魏洪发和黄洪顺从1855年开始领导起义，已有十三年，称王封侯，攻略的城堡不可胜数。到此为止，才被湘军镇压下去。
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吴安康等部在4月份乘胜攻击蔡板的苗家山寨，攻克之后，俘虏汪草登等起义军首领，将他们处死。湘军肃清了黔西。
同一个月，刘松山的部队攻打眉州的西捻军，获得大胜。张宗禹已经与回民起义军联合，势力更加强盛。刘松山也不示弱，已经攻破银渠和金渠，又打了这次胜仗，军势也振作起来。于是交战双方势均力敌。
左宗棠见湖北军情紧急，停留在德安，请求暂缓增援陕西。清廷下诏，叫他等到增援湖北的部队到来，就立即入关。
穆图善这时代理陕甘总督，丰绅暂代宁夏将军。刘松山部又跟郭宝昌部一起在礼泉与乾州攻击回民起义军和西捻军，再次取得大胜。
5月4日，刘松山部在西安东北方的晋成堡击败捻军，第二天又在姜彦原再次将捻军击败。捻军奔向同州，即现在的地图所标的大荔。刘松山、李祥和与黄鼎等部跟踪追击，将捻军击败。捻军又连夜奔向西安，刘松山和郭宝昌回师增援省城，与捻军大战于西安城南，击毙几千人。
张宗禹率部渡过渭河，向北挺进。刘松山所部紧咬不放，张宗禹又下令渡到渭河以南，西奔周至与户县。
穆图善于5月18日抵达兰州，上奏请派蒋凝学总统甘肃的各路兵马。清廷批准。
杨岳斌虽已辞职，但他的旧部仍在作战。总兵王仁和与黄祖淦所部在肃州击败回民起义军，提督邓全忠所部在米拉沟击败回民起义军。
刘松山部在6月份追赶西捻军抵达户县。张宗禹部不战自溃，稍稍北撤，攻打兴平。
任柱和赖汶光见湘军和淮军陆续在湖北集结，于5月份带领东捻军袭击河南南部边界城市桐柏与信阳。周盛波率部从北面迎击。提督刘启福见一名骑将的马背上是黄色鞍子，料定是捻军首领，便策马越过溪涧，紧追不舍。
捻军首领的步兵随从挺矛刺来，正中刘启福额头。刘启福负了伤，却不下马，追赶得更急，翻过七重山，再次中枪，当即毙命。被俘的捻军军士说，黄鞍骑将就是赖汶光。
东捻军得胜以后，南下湖北的应山和孝感，进入黄安。刘秉璋和杨鼎勋率部堵截，连续失利。刘铭传率部在紫屏将捻军击败。
东捻军回师安陆，在武汉西部游弋，徘徊于云梦、应城、旧口与天门一线。这时正逢大旱，湖泊与河流全部干涸。湘军与淮军疲弱不堪，东捻军的战士们也因饥饿而离散了很多。
宋国永所部在随州以西遭遇捻军，发动袭击，攻破捻军军营，斩杀几百人。捻军北上河南的新野与南阳，游骑兵抵达镇平与邓州。捻军苦于缺乏粮食，攻破民寨捆运新麦。刘铭传部从襄阳追踪赶到，河南清军从南阳进击，捻军被迫奔向唐县。
6月2日，东捻军攻打唐县，接着袭击舞阳、叶县和临颍，再向北进，抵达许州。张曜率部横向拦击，东捻军继续北上，杀向淆川、尉氏和###，这是昔日捻军十分熟悉的路线。
山东梁山的绿林军派使者前来迎接任柱与赖汶光。东捻军昼夜奔驰，急行几百里，只用了五天时间，于6月11日到达山东巨野，与山东绿林军会合，攻破戴庙堤墙，挖烂运河河堤，烧毁驻军军营，缴获各种军用物资，渡过运河，向东挺进，攻击泰安，登州、莱州和青州三郡都为之震动。
李鸿章的各路部队都在南边，驻防山东的清军仓促溃逃。自从曾国藩指挥对捻军作战以来，运河防卫未曾溃散，而李鸿章接手后有此大溃，舆论大为喧哗，矛头指向李鸿章。
自从捻军南下湖北以后，驻防运河的清军部队长久松懈，加上天旱，河水干涸，驻防部队竟然抵挡不住捻军一天的攻击。清廷下旨，严加斥责。李鸿章连忙从周口移驻归德，清廷仍然嫌他离前线太远，他只好又移驻山东济宁。 。。
1867年，同治六年（5）
东捻军分兵袭扰宁阳和莱芜。刘铭传提议反向防守运河，将运河东岸的长墙移到西岸。又提议防守纵贯山东半岛的胶莱河。李鸿章同意采纳他的办法。
刘长佑与英翰也提出一个方略，建议将东捻军逼到海边一角，可以收到聚歼的效果。这与刘铭传的方略不谋而合。清廷下旨，让曾国藩等人筹办。
东捻军这时奔向青石关，从青州奔赴莱州和登州，为清廷实施这个方略提供了便利。只要清廷的军队能将东捻军压迫到莱胶河以东的莱州湾沿岸，这个计划就能成功。
胶莱河是元朝至正年间为方便海运所开凿的海渠，南通黄海，北通渤海，长达三百里，可以连通海运而避开海运的危险。李鸿章征调各路部队，集结在青州、莱阳与莒州，企图将捻军驱赶到登州和莱阳。
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贵州平坝的绿林军于5月份向东北方向出击，攻打贵阳以西五十里处的清镇。刘岳昭派谢景春的部队将绿林军击退。
陶新春的起义军与清军进行了四个多月的激战，击败了清军的多次猛攻。岑毓英部将猪拱箐包围已久，在起义军中收买叛徒，得到王长毛提供的情报，经过一番谋划，于6月19日趁起义军在早晨8点换班吃饭，偷袭猪拱箐营地，捣毁了一百多个栅垒，才逼近山巅扎营，修筑壁垒。
陶三春等人冲出重围，转移到海马姑，投奔当地起义军。
刘岳昭料定岑毓英所部很快就能攻克猪拱箐，便对平远的苗民起义军发起攻击，以防这里的起义军增援猪拱箐。平远，现在的地图标为“织金”，在贵阳以西约两百里处，猪拱箐则在平远西北方约两百里处。
岑毓英所部得到刘岳昭湘军的援助，于7月份又集中兵力向猪拱箐发起轮番攻击。
陶新春和张黄盖督率一万人出战，攻破清军的多座军营。岑毓英只得亲自上阵，率领长沙人杨玉科的部队冲锋，将起义军截为几段，抛掷火箭，烧毁营棚。这时天降大雨，岑毓英下令撤退。
岑毓英命令部队捆扎草把，填入濠内，他自己挥戈领先冲锋，将士们一拥而上。起义军受惊溃散，一万多人阵亡或坠下岩涧牺牲。岑毓英命令当地官员呼喊：“投降者免死！”起义军余部弃械投降。
岑毓英部攻克猪拱箐，俘虏了四十二岁的起义军元帅陶新春及另四位首领，押解到黔西城。被俘的其余三百多名军官和精壮士卒一千二百多人。岑毓英下令全部处死。清军遣散五千多名难民，全部发给资金安插。
猪拱箐一战而平，三省边界的形势稍有舒缓。
李瀚章升任湖广总督以后，刘崐出任湖南巡抚。他奏请撤消周洪印和兆琛的部队，由席宝田招募新军攻打起义苗民，开始大动干戈。
清廷经过商议，命令四川和湖南一起出兵，并提供军饷，要求务必平定贵州。
湖南的盐茶货厘税，自从海口通航，江浙安定，只相当于以前的百分之六十，供给东征湘军的饷税也已停征。为了给新的军事行动供给军费，又开始采用老法子，商议如何募捐。布政使李榕提倡应当先令富豪助资，以带动民众。但实际操作却困难重重，引起士民怨恨。大家另找由头，托言官弹劾李榕所委用的人。由于张自牧长期掌管贵州捐局，大家把矛头一齐指向他。刘崐上奏辩解，为这些官员在清廷挽回了影响。
已经进入山东腹地的东捻军，于7月份避开山东清军，直向东行，奔向平度和莱阳，然后改向西北方推进，奔赴渤海之滨的招远与黄县。
东捻军全部在海滨集结，清廷全歼这支起义军的机会到来了。李鸿章和丁宝桢连忙集结部队，扼守胶莱河全线，以封死东捻军的退路。
李鸿章精心布置这场大会战，动用五万人防守，四万人作战。他得到报告：胶莱河北口水浅，沙子容易崩塌，不能筑墙；而北口以西三十里处有潍河入海的通道。他提出从胶莱河以西修筑墙垒，连接潍河以东，直到海岸，令淮军和山东清军分段驻防，将运河驻防军调到胶莱河，由其他部队接管运河驻防。
李鸿章打算调动山东清军的所有兵力一万六千人分别驻屯。巡抚丁宝桢不同意，大大违背李鸿章的意思，只派出七千兵力。
李鸿章征调五千名直隶军、五千名浙江军和一万二千名湖北军，替换运河防御。 电子书 分享网站
1867年，同治六年（6）
这时，捻军已深入海湾，袭击福山和宁海。
清廷大员们都认为成功指日可待。只有曾国藩并不乐观，写信给李鸿章，主张按照刘长佑和刘铭传的办法倒守运河。
陕西和甘肃两省的清廷官员急切盼望的左宗棠湘军，于7月15日度过了河南灵宝的函谷关。一位谋士对左宗棠说，函谷神是李左车，必须祭祀才能过关。
左宗棠笑道：“李左车怎么挡得住我呢？”
黄昏，部队刚出山谷，忽然雷雹交作，山溪暴涨，车子骡马翻下山崖，军士们漂入大河，损失辎重几万件，一百多人死亡。
左宗棠于7月19日抵达潼关，帮办军务刘典和新任甘肃提督高连升一起到达西安东南侧的蓝田。
左宗棠把三十五岁的平江人朱德树调到陕西，统率骑兵，奏荐他升为副将。
杨岳斌的部将梅开泰所部会同邓全忠的部队攻克了米拉沟。
米拉沟属西宁管辖，是西路河运的要道。和平时期，回民常在此地聚集，也有一些逃犯来到这里。起义军兴起后，这里的绿林军频繁袭击西宁和凉州，阻遏兰州的粮运。
湘军攻克米拉沟以后，起义军和绿林军都来请降。于是，河州、洮州、狄道与西宁的回民堡垒大多数不再反对清廷，而南八营李得昌各部十六万人要求择地安插。
清廷对回民抱着不信任的态度，命令穆图善严加防备。穆图善张榜安民，命令投降的起义军交出军械。他派范铭率部赶赴洮州，派张瑞珍率部赶赴萧何城，派王得胜率部赶赴静宁，办理安抚事宜。从此，穆图善对于招抚颇为上心。
左宗棠见甘肃形势缓和，而捻军和回民起义军都在陕西境内，便没有前往甘肃。
左宗棠在陕西，依靠外省提供军饷。他看到浙江提供的军饷“源源而来”，高兴不已。他多次代表全军感谢杨昌濬的“嘉惠”，说杨昌濬和浙江的百姓，是陕甘两省的依靠。他还说，“何敢以寻常感激之语，施之至交”。他对杨昌濬做出的贡献，评价极高。
杨昌濬“性素平和”，是个好好先生，但甘于平淡，不爱做官。他身居高位之后，并未流连忘返。就他本人而言，他一直都想辞官不做。然而，他有一个精明的头脑，办事勤奋，忠于友情，左宗棠不但把他视为知己，还认为他是一名干才。
由于左宗棠在到达陕西之后，连连向他诉苦，言辞恳切，说有无军饷，关系到全军的存亡。杨昌濬把个人的意志置之度外，继续留在浙江，专为左宗棠筹饷。左宗棠还嘱咐他注重洋务，兴修水利，杨昌濬无不遵行。他和左宗棠志同道合，主张“用外人之器，师外人之长”，筹办海防，做出了一些成绩。
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东捻军在8月份已经明白了李鸿章的意图，为了突破封锁，回师平度，扑向清军和淮军的胶莱河防线，屡次攻击，都被淮军与河南清军击退。东捻军改道北进，奔向潍河出海口。
山东清军王心安所部刚刚修筑好壁垒，但堤墙尚未修成。东捻军长驱渡河，驻防的清军溃散。捻军袭击昌邑，向西南挺进，奔赴安丘。
李鸿章主张防守胶莱河，丁宝桢与他意见相左。李鸿章力排众议，才得到清廷的首肯。
山东清军驻防的潍河，本来是潘鼎新负责的防地。潘鼎新移师南下，要求山东清军替防。北路失败以后，潘鼎新指责王心安防守不力，清廷下令将王心安斩首。丁宝桢上疏为王心安争辩，清廷原谅了王心安，而严厉地训斥了李鸿章。
李鸿章上奏攻击丁宝桢。清廷下诏劝他们和解。
不久，东捻军从安丘和临朐两处并行南下，李鸿章又提出防守运河。英翰派张得胜等人率领安徽清军一万人扼守江苏宿迁东南方约六十里处的仰化集，防线向东延伸，直达海滨。
曾国荃派遣谭仁芳和刘维桢等人率领湖北清军一万二千人扼守山东梁山的靳口至亨济闸一段。刘长佑派唐训方和张树声率领直隶清军五千人扼守齐河与张秋，李鸿章又征调五千名浙江兵扼守六塘河。运河中段由淮军和山东清军分守。
东捻军从莒州攻打日照和江苏的赣榆、沭阳，然后折向西北，奔赴山东最南端的郯城和兰城。刘铭传、牛师韩和姚广武出兵拦截，屡次击败捻军。东捻军回头东进江苏海州。
丁宝桢将军情上奏，说东捻军将从沂州与莒州向江淮一带运动。清廷大怒，将李鸿章交付部议，将丁宝桢革职留任。
1867年，同治六年（7）
西捻军奔赴西安以北，攻打三原，刘效忠率部迎击，被捻军击败。湘军援兵赶到，捻军向东北方长驱直进，奔向蒲城。
甘肃的回民起义军出兵华亭，进入陕西凤翔，向西北方和东北方出击，袭击陇州、麟游和千阳，被乡团击退。甘肃宁州的回民起义军向东南推进，进入三水，谭玉龙率部攻击。起义军奔向淳化，然后向东北推进，返回宜君。
杨和贵率部追赶回民起义军，在黄河西岸的合阳赶上。起义军向西北方撤退，进入黄龙山。
耒阳人刘厚基奉调回军陕西，驻扎富县，率部在宜君以北、延安以南的甘泉大破张富满的农民军，然后攻克桥扶峪。
甘肃的回民起义军于8月下旬袭击陕西富县和宜君。8月30日，刘厚基的部队在羌村击败起义军。
9月6日，起义军袭击陕西东北部的米脂，接着向西北方推进，于9月12日攻击榆林，然后折向西南，奔向横山。9月22日，这支起义军攻占宜君，杀死知县张杰。
甘肃省会又燃起战火，河州的回民起义军攻击兰州。穆图善亲自领兵出城阻击，被起义军击败。起义军对兰州围攻五天，湘军将领彭楚汉率部死战，将起义军击退。
西捻军渡过泾河，攻打咸阳，游骑兵到达礼泉和乾�