4月6日半夜，“警总”决定拘捕黑名单上的学生，同时发动宪警部队，团团包围师范学院，宪警派人向学生表示，只要交出名单上的人即可，与其他学生无关。但学生坚拒警方要求，关闭宿舍大门，一遍遍地高唱“团结、团结就是力量”、“我们是暴风雨中的海燕，勇敢地飞向天空”等歌曲，并向宪兵们喊话，要他们“赶快回去，不要自己人打自己人”、“不要做国民党的帮凶，不要做别人的走狗”，但宪兵们毫无反应。天亮后，宪警决定攻坚，逐渐缩小包围圈。师院的学生都跑到楼上，并以桌椅堵住楼梯口。黎明时分，宪警攻入宿舍二楼，学生抵挡不住，四处逃命，但被宪警逐一抓起来，大概有两百多人统统押上大卡车送到第6部队营区。事后许多学生遭到逮捕、被判入狱，甚至丧失生命。
“4·6事件”后，国民党政府宣布“戒严”，全省笼罩在“白色恐怖”的阴影下。校园自此也全面进入“白色恐怖”时代，军训教官进入校园，情治人员渗透学校，学校师生的言论更受到政府的钳制，学生运动遭受重大挫折。
经历了一场“2·28事件”后，绝大部分的台湾青年不可避免地陷入思想无出路的苦闷状态，他们苦苦地思索着台湾往何处去？事实上，大部分进步的台湾青年对国民党所代表的“白色祖国”绝望了，他们后来便转而倾向共产党所代表的“红色祖国”。台大医院里第三内科主任许强与王耀勋、苏友鹏等部分医生在郭琇琮等人领导下，秘密展开了学习左派理论的读书活动，以极大的热忱，研读巴金、茅盾、老舍、鲁迅等30年代的作品。
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“政治肃清”乌云密布（2）
1949年9月，以基隆中学师生逮捕事件为序幕，针对所谓的“匪谍”或“潜存的反政府组织”，国民党情治系统在全省各地同时展开了秘密逮捕行动。郭琇琮、王耀勋等左派领袖人物突然在家里被秘密逮捕。1950年5月13日，台大医院第三内科主任许强医师、眼科主任胡鑫麟医师、皮肤科医师胡宝珍和耳鼻喉科医师苏友鹏，同时被捕。这就是有名的“台大医院案”。4位医师从台大医院被押送到保密局以后，首先是填写各自的基本资料，然后就把衣服、皮带、鞋子脱下，交给卫兵检查。结果，卫兵竟然从苏友鹏西装外套的口袋，搜出一本鲁迅的《狂人日记》，这本《狂人日记》则成为“叛乱罪”的惟一物证！
1950年9月7日，军法处裁定许强与郭琇琮、吴思汉、王耀勋等10名同案“共同意图破坏国体以非法之方法颠覆政府而着手实行，各处死刑并褫夺公权终身”。另外，谢桂林医师等4人也以其他罪名被处死刑。11月29日的《中央日报》刊载了“潜台匪谍14名昨晨被执行枪决”的新闻。
许强等人被执行枪决以后，苏友鹏跟其他同案幸存者也被判决了。苏友鹏因为“1949年10月参加叛乱组织”，被判处有期徒刑10年，褫夺公权5年。苏友鹏后来回忆说：“优秀的人才是非常难得的！日本统治台湾50年，殖民地台湾才出现几个像许强老师、郭琇琮和吴思汉等那么优秀的人才。可是光复才5年，一场白色恐怖的政治风暴就轻易把他们扑杀了。真是可惜啊！”
上世纪90年代初，原来在“国防部保密局”负责抓人的谷正文少将终于站出来现身说法，公布了一本过去的绝密资料——《国防部历年侦破匪叛乱案汇编》。这份文件成为迄今有关50年代台湾政治案件最重要、最有系统的官方记录，包括时间、案情、综合检讨以及主要涉案人员名单和处置方式。其中抓人最多的两个案件是“匪台湾省工委蔡孝乾叛乱案”和“匪重建台湾省工委陈福星叛乱案”，其他百余政治案件中许多是以上两个案件的延伸。
关于陈福星事件，相关记录如下：“1950年5月，以陈福星为中心之北部台共组织已设法与匪共中央取得联系，接奉匪共中央1950年4月指示，乃即召集全省高级匪干商讨建立临时领导机构。至1950年底，全省各地匪党组织已再具规模，并检讨过去失败教训，具体指出以后工作方针，再度展开活动”。重整后的省委组织，在特务机关的打击下，主力被迫从桃园、新竹转移至苗栗地区，但在一些叛徒的告密下，党组织基地暴露。许多重要领导人被捕，被送到台北马场町刑场从容就义。一些人被送到绿岛，在孤岛上一蹲就是十几年，耗掉了宝贵的青春，等到回到家时，人事景物全非，顿有换了人间的恍然。
马场町的枪决刑场成为最重要的历史见证，地下党员们就义前的情景终于被忠实地记录下来。地下党员们在马场町被枪决后，依惯例遗体由家属领回，但也有不少人尸骨不知去向。1952年8月，苗栗县铜锣镇的徐庆兰以“匪谍”罪名被枪决，尸骨无踪。他的妹妹曾梅兰也坐了10年的牢，出狱后一直找不到固定的工作，所有公司的老板害怕惹麻烦，不敢收容她。曾梅兰只好四处打零工为生，偶尔回到铜锣，父母都对她再三叮咛一定要找到哥哥的坟墓。因此只要有空，曾梅兰就骑着脚踏车，到台北每个墓地去找，结果一无所获。1993年5月，曾梅兰认识的一位捡骨师偶然间在台北六张犁公墓的一处草丛边看见一块碑石刻着“徐××”字样，他知道梅兰的哥哥姓徐，却不记得名字，不过他还是跑去告诉梅兰这件事。隔年，梅兰拿着除草的镰刀跟着捡骨师到现场，除去野草，擦拭了字迹模糊的墓碑，上面正是“徐庆兰”三个字。曾梅兰事后说：“我的心非常痛、非常痛，我想，找了那么多年了，终于给我发现了啊，我爹娘交代几十年了，现在才给我发现”。曾梅兰接着意外地发现四周还有类似的碑石，她一个个找下去，竟找到37个形状一样的碑石。很明显，墓主都是当年音信杳无、曾让家属们牵肠挂肚的###，他们无语问苍天，在这野草下静静地躺了半个世纪。
另一案件为“林书扬事件”。林书扬家住嘉南平原麻豆镇，1945年9月抗战胜利，林书扬以满腔热情参加了一个名叫“还中会”的青年组织，宗旨是尽快让台胞了解祖国大陆的政情，为回归做好准备，并揭露国民党的黑暗统治，要求“国共和谈”。“2·28事件”发生后，林书扬被国民党当局认定参与幕后指挥工作，列入“黑名单”。1950年初，麻豆镇农会理事长改选，医生谢瑞仁获得连选连任，而亲国民党当局的人士却惨遭落败，此事引发当局的怀疑与不满。同年5月，国民党当局借故以“匪谍”罪名拘捕了谢瑞仁及其支持者共36人，其中包括林书扬。同年9月，谢瑞仁等3人被判处死刑，林书扬等若干人则被判处无期徒刑，另有10余人被判处15年左右的有期徒刑，史称“麻豆事件”。“麻豆事件”改变了林书扬一生，他从此开始了长达35年的铁窗生涯。
回忆绿岛监狱的生活，林书扬感慨地说，没有这一段集中营生活的磨难，他今后的道路很可能就不一样了。在集中营里，狱方的迫害主要有以下几种方式：一是狱方制造的冤案。如在某人笔记本上改动几个字，将原意歪曲，然后以此为名，将那人拉入“碉堡”刑讯逼供，以图诈出那人或他人尚未交代的案情。二是突击检查。即乘“###”不备或外出劳动之机，全面检查营内每个人的床位，一旦发现笔记中有“反动”或不满言论、违禁书籍，轻则以“抗拒改造”为名施以酷刑，甚至处死。在政治迫害的同时，更是对“###”施以难以承受的苦役。“###”在集中营里的大部分时间被强迫劳动，不是到山上去砍树木，就是到海边去搬运大量的石头垒狱墙。收工后狱方要检查每人任务完成的情况，达到标准的被认为是合作者，否则难免遭到毒打。然而这样的“合作”是难以长期维持的，因为无人可以有足够的体力来长期支撑这种“合作”，更何况一个不屈的心灵怎会指挥它的身体去长期屈从特务们的指令呢！
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“政治肃清”乌云密布（3）
1984年底，林书扬成为最后两个被假释的“###”之一。出狱后的林书扬，已由25岁的青年变成年近花甲的老人。不久，他与一位“###”的###结了婚，两颗饱受磨难的心彼此抚慰，但他们没有自己的儿女。为了解决“###”出狱后大多没有正式职业的实际生活困难，出狱两年后，林书扬发起组织了“台湾地区政治受难人互助会”，有近千名政治受难人参与其中，占整个政治受难者总数的1/3，他被大家推选为首任会长。以“互助会”的成立为标志，林书扬正式投入“反独促统”的运动之中。1988年他参加台湾“中国统一联盟”的筹备工作，担任“执行委员会委员”；1990年参加台湾“劳动党”的建党工作。他一直为促进两岸的和平统一而奋斗，为维护劳工权益而奔走。
此外，包括原国民政府台湾行政长官陈仪、原国民党“国防部参谋次长”吴石以及原台湾电力公司总经理刘晋钰等人也均被控以“受中共鼓动谋反”的罪名而遭杀害，其中又以“吴石案”最为典型。吴石原为国民党高级将领，在大陆期间由中共地下党策反，提供蒋军布防机密资料。1949年，吴石奉命跟随国民党来台，利用其军事首脑的地位，收集机密军事情报以作为解放军进攻台湾的参考。1949年11月，中共华东局派朱谌之利用在台的亲戚关系进入台湾，与吴石联系传递情报。朱谌之与吴石一共见面7次，同时又与中共台湾省工委书记蔡孝乾联系。1950年2月，朱谌之在吴石的协助下搭乘国民党空军飞机回到浙江定海。然而不久蔡孝乾被捕，竟和盘托出，国民党“国防部保密局”立刻通知定海方面逮捕朱谌之，并将吴石隔离审讯，查出一批担任其内线的高级军官。
国民党当局滥杀、捕杀中共地下党员、左翼人士已经到了歇斯底里的地步，台北街头、火车站、公共场所，处处可见台湾当局用红墨水写的枪毙死刑者名单的布告。电影院每次放映电影的第一字幕就是“通匪者杀”。
台湾学者王欢所著的《烈火青春》是这样记载的：1950年5月14日，宜兰罗东镇上有一户冯姓人家，门口斜倚着几个年轻女孩，这是冯家20岁的女儿冯守娥和她同学在屋前纳凉闲聊，天南地北，还不时传来阵阵歌声。突然，银铃般的笑语戛然而止，少女们抬头望着突兀的来人，对这几个不速之客，冯守娥直觉不妙，好像大祸要发生。来人走到她的面前森然地开口，“冯守娥在这里吗，她人在哪里”，一群人七问八问地就认出了冯守娥。他们说要找她去问话，她只好跟着他们走了。“才一小段路，我看见离我家不远处停了一辆吉普车，车上有七八个人，我赫然发现我哥哥也在里头。车上有一个人，似乎被打得不轻，当时他指认了我，我就这样被带走了”。现年68岁的冯守娥回忆着当年被捕的情景。这一去，4个多月音讯全无。冯家亲人不知道这两兄妹为何被捕，也不知道他们下落何方。这一去，怀抱着读书救国理想的少女，被投入黑狱中困锁了10年的青春，而她的胞兄冯锦辉在1950年10月遭枪决。
高雄女中英语教师陈永生因不满“白色恐怖”，向友人说了孙中山先生主张“容共”，但是现在的政策却和孙先生的政策相反，被人检举于1952年被捕入狱，判处死刑。国民党还以“涉共”罪名逮捕钱静芝等35人。1951年，张伯哲等63人被控以秘密结社（台湾民主自治同盟）的形式讨论当局施政情况，并以激烈文字张贴标语，抨击“政府”，分别被判处死刑、无期徒刑及12至15年有期徒刑不等。1953年5月28日，出身嘉义市的青年张栋材，背着“意图以非法之方法颠覆政府，并着手实行”的罪蒋宋夫妇野餐即景名，在晚春的台北马场町刑场凌晨被枪决。
由台湾学者蓝博州所主持的《50年代“白色恐怖”——台北地区案件调查与研究》记录了许多幸存者的回忆，其中就义者郭琇琮的妻子林至洁说：“当时几乎每天都有人被抓去枪毙。这些人被抓出去时都很镇定，他们不是呼口号就是唱歌，唱的歌就是《义勇军进行曲》，呼的口号就是‘共产党万岁’或‘毛泽东万岁’、‘中国民族万岁’。只要窗户关了一半，不让我们看，我们就知道当天有人要被枪毙了。”
一位台湾著名作家在《啊！那个年代，那些人……》一文中这样写道：“对在台湾的事实与想像力中的中共地下党恐怖扫荡，集中、全面进行3年（1950…1953），估计被枪决的有3000到4000人，长期监禁和有期监禁者8000到10000人。但在实际上，以匪谍罪遭到形形色色的罗织坐罪的政治性逮捕、拷问和处决、监禁，终30年戒严时代未尝中断”。这些冤假错案埋下了台湾同胞对国民党当局的不满、仇恨与长期不懈地反抗。
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控制社会舆论（1）
在“白色恐怖”的统治下，国民党当局还加强了对思想文化领域的控制，扼杀自由、进步思想，打击异己知识分子，制造了无数的冤假错案。
总结在大陆失败的教训，国民党当局意识到必须控制文宣机器。退台之初，蒋介石就提出要强化对教育的控制，“要建立伦理、民主、科学的三民主义教育”。对此，台湾教育当局制定了“民族主义的伦理教育、民权主义的民主教育和民生主义的科学教育”的三民主义教育方针。为了贯彻三民主义教育方针，对青年灌输蒋介石所一贯宣扬的民族伦理道德，即“礼义廉耻”和“忠孝仁爱信义和平”，“以伦理为出发点来启发一般国民的父子之亲，兄弟之爱，推之以邻里乡土之爱，和国家民族之爱”，规定《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》4书作为大中学生必读的基本教材，以控制台湾青少年的思想。同时，国民党当局还向台湾人民灌输“主义、领袖、国家、责任、荣誉”的信念，极力吹捧蒋氏父子，宣传“###”思想。
为防止大陆的消息传到台湾，国民党当局强迫有收音机的人进行登记。凡是想购收音机的人，先要得到由“保安司令部”审核发给�