日英、美、日、德、法、比、波、捷等十五国所签订并为世界大多数国家（四十八国）所加入的“巴黎非战公约”，亦称“白利安—凯洛格公约”（第一条及第二条）。本罪状中列名的每一被告对于违反或藐视这些条约或其中任何条款的行为和后果都负有责任。本项罪状所控告的犯罪内容实质几乎与前一项（罪状第三十七项）所控告的相同。不相同之处只是两项中所指责的被告们所违反的条约不同和本项中列名的被告多了一名松冈洋右而已。
罪状三十九罪状三十八中列名之各被告，在罪状三十七及三十八所述之情形下，曾命令、驱使并容许日本武装部队于1941年12月7日上午7时55分（珍珠港时间）攻击那时同日本尚保持和平关系的美国之夏威夷领土珍珠港的船只，非法杀害季德海军上将和其他美国海陆军人员约四千人，以及姓名和确数现在尚未查明之平民若干人。
罪状四十罪状三十八中列名之各被告，在罪状三十七及三十八所述之情形下，曾命令、驱使并容许日本武装部队于1941年12月8日上午零时25分（新加坡时间）攻击那些同日本尚保持和平关系之英联邦的吉连丹新高打之领土及飞机，非法杀害姓名和确数现在尚未查明之英联邦武装部队成员若干人。
罪状四十一罪状三十八中列名之各被告，在罪状三十七及三十八所述之情形下，曾命令、驱使及容许日本武装部队于1941年12月8日上午8时（香港时间）攻击那时同日本尚保持和平关系之英联邦香港的领土，船只及飞机，非法杀害姓名和确数现在尚未查明之英联邦武装部队成员若干人。
罪状四十二罪状三十八中列名之各被告，在罪状三十七及三十八所述之情形下，曾命令、驱使及容许日本武装部队于1941年12月8日上午三时（上海时间）攻击那时同日本尚保持和平关系之英联邦的停泊在上海的船只“海燕号”，非法杀害姓名现在尚未查清的英联邦海军成员三名。
罪状四十三罪状三十八中列名之各被告，在罪状三十七及三十八所述之情形下，曾命令、驱使及容许日本武装部队于1941年12月8日上午十时（马尼拉时间）攻击那些同日本尚保持和平关系之菲律宾的领土达佛，非法杀害姓名和确数现在尚未查明的美国武装部队成员及菲律宾武装部队成员和菲律宾平民若干人。
罪状四十四全体被告及其他人等多名，在1931年9月18日至1945年9月2日期间内，以领导者、组织者、教唆者或同谋者之资格，曾参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的在图谋和容许大规模地在陆地或海上屠杀敌国的战争俘虏、放下武器的军人、占领区内的平民以及被击毁船只的船员，妄图以这种残酷手段取得他们当时进行的非法战争之胜利。
南京大屠杀罪状
罪状四十五被告荒木、桥本、平沼、广田、板垣、贺屋、木户、松井、武藤、铃木、梅津，在1937年12月12日及以后，曾违反罪状三十八中所提到的条约款项，非法命令、驱使及容许日本武装部队攻击南京市并实行违反国际法之屠杀，非法杀害数以万计之中国平民及已解除武装的中国军人，其姓名及确数现在尚未查清。
罪状四十六罪状四十五中列名之各被告，在1938年10月21日及其后，曾……非法命令、驱使及容许日本武装部队攻击广州市并……非法杀害姓名及确数现在尚未查明之中国平民及已解除武装之中国军人，为数甚多（注：加“……”处系重复罪状四十五中之词句，因而从略，以下同此）。
罪状四十七罪状四十五中列名之各被告，在1938年10月27日前后，曾……非法命令、驱使及容许日本武装部队攻击汉口市，并……非法杀害姓名及确数现在尚未查悉之中国平民及已解除武装之中国军人，为数甚多。
罪状四十八被告、木户、小矶、佐藤、重光、东条及梅津，在1944年6月18日及其前后，曾……非法命令、驱使并容许日本武装部队攻击长沙市并……非法杀害姓名及确数现在尚未查悉之中国平民已解除武装之军人，数以万计。
罪状四十九罪状四十八中所列名之各被告，在1944年8月8日前后，曾……非法命令、驱使及容许日本武装部队攻击湖南省之衡阳市，并……非法杀害姓名及确数现在尚未查悉之中国平民及已解除武装之军人，为数甚多。
罪状五十罪状四十八中列名之各被告，在1944年11月10日及其前后，曾……非法命令、驱使及容许日本武装部队攻击广西省之桂林及柳州二市，并……非法杀害姓名及确数现在尚未查悉之中国平民及已解除武装之中国军人，为数甚多。
罪状五十一被告荒木、土肥原、、平沼、板垣、木户、小矶、松井、松冈、武藤、铃木、东乡、东条、梅津，曾命令、驱使及容许日本武装部队于1939年夏季攻击当时尚与日本保持和平关系之蒙古及苏联的领土哈金戈尔河地区，并非法杀害姓名及确数现在尚未查悉之蒙古及苏联武装部队成员若干人。
罪状五十二被告荒木、土肥原、、平沼、广田、星野、板垣、木户、松冈、松井、重光、铃木、东条，曾命令、驱使及容许日本武装部队于1938年7月及8月间攻击当时尚与日本保持和平关系之苏联的领土哈桑湖地区并非法杀害姓名及确数现在尚未查悉之苏联武装部队成员若干人。
——以上十六项（37—52）系对全体被告计划阴谋屠杀和对部分被告在攻占某些城市时命令、指使及纵容日军大规模地屠杀当地和平居民和已解除武装的军人的控诉。这些罪状构成起诉书中第二类罪行（杀人罪）的全部内容。
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第三类其他普通战争罪及违反人道罪（1）
罪状五十三被告土肥原、、星野、板垣、贺屋、木户、木村、小矶、武藤、永野、冈、大岛、佐藤、重光、岛田、铃木、东乡、东条、梅津及其他人等多名，曾于1941年12月7日至1945年9月2日期间，以领导者、组织者、教唆者或同谋者之资格，参加制定或执行一个共同计划或阴谋，因而他们对他们自己或任何他人在执行该计划时之一切行为应负责任。这个计划或阴谋之目的系命令、授权或准许日本每一战场上之海陆军司令官，日本陆军省之官员，日本领土或占领区内的平民拘留所和战俘集中营劳役队之管理人员，日本宪兵及民警，以及这些人员的下属，去经常地和不断地对当时在日军权力下的数以万计的美国、英联邦、法国、荷兰、菲律宾、中国、葡萄牙及苏联之战俘和平民采取违反本起诉书附件所列各公约、保证及习惯所规定的战争法例之行动，并使日本政府对这种违法行动避免采取适当的步骤予以制止。
关于中国方面，上述共同计划或阴谋系1931年9月18日开始；除上列各被告外，被告荒木、桥本、平沼、广田、松井、松冈及南次郎亦应负责。
罪状五十四被告土肥原、、星野、板垣、贺屋、木户、木村、小矶、武藤、永野、冈、大岛、佐藤、重光、岛田、铃木、东乡、东条、梅津，在1941年12月7日至1945年9月2日期间，曾命令、授权及准许罪状五十三中所列的各项人员从事该罪状中所述的各种违法行为，因而犯有违反战争法之罪行。
关于中国方面此项命令、授权及准许系在1931年9月18日开始；除上列各被告外，被告荒木、桥本、平沼、广田、松井、松冈及南次郎亦应负责。
罪状五十五被告土肥原、、星野、板垣、贺屋、木户、木村、小矶、武藤、永野、冈、大岛、佐藤、重光、岛田、铃木、东乡、东条、梅津，在1941年12月7日至1945年9月2日期间，由于他们各自所任的官职关系，对美、英、法、荷、中、菲、葡萄牙和苏联的武装部队以及属于日军权力下数以万计的各该国的战争俘虏和平民原应负责确保各项公约、保证、战争法规和习惯之适用，但是他们却故意藐视自己的法律责任，不采取遵守它们或妨止它们被破坏的适当步骤，因而他们犯有违反战争法之罪行。
关于中国方面，此项犯罪行为系在1931年9月18日开始；除上列各被告外，被告荒木、桥本、平沼、广田、松井、松冈及南次郎亦应负责。
——以上三项（53至55）系对部队被告共同计划或阴谋违反战争法规之控诉，以及对他们通过积极行为（命令、授权或准许）或消极行为（藐视自己的法律责任，不加制止）致使其部下得以肆意从事违反战争法规之行为的控诉。这三项罪状构成起诉书中第三类罪行（“其他普通战争罪及违反人道罪”）的全部内容。事实上这三项控诉都是关于杀人罪以外的普通战争罪行的控诉而不是关于法庭宪章中所规定的违反人道罪的控诉。可以说，单纯的独立的对被告们违反人道罪的控诉，在东京起诉书里是不存在的。东京起诉书控告项目之乱杂及不平衡，于此可见一斑。对于起诉书的批评，我们将于“起诉书的特点及缺点”一节中详加论述，此处姑不多赘。
（四）起诉书的五个“附件”的内容概要
起诉书除在正文中列举了对被告们控诉的五十五项罪状之外，在正文之后还有五个“附件”，作为说明及充实各项控诉罪状的重要参考资料。
附件（甲）是检察处用以支持其对被告们第一类（即破坏和平罪或侵略罪）各项罪状的控诉之主要事实细节的综合说明。这个附件共分十节：1。对满洲（中国东北部）的军事侵略；2。对中国其他部分（中国全部）的军事侵略；3。对中国及“大东亚”的经济侵略；4。腐蚀及胁迫中国及其他占领区的方法；5。一般的战争准备；6。日本政策和战争舆论的组成；7。日、德、意三国的勾结，对法属印度###及泰国的侵略；8。对苏联的侵略；9。对美国、菲律宾，及英联邦诸国的侵略；10。对荷兰及葡萄牙的侵略。在这十节的每一节里，检察处都简单扼要地叙述了日本侵略的事实经过，每节字数不多，自二三百字至六七百字不等。
附件（乙）列举了二十个日本侵略者所违反的条约名称及其有关条款。这些条约是：年7月29日签订的和平解决国际争端的海牙公约（其中的第一条及第二条）；年10月18日签订的和平解决国际争端的海牙公约（其中的第一条及第二条）；年10月18日签订的关于战争开始的海牙第三公约（其中的第一条）；年11月30日美日关于远东政策的换文；年1月23日及1913年7月9日关于扑灭鸦片毒品的海牙公约及最后议定书；年6月28日签订的“对德和约”，亦即所谓“凡尔赛条约”（特别是“国际联盟公约”中的第十、十二、十三、十五、二十二、二十三条）；年12月17日国际联盟根据凡尔赛条约制定的“委托管理条款”（其中的第三条及第四条）；年12月13日英、法、日、美四国签订的关于太平洋区岛屿属地及领地的条约（其中的第一条）；年2月4日代表英国政府以及日本和上述四国条约其他签字国致荷兰政府的同文照会；年2月6日代表英国政府以及日本和上述四国条约其他签字国致葡萄牙政府的同文照会；年2月6日中、美、英、法、日、比、意、荷、葡在华盛顿签订的所谓“九国公约”，亦称“华盛顿条约”（其中的第一、二、三、四、七条）；年2月11日在华盛顿签订的日美条约（其中的第二条）；年8月27日美、德、英、法、比、日、波、捷等十五国所签订的，以后为世界大多数国家（四十八国）所加入的“巴黎非战公约”，亦称“白利安—凯洛格公约”（其中的第一条及第二条）；年6月27日日本政府关于上项巴黎公约第一条的声明；年2月19日国联第二次鸦片会议上签订的公约，以及1931年7月13日在日内瓦签订的“麻醉毒品公约”；年6月12日日本与泰国签订的“赓续友好关系及相互尊重领土完整的条约”（其中的第一条）；年10月18日在海牙签订的“陆地战争中中立国及其国民之权利义务公约”（其中的第一条及第二条）；年9月5日在朴次茅斯签订的“日俄和约”（其中的第二、三、四、七、九条）；年1月25日在北京签订的“日苏邦交之基本原则协定”（其中的第五条）；年4月13日日苏两国签订的“中立条约”（其中的第一条及第二条）。——以上这些条约都是经过日本政府郑重签订并批准的，对它当然具有绝对的拘束力，日本当权者原应严格遵守。但是，在起诉书所提到的期间内，这些条约的条款却被被告们肆无忌惮地违反和破坏了。
第三类其他普通战争罪及违反人道罪（2）
附件（丙）列举了十五项日本政府关于不侵略或不扩大侵略所作的声明或保证。在被告们当权的年代里，他们却自食其言，把这些声明或保证视若废纸。这些保证或声明是：年9月25日：日本在满洲没有领土的意图。年11月25日：日本向锦州进军的消息，毫不真实。年12月22日：日本承认中国（在满洲的）主权，并维持门户开放政策。年1月5日：日本在中国长城以南没有领土野心。年4月25日：日本丝毫无意于在中国寻求特殊利益，侵害中国之领土及行政之完整，或对他国在中国的真正贸易制造困难。年8月15日：日本对中国没有领土企图，并且将不遗余力地保障外人在华的权益。年9月：日本对华北具有和平愿望，并无领土图谋。年2月17日：日本对中国并无领土企图，它将不作超出军事需要范围的占领。年8月26日：关于在###协定下加强同德意合作一事，日本已放弃任何进一步的谈判。年4月15日：对荷属东印度，日本愿意维持其现状。年5月16日：日本没有进攻荷属东印度的意图或计划。年3月24日：日本在任何状况下都不会进攻美国、英国或荷属东印度。年7月8日：日本迄今并未考虑到对苏联作战的可能性。年7月10日：日本对法属越南没有采取行动的设想。年12月5日：日军在法属越南的调动仅是预防性的措施。
附件（丁）摘录了一些国际公约中关于作战行为的重要条款以及日本保证遵守这些条款的诺言。这个附件是用以支持对被告们的第三类罪状（普通战争罪及违反人道罪）的控诉的。附件中列举的有：年1