整肃问题同远东国际法庭的审判没有直接关系，兹不多述。
此处要着重叙述的只是主要战犯的逮捕。因为，逮捕他们的目的无疑地是为了将来交付审判，使其接受严厉的法律制裁。事实上，此后不久成立的远东国际军事法庭的审判对象都是从他们这些人里面挑选出来的。
日本主要战犯（亦即所谓“甲级战犯”）的逮捕系在1945年9月至同年12月间分四次进行的。
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盟军总部第一次战犯逮捕令是在1945年9月11日发布的。那时距日本正式签字投降书（9月2日）和美军开始登陆（9月3日）还不到十天工夫。
这一次逮捕令所指名要逮捕的战犯总共是三十九名，恶名昭著的前国务总理大臣东条英机被列为第一名。
这一次的逮捕令有两个特点：（一）逮捕的对象大都是发动太平洋战争时的日本政府首脑和在太平洋战争中犯有严重暴行的高级军官；（二）除了若干的日本战犯之外，某些曾同日本合作、参与侵略的外国官吏也在逮捕之列。这些人是在战争终结时未及逃返祖国而仍滞留在日本领土内的。
由于上述特点，这次逮捕战犯的范围从一方面说是比较狭的，因为许多重要的日本战犯还未包括在内；从另一方面说又是比较广的，因为其中还有十几名非日本籍的外国战犯。
这次逮捕令指名要逮捕的除了太平洋战争期间的日本首相东条英机外，还有东乡茂德（外相）、岛田繁太郎（海相）、贺屋兴宣（藏相，即财政大臣）、岸信介（国务大臣兼军需次官）、寺岛健（交通大臣、海军中将）、岩村通世（司法大臣）、小泉亲彦（厚生大臣）、桥田邦彦（教育大臣）、小泉亲彦和桥田邦彦两人在被捕之前便自杀了。井野硕哉（农林大臣）、土肥原贤二（陆军大将、航空总监，长期在中国从事间谍特务活动）、桥本欣五郎（法西斯军人，樱会、日本青年党及赤城会之发起者）、铃木贞一（企划院总裁兼国务大臣）、上田良武（海军中将、海防义会理事长）、本间雅晴（驻菲律宾日本派遣军司令官、陆军中将）、本间雅晴在被捕不久便被引渡到菲律宾去了。他是和那个绰号“马尼拉之虎”的日本大将山下奉文同时在驻菲律宾的美国军事法庭受审并被判处死刑的。黑田重德（同上）、村田省藏（驻菲律宾日本大使）、长滨彰（驻菲律宾宪兵司令官）、太田清一（马尼拉暴行之直接负责人，陆军中佐）等二十七名日本人，另外还有非日本人十二名，其中有菲律宾傀儡政府伪大总统劳莱尔（Laurel）；该傀儡政府驻日大使瓦格斯（Vargas）和国民会议议长阿奎诺（Aquino），德国驻日大使斯达玛（Stahmen）和德国大使馆中将武官克莱茨玛（Krei schmer），缅甸伪政府驻日大使貌博土（），泰国驻日大使伍伊齐德，以及战时在日本法西斯政府服务的澳大利亚人两名，荷兰人和美国人各一名。
盟军总部对主要战犯四次逮捕令（一）（2）
这些第一批被捕的非日本人，无论凭什么标准，都并非全部够得上被称为“甲级战犯”，更够不上被称为“首要战犯”。因此，在总部决定将来的远东国际法庭只是专事审判日本战犯之后，他们便全都被遣送回国，听任他们自己的祖国予以处理。据后来获悉，这些人的命运颇有幸与不幸之分。有的是被以背叛祖国罪名受审，而被其国内法庭判处罪刑；有的却被宣告释放而逍遥法外，甚至参加国内竞选活动，企图重登政治舞台。
至于第一次逮捕令指名要逮捕的日本战犯二十七名，除了小泉亲彦和桥田邦彦两人在逮捕前业已自杀身亡之外，其余二十五名全都被总部宪兵捕获入狱，有的个别战犯还是自动投案的。盟军总部对于第一批战犯的逮捕手续是相当混乱的。对某些战犯，在逮捕令发布的次日便进行了逮捕；对另一批战犯却在逮捕令发表好几天之后方才加以逮捕。关于自动报到投案的办法，逮捕令也没有明确的规定。但是从第二次逮捕令发布时起，这些事情便弄清楚了。一般自动投案的期限规定是十天，如果在获悉逮捕令后十天之内不前往巢鸭监狱自动报到，则盟军总部的宪兵队在第十一天的清晨将前来强制执行。
东条英机自杀仇闻
在这一批日本战犯的逮捕中，东条英机的逮捕无疑地是最富于戏剧性的。他临捕时的张皇失措和自杀不遂的滑稽演出曾引起全世界舆论的讥评，而日本人民对他的贪生丑态抨击得尤为尖锐刻骨。
日本自宣布无条件投降之后，国民自杀之风一时流行颇盛。老百姓因不愿做“亡国奴”而自杀者有之，身居高位者因不愿做“阶下囚”而自杀者亦有之。例如，三任国务总理大臣之近卫公爵，曾任陆军大臣之阿南大将与杉山大将，以及曾任关东军总司令之本庄大将等人，他们或则切腹自裁，“以身殉国”；或则夫妻双双服毒，同归于尽。这种举动虽是日本“大和魂”、“武士道”法西斯教育多年熏陶的结果，然其死事之悲壮，决心之坚定，也还不能不令人感动。然而，东条的“自杀”却大不相同。
东条英机原是日本侵华祸首之一，又是发动太平洋战争之最高责任者，他自己当然知道在日本投降以后，必定会被交付有司，受到严厉的法律制裁。因此，自盟军开始登陆之日起，十天以来，他便闭门谢客，独居斗室，整天徘徊于生与死的问题之间。贪生吗？又怕作阶下囚，异日仍然难免一死；自杀吗？又下不定足够的决心，鼓不起足够的勇气。
就这样彷徨犹豫了约有十天工夫，到了9月11日盟军总部那个东条名列第一的三十九人的逮捕令发布并经电台广播之后，东条还是下不了自杀的决心。及至总部宪兵队吉普车隆隆之声闻于户外，宪兵们开始包围其住宅的时候，东条才拿起手枪向自己的腿部射击，仅仅伤及皮肤，并未击中要害。在这象征性的一击之后，他便束手就擒，被宪兵押解而去。——这便是轰动一时的所谓东条自杀滑稽剧的真相。这幕滑稽剧引起了世界舆论的嘲弄和讥评。日本人民对它抨击尤烈，认为它是日本民族的奇耻大辱。他们说，东条身为陆军大将，从军四十余年，纵使不能杀敌致死，何以连自杀的本领都不曾具备？为了缓和日本人民对东条的攻击和粉饰东条的丑态，在东条内阁时代曾任递信院总裁，后来又在远东国际法庭担任东条辩护律师的盐原时三郎曾对日本新闻记者发表过以下的谈话：“东条之所以召世间之讥讪，倘事先能接得通知，以及有充分之时间考虑，则失败或不至如此。盖战败后东条之态度曾有两种立场之见解：第一，如有自由发言机会，亟欲将本人所信与战事勃发之真相负责写成一书，公诸于世。同时，又深恐为外国拘捕，故手枪始终不离身旁。彼又曾邀医生在心脏部位画一墨圈；入浴后仍画墨圈于原处。东条不但终日置军刀于身旁，且在爱用之烟斗内盛以青酸加里，以备万一。至十一日被捕前始终未获预告，故东条仍以为尚有考虑余裕。及至吉普之声迫近，乃觉察为正式逮捕，于是先就浴然后再着新军服，退至书斋，以手枪击射墨圈，身虽倒而不得一死。今既复生，故当将一切实情公之于世。”盐原的这篇谈话破绽百出，欲盖弥彰，丝毫也没有收到说服日本人民谅解东条的效果。
朝日新闻派驻法庭记者团的一段话最能代表当时日本人民对于这件事的一般观感。它说：
“世间对东条之自杀咸评为滑稽儿戏。当年身任陆相，其对士兵所发‘战阵训’谓‘男儿不当身为战俘而生还’。今则发布该训之本人不得其死，丑态毕露。试观陆相阿南、杉山夫妻之勇于就死，未有不嘲笑东条于地下者！盖前日东条对美国新闻记者发表谈话，早已自觉以决生死。乃不此之图，直待美国宪兵逮捕之前而仓惶失措。何昔日之鲁莽成性，而今日之胆小如鼠？是不啻将战败日本之原形暴露无遗矣！”
在第一次逮捕令中名列第二的太平洋战争时任海军大臣的岛田繁太郎大将的态度倒是比较诚恳直率。岛田在心安理得地被捕之后对报界发表过一个谈话。他说：“本人自编入预备役后，即以在野之身冀望胜利，以迄终战。惟大诏涣发以后，闭门思过，其间亦曾有意割腹，以谢天下。乃圣上有须忠诚履行波茨坦宣言之圣旨，遂苟延性命，以迄于今。本人列为战犯受拘，早在意料之中。惟上无以对日皇，下无以对国民，斯为愧耳！”
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盟军总部对主要战犯四次逮捕令（一）（3）
岛田的话很可以代表当时被捕的大多数日本甲级战犯的一般心情。
第一批逮捕令中指名的三十九个战犯，除东条有过一幕滑稽表演和小泉、桥田两人早已自杀之外，其余三十六人都很驯服地就捕，或自动报到。他们被暂时收容于横滨刑务所，旋即被转移到大森监狱，稍后又被转移到巢鸭监狱。第一批逮捕非但手续及期限不甚明确，即收押场所亦经一迁再迁。因此，列名逮捕的战犯们大都惊惶失措，意存观望；但挺身自动前往监狱报到投案者，亦不乏人。在9月14日上午自动前往报到投案者有岩村通世，下午有贺屋兴宣、井野硕哉、铃木贞夫、村田省藏；15日上午有桥本欣五郎、上田良武，下午有本间雅晴、黑田重德；16日有寺岛健；17日有岸信介；23日有土肥原贤二；30日有东乡茂德（此人因患病被允在自宅治疗若干时日，故报到特迟）。自第一批逮捕以后，各次逮捕令中均明确规定报到期限为十天，报到地点为巢鸭监狱，亦即羁押日本各级战犯的固定场所。
在这三十六名囚犯中，那十二名非日本籍的犯人不久便被释放出狱，由盟军总部遣回他们各自的祖国。本间雅晴则被引渡到菲律宾美军军事法庭受审，旋与山下奉文一同被判处绞刑。因此，这批人中长期羁押在巢鸭监狱的只是东条英机等二十三名纯日本人。
盟军总部对主要战犯四次逮捕令（二）（1）
盟军总部第二次战犯逮捕令是1945年11月19日发布的，距第一次约二月有余。这次命令中指名逮捕的都是比较重要的日本战犯，共十一人，其姓名如下（括弧内的各人简历系日本终战联络事务局所加注的）：
荒木贞夫（陆军大将，男爵，历任陆军大臣、教育大臣（文相）极端军国主义分子）
本庄繁（陆军大将，男爵，枢密院顾问，任关东军司令官时不顾日本上层政界之意旨，擅自挑起满洲事变（即“九·一八事变”）之责任者）
鹿子木员信（前言论报国会理事长，多年参加秘密团体，鼓吹军国主义，为已故之头山满（日本法西斯领袖）之亲密战友）
小矶国昭（陆军大将，曾任首相，为日本北进及南进扩张政策之提倡者）
久原房之助（前政友会总裁，故首相田中义一及荒木贞夫大将之挚友，曾参与“二·二六事件”阴谋）
葛生能久（前法西斯团体黑龙会主干，为已故头山满之亲信）
松冈洋右（前外相，在外相任内签订德日意三国同盟，一贯以反美而博得军部及军国主义团体之欢心）
松井石根（陆军大将，任中国派遣军司令官时对南京大屠杀暴行以及对美舰巴纳号（）和英轮瓢虫号（Yadybird）轰炸事件之负责者，其后又任大政翼赞会兴亚总部总理）
真崎甚三郎（陆军大将，青年将校之指导者，尝鼓动少壮军人发动革新运动，夺取政权）
南次郎（陆军大将，“九·一八”满洲事变时任陆相，又曾任朝鲜总督及法西斯团体大日本政治会总裁）
白鸟敏夫（前驻意大利大使，为日本法西斯军国主义分子中最顽固之一）
——以上十一名被捕的日本战犯，从他们的地位之高和罪责之大说来，都够得上称为“甲级战犯”或“主要战犯”。由此可见，这次的逮捕名单是经过比较郑重的考虑的，不像第一次名单那样庞杂，其中既掺有不少的非日本人，也掺有个别够不上被称为“甲级战犯”的日本人。
第二次逮捕令指名的这十一名战犯除了本庄繁已经自杀和松冈洋右正染重病之外，都是在逮捕令发布后十天之内自动报到投案并携带行李入狱的。
本庄繁的自杀
本庄繁的自杀，值得在此一提。
本庄大将是日本法西斯军人领袖之一，也是日本侵略政策的积极推动者之一。1931年他正任日本关东军司令官，因而他一向被认为是“九·一八事变”的最高的直接的负责人。日本关东军司令官本庄繁入侵沈阳后的布告
在长春火车站下车时的日本关东军总司令官本庄繁（正中挥手者）
日本投降之后，本庄早已感到自己被当做战犯受审乃势在不免之事。杉山元帅（当时的陆相）夫妇于未被列名战犯之前便双双服毒自杀，以及东条自杀未遂的滑稽表演遭受世人的严厉抨击，这两件事给本庄的刺激至深。因此，在听到总部对他的逮捕令发出的消息之后，他便立即自裁身亡。那时他正在青山旧陆军大学辅导本部理事长办公室，时间是11月20日上午十时半。
本庄的自杀在日本人眼光中被认为是一件很壮烈的举动。他死后留有早已准备好了的遗书两件，并题有“诚以贯”三个字。本庄繁的遗书在审讯过程中曾由他的儿子以证人资格在远东法庭宣读过，其主要内容是把“九·一八事变”及继续侵占中国东北的责任由他一人负担起来，目的无非是为了减轻日皇及其他同僚战犯们的罪责。
松冈洋右是这一批列名逮捕者中另一个引人注意的战犯。他是在美国生长的日本人，英语说得很流利，历任外务大臣、日本出席国际联盟首席代表、南满铁路总裁等职，以鼓吹退出国联和缔结德、日、意轴心国军事同盟而博得法西斯少壮军人的欢心。在太平洋战争时期，他因患肺病已退出政治舞台。自日本投降到他被指名逮捕这一段时期，他一直病卧在长野县北安昙郡故居。11月19日逮捕令发布之后，松冈于20日以棉被裹头对来访的新闻记者发表如下谈话：
“余虽被命前往巢鸭监狱报到，但余患全身硬化症，不能步行半里之遥。�