，以恒王成义为衡阳王、楚王隆基为临淄王、卫王隆范为巴陵王、赵王陵业为彭城王＇《新唐书》，卷4，本纪四，则天纪，长寿二年。＇。同时，借助平李唐宗室王叛乱之机，把李氏宗亲或杀或流，包括高宗庶子也一个不留。如汝南郡王李炜、鄱阳郡王李湮、广汉郡王李谧、汶山郡王李蓁、零陵郡王李俊、东平郡王李续、广都郡王李畴、嗣恒山郡王李厥、嗣郑王李敬、嗣滕王李修琦、预章郡王李亶、泽王李上金、许王李素节、南安郡王李颖、鄅国公李昭等。
这些做法明白地告诉朝百官，下一步他要把皇帝继承人让给武氏，让武周天下永久取代李唐天下。但是，她的举措遭到朝重臣的反对，大家尤其对那个武承嗣反感，他指挥酷吏的残暴杀戮，分明是一头吃人的野兽，让他接替当皇帝，怕比秦始皇还要凶残。于是，出现不久前皇嗣问题上朝的一场争斗，宰相们没有一个同意立武承嗣为继嗣的。在那场争斗，出现了两种观点：一个是王庆之立武氏血亲的观点，“神不歆非莫，民不祀非族”，也的确有道理。另一个是李昭德的姑侄和母子关系的比较，“自古未闻侄为姑立庙者”，说的也极为动人。两个说法都对，但却不能都成立，因为二者只能其一。但窨是选子还是选侄，让这位英睿无比的女皇犹豫不决，因为问题的确十分重大，选择了一方，就意味消灭了另一方，这两个阵营绝不调和，那是一场灭族的战争。
武承嗣看的比武则天还清楚，争不到皇嗣位，直接灭亡的是他自己，他将会被李氏接替人和李昭德等大臣撕得粉碎，毫不会留情，李昭德在光政门外杖杀王庆之的场景让他不寒而栗。所以，他不能等。
他来个釜底抽薪之法，把皇嗣李旦害死，迫使皇帝非立他不可。他行之有效的办法还是利用告密整死皇嗣，或暗杀。长寿二年正月，武则天身边的户奴团儿向女皇密告皇嗣的两个妃子“为厌呪（咒的异体字）”。其二妃一是刘妃，生李旦的长子李成器，一是窦妃，是李世民母亲窦太后的曾孙子，生子李隆基，便是唐明皇。在二妃进嘉豫殿朝拜武则天时，被武则天杀死，埋在宫，无人知尸体所在（或曰二妃神秘失踪）。＇事见《资治通鉴》，卷o5，长寿二年正月。＇李旦失去了两位妃子，又不敢说明，只有心内悲伤，在武则天身边像不知此事一样面不敢露形迹。团儿害死了二妃，又在女皇耳边密告皇嗣，武则天的亲信说出了团儿害二妃、又要加害皇嗣的真情，武则天才知上当、杀死了团儿。
那么，团儿为什么要陷害刘、窦二妃，又要加害皇嗣？这又是一个宫秘闻，既是秘闻就难有确实根据，其事又牵扯女皇帝和皇嗣，“为君者讳”不好直言。《资治通鉴》只用了“有憾于皇嗣”几个字，原是“户奴团儿为太后所宠信，有憾于皇嗣，乃谮皇嗣妃刘氏、德妃窦氏为厌呪……团儿复欲害皇嗣”（原出处见前注）。那么“有憾于皇嗣”是什么意思？后来的作者从这字里行间窥出了秘密，认为是团儿欲与皇嗣生某些隐秘关系而被拒绝，或皇嗣不敢做，使团儿怀恨在心。继而同武承嗣有了勾结，她所以要加害皇嗣，是武承嗣指使。这种可能是可以成立的，只是尚无确实史料可以证明，在当时武承嗣争夺皇嗣的阴谋活动，这种事的出现也不足为怪。
团儿被杀，李旦的几个儿子都被降格为地方王，《新唐书》记为“郡王”，实则相同，皇孙李成器的资格也被取消，降为寿春王。武承嗣以为抢夺皇嗣的时机成熟，便乘机让人诬告皇嗣谋反，武则天便令来俊臣审讯皇嗣左右的人。来俊臣惯用酷刑，使受刑者不胜毒楚，都诬招与皇嗣谋反，免遭毒刑。而在皇嗣那里一个工人安金藏却不忍心皇嗣遇害，乃大声向来俊臣说：“公既不信金藏之言，请剖心以明皇嗣不反。”说着用刀子自剖其胸腹，血流满地，五脏都暴露在外面。有人赶忙飞告女皇，女皇闻说，立即派人把他抬送进宫，命太医抢救。太医理其内脏，再用桑皮缐缝合，敷上药粉。经一夜抢救，安金藏才苏醒过来。武则天亲自前往看视，因他身子不能动弹，概令免礼，叹曰：“吾有子不能自明，使汝至此。”即是说：“我自己对亲生儿子不能明察，累你杀身作证明，受这么大的痛苦。”说完，便命令来俊臣停止审讯，放出被讯人等，武承嗣的阴谋又告吹。
皇嗣问题闹得天翻地覆，仍未解决。武则天仍然不能决定，只好迁延下去。而她唯可依凭者，就是让自己长生不老，自然就免得自己的子侄们动刀动枪，互相攻杀，也省得大臣们跟着受害，更省得像安金藏这样的人跟着玩命。
于是，武则天也想去求神仙了。尽管她知道秦始皇、汉武帝、唐太宗都曾求神保祐，长生不老，但其结果全是虚空。然而她仍报有期望，尤其是她七十之寿，犹感精力不哀，掉了的牙还能长出新的来，也许自己真与神仙有缘，便想试试。
邪门外道者，只要人招之必然就有，何况是皇帝需求。武则天要长生不老术，马有就有成群的神仙出现。河内（今河南黄河北岸地区）有个老尼姑住在洛阳麟趾寺，白号浮光如来，她与嵩山人韦什方一起以妖妄惑众。浮光如来自称能周知过去和未来；韦什方自称是东吴赤鸟年（公元o4左右）生，已是45o多岁。还有个“老胡”人自称年已五百岁，还说二百年前就见过薛怀义。武则天求神心切，立好赐韦什方武姓，又任他为正谏大夫、同平章事，还送他制语：“迈轩代之广成，逾汉朝之河上。”制语是皇帝语，相当于皇帝的“语录”、警句。武则天的这个制语用的两个典故，前典言广成子居崆峒山上，黄帝轩辕氏立于下风而问道。后典言有个神仙叫河上公，汉帝在黄河之滨盖了个茅草房，听他讲《老子》，河上公告诉汉帝：“我注解这部经书已千七百年了。”武则天问这两个典故褒韦什方是活神仙，是黄帝时代的广成子、汉初的河上公。武则天遂也被奉为神圣，在其皇帝尊号上加了一大堆神圣字眼。长寿二年被尊为“金轮圣神皇帝”；延载元年（694年）武承嗣鼓动二万六千多人又为武则天上了个“越古金轮圣神皇帝”，她欣然接受，改元延载元年；第二年，又加尊号为“慈氏越左金轮圣神皇帝”改元证圣。据考证，前一个尊号重在“金轮”二字。菩萨应世现身，称为转轮王，则转轮王有金银铜铁四级，分别代表不同的转轮，金轮王拥有四方天下，以次类推，铁轮王只拥有南部阎浮提州一方天下。后一个尊号又加一个“慈氏”号，慈氏是弥勒的意译，即谓女皇是弥勒转世。那“越古”何意？是言“最古老”，原来，“弥勒”和“菩萨”都不是一个，而是产生年代不同的许多个。如佛经说最古老的那个弥勒，即慈氏涂勒，是佛祖的第一个弥勒弟子，先于佛祖圆寂，后经天经修行四千岁，等于人间五十六亿七千万岁，再至人间成佛。大周女皇帝武天就是这个弥勒的化身，也是可以拥有四方土地的金轮菩萨的化身，等等。
然而，邪门外道从来是要败露的，那几个能知天命，能让武则天永久不死的神仙们也很快暴露了原形。
刚尊“慈氏越古金轮圣神皇帝”号没几天，明堂起火了，夜间大炎照得洛阳城像是白昼，一把火把明堂和附近建筑烧个净光。武则天震怒了，她正要找那些活神仙算账，那个“浮光如来”如平常一般走进宫殿，女皇一见劈头便问：“汝常言能前知，何以不言明堂火？”老尼姑无言以对，狼狈逃去。既然皇帝不信老尼姑了，马上就有人告老尼。说她自吹一日吃一粒芝麻一粒米，可是晚上却与弟子烹宰宴饮，而纵容男女弟子百余行yin秽事。而那个自称45o岁的韦什方自称能造长生不老药，到岭南采药一去不归。
武则天本来不想把他们怎么样，一听众人控告，马上产生了杀人的念头。于是派人去找老尼，假称继续任用。老尼没想到武则天会张以待。放胆前来，弟子也被召回。女皇命人围住寺院，全部逮捕。河内老尼被杀，余皆没为官奴。韦什方在偃师听说骗局败露，自杀而死。
武则天始知自己也寻不到长生药，总有一天要归西，皇帝位也总得让别人来继承。
神功元年（697年）正月，的确生了谋反事，造成一个大狱，也是女皇统治后期的最后一场大冤狱。
箕州刺史刘思礼鬼迷心窍，竟相信相术谋反事。他以前曾跟术士张憬藏学相面，张憬藏告诉他，你的面相可做太师的高官，等到你到箕州做官时，这个目标就可实现了。到神功元年，他果然被授为箕州刺使。命相的应验让他昏了头，他想要做太师，位至极品，不是辅佐王命无以至此高位。便找到洛州录事参军綦连耀一听更加神经病，以为刘思礼辅佐的一定是他，虽然自己是个七品芝麻官，既然天命如此，就不要拒绝了。
于是，他俩便真的秘密商量造反夺皇位。他们的计划是：与朝官员相交接，以相面欺骗对方，假说他们都是富贵相，正当他们高兴时称：“綦连耀有天命，大家拥戴他做皇帝才能得到宝贵，你的面相富贵，就是应在他身上。”
明堂尉（负责守卫明堂的军官）吉顼闻其谋，告诉了酷吏来俊臣。来俊臣此时因贪贿已被贬为合宫县尉，获此信息以为又是个升官的大好机会，于是他赶紧上报。武则天闻报，立即派河内王武懿宗审理此案。武懿宗是武则天从侄，武则天称帝开国封的十个郡王之一，和武承嗣一样，打算清除反对派，使朝归武氏。他抓住这个机会不放，表示只要说出造反的全部人来，并按他提供的朝大臣的名单诬陷，就免除刘思礼不死。结果，刘思礼把凤阁侍郎李元素、夏官侍郎孙元亨、天官侍郎石抱忠和给事周潘、泾州刺史王勔、监察御史王助等三十六家海内名士全部诬供出来，并利用酷刑使他们承认谋反，全部杀死。还进行灭族，案子牵连千余人受害。
这个案子是郡王武懿宗亲自审量，有谋反人的揭、有被告的供词，案情清楚，不由武则天不信。实质上她仍然犯了不察的错误，供词是在酷吏的锻炼下提供的。武懿宗一下子杀了这么多人，朝臣把他排在周兴、来俊臣之行列里，认为他是“周来之亚”。
来俊臣想独吞破案的功劳，又告吉顼，吉瑞一闻消息就去见女皇，在女皇面前洗刷自己，才得免于死。案后，来俊臣、吉顼都以功臣的面孔出现，得到了武则天的信任。
随后，又诬告诛杀了司刑府史樊惎。其子到朝堂上鸣冤，没有人过问，拿出刀来自剖其腹。秋官侍郎刘如只是哀叹了几声，来俊臣就告他附恶逆，武则天下令流放瀼州。
来俊臣得武则天信任，又嚣张起来。此人好色不堪，专以搜集美女为能事。常倚势强抢民女，又视某官有美妻，乃罗织罪名陷害之，后矫诏取其妻，前后被害者不知凡几。李昭德常恶来俊臣，亦被其诬告谋反而下狱。
来俊臣终于骄横过了头，在党羽以石勒自比其才，产生谋取社稷的念头。他不再听命于诸武，决定组织党绩罗告武氏诸王和太平公主，又进而诬告皇嗣、庐陵王、南北衙门官员同反。换句话说，他诬告朝所有官员、武氏宗室、李氏宗亲全谋反，只有他是武则天的大忠臣，让武则天下令杀掉朝、宗室所有的人，自己独揽朝纲，再进一步谋取皇帝位。他简直以为自己可以像董卓那样，权控整个朝廷，成了政治疯子。
这一阴谋被人告知诸武，他们非常害怕。而太平公主却以果断手段告来俊臣，乃罗列来俊臣罪，上告母皇，诸武也一起上告，使来俊臣终于进了监狱。刑司按法定其罪，应处极刑。武则天总以为他告了谋反大案，立了大功，还想敕免他，奏折上去三天仍迟疑不批复。大臣王及善上奏说：“来俊臣凶狡贪暴，国之元恶，不去，必动摇朝廷。”武则天看了奏折仍在犹豫。有一天，武则天游于御园，吉顼执纲牵马，武则天骑在马上缓缓行走。她向吉顼打听大臣们都在议论什么事，吉瑞说：“大臣们都怪处理来俊臣的奏折还不下来。”武则天说：“来俊臣有功于国，朕正思考怎么处置他才合适。”吉瑞回答：“以前于安远揭李贞等人谋反，才准时把他们平息。于安远这么大的功劳，才做个成州司马。来俊臣的功劳有他的大吗？但他却聚集党绩，诬陷良善，家里的赃物堆如山，冤魂塞住了道路，他是国家的大强盗，为什么要为他可惜呢？”武则天听了吉顼的话，决定抛弃来俊臣。
武则下诏杀死了来俊臣。仇家争着撕咬其肉，斯须肉尽，又挖眼剥面，披腹出心，腾踏成泥。武则天知天下人恨他，乃下诏数其罪恶，诏上有言：“宜加赤族之诛，以雪苍生之愤，可准法籍没其家。”士民相贺曰：“自今眠者背始帖席矣。”＇事见《资治通鉴》，卷o6，神功元年四月。＇
来俊臣受宠时，选官部门受他的指使，选来俊臣的亲信为官者数百人。来俊臣被杀后，任选侍郎们都向武则天自其绪。女皇责备他们，他们说：“臣等有负陛下死罪啊但臣等乱国家之法，罪上一身；如违背了来俊臣的意愿，当时就得灭族”武则天听了，才知道自己重用来俊臣，才使他敢于胡作非为，朝臣们才如此害怕他。于是，武则天都敕免了这些侍郎们。
经过来俊臣案后，武则天再三反思任用周兴、来俊臣的前后过失，终于醒悟。一天在朝堂上问侍臣：“顷者周兴、来俊臣按狱，多连引朝臣，云其谋反。国有常法，朕安敢违间疑其不实，使近臣就狱引问，得其手状，皆自承服，朕不以为疑。自周兴、俊臣死，不复闻有反者，然则前死者不有冤也？”夏官侍郎姚元崇对曰：“自垂拱以来坐谋反者，率皆兴等罗织，自以有功。陛下使近臣问之，近臣亦不自保，何敢动摇所问者若有翻覆，惧遭惨毒，不若死。赖天启圣心。兴等伏诛，臣以百口为陛下保，自今内外之臣无复反者。若微有实状，臣请受知而不告之罪。”