凤阳地瘠人贫，居民稀少。他几次大规模地迁徙移民到此定居。除迁移苏、松、嘉、湖、杭五县富豪四千余户至凤阳开垦外，又从山西徙民八千三百余户，从江南各地迁无田产及违法富户十四万余人填充。
这些人除种田纳粮，也要为兴建中都提供夫役，家家户户都有人终年在中都工地上。
凤阳荒芜得兔子都不拉屎，工役又极繁重，做工的工匠、军士、民夫、犯人苦不堪言。
在这些人中，待遇最好的要数军士，官府有时还赐给他们棉衣和粮食。但他们因盛暑重劳，饮食失节，主事者督促太急，病了无人管，以致染病而死者很多。
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金窝银窝，不如自己的狗窝，土佬儿皇帝要在家乡建都（2）
至于那些处境最坏的犯人，受苦更甚，怨恨愁苦之声，到处可闻。
有一次朱元璋去工地视察，一来见工程进展很快，心中高兴，二来见冰天雪地，许多民夫、工匠穿着单衣在寒风中砌城，一个个冻得唇青面紫，于心不忍，令有司赐给棉衣。
那些有识之士对开国之初即这样大规模地征用人力、物力修都城忧心忡忡，吉水儒士胡子祺应征至京，经考选拜为监察御史，第一次上章奏事，即是反对兴建中都。他说：
“天下形胜之地可建都者有四处：河东高厚，可控制西北，但其地苦寒，士卒居此难以忍受。汴梁襟带江淮，但平旷无险可守，洛阳曾为周、汉首都，但嵩、邙诸山，比不上殽、函、终南之险固，故山河百二，可镇慑诸侯，久固宗社者，举天下莫如长安。”
朱元璋认为此言有理，点头称善，却将奏章扔进废纸堆。
礼部要制作中都的城隍神主，尚书陶凯向他奏报：
“他日合祭，应当以何处神主居上位？”
朱元璋说：
“以朕所定下的都城神主为上，若他日迁往中都，则以中都之神主为先。”
这些举措言行，都表明朱元璋虽贵为天子，仍有着难解的故乡情结，骨子里仍是个农民，总是以农民的思维方式来思考问题。
几年后，中都的宫殿、太庙、社稷、圜丘、方丘、日月山川坛、城隍庙、开国功臣庙、历代帝王庙、钟鼓楼、中书省、大都督府、御史台、百万仓、观象台、会同馆、国子监、六公二十七侯第宅、皇陵、十王四妃墓、皇城、禁垣、军营等均已落成，一座气势宏伟，红墙黄瓦，处处飞檐的新都城初具规模。
朱元璋闻报，心中大喜，兴冲冲地带着太子朱标等前往中都验功赏劳。
走到半路上，他就叫朱标单独赴旁近郡县游览山川，经历田野，察访农民的生活。他说：
“汝等生于富贵，未经历艰难。人情习于安乐，长此以往必生骄惰。汝将来要继大位，治理国家，更不得不诫。今叫汝赴农村巡访，从路途的险恶体验一下鞍马的劳顿；观小民的生活察知他们衣食的艰难；了解百姓的好恶来分析风俗之好丑。然后再到故乡去访问父老，询问朕起兵渡江时之事，牢记于心，以知吾创业之艰难。”
遣走太子，他单独至中都，却出了件怪事。
这天，他坐在新造的金銮殿上，却听见殿顶上有人在持兵器打斗，刀剑对砍之声清晰可闻，喊杀之音宛若眼前，令人胆战心跳。
朱元璋虽历经杀阵，在死人堆中也能睡着觉，但一听这声音，心绪极度不宁，烦躁难耐。他立即叫侍卫去察看，却什么也没有，声音也止息了。
谁知过了片刻，那喊杀之声又再度出现，且越来越大。朱元璋感到一阵心惊肉跳。
他暴怒起来，令侍卫镇守在殿顶，那声音才没出现。若守卫之人稍离，声音复起。
朱元璋情知事有蹊跷，令人查侦。李善长了解到情况，奏报这是诸工匠因不满而使用了魇镇法，即用巫术来诅咒所憎恶的人，使之致死。
朱元璋闻报不由大惊，当即下令将建造宫殿的工匠统统杀死。
幸好工部尚书薛祥在场，他偷偷下令把那些没参与上梁盖顶的木匠剔除出来，铁石匠不可能使用此法，也排除在外，这一下就救下几千人，其余的木匠统统死于非命。
朱元璋虽尽杀有可能行使巫术的木匠，可是内心感受到了强烈的震撼。他仿佛又回到了云游四方的时日，看到了河南百姓为开挖黄河而强烈反抗的情景。
一件事浮上心头：那是吴元年（1367年）四月，为拓建应天城，徐达传令江浙各州府查验民田，然后按田亩征砖甃城，激起了不堪重负的上海农民的暴动。
在钱鹤皋的率领下，三万多农民手执农具，一举攻破松江府治，打开仓库，剽掠财物，捕杀知府，处决官吏，花了好大的力气才镇压下去。
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金窝银窝，不如自己的狗窝，土佬儿皇帝要在家乡建都（3）
他想到这里，心中不禁一抖。他已经明白，人性好生恶死，若把他们逼到死亡的边沿，即使是他这个一心想让百姓安居乐业的皇帝也照样会激起他们的反抗。
他整整一夜都未合眼，终于理清了思路：元朝刚刚被推翻，民困未苏，百姓穷苦，而扫平天下的战争尚在进行，再大动土木，营建中都，必会危及根本。
第二天一早，他就驾临圜丘，祭告天地，特就此事向皇天后土请罪，沉痛地说：
“土木之工既兴，役重伤人，有司叠生奸弊，欺压工匠，这是臣不可赦免之罪，望皇天后土鉴谅。”
祭完天地，他立即回銮，闷闷不乐地返还南京。虽然他知大兴土木会激起农民反抗，但中都已成此规模，欲罢不能，叫他忧心忡忡。
百战百胜的朱元璋北征沙漠却吃了大亏（1）
元顺帝病逝后，朱元璋闻讯为之上谥号，还派大臣前去祭吊，祭文还是他亲笔撰写的。
李文忠将俘获的元皇太孙及其母妃遣送至京，中书省臣杨宪建议用唐太宗对待王世充之法，举行仪式，献俘于太庙，以壮国威，他拒绝了。
几天后，他出人意料地叫元皇太孙穿着原来的蒙古服装朝见，朝毕赐给他汉族衣冠和宅第，供给各种日用物品，还封他为侯爵，十分优容重视。
同时，还遣使诏谕北元宗室、部落、官民，叫他们来投顺，王照做，官照当，还可受到封赏优待。
他的怀柔手法在蒙古余部及新疆、西藏等地少数民族部落中产生很大感召力，纷纷上表称臣，率众来归。明朝西北边塞地区已基本平服。
但嗣位称必力图汗的故元皇太子爱猷识里达腊断然拒绝朱元璋的招降。他具有很高的汉文化修养和处理政务的能力，颇想挽回元室既倒的颓势。
他以扩廓帖木儿为中书右丞相，并继续重用也速、哈喇章、纳哈出等名臣，号召沿边的宗王、官吏负隅据守，不时派兵南下骚扰。
朱元璋忍无可忍，召集诸将商讨对付之策。
历来稳重谨慎的徐达也感到气愤，主张说：
“今天下大定，庶民已安，北虏相继来归，唯有扩廓出没边境，占据和林，臣愿率将士去剿灭他！”
朱元璋摇了摇头，说：
“这是些败亡之众，远处绝远的沙漠之中，若去攻打，必以死自卫。困兽犹斗，何况是穷寇，攻则必致重大伤亡。这个办法先搁一搁再说吧！”
众将却嚷叫起来，众口一词地说：
“陛下，扩廓这家伙狡猾奸诈，防不胜防，留着他，始终会与我为敌，不如下决心消灭他，永靖沙漠，可以一劳永逸，免却今后的麻烦！”
朱元璋仔细地想了想，觉得长痛不如短痛，解决了扩廓，可免却北方要重兵驻扎而可能造成的将帅尾大不掉之势等无穷忧虑，便心动了。
他问徐达：
“依你之见，北征沙漠需兵多少？”
“有精兵十万足矣！”
“十万不够，再加五万！”
朱元璋一锤定音，令魏国公徐达为征虏大将军，曹国公李文忠为左副将军，宋国公冯国胜为征西将军，都是与扩廓交手多次的宿将，分统三路大军北征。
他又指授用兵方略说：
“大将军由中路出雁门，用疑兵之计，扬言欲攻和林，诱使北元兵至近边之地决战。左副将军则居东路，自居庸关出应昌，奔袭北元朝廷，乘其不备，必有所获。征西将军为西路，出金兰取甘肃，迷惑并牵制北元西北诸王的军队，配合中路主力决战。”
诸将受命出征。
徐达以都督蓝玉为前锋，率汤和等在雁门关外击败扩廓帖木儿的军队。
扩廓帖木儿深知兵法，为防止上次在甘肃沈儿裕与明军正面对峙终致败北的事再度出现，步步后撤，想诱明军深入漠北腹地，再以剽悍的骑兵围歼。
徐达因扩廓屡屡败在自己手下，如今又势单力薄，便心存轻视。没想到自己有步骑相杂，难于机动，远离国境，粮饷运输困难等弱点，一反往常持重守纪的作风，违反朱元璋诱敌于近边之地围歼的作战原则，恃屡胜之威令手下穷追不舍，深入漠北腹地，犯了兵家大忌。
徐达驱兵追击扩廓至杭爱岭北，将士们个个疲惫不堪却又麻痹轻敌，被扩廓帖木儿及其骁将贺宗哲围击，死亡万余人，伤者不计其数。
徐达见势危急，忙下令收兵固守，方免却全军覆灭。扩廓也不敢追击，始终不敢入塞内一步。
李文忠留下辎重，自率大军，每人携二十天的口粮，在茫茫沙海中，兼程西进，与北元太师蛮子、哈喇章所率领的蒙古骑兵展开激战，获其人马以万计，但自己也遭受重大损失，损兵折将，伤亡惨重。
他继续西进，蒙古骑兵重新结集，李文忠不再硬拼，采用疑兵之计，勒兵据险，宰牛犒赏士卒，将缴获的牛马皆放牧于野外，以示闲暇。
百战百胜的朱元璋北征沙漠却吃了大亏（2）
蛮子等将疑其埋有伏兵，候了三天，终不敢进攻，引兵他去。李文忠有惊无险。
此时徐达中路军已败退，东路军陷于孤立无援之境。李文忠只得班师回朝。
冯国胜率傅友德等西征。傅友德率铁骑五千为前锋，连败北元军队，收降了数股人马，与冯国胜一起扫荡了北元甘肃行省全境，不过缴获不多。
这次北征，明军共战死几万人，损失惨重。
徐达虽深入岭北，损兵折将，因其功大，朱元璋放他一马，没有问罪。
李文忠得不偿失，不给赏赐。
冯国胜扫平甘肃，全师而归，但检校密告他私藏缴获的驼马，也不给赏。
朱元璋吃此大败，心情十分沉重。二十五年后他回想起这个战役，还后悔不迭。有一次写信告诫镇守北方边疆的儿子晋王、燕王，自我责备说：
“吾用兵一世，从未吃过败仗，致使大批将士阵亡。本想养精蓄锐，以观胡人之变。没料想轻许了诸将的请求，深入沙漠，以致大败于和林。这是吾轻信无谋，致战死将士数万，想来令人心痛不已。”
他还后悔没有重视刘伯温关于扩廓不可轻视的劝告，知道刘伯温不仅知人，且对自己忠心耿耿。
自此之后，他把扩廓视为一个不可多得的将才，多次派人去招降他，对方却不予理睬。朱元璋对他的人品更加敬重，更想收为己有。
李思齐投降，便派他去说降扩廓。
扩廓帖木儿见了李思齐，礼节周全，两人谈得也很投机，不过没有答应投降，只派一队骑士将他送回。走到塞下，骑士对李思齐说：
“小将与将军在此作别。只是我家主帅说，要请将军留下一物作纪念。”
李思齐一怔，说：
“可惜，我远道而来，没备礼物，留待下次吧！”
骑士哈哈一笑，说：
“请留下一只手臂吧！”
李思齐见那些骑士一个个虎视眈眈，像一群见了猎物的饿狼，只得叹了口气，拔剑砍下左臂，鲜血淋漓地驰马进塞，回来不久即死去。
朱元璋对扩廓更是敬重。一次，宴请诸将，谈起北疆征战之事，朱元璋问道：
“诸位评一评，当今天下，何人称得上是奇男子？”
诸将都说：
“常遇春每战必克，奋勇当先却从未败北，可称得上一位奇男子！”
朱元璋笑道：
“常将军固有其出奇之处，但他虽为人杰，我却可以让他做我的臣属。我却不能叫扩廓帖木儿归顺于我，对我称臣。此人才是天下真正的奇男子！”
诸将都被他的话惊住了，个个都不吱声。他也沉默了半晌，感叹地说：
“如今天下一家，朕却有三事未了：一少传国玉玺，一未擒获扩廓帖木儿，一是元太子无音信。”
说罢，他便册封扩廓之妹为儿子秦王的妃子。
明军败撤之后，北元军队乘机反扑。
先是纳哈出寇掠辽东，烧毁牛家庄的粮仓，毁粮十余万石，俘虏明军五千余人。
继而侵扰山西、陕西、甘肃等地，占地抢掠，杀人烧屋，为害甚烈。
北元的统治逐步稳定下来，云南和高丽都臣服于它。
朱元璋不得不坐下来重新思考对付北元的方略。他已从这次挫败中认识到自己缺乏骑兵，不适于在广袤的漠北草原作战，再加上此时经济并未恢复，实力不强，不能主动出击，只可恃险固守，相机歼敌。
于是，他下令在长城沿线增加卫所，大量补充兵力，修建城池关隘，屯田防守。沿边的百姓则迁入内地，实行坚壁清野，使北元军队无法寻觅粮草而不能大举南侵。
为了铲除后顾之忧，免得南北呼应，他决定先荡平四川和云南。
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傅友德遵旨出奇计，一举荡平四川（1）
这时四川明玉珍已病故，其子明升仅十岁，继位后由母亲彭氏垂帘听政。
但诸大臣不听约束，为争权夺利而相互残杀，继而由部将吴友仁入朝专政。此人贪得无厌，使得国内贪污成风，私人财富倍于公室，国库却被弄得空空。
明升为确保夏国安全，先后派兵夺取兴元和归州（今湖北秭归南），朱元璋以明升先启战端为由出师。
洪武四年（1371年），他派中山侯汤和为征西将军，周德兴、廖永忠为左右副将军，与杨璟率京卫、荆、襄舟师由瞿塘峡直趋重庆，攻打四川东南部。
另一路由颍川侯傅友德挂帅，率河南、陕西的