刘锡彤接到报案以后，见毕秀姑生得美貌，而杨乃武又是自己的对头，自然不会轻易放过。他早就听到过有关被告的风言风语，心里有了成见，便给杨乃武定了个“夺妇谋夫”的罪名。杨乃武和小白菜自然不肯认罪。无奈酷刑逼供，屈打成招。“小白菜”被县官认定“谋杀亲夫”，判处凌迟处死。杨乃武的罪名是“通奸杀人”，判处斩首示众。
好在此案还要复审，必须上报杭州知府审核。不料知府维持原判，上报浙江按察使署。省级官府草率从事，维持原判，上报刑部。
在这个关键时刻，杨乃武的亲属几次进京上访，江浙朝野人士同声支援，惊动了慈禧太后。清廷将此案下发给浙江巡抚杨昌濬，令他会同有关衙门，亲自审理。清廷还不放心，又派出以清正而闻名的刑部胡侍郎，作为督察员，前往案发现场，进行调查，提审犯罪嫌疑人。
最后，杨昌濬将人犯、案卷和尸棺押解到北京，由刑部等衙门三堂会审。
杨昌濬为了维护湘军集团在浙江的地位，不愿让这桩冤案昭白，铸成了一生中的大错，给自己戴上了一顶昏官的帽子。
其实杨昌濬并不是一名贪官，甚至也谈不上昏庸。除了在这个案子中的表现，他可谓一名清廉干练的官员，而且有良好的品行操守。
这个湘乡人出身贫困，七岁时因聪明好学，得到免费进入蒙馆的奖学，十三岁接受同乡刘蓉的劝告，游学于罗泽南门下，后以童生考中秀才。
杨昌濬年幼时，父亲为他抱养了一个姓陈的女孩做童养媳。他中秀才后，亲戚们怂恿他的母亲退婚，他坚决地加以制止，此后与陈氏恩爱一生。
他在1852年跟随罗泽南团练乡勇，第二年随湘军转战湖南、湖北和江西。从1860年起，随左宗棠到江西和浙江镇压太平军，历任知县、知府、盐运使、按察使和布政使，从1869年开始代理浙江巡抚。他在清末算得上一个循吏名宦，他的言行风貌，颇多供人观采启迪。
杨昌濬秉性随和，凡事都爱息事宁人。为了袒护下属，他在杨乃武与小白菜一案的审理中，专横跋扈，无视舆论，一意维持州县的原判，成了一个昏官的典型形象。这场官司也因此而一时无法结案。
春天，席宝田镇压了贵州的苗民起义军，军事行动结束。湖南边境没有需要防守的地方，然而水陆湘军并没有解散。省城城守，悬火打梆，好像是防备起义军杀来。如此持续了几年。
1874年，同治十三年（1）
377
左宗棠没有进入新疆，坐镇甘肃，淘汰陕西和甘肃的驻防军，将营改为旗，以节约粮饷。他下令成立甘肃织呢总局和甘肃制造局，以及兰州火药局等机构，为后世发展西部工业打下了基础。
这时日本人侵犯澎湖列岛，李鸿章上奏，请调驻扎陕西的刘铭传所部赶赴山东，计划渡海增援台湾。
左宗棠担心陕西邠州和乾州兵力空虚，要求穆图善从泾州的驻军中拨出五个营，接手乾州的防务。
对于海上的侵略者而言，到这时为止，清军多少有了一些威慑力量。福州船政局到这年2月为止，经过近八年运作，造出了十五艘轮船。从这时起，日意格等人及几十名法国籍工匠，按照合同的规定，全部从船厂撤走，厂务和技术，都由船政学堂培养出来的学生接管。“新造诸船，俱用华人驾驶。”
福州船政局非常节省。建厂费用，只有四十多万两银子，到本年为止，总共只用了五百三十五万多两银子。
但是，日本人仍然遏止不了自己的野心。日本政府于2月6日通过《台湾番地处分要略》。4月份，日军组成所谓的“台湾生番探险队”，由陆军中将西乡从道率领三千人的舰队侵略台湾，在琅峤登陆。
日军于5月份侵犯台湾基隆，5月18日，日军开始与台湾当地居民交战。牡丹社酋长阿实禄父子等战死。江海戒严。清廷下诏，重新起用湘军名将蒋益澧，要将边防军事交给他办理。蒋益澧刚到京城，旧病复发，不久在北京去世，享年五十岁。清廷将他官复原职。
清廷得知日军侵犯台湾的消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沈葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战。
7月，日军以龟山为中心建立都督府。
7月21日，清廷召曾国荃、杨岳斌和鲍超等人入京，筹划增援台湾抗击日军事宜。
日军由于不服台湾水土，士兵病死较多。日本政府考虑到不能立即军事占领台湾，于是转而用外交手段解决问题。
三十四岁的湖南慈利人孙开华是鲍超旧部，为了加强东南海防，闽浙总督李鹤年上奏，请调他的擢胜营开赴厦门。清廷准奏，任命孙开华为代理福建陆路提督。
四十七岁的浏阳人李兴锐奉命办理机要，并赶赴江阴、狼山、吴淞和崇明等地视察，择险设守，指挥部队修筑炮台。
8月23日，清廷下诏，任命左宗棠为大学士，仍然留在陕甘总督任上。
四十二岁的宁乡人黄万鹏奉命率部镇压甘肃河州的闵殿臣起义军。他是湘军宿将，所部是刘锦棠建立的旌善五旗中的骑兵。
到了秋天，张曜率部西进，驻扎新疆哈密，大兴水利，开垦二万亩荒地，每年获得几千石粮食，供应部队。
哈密的土质容易渗水，开垦和耕种，需要使用土工、石工和毛毡包裹工，是别处所没有的。张曜亲自率领所部经营缔构，十分勤勉。
关外的各路清军，全部隶属于乌鲁木齐都统景廉。金顺率部出关，驻扎在巴里坤，与景廉关系不和。清廷向左宗棠垂询此事。左宗棠上奏说，景廉为人方正，很有学问，足以为僚属做出榜样，但是过于拘执古板。金顺宽和服善，很得人心，平时显得庸庸碌碌，但一上战场，就奋勇杀敌，这是他亲眼所见的。既然金顺处在前敌位置，就应该让他负责军事。
古丈人杨占鳌因伤病交发，以奉养亲老为由，辞官卸任回乡。慈禧太后赐给他一万两银子，要他回乡架桥修路。他回乡后广置田产，成为古丈首富。为了向清廷交差，他在三道河草草修了一座铁索桥，取名“三道河桥”。
刘岳昭抵达京城，得到清廷的慰劳，获赐寿礼。
经过一番外交斗争后，清廷与日本政府于10月31日签订《北京专条》，清廷付给“日本国从前被害难民之家”抚恤银十万两和日军在台“修道建房等”银子四十万两。
12月20日，日军全部撤出台湾。
日本第一次对外侵略扩张，首选的目标即为中国台湾，给清廷敲响了警钟，同时也暴露了日本霸占台湾的野心。
湖南提督宋庆于11月2日改任四川提督，云南提督马如龙改任湖南提督。
为了修筑一条从缅甸仰光到云南思茅的铁路，英国上校柏郎率领一支近二百人的武装探路队从缅甸出发，探测通向中国云南的路线。英国驻华使馆的职员马嘉理，奉公使威妥玛之命，从北京经云南到缅甸接应，准备年底与柏郎在八莫会合。
杨昌濬经手核查的杨乃武与小白菜一案，已经在全国闹得沸沸扬扬。民众对杨昌濬大为不满。但是，左宗棠对杨昌濬的清正为官，始终深信不疑。他没有想到杨昌濬会官官相护，妨碍司法公正。所以，他一直为杨昌濬叫屈，并且认为这是浙江和京城里有些人妒忌杨昌濬，故意跟他过不去，因为在此案发生之前，就有不少高官对杨昌濬进行过攻击。左宗棠曾安慰他：“阁下伟量宏才，朝论翕然，断非蚍蜉所能撼。”这一次，左宗棠依然力挺他渡过难关。
左宗棠知道，杨昌濬的去留，关系到陕甘军饷的有无，因此，他当然希望杨昌濬一方能够胜利，才不至于丢失浙江巡抚这个十分关键的位置。他不但不怀疑杨昌濬，还不断地给他打气。
左宗棠远在陕甘，并不了解此案的细节，凭什么对杨昌濬深信不疑呢？原因有五条。
首先，杨昌濬早就无意于仕途高进，不是官迷，不会去干用鲜血去染红顶子的事。
第二，杨昌濬在浙江为官，颇有建树，而且为楚军筹饷，不遗余力。因此而得罪浙江的一些官绅，在所难免。
第三，在此案审理期间，杨昌濬曾打算离开浙江，到甘肃协助左宗棠，似乎饱受了委屈。
第四，杨乃武一案，是报纸炒作出影响的。左宗棠非常讨厌当时由外国人出钱让中国人办的报纸，即所谓的“新闻纸”。这些报纸替外国人说话，混淆中国人的视听，令左宗棠大为反感。所以他主观认定，报纸抹杀了公论，为奸人喊冤，而对朝廷听信报纸传闻，他大惑不解，甚至气愤地说：杨昌濬有什么事情对不起浙江？偏偏浙江人就不服他的教诲，这都是因为他“性气宽和，人无所忌”。他感叹世风日下，竟然会有人“为奸夫奸妇劣属雪冤”。
最后，也是最重要的一点，杨昌濬在此案审理期间，又做了一件大公无私的事情，令左宗棠感动不已。
杨昌濬知道左宗棠在陕甘艰苦卓绝，正要进军新疆，收复国土，把自己积攒的养廉薪俸，共计二万两银子，捐献给左宗棠的部队。左宗棠从兰州出发时，收到这笔款子，抵达肃州时，才向杨昌濬表示感谢。他知道杨昌濬已经承受不住杨乃武一案的舆论压力，打算辞官回家，便在信中非常体贴地对他说：我虽然不敢辞谢你的馈赠，但担心你为官在外，长期没有顾及家里，恐怕将来连吃饭都成问题，所以到你回家时，我一定会把这笔款子寄还给你。
这件事，让左宗棠再一次看到，杨昌濬做官不为私利。这样一个官员，怎么会贪赃枉法呢？
然而，这件事的结果，还有待时间来证明。
1875年，光绪元年（1）
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同治皇帝于1月12日驾崩，享年十九岁。三岁多的光绪皇帝于1月13日登基。
1月20日大寒，曾国藩下葬湖南善化县坪塘伏龙山。
英国人马嘉理和柏郎率领的武装探路队，事先没有通知中国的地方官，于2月中旬擅自闯入云南，并扬言要进攻腾越城。
曼允山寨的景颇族居民力阻英国侵略者通过。马嘉理于2月21日向居民开枪，激起民愤，将马嘉理及几名随行的中国人打死，并把探路队赶回缅甸。
威妥玛就马嘉理事件向清政府施加外交压力，声言将派兵进入云南。英国公使也把矛头指向了岑毓英。清廷催促刘岳昭返回任上，处理此事。刘岳昭有意逃避，被御史李廷箫弹劾，说他拿奉旨觐见做挡箭牌，故意延搁。清廷将刘岳昭革职。
清廷任命五十七岁的湖南新宁人刘长佑为云贵总督，任命四十七岁的安徽庐江人潘鼎新为云南巡抚。
新疆正值多事之秋，清廷打算依靠左宗棠收复新疆，担心英国会与俄国联合起来阴谋占据新疆，便令李鸿章与丁日昌一同妥善办理马嘉理一案。
清廷于4月份下诏，任命景廉替补正白旗汉军都统，与侍郎袁保恒回京供职。任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。金顺被任命为乌鲁木齐都统，为左宗棠做副手。五十三岁的茶陵人谭钟麟实授陕西巡抚，负责筹集西征的粮饷。
谭钟麟自从1871年因左宗棠推荐先后出任陕西布政使和护理巡抚以来，能够体察民情，废除苛捐杂税，调和汉民与回民的关系，为湘军西征甘肃及时提供军饷，深为左宗棠赞许。
清廷还任命陕西布政使裕宽和陕安道沈应奎兼管糈台。
左宗棠于5月份上奏，请求清廷起用前任代理陕西巡抚刘典赶赴兰州。刘典于1870年以母亲年迈为由，请假回到湖南。清廷任命五十六岁的刘典为候补三品京堂，帮办陕甘军务。
金顺6月份抵达新疆古城，接管景廉的部队，将三十多营淘汰为十九营，加上金顺原来的部队，共有四十多营。
到这时为止，左宗棠所部淘汰掉了四十多个营，还留下骑兵和步兵一百四十一营，每年需要六百十四万多两的饷银。金顺所部则每年需要二百六十四万多两的饷银。穆图善所部每年需要一百零八万两饷银。雷正绾所部需要三十万两饷银。
这些银款，都由西征粮台收发，其中还没有包括驼干、仓储费和运费。各省关累积拖欠二千六百多万两银子，向各地行文催付，没有回音。
谭钟麟只好求助于清廷，请求上面干涉。他上奏说，自从五月陕西藩司接管西征粮台，到八月为止，催收各省关协助的饷银八十多万两。总督左宗棠每月需要四十多万两饷银。最近在新疆南北两路创设几条采运道路，里程都有四五千里，每月需要二十多万两银子的运费，而且举办屯田要费用，购买车驼要费用，制备军火武器要费用，整顿部队裁撤勇丁也要费用。支出一天天增加，收入一天天减少。这几个月全靠着向外国人借来三百万两银子，才得以勉强维持。但这些款子也是随到随放，现在已经用完了。
袁保恒前次上奏说，每到年关，部队都要发满饷。本年各营月饷没有发满，转眼就到年关了，部队需饷如命。如果还不能发放一个月的足饷，怎能满足将士们的期望，提高他们效忠朝廷的士气？
现在，出关各部整装待发，除了月饷，还要加上粮运，财政窘迫，胜过往年。请求朝廷令户部指名提取各省关欠饷六十万两，为部队发足年终一个月的饷银，并将出关粮运所需的军饷一百四十多万两，限于十月左右运到陕西，转运前敌部队，以供开销，保证西部军事的顺利进行。
清廷下诏，批准他的请求。
这时刘典因病辞去帮办职务，清廷允许他不去陕甘。谭钟麟又上奏说，左宗棠出关，后路驻防军有一百几十营，远者相距三千里，如果仓促之间有事要办，无人领命办理。刘典与各军都很熟悉，如果令他驻扎兰州，照顾后路，总督才可以专心向前推进，迅速投入作战，早一天获得成功，也就节省了一天的军饷。
清廷下诏，催促刘典从湘西出发。
清廷于5月30日将沈葆桢和李鸿章分别任命为南洋大臣和北洋大臣，令他们从速建设南洋水师和北洋水师，并决定每年从海关和厘�