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久视元年（700年）十二月，凤洛舍人崔融上奏，要求取消屠宰和捕鱼的禁令。他认为烹杀猪羊，连古圣人都不禁止，还用来祭祀天地祖宗。南方人吃鱼，北方人吃肉，这是民间百姓古来养成的习惯，又有多少渔民和屠户以此为生，怎么可以禁止呢？武则天看罢奏折后，立即下诏取消禁令。
长安元年三月，宰相苏味道与凤阁侍郎、同平章事张锡，因选官泄露了机密，张锡更因之贪脏当斩，临刑前女皇绕恕不死，流放循州。苏味道被牵连下狱，女皇见他在狱中表现得好，便放出官复原职。苏味道感谢女皇，因三月底下了一场大雪，便率领百官入贺，宣称是“瑞雪”。殿中侍御史王求礼却奏言：“三月雪为瑞雪，腊月雪为瑞雷乎？”苏味道仍坚持说是“瑞雪”。王求礼又说：“今阳和布气，草木发荣，而寒雪为灾，岂得诬以为瑞贺者皆谄谀之士也。”武则天听从王求礼的话，下令罢朝，以避禳雪灾。正巧又有人向女皇献一头三足牛，一些官员又表示祝贺，王求礼又奏：“凡物反常皆为妖，此鼎足非其人，政教不行之象也。”就是说：“凡万物反常就是怪物，这个三条腿的牛如果承认他是祥瑞，那么国家的政教也就无法推行了”女皇看了三足牛已惊恐不已，又听王求礼一解释，赶紧命令把三足牛牵走＇《资治通鉴》，卷207，长安元年三月。＇。
这些献祥瑞的事似乎很小，但在朝中却是大事，因其关系皇帝的政教是非。若换个皇帝，或在前些年，王求礼反对“瑞雪”，怕是难逃惩处；而如三足牛是妖物献给女皇可定论，献者也会大有干系。如今女皇皆就事论事，从谏如流，同时也不罪非者，一带而过，甚至和平。
但是，武则天却与魏元忠发生了尖锐的矛盾，弄得无法调和。原因是魏元忠对她宠“二张”不予原谅。他见武则天宠幸小人，心里憋奴在街上闹事，便带着手下赶过去，下令把那人当场打死。接着，武则天内定张易之的兄弟、歧州刺史张昌期为雍州长史。在朝廷上征求宰相们意见，众宰相都表示同意，魏元忠却说：“张昌期不堪为长史”女皇问他原因，他回答：“张昌期不懂政事，以前任职歧州，户口都逃亡殆尽。雍州是京畿地区，事务重大，薛季昶精明强干，应当由他担任。”女皇见他说的有道理，也就同意了。而且，还重用了他推荐的薛季昶，让他做右御史台谏议大夫，充山东道防御大使，节制幽、沧、瀛、定、桓等州诸军，以防突厥，说明女皇帝对他信任的程度很深。而魏元忠对皇帝宠“二张”就是主谅解，他又向武则天面奏：“臣自先帝以来，蒙被恩渥，今承乏宰相，不能尽忠死节，使小人左侧，臣之罪也”＇《资治通鉴》，卷207，长安三年九月。＇武则天听了自然明白他说的是什么，心里不高兴，认为他管的太多。
张易之兄弟见魏元忠咬往他们不放，以“尽忠死节”表示不除他们不会罢休。这些灭值女皇身体不好，那年武则天已八十岁，张易之兄弟害怕一旦女皇不在，就会被魏元忠除掉，便想法利用女皇之手杀掉魏元忠＇《唐会要？吏馆杂录下》，卷第1105页，长安三年。＇。便诬控说：“魏元忠与司礼丞高戬私议陛下，说：‘皇帝老了，不如挟太子为久长。’”武则天最恨的就是谋逆之事，魏元忠性格刚烈，敢作敢当，又对她宠幸“二张”终不释怀。听到张易之的密报，就有些相信。遂警惕起来，又以为魏元忠文武兼资，在朝中的权力已很大，威信也高，如果让他先发动叛乱，祸起萧墙，难以防范，乃把魏元忠和高戬下狱。但当把魏元忠拘捕后，又不想杀他，因为以前冤狱太多，如今形势变化，既已把他们控制了，得审理清楚，不能再冤枉好人，尤其是朝中的宰相。
于是，武则天命令皇太子、相王和众宰相一起上朝，共听魏元忠与张易之对证。由于张易之的态度蛮横坚决，尽决大家都说没有这事，可也没有证据，几次对质都定不了案。张易之见硬诬不成，便找到年轻的凤阁舍人张说，许予高官，让他做伪证。张说是奉宸府的成员，平时同张氏兄弟关系很好，加上有高官yin*，就同意作伪证。
张易之告诉女皇，张说知道魏元忠谋反的事。于是，又让张说对质。在张说要进朝堂时，凤阁舍人宋拦着他说：“名义至重，鬼神难欺，不可党邪陷正求苟免若获罪流窜，其荣多矣。若事有不测，当叩阁力争，也子同死。努力为之，万代瞻仰，在此举也”殿中侍御史张廷也走过来说：“朝闻道，夕死可矣”左史刘知几也说：“无污青史，为子孙累”就是说：“千万别在青史上流下骂名，让子孙后代跟着挨人的骂啊”这些官员你一言我一语，使张说大受刺激，心里忐忑不安，不知怎么说好了。
他只好走进朝堂，皇帝让他谈谈所知情形，他一句话敢说不出来。魏元忠见张说来对质，心里知道活不成了，因张说平时同张氏兄弟关系好，也是皇帝闲下来喜欢的人物。但他终究是性情刚烈之人，便大声说：“张说欲与昌宗共罗织魏元忠邪”张说一听，也大声斥责魏元忠说：“元忠为宰相，何乃效委苍小人之言”张昌宗逼令张说快点说。张说便说：“陛下视之，在陛下前，犹逼臣如是，况在外乎臣今对广朝，不敢不以实对。臣实不闻元忠有是言，但宗昌逼臣使诬证之耳”张易之、张昌宗一听可急了，赶紧大呼小叫：“张说与魏元忠同反”武则问其原因，张氏兄弟说：“说尝谓元忠为伊、周；伊尹放太甲，周公摄王位，非欲反而何？”意思是：“张说曾说魏元忠是伊尹、周公。伊尹曾流放太甲，周公曾摄王位，这话不就是要造反吗？”张说听了又可气又可笑，乃慷慨激昂地反驳他们：“张易之兄弟啊你们这些无耻而无知小人，你们只听过有伊尹、周公的名字，哪知道伊尹、周化的品质呢？魏元忠初为宰相时，我是他手下的郎官，前往祝贺，魏元忠向我们说：‘无功受宠，不胜惭愧’。我当时的确说过：“明公位当伊尹、周公之任，怎么当了三品官就觉惭愧呢？伊尹、周公都是作臣子最忠心的人，人人都仰慕他们啊”然后又转向武则天说：“当今陛下任用宰相，不让宰相学习伊尹、周公，还要他们学习谁呢？臣哪能不知道，今日附于张昌宗便可马上升官，若附魏元忠则立致灭族但是臣害怕魏元忠的冤魂，不敢诬陷他啊”＇《资治通鉴》，卷207，长安三年九月。＇（末段未引原文，直译。）
武则天生怕案子里仍有阴谋存在，对众人说：“张说反复无常，称魏元忠为伊、周，在张易之面前又说他谋反；先说魏元忠反，又说张易之诬陷。应该把张说押起来一起审讯。”第二天，武则天再问张说，张说仍坚持张易之等诬告魏元忠。武则天命宰相们与河内王武懿宗共同审问张说。但是，怎么问张说还是坚持说魏元忠不反，是张易之等诬陷。
其他几位宰相不敢替魏元忠说话，正谏大夫、同平章事朱敬则抗疏为魏元忠鸣冤，说：“元忠素称忠正，张说所坐无名，若今抵罪，失天下望”当时有冀州名儒苏安恒，曾数度投书武则天言事，武则天很重视他，此时闻魏元忠遭陷害，也上疏说：“陛下**之初，人以为纳谏之王；暮年以来，人以为受侫之主。自元忠下狱，里巷恟恟。皆以为陛下委任奸宄，斥逐贤良，忠烈之士，皆抚髀于私室而箝口于公朝，畏忤易之等意，徒取死而无益。方今赋役繁重，百姓凋蔽，重以谗惹专恣，刑赏失中，窃恐人心不安，别生他变，争锋于朱雀门内，问鼎于大明殿前，陛下将何以谢之，何以御之？”＇《资治通鉴》，卷207，长安三年九月。全文载：《全唐文》卷第3031—3032页。＇张易之等见奏，都劝武则天杀死苏安恒。武则天虽未听，但苏安恒奏折实际未起好的作用，他把问题说的太严重，尤其从武则天的统治根本入题，认为她听信、依靠奸人，陷害忠良，已经弄得人们不敢说话。而且赋役繁重，百姓饥寒交迫，刑赏失当，人心不宁，人们就要造反打到宫殿里去了……。这是根本否定武则天的统治，武则天已变成了暴君了。这那还是只想解救个魏元忠呢？如此一说，魏元忠真就成了一个造反的领袖了。
正是从这个奏折里，她才真警觉起来，原来魏元忠等人并不是只想除掉张氏兄弟，他的背后一帮人是对武周朝不满，对她统治不满。魏元忠下狱，这么多人激动，要同他一起赴死，又迫得苏安恒说出这么一顿揭露她的话。所以，她决定绝不可能再把魏元忠留在朝内，就立即下诏把他贬到中国的南边陲高要县做小县尉。同时也把张说和高戬流放到岭南。
魏元忠向武则天辞行，向她说：“臣老矣，今向岭南，十死一生。陛下他日必有思臣之时。”
武则天让他说说明白，当时张易之、张昌宗都在武则天身边侍候着。魏元忠指着他们说：“此二小人，终究是祸乱之根”张易之等听了，吓得屁滚尿流，赶紧下殿叩头，捶胸顿首，直叫冤枉。
魏元忠说罢叩首而去。女皇见魏元忠离去，从龙椅上站了起来，踉跄了几步，若有所失地说：“元忠真的走了吗？”
殿中侍御史王晙还想上殿替魏元忠说理，宗拦住他说：“元忠幸得全身而退，你再多说，引起皇帝震怒，不知该有多狼狈呢”王晙说：“魏公以忠获罪，我以义再奏，即使也被发配流放也再所不辞”宋叹曰：“我不能为魏公申理，深负朝廷啊”
魏元忠离京时，太子仆（掌管太子车與、乘骑、仪仗官员）崔贞慎等八人为他在效外饯行（因魏元忠兼太子左庶子）。张易之兄弟听说此事，便化名“柴明”投信铜匦，密告魏元忠与崔贞等继续谋反。武则天又令监察御史马怀素调查。武则天进一步认为魏元忠身为朝中首辅大臣，又在太子东宫任重要职务，他们生离死别，急中生变，可能做出不轨之事，因此想查出个水落石出。马怀素查案时，她同时派人监督、催促，以防保庇作弊。
马怀素很快上奏说：“崔贞等人仅为饯行，并无反状。”并提出让柴明出来与崔贞等人对质，武则天闻奏说：“我并不知柴明何许人，你也不必让他们对质，只要根据密状报的案情审理就可以了。”马怀素说，实情就是送行。武则天大怒，说：“你是想纵容他们造反吗？”马怀素说：“臣不敢魏元忠以宰相被谪，崔贞作为故旧相送，要诬陷他谋反，臣不敢这么做。西汉时栾布上奏敕免彭越，汉高祖不认为栾布有罪。何况魏元忠的罪名实情和贬官的处理都不如彭越重，难道陛下还要杀死送他的人吗？陛下自操生杀大权，欲加之罪，陛下就亲自断案好了。而如今既委臣审理，臣不敢不据实上奏。”武则天听后口气缓和了些，说：“你想一点也不加他们罪吗？”马怀素说：“臣愚昧无知，着不出他们有什么罪状。”
武则天见马怀素说得句句有理，对答如流，态度安闲，觉得应该是真情，便心中释然，不再审崔贞等人。
其实，武则天也自知宠幸张氏兄弟不好，但总以为自己这么大年纪了，让他们陪着笑笑闹闹，自己愉快，也不影响大局。大臣们一般的劝谏，认为皇帝不该这么做，对张家兄弟看不惯，这她都能理解，也不怎么生气。然而魏元忠一个首辅大臣，自己又多年信任他，非要以死相拼，她也就不能容忍。加上张氏兄弟和密状告他造反，又有这么多人拿性命同他一同争斗，参与人又多是东宫太子的属官，那个苏安恒因魏元忠的事说得那么严重。因此，她才揪住不放，审个明白。魏元忠一国宰相，竟因张氏兄弟而遭贬，实不值也。
魏元忠因张氏兄弟问题获谴，但这个问题未得解决，“二张”仍为女皇侍幸，接下来仍争斗不止。
魏元忠是朝臣的领袖，他被贬放之后武则天对中枢班子再次调整。长安四年（704年），提拔韦安石知纳言事、李峤知内史事，二臣是女皇一手裁培的大臣，她放心得下。唐休是西陲老将，因他熟悉边情，用他为夏官尚书、兼幽州和营州等都督，又兼安东都护，也算是一位将相人物。以天官侍郎韦嗣立为凤阁侍郎、同平章事，他是前宰相韦思谦之子，韦思谦死时将二子嗣立、承庆托之女皇，他们都相继被武则天提到宰相位置，都很有才干。宋、桓彦范用为御史中丞、袁怒为右台中丞。崔玄韦亦为女皇一手提拔，现亦充宰相之列。姚元崇是平定契丹时露出才能，被武则提为凤郎的，后又为狄仁杰推荐，再提为同平章事，又委为相王府长史，并兼夏官尚书事。姚自称不宜任职相王府，任兵部尚书典兵马，更适全自己。女皇同意了他的请求，再授以娄武道行军大总管，再提为安抚大使，以备突厥侵扰。
张柬之是狄仁杰一南推荐的人物，武则天见他思想保守未知重用。后来姚元崇又推荐他，女皇听从，授为同平章事。此人已年过八十，果然被武则天料定，他进入宰相班子便在暗中拉人，以女皇年迈企图拥太子上台，逼女皇退位，恢复唐室，是武周王朝的一个掘墓者。
这些大臣中，以宋对“二张”看法最重，魏元忠被罢他表现也最为激烈。他是邢州南和（今河北南和县）人，很有才干，升迁也快。举进士后便出仕为上党尉，寻迁监察御史、凤阁舍人。居官清正、性格耿直，女皇重视他，提为御史中丞。他十分鄙视张易之兄弟，尤其因他们使魏元忠遭罢更为气恼。一次，女皇集宴，张氏兄弟坐在他的上首位，畏惧他的正直，便虚位揖之说：“公方今第一人，何乃不坐？”宋则说：“才劣位卑，张卿以第一，何也？”天官侍郎郑景忙说：“中丞奈何卿五郎？”宋讽刺他说：“以官言之，正当