陈玉成起初没有起疑心，到了堂上，见案几上摆着枷锁，便怒骂道：“姓苗的，你是个反复小人！我死了，就轮到你，你最好快一点自杀吧！”
苗沛霖将陈玉成及其二十名随从捆绑起来，装在囚笼里，打算献到颍州胜保的军营。捻军首领张洛行探知这一动向，在江口集结部队，企图将陈玉成劫救出来。苗沛霖出兵，将捻军击退。
陈玉成所部太平军，有的投降，有的散去。
苗沛霖将陈玉成送到颍州以后，胜保用囚车将他押往北京。到达延津时，接到清廷旨意，将这个二十六岁的天国王爷凌迟处死，并将首级传阅安徽和河南两省。
陈玉成的勇猛，稍逊于杨秀清，但在谋略上略胜一筹，在军中有个外号，叫做“四眼狗”。韦昌辉和杨秀清内讧之后，石达开离去，洪秀全所能依靠的人，就是苏州的李秀成和安庆的陈玉成。陈玉成被清廷杀害以后，湖北和安徽交界处稍稍平静。
胜保既妒忌湘军的功劳，又想养着苗沛霖来巩固自己的兵权，便在暗中袒护苗沛霖，又率部攻克颍上城，作为自己的功劳。李续宜早就讨厌贾臻，胜保却上奏贾臻的功劳，说了袁甲三的坏话。
李续宜提出大家要和衷共济，把颍州置之度外，袁甲三也请了病假。清廷下诏，密询“剿抚机宜”，李续宜复疏，主张剿灭苗沛霖。清廷同意他的看法。
捻军于6月份攻占河南西北部的宜阳，杀死知县谢仁溥，西攻永宁。另派部队去与陈得才与马融和的太平军部队会师。
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四川东部的顺天军从4月下旬起开始频繁活动。天洋的顺天军向西进兵，在八角寨会合。鹤游坪的顺天军分兵北上，袭击梁山、垫江、大竹和邻水，
云阳的顺天军直向西北进兵，于4月24日攻占太平，即现在所说的万源。然后向北挺进，奔向陕西的定远。易佩绅率部尾随，一起进入陕西。
1862年的陕西，成为各路起义军群英荟萃的地方。
广西藤县人陈得才，是陈玉成的表叔，本人是太平天国的扶王。他于1862年初奉命带领遵王赖文光、启王梁成富和祜王蓝成春等将领，西征河南与陕西。这支大军联合河南的捻军部队，于3月份从河南西南部的内乡，开进陕西东南边界的武关，从孝义出山，进入商州，于4月份攻占镇安和孝义。陕西提督孔广顺率部抵抗。蓝田的太平军和捻军联合向省城西安运动，攻克西安东北边的渭南，杀死知县曹士鹤，西安戒严。 。。
1862年，同治元年（11）
陕西巡抚瑛棨和将军托明阿飞马送信求援，清廷命令官文和曾国藩在多隆阿和舒保两人中挑选一人带兵增援陕西。瑛棨知道远水救不了近火，每天跟团练大臣张芾一起劝导绅民招募团勇自守。在籍知府梅锦堂率领十八廒的团勇防守子午谷，训导赵权中率领沙苑的团勇防守箭谷。
4月29日，渭南的回民首领马世贤和马四元率领五百名回勇参见赵权中，说他们奉了团练大臣的命令，招募勇丁，来协助防守。赵权中收下了这支部队。
不久，民团首领陈茂经、张龙骧和张新绪相继阵亡，赵权中害怕了，命令马世贤等人率部退守渭河渡口。回民勇丁听到警报，全部解散回家，十个一队，五个一群，经过华州的小张村，砍伐民家的竹子做长矛。主人发现了，率领众人呼喊驱逐，打死了两名回民。其余回民逃到秦家村，隐藏起来。
秦家村是华州回民聚居的村落，村民们听说有同族人被杀害，便打算联合其他村落的人去复仇。
小张村的人听到消息，担心遭受攻击，便联合滨河村堡的一万名汉民，打算先发制人。华州的回民们大为惊恐，全部扶老携幼，渡到渭河以北，寄居在大荔、渭州和沙苑之间，传言三地的汉民正在用传单相约，要在三天内把回民杀光。当地的回民们将信将疑，埋伏在要道等待。
华州的回民绑着一个汉民到来，搜查他身上，果然发现了所说的传单。其实传单是用心不良的人伪造的，为了让所有的回民信以为真。于是谣言四处传播，人心惶惶，一日数惊。
回民聚居的村镇堡店中，规模最大的，在大荔有王阁村、羌白镇和桥店，在渭南有禹家庄、仓头渡和邸家庄，在华州、大荔和渭南交界处，则有乜家滩。在这些大村堡周边，还有几百座小的村堡。
回民首领中，以勇猛和智谋著称的人，有赫明堂、任五。马世贤、洪兴、马龙、马四元、乜代荥、乜代恩、邸元魁、大瓜蛋与哈哈娃。其中赫明堂和任五两人率先发难。
王阁村和羌白镇与大荔的八女井相邻。井民素来强悍，侦察到回民将要起义，集结一万人，打算向回民开战。富绅李树德劝井民不要动武，并与回民讲和。回民答应下来，井民便解散了队伍。
陕西的回民起义正在酝酿之中，四川的各路起义军则转战各地。石达开的一支部队袭击南川，然后杀出四川境外，南下贵州桐梓。石达开本人率领几万兵力包围綦江，挖掘地道，炸裂南边的城墙，知县杨铭下令开凿内濠堵截。
唐炯接到警报，率部驰援，烧毁太平军营垒。杨铭率团勇出城夹击，石达开命令部队撤走。
唐炯有个绰号叫“唐拼命”，命令部队有进无退，但他并不懂军事，只是硬拼而已。
刘岳昭率部驻扎在江津先市场，曾传理率部驻扎在合江，屏蔽泸州。唐友耕率部从重庆赶来，与唐炯的部队会师。石达开率部南下贵州仁怀，然后在山路上穿绕，向西北方推进，再度进入四川，到达叙永废城。然后再向西北推进，奔向兴文。
顺天军这时已包围兴文以北约一百里处的江安，曾传理领兵向江安追击。顺天军与石达开的部队会合，攻占长宁。长宁知县周于堃战死。
刘岳昭部和唐炯部赶到长宁，联合攻击，将两支起义军击退。起义军南下珙县。
蓝朝鼎的顺天军余部屡次败在湘军手下，无法在本省立足，艰难地北撤到陕西，便与太平军和捻军会师。顺天军一部驻扎在陕西西南部的洋县，派兵攻占了洋县东北方的佛坪。蓝二顺所部驻扎在陕西东南部的商州和山阳。这样一来，战火在陕西的汉水以南燃起，越烧越旺。
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湘军攻克了庐州，苗沛霖向胜保献出了颍州和寿州，安徽的战事初步平定。这时候，多隆阿的名头非常响亮，太平军都不愿和他的部队作战。曾国藩见江南的太平军闻风惊动，派快马送信给多隆阿，约他会师。多隆阿素来认为文官不可亲近，而且他自己不认识汉文，又讨厌儒吏，便回复曾国藩说，军事权最好由一个人掌握，表示了不愿与曾国荃同处的意思。曾国藩迁就地回答：和先前约定的一样，军事行动都由多隆阿指挥。
官文揣摩多隆阿最终不愿意东进，而四川德安的各路起义军余部都进入了陕西，陕西那边先前已经上奏，请求派雷正绾赴援，现在他也上奏，请清廷下令，派多隆阿率部前往陕西。陕西巡抚和京城的朝官也天天谈论，关中是帝王之都，是天下最重要的地方，应该派有能力的武将过去。清廷便命令多隆阿率部前往。
1862年，同治元年（12）
这道命令一下，官文见自己的意见能够得到清廷的赏识，更加高兴，最终决定把多隆阿派出去。对于曾国藩集中兵力攻打金陵的意见，他再也听不进去了。
曾国藩认为派多隆阿去陕西是不明智的决定。他独自叹息道：“多隆阿威名太盛，贼寇知道打不过他，必然会逃入南山老林，这就是所谓用骐骥来捕捉老鼠啊。”
他写信给官文说，江南的财富，与陕西相比，何止多过十倍，造反者的数量，又何止多过百倍！从前湘军有大的谋划，只是以书信往来交流意见，不会靠着先上奏朝廷取得圣旨来压人。所以我曾国藩不会上奏与你争辩，而只是与左右商议，多隆阿应该停止西行，以图江南。
官文既然已经建议多隆阿西行，哪里还肯阻拦多隆阿！多隆阿留下五千人驻扎庐州，自己打算率领一万五千人向陕西开进，清廷任命他为钦差大臣。
进入陕西的陈得才太平军和捻军部队为渭水所阻，无法渡河。陈得才听说陈玉成在安徽吃了败仗，一心想去救援，便接连攻占渭南与华州，东奔华阴，出了潼关，东返河南，攻占阌乡，包围南阳。蓝二顺的部队也从陕西东南部的山阳进入湖北，攻占郧西。
陈得才在路途上听说陈玉成已被杀害，便回头西进，联合太平军与捻军部队，共有四五万人，从河南西部城市淅川袭击三省交界处的重镇荆紫关，然后驻扎在此。
清廷下诏，命令荆州将军多隆阿与胜保入关。多隆阿率领庐州的部队，胜保率领颍州的部队，都向关内开进。多隆阿所部都是湘军，从安徽西进湖北，再西进陕西，攻克三省交界处的荆紫关，然后打败商南的捻军。捻军回师河南，北上卢氏，从宛郡南下湖北枣阳，挺进东南方，攻占随州，随后南下，攻占应城和京山。
陈得才也率部返回湖北。湖北的清廷官府大为震惊，又上奏请求多隆阿回师东返。多隆阿追踪起义军赶到樊城。
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在多隆阿的部队对庐州发起攻击的那些日子里，在安徽东南一带和浙江全省，都在发生激烈的战争。
浙江东部，清廷宁绍台道张景渠于5月初从定海招募海盗商船，率兵西渡，攻克镇海，进军宁波，与英法联军一起攻城，参战民团超过十万人，攻克宁波各县，进军余姚。
浙江西部，杨辅清从威坪进攻遂安，正好宁国的太平军被鲍超的部队击败，也经昌化向遂安赶来。左宗棠打算攻打龙游，便从常山率部北返开化，令刘典的部队攻打常山西北方的华埠和开化北面的马金街，扼守马金以北的汾口，崔大光也率部赶到。
杨辅清显然回避与湘军交手，于5月13日夜间率部北撤。当王文瑞和刘典率部追赶到淳安时，这支太平军已取道昌化，进入安徽宁国。
浙江东南部的太平军仍然很想攻占温州，一支部队从处州向东推进，另一支部队从乐清南下，一起进击温州。秦如虎率部在温州以西的瞿溪阻击。太平军从瞿溪攻击郡城，闻处道支方廉负责守城，秦如虎部从城外将太平军击退。
太平军稍事整顿之后，再次围攻温州。福建清军将领张启煊率部在桐岭与太平军交战，被太平军打败，退守瑞安。庆端增调曾元福和曾玉明等人率部增援。
太平军的主力都调到了温州周边，民团趁机进占缙云、青田与乐清。
在安徽东部的长江之滨，湘军水师于5月15日到达西梁山，烧断拦江的铁链。太平军不战而走。曾国荃分兵夺取各处阵地。他时而乘小船沿洄江而上，时而单骑驰往高处，了望地形。他认为金柱关是芜湖的屏障，群湖都由这里出口，便邀约彭玉麟率水师攻打。彭玉麟率领外江水师、内湖水师和淮扬水师十八营，大军直驶金柱关。
5月18日，曾国荃率领十五营骑兵和步兵从西梁山渡到长江南岸。彭玉麟的水师已先到金柱关。曾国荃自己率领七千人赶到，趁太平军没有防备，突袭太平府，也就是现在所说的当涂。
太平军没有料到湘军会突然杀到，来不及闭关，湘军已攻入北门，进占太平城。然后，联合水师连夜攻打金柱关，烧毁关内关外的庐舍。衡阳人王吉率部蛇行前进，袭破太平军军营。杨明海在作战中负伤，裹伤再战。
太平军冒火奔逃，湘军短兵拦截，太平军尸累堤岸。
1862年，同治元年（13）
曾国荃又分派王明山的水师攻打乌江。令黄翼升的部队攻打东梁山。
5月19日，湘军攻占金柱关和东梁山，王吉和杨明海都因功以总兵记名。
湘军继续进军，捣毁三汊河与上驷渡的几十座太平军壁垒，缴获三百七十尊大炮以及数以万计的旌旗刀矛。太平军黄崇发部败走。
曾国荃下令进军芜湖。彭玉麟调动上游的所有水师，在裕溪口集结。
湘军来到芜湖城下，曾贞幹、黄翼升、陈湜和黄润昌督促部队登城。黄润昌事先已经派人劝说守军投降，太平军自相惊扰，湘军趁乱急攻，于5月20日攻占芜湖。王明山的水师又攻克烈山石垒。于是沿江的各个关隘，都成为湘军的壁垒。
此战以后，清廷将黄翼升以提督记名。黄润昌升为知府。
5月下旬，曾国荃挥师东进江苏，进攻天京以南五十里的秣陵关。驻防的太平军献关投降。曾国荃派曾贞幹所部绕到三汊河后方，逼近天京城西的大胜关，扎造木桥，在桥畔埋伏精兵，命令后队偃旗息鼓，急速前进。
太平军担心湘军形成大包围，将他们困死，便趁夜放火，放弃壁垒撤退。
5月29日，曾国荃的部队攻克大胜关和三汊河的太平军壁垒。
彭玉麟的水师驻扎在金柱关，听说曾国荃的部队孤军深入，担心陆师为太平军所败，便命令彭楚汉、王吉、喻俊明、成发翔、王明山和谢濬畲等人的部队，从烈山驶入江宁城西的头关，攻击太平军阵地。
5月30日拂晓，曾国荃也到达前线，陆师趁势发起攻击，进占头关。
在此之前，陆师前锋已经进驻雨花台，正如彭玉麟所料，被太平军包抄了后路，截断了运输线。湘军通信梗塞，军报不通，部队人心惶惶。到这时，在水师帮助下破了头关，又有水师护送粮食，从长江水路运来，陆师军心才安定下来。
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湘军水师进入江宁城西的头关以后，彭玉麟自己乘舢板来到这里。各路水师刚刚收队，见一艘插着红旗的小船直驶过来，非常惊讶。
这时，天刚蒙蒙亮，王明山还未起床，哨官廖德茂叩见彭玉麟，说王明山连夜作战，刚刚返回指挥船，彭玉麟听了点点头。不久，曾国荃派来的陆师将领，向水师将领询问攻克关隘的情况，见彭玉麟在场，非常惶恐，张口结舌。
廖德茂去向王明山报告，王明山听说打了胜仗，高兴地骂道：“你们这些蠢奴才，急于消灭长毛，回来岂不饿死了？”
廖德茂说：“大帅昨夜已到头关。”
王明山大吃一惊，连忙起床，出去参