代。故他深深眷恋着这块生他养他的故土，虽然这儿有太多的苦涩记忆，但也有着许多温馨的往事，这儿是他美梦开始的地方，金窝银窝，比不上家乡的狗窝。
他把这个想法透露给了刘伯温。刘伯温却颇有异议，他向朱元璋奏议道：
“凤阳虽为帝乡，但天险不足。它北面远有云邱湖，近有马鞍山。云邱湖芦苇丛生，能藏兵百万；在马鞍山上架起大炮，一炮可轰倒紫禁城。故不宜建都。建了，也不宜居。”
可朱元璋是个主意打定便五头牛也牵不回的人。他正式下令以凤阳为中都，并命工部仿照南京之制在那里兴建城池宫阙，还在凤阳设立“行工部”，具体负责营建。
刘伯温担心这样弄下去会搞得劳民伤财，临别时，忍不住又向朱元璋提了建议。
朱元璋并未把刘伯温的话放在心上。他把中都的城址定在凤凰山的正南方。
他要求城池宫阙不仅要气势宏伟，也要华丽高雅。圜丘、方丘、日月社坛、山川坛及太庙都要描龙雕凤，石构建筑要雕饰奇巧。御道踏级的花纹要雕出九龙、四凤、云朵；丹陛前的御道花纹用龙、凤、海马、海水、云朵。
为使宫殿能千秋万代永续住用，一些关键部位，要用生铁熔化后灌注进去。如护河埧砖脚五尺，就要熔化生铁灌注。
皇城内外的大街，全用白玉石铺砌。
因工程浩大，他下令征集大量人力。当时全国被征用的九万工匠，几乎全部都集中在凤阳。那些挖沟筑城等事，则由几十万军士、民夫、罪犯担任。
凤阳地瘠人贫，居民稀少。他几次大规模地迁徙移民到此定居。除迁移苏、松、嘉、湖、杭五县富豪四千余户至凤阳开垦外