他首先抓的是军政方面的建设。在无成规可循的情况下，他效仿日本军事设置，把军令与军政分开。设立两个司，一个是参谋司，任命孔繁蔚为司长，掌管军队教育及作战计划等事项。另一个为军政司，由黄国梁当司长，掌握军队的补充、编制、装备等事情。另外设有秘书厅，开始任命赵戴文为厅长，后改由刘锦训担任，并任命李德懋为官长。还设有粮服局，由南桂馨当局长，主要是筹办粮秣服装。这样，省一级的军事机构即初具规模。
为了统一军政，阎锡山努力削平山头。在他辗转晋北时，副都督温寿泉活动于晋南，并成立河东军政分府。南北议和告成以后，温寿泉即致电袁世凯，请撤销副都督名义，撤销河东军政分府。阎回太原后，即派马开崧等去运城欢迎温寿泉回省，并任命他为军政司司长，调黄国梁为都督府参谋长。但是，河东军政分府的实权掌握在旅长李鸣凤和观察使张士秀的手中。他们因对阎锡山持不信任态度，反对山西全省的军政统一，要求温寿泉向阎提出扩编一个师，由他们掌握，阎锡山非但没同意，并立即电北京政府派毅军将李、张抓起来。这样，晋南的山头被削除。在晋北还存在着忻代宁公团，有数千众。这个不小的山头，还得到谷如墉、杜上化的支持，势力颇大。公团团长续桐溪等在孙中山来晋前（孙曾拜访了续）也要求改编为正式军队。阎为统一军政大权，派田应璜、梁上栋到崞县，与续磋商，终于解散了公团。为了照顾到“山头”，阎“乃以巡警道一席让给续桐溪，另以弓富魁任都督府顾问，其余公团领导人员，分任各县警官职务。”
在军队整编方面，阎锡山为了加强战斗力，采取了一系列措施。山西在辛亥革命前仅有两标，即85标和86标（也称一标和二标），太原光复后扩充为四个标。后在与清军的战斗中，民军队伍不断扩大。阎锡山重返太原后，按北京政府核准整编一师，任命孔庚为师长。师统辖两个步兵旅，旅长一由孔庚自兼，另一为刘樾西。旅下面辖两个团，共四团，团长为张培梅、倪普祥、赵守钰、台寿民。师又直辖骑兵团、炮兵团各一个，团长分别为张树帜、高树勋。另辖工兵、辎重各一营。部队大部分驻守在太原等地。临汾、大同为山西南北重镇，均设有镇守使驻守，并各辖步兵团一个，在长治也设有镇守使，辖一个步兵营。
为了培养军队的领导骨干，提高军队的战斗素质，阎成立了将校研究所。任命赵戴文为所长，路福保为副所长。所内有100多人，分编为4个队，这些人大多数是整编军队时编余的军官。这个研究所着重研究军事理论和战略、战术等问题。后来又成立了军事教育团，训练有一定文化素养的青年及由军队中挑选的士兵，培养部队担任正副班长的骨干。教育团前后训练培养了1000多人。另外，阎锡山还组织了精武社，任命李德懋兼任社长。精武社招收小学文化程度的学生百余人，学习武术。精武社为军队输送了一部分力量，马弁连和卫队营就是以精武社为基础，挑选而组成的。这对尚武之风和提高晋军的战斗力有一定的促进作用。
一、还乡视事 统一军政（2）
在民政方面，袁世凯同意任命周渤为民政长，管理民政事务。民政长以下，阎锡山任命张瑞玑为财政司长，解荣辂为教育司长，刘锦训为司法司长，王大祯为实业司长（原名劝业道），崔廷猷为内务局长，邵修文为高等审判厅厅长，王懋昭为高等检察长，南桂馨为巡警道（后让位续桐溪）。此时，省咨议局不再存在，而另设民意机构。由士绅临时设立“国民公会”，由谷如墉任会长。不久，又取消“国民公会”，组织临时省议会，作为正式民意机构。议会的议员由每县推选1人组成，但在推举过程中，首先在省城的各县人士中选择，省城选不出的再由县里推选。选举结果，杜上化为议长，王用宾、陈受中为副议长。1912年冬，临时参议院和各省省议会同时改选。临时参议院将按规定改为参众两院，而参议院的议员由省议会选出。所以这次省议会的改选至关重要。山西知名人士谷如墉为省选举总监督，各县成立选民调查所，各县的选举由知事任监督，全省分太原、宁武、大同、平阳、潞安、归化6个复选区，各区知府为复选监督。最后，全省共选出省议员120人，候补议员120人。在选举中，谷思慎、贾景德、梁上栋等人积极活动，想击败杜上化。但是，杜上化等人的势力较强，选举结果杜上化仍然当议长，而副议长则由高洪担任。
军政、民政虽已统一，政府规模亦初具，但是政府机构里的人员思想极为复杂，互相矛盾，最突出的是新旧两派之间的矛盾，他们互相倾轧，互相排斥。新派一般说来，青年少壮，读书出身或留学生，大多数是同盟会会员，思想进步，谷思慎等人即是。旧派年老居多，为科举出身或是前清官吏，思想落后、保守，甚至反动，如谷如墉、杜上化等即是。新派的人“骄纵自恣，直闹到路人侧目，官府也不敢问”。 如谷思慎是山西第一个参加同盟会的人，也是同盟会山西分会的负责人，经常对别人说：“*是我家创下的。”这种居功自傲已到了狂妄的地步，别人在他的眼里只是沙粒一颗，没有什么了不起。旧派则认为，他们对山西的光复，稳定人心，维持地方秩序，也有不小贡献。旧派根深蒂固，势力强大。如杜上化就想把那批新派青年一齐赶走。阎锡山在新旧两派的斗争中，从稳固自己的地位出发，权衡利弊，左右逢源，既照顾到新派的根本利益，又拉拢和利用旧派。为拉拢旧派，他对旧派貌上极为恭顺，一些政治事务都先请教他们，并支持旧派当民政长。谷如墉卸任民政长时，他竭力赞成前清进士、曾任黑龙江省民政长的赵渊接任。在赵以疾而辞时，他又一再敦促继续担任。在财政司长张瑞玑因受新派嘲弄拂袖而去时，阎又一再做工作。这对保持政局的相对稳定起着一定的作用。
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一、还乡视事 厉行革兴
阎锡山在太原重掌政权后，顺应时代潮流，也曾进行了一些社会改革。
当时，由于受清朝统治者的奴役，男子必须梳一根长长的辫子垂于脑后，虽然革命了，仍把辫子看成神圣不可侵犯的宝贝。因此，革命党人就把剪辫子看成一件具有反封建奴役意义的大事。妇女原先是“三寸金莲”，身心备受摧残。放脚自然也被革命者视为一项势在必行的社会革兴。
阎锡山从1912年起，就通令全省男人剪辫子，女人放脚，并提倡兴办学校。为了试行，他首先要求在他的家乡开展起来。命令“听从者奖，违抗者罚”。当时，自然引起了一些守旧人们的反对。以致五台、定襄一带，就流传着几句顺口溜：“初三十三二十三，河边出了个阎锡山，阎锡山，灰拾翻（胡折腾之意），剃了辫子留了洋，搬了神像立学堂。”
但是，阎锡山没有顾及这些闲言碎语，一如既往在家乡一带推行“新政”（即新思想、新道德、新文化）。阎不但明令五台、定襄各村，把庙里的神像打倒，改作教室，还委任五台县五级村的同乡好友康佩珩负责，联合当地绅士名流林铭山、朱应龙、赵三成等人，在东冶镇（距河边村18里）搬掉“十虎神庙”里的神像，设立“保安社”，以此为后盾，开展放脚、剪辫子活动。
唐佩珩，曾在日本留学，已剪去辫子，他为了身体力行，搞好此项活动，首先从自己家里做起，命令他老婆放脚。他老婆不愿意，他就威胁说：“你不掺（掺，当地方言，“解开”的意思）脚板子，我枪毙了你！”他老婆和他的弟媳妇们在他的威逼下都放了脚。他又让他父亲剪辫子，他父亲思想守旧，指着鼻子骂他：“叫你到东洋学本事，想不到你回来却要我的命。”他哀求说：“你不剪辫子，我就不能出去办事，你剪了，我就好办了。”他父亲和他5个弟弟在他的动员下，都把辫子剪了。这样，他在五台东冶、建安一带，大张旗鼓地开展剪辫子、放脚活动。
当时，东冶镇宋拐子的老婆带头放脚，受到阎锡山的大加赞扬。他让宋拐子的老婆进行现身说法，到各村督促女人放脚。还利用东冶二、五、八日赶集的时机，在过往行人要道，设立关卡，派保安社的人，带着剪刀，强行给路人剪辫子。他们见人就剪，逮住的就给剪了，逮不住的就跑了。剪辫子在当时思想阻力确实很大，被剪了辫子的人，哭哭啼啼，生怕清朝复辟后杀头，白天到村外躲避，晚上睡在房顶上。经过一段时间后，剪的人多了，人们才渐渐想开了，见他人也不以为然了。
男人还算开通，女人放脚引起的震动更大。经过保安社的宣传以后，滹沱河北面的东冶、槐荫等村还不至于强烈反对，滹沱河南面的河边、建安等村，反对得相当厉害。他们说：“阎锡山实在管得宽哩，连女人的脚也要管。”河边村反对得最凶。河南面各村会打拳的人不少，光河边村就有16个标头（武术师傅），每个标头手下都有几十个人。他们以河边村曲汝霖（豪绅）和宋周全（屠夫）为首，组织了邻近各村的1000多人，包围了阎府，打算进去烧房子、杀人。后经村里的老年人出来调解，才没有出事。以后，他们又手持刀枪、棍棒、铁斧等武器，挟持了阎锡山的父亲阎书堂，并从南街西街分两路进到东冶镇，反把保安社团团围住，扬言要砸烂保安社，杀死康佩珩全家。那时，保安社人手不多，见他们来势汹汹，没一人敢出院。康佩珩、赵三成冒死站在屋顶上，向弄事的人演讲，劝其解散回家。这时，北涧村田某蓄意闹事，扔石头砸康、赵二人。另一些闹事的人抱来了柴草准备烧保安社。保安社的人先是开枪警告，然闹事者不听，双方发生械斗，保安社二人被打死，张家庄康复乘机夺得一支步枪，杀死一名邮递员，继向保安队射击。在忍无可忍的情况下，唐佩珩只好下令开枪还击，闹事者才吓得四处逃散。过了两天，阎锡山派人把曲汝霖、宋周全抓走，并令将曲正法、令宋陪桩。从此，再没有人敢抵抗放脚了。保安社出告示，制定乡规民约，维持社会治安，除暴安民，终于打开了局面。这样，时间长了，女人放脚渐多起来，自然也就习惯了。
除了在山西全省推行剪辫子、放脚之外，阎锡山还主张兴办学校。以后他于1915年曾自己出资在河边村兴办了两所小学校，聘请大建安举人徐一鉴先生任校长，郭琅任庶务主任，段作霖等任教员。修建教室、自习室、寝室、仪器储藏室30余间，购置体育器械、标本仪器480种，中西书籍几千种，以及所需要其他设备若干。初招52名学生，免费上学。
一、还乡视事 广报恩泽
阎锡山当了都督后，曾几次回家乡广报恩泽。
首先是亲到外祖母家报养育之恩。据山西省政协文史资料研究委员会、定襄县政协文史资料研究委员会合编的《阎锡山与家乡》一书记述：
那天，阎锡山身穿礼服，由乐队前导，仪仗队及随从人员簇拥着，从文昌堡出发，穿过石沟街，走向小堡。沿路上，有人不住地放鞭炮，噼噼啪啪响个不停。还有人专门抛撒铜钱，引得大人小孩拼命捡拾。看热闹的，人山人海。这个人夸奖阎锡山“有良心”，那个人喝彩曲家“有福气，生了这么个好外甥”，还有的说：“可惜成义老汉（阎的外祖父）下世了，要不，好活一辈子。”
曲家张灯结彩，迎接款待，比过年还热闹。曲清斋穿戴整洁，满面春风，逢人就笑，见人就点头。阎锡山的外祖母身穿绸缎大袄，头戴银钗，坐在椅子上，看到这个走来道喜，那个前来祝贺，喜欢得合不住嘴。
阎锡山到了外祖母家以后，先向外祖父的牌位行了跪拜大礼，随后又向外祖母行跪拜大礼，喜得外祖母直擦热泪。又给舅父、舅母和二表哥行礼，慌得曲清斋连忙扶住，拉进屋里。
这一天，曲家大摆宴席，曲姓本家都前来吃请，人人欢喜，个个满意。一些穷人听说阎锡山给外祖母谢恩，纷纷前来，跪在院里要钱。阎锡山命令赏给每人十块钱，赢得众人一片谢声。真是说不尽的排场，数不完的风光，引得多少人羡慕，多少人赞叹。
后来，阎锡山的外祖母病死后，阎锡山身穿孝衣孝服，亲去吊祭。从街口一直哭到灵前，十分伤心，谁劝也劝不住，谁叫也叫不起来，引得许多人也不由得哭起来。
其次是亲到曲沂泉老先生家，报师生之恩。
阎锡山少年时在外祖母家居住，曾随表兄弟在曲家私塾学习，虽然时间不长，对他却起了启蒙作用。所以，阎锡山在山西掌权后，为了酬谢恩师，多次晋谒曲沂泉老先生，以后1917年（民国6年）曲老先生70寿辰时，专门制了一面木质黑漆金字牌匾，上款书“曲老夫子沂泉七旬大庆之禧”，中间书“杖履恒春”四个大金字，下款书“受业阎锡山敬书”，亲自送匾到曲家谢恩。
那天，阎锡山身穿礼服，由乡绅陪侍，鼓乐开导，浩浩荡荡地到了曲老先生家里。先给老先生行了大礼，然后命人把牌匾悬挂在院里南厅房檐下。人们都说老先生一辈子教书，没有白教，教出一个出名的徒弟。
再次是报答叔父阎书康危难之际解囊相助之恩。
1900年（清光绪二十六年），阎锡山的父亲在五台城“打虎”失败，欠了许多债，父子俩借路费外出躲债时，由于本家叔叔阎书康曾借给盘缠，阎锡山父子十分感激。阎当都督后，他父亲曾当着阎书康的面，对阎锡山说：“今后，你怎么孝敬我，就怎么孝敬你叔叔。”阎锡山接受父命，始终对阎书康毕恭毕敬，唯命是从。1915年（民国4年），阎锡山在天镇县成立“普晋银矿公司”提炼银矿的同时，又在大同口泉成立“裕晋煤矿公司”开采煤炭，就让阎书唐担任这两个公司的协理（经理是徐一清）。1910年（民国8年），“裕晋煤矿公司”与张树帜（晋北镇守使）开设的“义昌�