没有建立自己团队控制国民党中央的情况下，无权无势不说，被更换下台只是时间问题，因此在党主席问题上决不退让。双方准备在决定李登辉出任代理党主席问题上一拼高低。
1988年1月19日晚，宋美龄给李焕送来一封亲笔信。信中借###级中评委陈立夫建议，应该考虑集体领导模式。26日晚，俞国华本人也接到蒋经国的三儿子蒋孝勇的电话，转达宋美龄的意见，并建议推选党主席推迟到预定于7月7日召开的第十三次代表大会进行。一封信一电话，表明蒋家和宋美龄的势力不甘心退出政治舞台。
俞国华立即与主管党务的李焕进行会商。俩人经过与关键的中常委联系后，取得的共识是按原定计划，推选李登辉代理党主席。中常委内出现“拥李风”，并非是李登辉的威望有多高，也不是李登辉的势力有多大，人们当时只是觉得李登辉没有过大的危害性，选李也无妨。而宋美龄的干涉，实质助长了“拥李风”。党内外不满几十年的蒋家独裁，对蒋家势力存在的逆反心理，颇有你说好我就说坏、你说坏我就说好的对抗心态，宋美龄的活动当然起不到应有的效果。
中常会按计划于1月27日召开。其中，严家淦、谷正纲因病请假，宋长志“驻节”巴拿马，李登辉请假，共有27名中常委与会。上午8点，和往常的中常会一样，会议正常召开，直到9点，会议因为进行其他议程，推举代理党主席案还没有人提出。此时，有一个人跳了出来，为李登辉劝进，这就是宋楚瑜。
宋楚瑜，祖籍湖南湘潭，其父曾在蒋介石手下服务多年，本人为美国乔治城大学政治系博士，1974年返台后不久出任蒋经国的英文秘书，以后官职直线上升，1979年出任“新闻局局长”，1984年出任国民党中央文化工作会主任，蒋经国去世前夕转任中央党部副秘书长。宋楚瑜是蒋经国挑选的青年才俊中的代表人物，深获蒋经国的信任和重用，他的见解和取舍引人注目。
宋楚瑜在会上突然请求发言。他身为中央党部副秘书长，在中常会上只有列席权，如果不被点名则不能发言，对于宋楚瑜的唐突行为，与会者感到惊讶，作为会议主席的余纪忠出于礼貌同意宋讲话。郝柏村是这样记述宋楚瑜讲话的：“然而坐在列席人位上的宋楚瑜心急如焚，突然要求发言，陈述推党主席案如不提出，‘对党、对国伤害一天大过一天’、‘多拖一天，多对不起经国先生一天’，然后愤然退席，留下在场中常委一片愕然。”
宋楚瑜的发言，影响极坏，等于把全体中常委逼到只有同意李登辉出任代理党主席的边缘。结果拥护李登辉代理党主席成为一边倒，会议一致同意李登辉出任国民党代主席。至于宋楚瑜的举动，他意识到在李登辉时期已无多大挥洒空间，只有及早划清与蒋经国的关系，漂洗身上的亲蒋味，为迎接“李登辉时期”的到来、为投靠李登辉而创造条件。
“代理党主席之争”的实质是权力之争，是失去蒋经国后的蒋家势力还想卷土重来，控制国民党。但是，蒋经国信任的亲信纷纷背叛而去，无力再战。师出无名、战而无将，结果轻而易举地被蒋经国所挑选的“接班者”李登辉所击败。李登辉也趁机打击自己上台后的最大威胁——蒋家势力，使得亲蒋势力失去了主要旗帜。“代理党主席之争”，揭开了蒋经国去世、李登辉上台后国民党内政争的序幕，也成为李登辉削弱国民党的第一仗。
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重组权力核心（1）
李登辉抓到“总统”和代理党主席大权后，开始了巩固权力与政治清算的斗争。一是巩固拥李派的权力，尽快占据权力峰层；二是削弱亲蒋派的权力，消除威胁。在这一场实质是国民党内蒋经国去世后的权力大转移中，李登辉运用“本土化”、“民主化”策略，见招拆招，斗而有序，争而不败，将亲蒋派为主体的非主流派彻底击溃。
台湾最高权力中心——“总统府”国民党第十三次代表大会，是国民党退据台湾近40年来面临重大政治转折和空前挑战的背景下召开的一次会议，国民党迫切需要解决的问题有党务革新、“结束戡乱”、“宪政改革”、大陆政策调整等问题，但是最为重要的是李登辉需要解决权力基础问题，巩固自己的统治地位，所以第十三次代表大会是国民党进入“后蒋经国时代”召开的第一次“代表大会”，也是李登辉巩固权力开始出招及取得相当成功的一次“代表大会”。
李登辉的重点是如何实现权力中心的大转移。把权力中心由蒋家阵地转移到李家阵地。为此，他一是严把党代表关，出席会议的大部分代表必须是切断蒋家脐带、能够支持李登辉的人；二是严把中央委员关，李登辉通过对半数中央委员候选人的提名及操控选举，控制中央委员会的目的已经达到；三是严把中常委关，亲蒋的中常委中有12人被换掉，中常会完成自第七次代表大会以来规模最大的一次改组。上述一切，都是在发扬“党内民主”的旗帜下进行的。
在以上人事结构调整中，可以看出国民党的政治和政权结构已经发生巨大变化。首先，李登辉的最高领导地位得到进一步确立。他继任“总统”是靠接收蒋经国的政治遗产，代理党主席险遭封杀，但此次却是以第十三次代表大会的形式选举为党主席并且主导会议，在党内的领导地位得到肯定。其次，亲蒋势力出现分化。第十三次代表大会的召开，变化最大的是蒋经国原设计的政治组合出现重大裂变。最有代表性的是，“接班四人组”中最为关键的中央党部秘书长李焕倒向李登辉，蒋经国信任的宋楚瑜更是充当倒蒋与拥李的先锋。第三，第十三次代表大会的“本土化”趋势十分明显，首次由本省籍人担任党主席，首次在中常委中本省籍成员超过半数，首次中央委员中本省籍成员超过1/3、由上届的近20％上升到383％。“本土化”开始于蒋经国上任之初，当时是为了缓和已经相当激烈的省籍矛盾。李登辉的“本土化”，着眼点是把国民党视为“外来政权”，为了改造“外来政权”，必须以本土势力来取代外省籍，巩固权力基础，同时为推行“两岸分裂分治”、建立“台湾中华民国体制”做准备。
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固，他开始全方位、多层次打压党内的所谓非主流派势力，国民党内从此不得安宁，台湾政坛从此不得安宁。
李登辉需要冲破的第一层扩权障碍，是打破“接班四人帮”。第十三次代表大会开完，配合中央党部换届，于7月20日完成“行政院”改组。李登辉决定改组“行政院”，以便把党政系统纳入新的轨道，“行政院长”由俞国华留任。李登辉留用俞国华的用意非常明确，利用不强势的俞国华的“空头院长”以减少对“总统”权力的牵制，把“内阁”成员尽可能换成亲李派，一是实现对“内阁”的控制；二是向“本土化”转化，在新“内阁”中，有“行政院副院长”施启扬等9位本省籍“阁员”。并且以此为基础，加快了党务、政治、军事及意识形态各个领域的全面“本土化”的步伐。
李登辉的目的是要逐渐清除“接班四人帮”。他在顺利主导中央党部换届和“行政院”改组后，认为逐渐清除亲蒋派的时机已经成熟。第一个削权对象，是“接班四人帮”中当时处境最不乐观的俞国华。一年多来，亲李派不断出面制造“俞国华是国民党的负债，而非资产”的假象，在四面楚歌的情况下，俞国华不得不于1989年5月17日向李登辉提出辞职报告。5月26日，李登辉顺水推舟，提名国民党中央党部秘书长李焕继任“行政院长”。5月31日，国民党方面宣布李焕“内阁”成立，6月1日，李焕转任“行政院长”，登上仕途又一高峰。李登辉主导的第二次“内阁”改组，以同意俞国华辞职、提升同为“接班四人帮”成员的李焕的形式，不露声色地“冷冻”俞国华，使得蒋经国安排的“接班四人帮”先失一将，这为李登辉从更深层次考虑权力基础和人事组合创造了条件。
李登辉更深的考虑是，在打压“接班四人帮”的同时，完成党政军系统的改造，扩大自己掌权的政治基础。他之所以拿出“行政院长”职位，作为调整重大人事的“中转站”，是因为“行政院长”是官场重臣、“顾命大臣”们求而难得的职位，可以以此为诱饵，进行调虎离山，实现巩固权力计划，调升李焕就是如此。如今，身为国民党主席的李登辉收回了李焕控制的党务系统，接替李焕“中央党部秘书长”职务的是宋楚瑜，宋楚瑜对党务系统进行了彻底改革，全面清除亲蒋势力，推行“本土化”。
被蒋经国当做“镇岛大将军”的郝柏村，已成为李登辉不得不防的人物。郝柏村于1981年12月调任“参谋总长”，1986年3月进入国民党中常会，成为中常会中惟一的职业军人。按照岛内军界的规定，“参谋总长”任期2年，可郝柏村竟然连任4届8年。李登辉担心的就是郝任职“参谋总长”时间过长、积累人脉资源过多。更让李登辉不放心的是，在蒋经国去世后，蒋家成员、特别是宋美龄女士对郝柏村分外信任，来往甚多，颇有把郝柏村当成减缓“非蒋化”进程保护神的涵义。郝柏村成为李登辉整治的“接班四人帮”中第三个被重新安置的对象。
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重组权力核心（2）
1989年11月22日，郝柏村的“参谋总长”任期再次到期，李登辉用国民党中常会的名义决定郝柏村出任“国防部长”，遗缺由“空军总司令”陈龄接任。正在东南亚访问的郝柏村，接到此消息时，只有无可奈何。为保住郝柏村的兵权，宋美龄女士曾特意邀请李登辉到士林官邸会谈，此后还给李登辉写过两封信。郝柏村和宋美龄，显然高估了自己在国民党上层的影响力。李登辉决心未变，还是把郝柏村从具有调动、指挥军队权力的最高军令长官“参谋总长”的职位上拉了下来。
削除郝柏村的兵权，李登辉用的是调虎离山、明升暗降法。明升暗降指的是，“参谋总长”只是最高军令长官，而“国防部长”则“入阁”为政府系统最高军事负责当局，似乎是官升一级。正如李焕由“中央党部秘书长”调升“行政院长”一样，以提升职务来堵住你的嘴。调虎离山指的是，郝柏村在军队中起家，政治基础在军界，亲信党羽在军内，只要离开军令系统，已无调动一连一排、指挥一兵一卒的权力，对这位“一级上将”来说，等于削除兵权。“国防部长”只是主持当局政府的日常军事事务，其重要性远不及直接指挥军事行动的“参谋总部”。李登辉再次得手，与掌握党务系统、主导“行政院”改组相比，削除郝柏村兵权更有特殊意义，这就是“军中强人”离去，军中存在的、一直被人议论的“郝家班”失去台柱，这为李登辉在军中推行“本土化”、在中高级将领中实施“大换血”、推行以彻底改造“军队蒋家化”为目标的“十年建军计划”提供了前提。
李登辉全方位、多层次的清理异己、巩固权力行为，激化了党内矛盾，逼得一再遭到排挤的亲蒋势力起身反扑。1990年2月21日，又是国民党临时中央全会提名新一届正、副“总统”的日子。“总统”换届，成为亲蒋势力反扑的极好时机，当然会以“民主选举”、“参选竞争”为名进行拼死一搏。
在整个“总统”选举过程中，李登辉很有章法，步步为营，将亲蒋势力的进攻一一击溃。李登辉先是在1990年元月2日放风要让李焕出任“副总统”，在遭到痛恨李焕投靠李登辉的亲蒋派的激烈反对后立即终止。再是阻止蒋纬国竞选“副总统”。亲蒋派利用此次机会准备把蒋纬国扶上台，以限制李登辉的权力，在拥蒋一方为蒋纬国大造声势、广泛活动的喧闹声中，李登辉宣布将与“总统府秘书长”李元簇搭档参选正、副“总统”。
对此，亲蒋派决定公开抗争，这就是在国民党演变史上影响深远的权力斗争——“二月政争”。在政争热潮中，亲蒋派被称为非主流派，李登辉的亲信势力被称为“主流派”。在2月11日举行的国民党第十三届临时中央全会上，非主流派提出要以“不记名投票方式”决定候选人，主流派提出依照惯例“起立、举手方式”决定候选人，最后主流派的意见获得通过，“双李配”获得党内通过。这次会议是国民党逃台40年来党内爆发的一场最大的公开权力斗争。以这次会议为标志，国民党内部分裂成“主流派”与“非主流派”两大政治派别。
非主流派并没有罢休，决定改行他道，走连署之路。非主流派在郝柏村和李焕的策划下，打出的“总统牌”是省籍政治势力另一龙头老大——林洋港，“副总统”人选先是陈履安，后是蒋纬国。林洋港，大学毕业后即从政，1967年当选为南投县县长，在国民党第十一次代表大会上与李登辉同时进入中央委员会，在十一届四中全会上与李登辉同时进入中常会。以后，林洋港在换任重要职务时，他的遗缺都是由李登辉接任，只是李登辉当上“副总统”则远远走在林的前面。林洋港与李登辉一起被称为“台籍双雄”。非主流派打出林氏牌，用以对付李登辉的本省籍优势。“林蒋”出场，对“双李”构成很大威胁。
主流派一是尽力拉票，二是分化非主流派，三是请出政坛“八大老”斡旋，四是动员各种力量谴责非主流派。在“八大老”的“协调”下，非主流派虽然一度提出“有条件撤退”，即更换“总统”身边的“两宋一苏”（中央党部秘书长宋楚瑜、“国安局长”宋心濂、“总统府办公室主任”苏志诚），后又要求李登辉明确表示在当选“总统”后放弃执政党主席职位。李登辉看到非主流派已经开始退却，所以对他们的要求全面予以拒绝。
此时，已经被攻击为“台奸”的林洋港和非主流派已经只剩下“全面退却”一条路。3月9日，林洋港在台北宾