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1876年，光绪二年（3）
清廷下诏，对他的想法表示嘉勉。
刘长佑于6月份抵达云南省城昆明，听说苏开先发动叛乱，占据了腾越。
在此之前，腾越以东的永昌，即现在所说的保山，已有李朝造反，但已接受清廷安抚。后来有个姓王的道士来到腾越以西与缅甸交界的盏达，也就是现在所说的盈江。王道士自称他有幻术，能抵御枪炮，迷惑了一些人。
苏开先是清军参将，以索饷为由，发动练军叛乱，攻战腾越，与王道士联手，气势大涨，向东影响到顺宁和云州，土豪悍卒乘机起事，占据城池，斩杀官员。永昌的李朝所部响应，迤西陷入混乱。
刘长佑命令代理提督杨玉科率部前往镇压，由道员陈廷珍为他做副手。
副将李应举于7月份攻克云州，叛军全部进入顺宁。
顺宁的造反部队听说清军杀到，也弃城逃走。清军追踪到昆明以北的禄劝雪山箐，抓获造反首领高显。
李朝所部向永昌运动，被清军提督和耀的部队击败，李朝被杀，余部解散。
杨玉科等部于8月份攻克腾越，将苏开先和王道士处死。
刘长佑命令各部搜杀逃跑的造反者段成虎等一百几十人，将他们全部处死。迤西再次安静下来。
刘长佑认为本省各地团练立场不稳，难以控制，上奏请令提督胡中和招募一千名湘军，从四川进入云南，令副将文明迪所部湘军五百人，从广西进入云南。文明迪是刘长佑旧部，深得刘长佑信任。
按照惯例，云南的编制内清军都是从练军中挑选，十个里面挑七个，都发给全饷，听从征调。淘汰下来的留在营中，月饷只发七成，缓发七成，文武官员都说他们不能胜任防守。
刘长佑决定裁兵就饷，将编制内的清军减半，发给五成兵员的军饷，另外留下十二营练军，以候调遣。这样每年只增加了十多万两银子的开销，但全省的军制焕然一新，部队不用担心饿肚子了。
李鸿章于9月13日与威妥玛在山东烟台签订中英《烟台条约》。清廷将杀死马嘉理的人处死，向英国赔款道歉，允许英国人开辟印藏交通，开放宜昌、芜湖、温州和北海为通商口岸。
英国人又提出要求，要在云南设埠通商。清廷下诏，让刘长佑发表意见。刘长佑上奏，不赞成马上在云南开通商埠，担心再发生类似马嘉理这样的案子，影响全局。他提出在三五年后，局面安定了，再派员与英国人商办。
冬天，四川巴族人袭击云南东北部的昭通。总兵全祖凯派兵渡过省界金沙江作战，将巴族人的船只全部烧毁，巴族人退回住地。
昭通的大关和镇雄的伐乌关同时出现绿林军，刘长佑派全祖凯部将绿林军全部扫平，迤东也再次回复平静。惟有东南部的广南县那鸡寨有几百名行劫多年的绿林军，占据山岗，大肆抢杀。宝宁知县李宾领兵将他们击退，斩杀首领王喜。
12月1日，五十八岁的湘阴人郭嵩焘率领同行的三十多人，乘坐英国邮船“特拉凡科”号于午夜12点从上海虹口码头起航。他被清廷委任为出使英国的钦差大臣，专门就马嘉理一案向英国政府道歉，以示友好往来。
中国第一任驻外公使苦乐交杂的使西历程就此开始。
382
刘锦棠在8月份率轻骑赶赴吉木萨尔，与金顺商量军事。他和金顺约定，由金顺率部驻扎阜康城，他自己率部驻扎城东的九营街，以图进取。
左宗棠增派徐占彪部接防巴里坤。他又命令驻扎在哈密的张曜，将分派在甘肃安西驻守的兵力全部调到哈密，以加强哈密与吐鲁番一带的防御。
张曜到达哈密时，发现当地的回民都被白彦虎胁迫走了，留下一片荒芜。张曜牢记着左宗棠的叮嘱，在这里试验军垦。
他首先发动士兵和当地老百姓寻找水源。有经验的老兵发现一片长势较好的草地，想到有草就会有水，便借来锄头一刨，果然找到一股清泉。老兵带着人马沿着这线草地往前走，找到了源头，水源距离张曜所部分片屯垦的土地约有十来里。张曜便从部队的军饷中节约开支来挖修水渠。
张曜所部只有一营担任警戒，其余全部投入屯垦，一支部队挖渠，一支部队烧荒挖土。为了防止水在流经途中渗透浪费，渠道挖好以后，全部用三合土砌一道护壁。平原上到处都是挖土烧荒的士兵，插满了“左靖恪军”的旗帜，到处响起了湖南的花鼓戏与安徽的黄梅小调，一派祥和景象，哪里像有战事的样子？
1876年，光绪二年（4）
几个回民出于好奇，过来瞧瞧，试着问了一句：“能不能给我们几块地种种？”张曜说：“行，你们有经验。你们还可以宣传朝廷不杀回民。”张曜不仅拿地给他们种，还免费提供种子和农具。这样，又有九百多户回民返回家园种地，一块荒芜了的土地马上恢复了往日的热闹，炊烟四起，鸡犬之声相闻。
张曜所部一共开出水田三千五百亩，旱地一万五千八百亩，植树十万株，开挖石渠十一里半。
兵屯带动了民屯，哈密地区来归的农户超过两千户，种粮食几个月就见到成效。远距离运输粮食的做法基本停止，在古城与济木萨一带甚至还有部分军粮出售。
白彦虎听说湘军大举出动，还在搞兵屯，大为恐慌。他率部从红庙移驻古牧地，联合当地回民马明的部队抵抗湘军。他们剔发改服，暗中依附安集延人。安集延人也派缠头回民助战。
刘锦棠经过侦察，发现阜康城西水洼纵横，绵延二十里，可以疏通荒废的渠道，供给饮用水。从这里向戈壁走出五十里，直达黑沟驿，才有泉水。
8月8日，刘锦棠令部队开沟引水，靠着废渠扎营。第二天，部队开往戈壁，假装挖井，以使敌人放松警惕。
刘锦棠与金顺约定，当晚出兵偷袭黄田，攻破敌军关卡。
夜幕降临，古牧方向远远地传来号角声，刘锦棠和金顺所部先占据山冈，余虎恩和黄万鹏等人的骑兵从山上冲下，与白彦虎的骑兵厮杀。鏖战良久，白彦虎派步兵增援，谭拔萃、谭上连和董福祥等人的步兵从中路杀出，骑兵分左右包抄，大败白彦虎部，驻防关卡的部队全部逃走。湘军直抵古牧。
刘锦棠认为古牧城防御坚固，很难迅速攻破，便率部返回黄田驻扎。古牧的回民首领马明被帕夏抓住，押往南路，玉治和金中万率领当地回民坚守古牧。
刘锦棠于8月12日挥师包围古牧地，帕夏派军官阿托爱率领骑兵赶来增援。刘锦棠令余虎恩率骑兵在山前伫立，严阵以待。又派步兵分头攻打山垒南关，全部攻克。阿托爱弃马逃走。
8月16日，刘锦棠令部队将开花炮抬来攻城，将城墙垛堞轰塌大半。8月17日，湘军一鼓作气攻克古牧，全歼六千名守军。
刘锦棠估计乌鲁木齐的守军将会逃走，于8月18日亲自率部向乌鲁木齐开进。抵达城东时，发现安集延部、当地回民和缠头回民全部在头天夜里撤走，于是湘军进占乌鲁木齐迪化州及妥明下令建筑的伪王城。
刘锦棠调兵遣将，令各部分头追出三十里，到达盐池，为戈壁所阻，各部返回。
湘军的一系列进攻，令白彦虎和帕夏的部队闻风丧胆。昌吉、呼图壁和玛纳斯的守军都弃城逃走。帕夏派来增援的五千骑兵已到达坂城，距乌鲁木齐二百里，听说友军失败，不敢推进。新疆北路略为安定，只有玛纳斯南城尚未攻克。
清廷收到捷报，赏刘锦棠骑都尉世职，赏谭上连、谭拔萃和余虎恩等人云骑尉世职，黄万鹏赏穿黄马褂，其他将领都得到不同程度奖赏。
左宗棠见新疆北路已经扫清，于9月份要求金顺和锡纶率部分别扼守各城堡要隘，搜查敌军残部，命令张曜、徐占彪与刘锦棠率部向南路进军。
刘锦棠下令搜山，陶生林与谭和义等部奔向东山，黄万鹏、谭上连、谭拔萃和余虎恩等部奔向大池和小池，向东南发展，抵达柴窝堡，小有斩获。
这时候，帕夏率部占据吐鲁番西南侧的托克逊，修筑三座城堡自卫。托克逊是噶孙的军营，北守达坂，就能阻击刘锦棠的乌鲁木齐部队，东守吐鲁番，就能阻击张曜的哈密部队。
从乌鲁木齐撤出的败军，在达坂集结，白彦虎和于小虎的部队占据南山小东沟，派兵四处割禾，准备干粮，企图绕到湘军后方攻击。
刘锦棠于8月28日率部奔向小东沟，白彦虎所部已于前一天奔向金口峡。第二天，刘锦棠部急行军九十里，在金口峡追到白彦虎部。只见几万名老弱妇女，踉跄奔走，惊魂不定。白彦虎和于小虎已率部并入托克逊。刘锦棠回师乌鲁木齐。
帕夏见白彦虎和于小虎势力日渐衰弱，开始对他们颐指气使，勒令他们的部众剃发改装，傍靠他修建的三座城堡居住。
左宗棠令张曜的嵩武军西进，取道七克台，向吐鲁番以东的辟展进军。令徐占彪的蜀军搜索巴里坤和古城一带的各山，从木垒河出兵，与张曜所部夹攻吐鲁番。
木垒河地势宽阔，可以容纳一万骑兵，而且水草丰饶。雍正年间，岳钟琪上奏，说在这里驻扎重兵，必定有效。
金顺所部正在攻打玛纳斯南城，久攻不克，要求湘军助攻。刘锦棠于10月份派出道员罗长祜与谭拔萃、黄万鹏、董福祥等部的十一个营前往。左宗棠见刘锦棠兵力单薄，增派总兵章洪胜、方友升和桂锡桢等部归他调遣。11月上旬，又奏调金运昌军五千人从包头长驱西进，协助刘锦棠。
金顺和锡纶所部于11月17日会同湘军攻克了玛纳斯南城，俘虏伪元帅海玉、马受和马有才等人，妥明手下的悍将都被歼灭。
金顺于12月份率部移驻昌吉，令提督孔才所部驻扎玛纳斯，令方春发所部驻扎呼图壁，令副将徐学功等部分别驻守北路要害，湘军罗长祜等部返回乌鲁木齐。
此后大雪封山，左宗棠各部无法越岭南下。帕夏和白彦虎趁着这个休战的间隙，率部转移到达坂和新城两山之间，派大通哈守卫。
所谓大通哈，就是大总管的意思。
吐鲁番过去有满汉两城。帕夏的次子海古拉又每天驱策万夫修造伪王府，雄阔异常。整个冬天，帕夏令白彦虎和马人得所部驻守吐鲁番，海古拉所部驻守托克逊，大通哈率部驻守达坂，他自己住在西南方向的喀喇沙尔，即现在所说的焉耆，为三路策应。
这一年，慈利人孙开华奉命督师东渡，抵达台湾，屯驻基隆，镇摄台北。当时台湾反清的土著暴动者主要在后山，有阿绵社和纳纳社。孙开华率部抵达成广澳，进驻水母丁。
孙开华所部先取纳纳社，然后进攻阿绵社，擒杀暴动首领马腰兵等人。暴动平息后，清廷对孙开华赏穿黄马褂。
1877年，光绪三年（1）
383
杨乃武与小白菜一案的复审，历时四年，终于案情大白：杨乃武与小白菜是冤枉的。三堂会审之后，杨昌濬又用重金贿赂刑部尚书皂保，企图阻挠平反。
左宗棠这个旧部将领于3月份被清廷革职。这起冤狱的平反，直接导致了官场大地震，江浙地区一百多位官员的顶戴花翎全部摘掉，永不叙用，因军功而入官的湘系军阀受到沉重打击。
至于被告杨乃武，人未亡家已破，连回家的路费都是胡雪岩资助的。他伤筋折骨，几乎成了残废，回到家乡后心灰意冷，轻易不与外界交往，专心研究孵育蚕种。三年之后，培育出了一个蚕种品牌：“风采牡丹，杨乃武记”，家道中兴。
另一名被告小白菜出家为尼，从此在青灯古佛旁了却余生。
杨昌濬在整个审案过程中，一力阻挠平反，竭力维持原判，主要是受了下属的蒙骗，而且也有政治上的考虑。为了筹饷的顺利进行，他必须维护浙江官场中湘军集团的利益。到了最后关头，他为了保住关系网，使出了行贿的下策。
他的这段劣迹被人们编成了戏曲，题名为《杨乃武与小白菜》，广为传播，令杨昌濬不齿于舆论，抬不起头来。
在此之前，左宗棠非常体谅杨昌濬的处境，不愿把他继续留在官场，承受压力，所以劝他放弃官职，不要再为楚军西征筹饷而苦苦煎熬了。但是，杨昌濬两次辞官，清廷都不批准，直到将他革职。
这桩冤案平反以后，左宗棠对杨昌濬没有过多指责，只是直率地要求他“引咎自责”。不过，左宗棠“恭读圣谕”之后，发现清廷除了平反冤案，对杨昌濬并“无诘责之词”，很是欣慰。而且，左宗棠对于这件案子的审结，仍然有所保留。他说，他翻遍了《洗冤录》，并未发现中毒而死的人，可以从骨头的颜色来分辨查验。那么这次验尸官的尸检报告，以及刑讯官员定案的依据，存在可疑之处。
当然，左宗棠没有打算在这件事上纠缠。他劝杨昌濬趁机辞官返乡，不要到条件艰苦的陕甘来受罪，可见他对杨昌濬仍然是非常包容和爱护的。
杨昌濬终于卸任归家了。左宗棠从朋友的来信中得知，杨昌濬仍然非常平和，不喜不怒，左宗棠赞赏地说，从这件事，足以看出杨昌濬的“学者襟抱”。
左宗棠还听到一种传言，说杨乃武一案重审时，死者的尸体被人调换了。他说，如果这个传言属实，那么舞弊比“舞文”更为恶劣，由此而感叹当局者为何如此昏聩。
新疆的冰冻在4月份消解。刘锦棠率部从乌鲁木齐翻过山岭，攻击达坂。张曜率部从哈密西进，先派提督孙金彪所部与徐占彪所部在盐池会师，然后奔赴吐鲁番。
刘锦棠所部在4月16日抵达柴窝，留下部队驻守。
柴窝距离达坂只有二十里。当夜初鼓时分，刘锦棠令部队衔枚疾走，要求在五鼓时分集结于达坂城下。
帕夏的大通哈刚刚引来湖水屏卫达坂城，道路泥深，战马腿陷泥中，直到马腹。余虎恩、陶生林和夏辛酉等部骑兵掠过深淖，在城左山冈列队。谭上达、谭和�