郑军大败，不得不从此撤出，再丧失一大块根据地。
虽然军事势力仅限于金门、厦门、南澳以及沿海城府和岛屿，郑成功的力量也一直在发展和壮大。随着海上贸易的发展，他手下军队的人数和质量，其实反而呈越来越强的势头。
究其原因，主要在于他有一只极其强大的水上力量，可以四处游走，忽东忽西，忽南忽北，往来无踪。郑军海上经验极其丰富，而水军恰恰是清朝的弱项。所以，清廷很长时间内，都不能有效解决郑成功这个最令人头痛的“问题”。
船行迅速，来去无踪，郑军水上纵横，一会打舟山，一会攻福州。清军在福建等地沿海尤为紧张，四处“救火”。
永历十一年（1657年），人在云南的永历帝封郑成功为延平王。
有了王封，虽然是“二字王”，在明朝也是显爵。这位“国姓爷”腰板更硬，且死心踏地奉永历为正朔，高举明帜，刻意经营他自己的势力范围。
最接近胜利的进军——郑成功南京之围
永历十二年（1658年，顺治十五年）春，吴三桂等人率清军大举进攻云贵，致使东南空虚，郑成功迎来他人生中最大的机会。
初夏时分，他着手准备军事行动，集粮调兵，并在八月间在大洋山一带聚集（位于现在的杭州湾口处崎岖群岛，属嵊泗县）。
八月初十日，郑成功正在召集军事将领开会，飓风忽起，水天相连，波涛似山。
大风灾下，不仅楼船撞毁，士兵遭溺毙成千上万，连郑成功本人的六个“王妃”与三个年岁还在孩提的儿子郑浚、郑浴、郑温，也因船只倾覆而淹死在江中（这三个孩子的名字皆水字边，又死于水，良可怪也）。千余艘战船，约三分之一损毁，八千多将士溺毙。为此，郑成功只得暂搁置行军计划。
甚为奇怪的是，中国历史上，在关键的转折点时刻，飓风总是帮倒忙。南宋厓山之役后，张世杰本想拥军再起，飓风一至，舟船尽倾；元军二次征倭，五龙山停泊，连夜哮风，十来万人葬身鱼腹，攻败垂成。
郑成功甫出兵即遇不利，在他心中留下了不少阴影。无奈，长江之役只能往后推迟。清朝历史学者计六奇以为，郑成功听说其父郑芝龙被杀而出兵抵浙，根本不确切。长江之役于1659年开始，郑芝龙当时还被关押在宁古塔，两年多后顺治帝死后他才被杀掉。所以，郑成功舟师出海，绝不是“为父报仇”而来。
修整半年多，补船添兵。转年四月，郑成功与张煌言一起率千余艘战船，扬帆而来。
郑成功舰队首战告捷，一举攻克定海。然后，郑军水遇乘船，遮天蔽江北上。
郑成功率领大小船只三千多艘，精兵十万余人，直扑江阴而来，因其城小，弃之不攻，直接溯北而上。
六月初八，郑成功大军至丹徒。六月十三，众船集于巫山祭天，仪式庄严肃穆。诸舟环集，旗盖袍服俱用红，望之如火。十四日，祭地及山河江海诸神，色俱用黑，望之如墨。十五日，先以吉服祭明太祖，次以缟服祭崇祯帝，色俱用白，望之如银。
“祭毕，郑成功大呼高皇帝者三，将士及诸军皆泣下。”可谓六军感奋，誓师壮威。
清朝在南京一带驻军薄弱。当时，大多数军队，不是留驻北京，就是赴西南去消灭永历帝。惶急之下，镇江至瓜洲的十里江面，清朝守军只能以巨木筑坝方式拦截郑成功的水军。
这项工程很不好做，长坝宽三丈，外抹泥，内用木撑，左右两端建立木栅，其中有射击孔，可以里面驻派军人向坝上放射箭弩铳炮。同时，为了使得拦截更坚固，清军往坝两边加放无数根直径逾尺的大木柱，用以堵截郑军海舟的冲撞。“炮石盘铳，星列江心。”
“国姓爷”的私心（6）
天不作美，江水涌泡，木泥结构立刻被冲垮。清朝南京守臣郎廷佐也使出祭江那套把戏，终于使拦截坝暂时修成。其实，祭江只是“心理战”，大坝坍塌一次后，巨木沉江，形成稳固基础，再筑自然能成。清朝仅仅这些临时拦截坝的费用，就高达百万两白银。
除郎廷佐主持南京防务外，两个在旗汉将蒋国柱和管效忠负责直接指挥，抵抗郑成功的大军。
十五日这一天，两千多郑成功军船齐泊焦山，准备大举进攻。
郑成功先派出四只海船，外以厚厚白色棉被包裹，里面遍途乌泥，箭矢炮石皆不能伤。每船仅载几个人，从容扬帆而上。
清兵观望，如临大敌，大发火炮，声若雷鸣。
郑军操船手不慌不忙，倏忽往来，一会近坝，一会离坝，诱引清军不断放炮轰击。
当时清军的红夷大炮威力虽大，只能对攻城或者密集进攻的陆军有杀伤力。郑军水上游动目标小，清军大炮没有现在的瞄准装置，所以只能空空浪费弹药而已。
清军发炮五百枚，连一条船也打不着。
郑军船只里面的士兵每次接近水坝，就会跳下水去，踏水抡斧，死命砍折水坝下支撑的大木。
郑军水军循环数次，清军拦截坝已经呈现松垮势头。
六月十六日，判定清军大炮弹药将用尽，郑成功指挥水师大军一举驶过镇江，浩荡而来，冲破清军防线。
十七日，郑成功军队已经攻上瓜洲。清军连忙在高岸上列马队，还未及冲锋，郑军陆兵从两旁水田中忽然冲出，抡刀猛砍清军战马的马腿。猝不及防之际，清军非死即伤，余众溃逃。
最倒霉的要属清朝江苏巡抚朱衣助。他十三日才到瓜洲，十七号郑军就已经攻到他的府署。
听到郑军已近，朱衣助忙发令旗，让手下人急去漕运总督亢得时那里求援兵。（这位亢得时很好玩，日后清廷严命他率军赴援南京，由于他对郑成功大军极其畏惧，行军半途，他竟然从船上跳水自杀。如果不死，其实他也能位列侍护南京的清朝“功臣”之列。）派去的人刚出门，忽然猝头往回跑，高喊：“老爷，不好了，海贼杀到了！”
朱衣助刚刚从椅子上站起来，跑入叫唤的清兵已被砍倒在地。忽然之间，窜上两个彪形大汉，把他拎起，飞趋至郑成功面前报功。
郑军一员猛将乘胜，挥兵入瓜洲城内大杀，并把清军沿江布置的大炮炮口掉转，向谈家洲上的清军阵地猛轰，炸得洲上清军血肉横飞。
哭爹喊娘之时，郑军又有二十位善泅水兵自水下冒出，冲上谈家洲，挥舞长刀，见人就砍，如砍瓜切菜一般。
趁乱，郑军舟师靠泊，下来一千多士兵，登洲大开杀戒。很快，二千清军被突袭郑军杀得一干二净，流血盈地。
然后，郑军移炮，猛轰镇江。
清朝江苏巡抚朱衣助倒霉之中命还算好，郑成功没有立即杀他。由于看守不严，日后被他趁乱逃出。
镇江一座孤城，在郑军强大攻势下，清朝守将连连向南京告急。
原洪承畴手下有一名军将罗托，得令率千余精骑来援镇江。这位清将临行大言：“这些海贼，真不够我杀！”
骑在高头大马上，他向士兵训话说，此番进击，定要把海贼杀得片甲不留。
清军苏常四郡的援兵，一直畏葸不前，听说有京营兵打头阵，他们暗自高兴，慢慢跟随其后行军，准备胜利时进击，败则可以提前逃走。
清军几支部队合集，共凑有一万五千余人，其中一半是骑兵。除了“罗将军”打前锋外，其余几部援军抽签，按“运气”决定前后队。
罗托所率的清朝京营军骄躁，着急找郑军交战。但是，郑军大船忽上忽下，在江上往来游移。见清军在南，他们就开船向北；见清军过北，他们又掉头向西，似乎是畏惧接战，实则诱敌使疲。
如此以来，随走随赶三天三夜，清军一直未得喘息，个个累得虚脱。
当时正值酷暑时分，连日多雨，热后多雨，雨过复热，桑拿天气，把披重甲来回奔忙的清军马军步军累得呼喘吁吁，几不能忍。
大暑天气，清兵聚立如林，渴无水饮，只好喝马尿。人渴了有马尿喝，战马更受罪，无草无水，奔驰既久，俱张口喘息，四腿发抖。
镇江城清军派居民送饭给来援的清军，由于大暑奇热，士兵们根本咽不下去。
不久，城内又送炒米劳军，清军援兵皆苦笑：“饭食尚吃不下，炒米怎能入口？”估计清朝士兵们渴望的是绿豆汤，但只能想想而以。
清军队内，有不少老兵是先前的农民军士兵，悄悄对新兵说：“我们从前作战时，军粮是用小牛肉干磨成的细粉，随身携带，临阵吃几撮，就不会饥饿。现在的军将不懂不这些，让我们冒雨热来回奔忙，两日不食，还打个屁仗！”
清军被折腾得疲惫欲死之际，郑成功的军队开始下船布阵。
郑军最头阵是手持长枪的士兵，后面跟着手拿团牌的士兵，第三层是倭铳队，高举倭铳。郑军阵法也奇特，分成若干小队，一队五十人，每队都有五色旗一面的队首。
郑军各小队配有“滚被手”二人，他们双人持拎着一张二寸厚的大棉被状物品，所以称为“滚被手”。士兵持被的手并非没有武器，同时握刀。
“国姓爷”的私心（7）
每逢清军射箭，“滚被手”便扬起被子阻挡箭雨。进攻之时，他们即持刀滚进，专砍马腿。
郑军军队除使用五色旗外，又有蜈蚣旗、狼烟旗，倭铳队之后还有大刀队，最后压阵的是鼓手。这些人头上还插有一旗，随风飘展，威风凛凛。
郑军鼓声比较好辩别，鼓声急则兵行亦急，鼓声缓则兵行亦缓。
清军京营多为骑兵，望见郑军步军排阵，内心多轻之。清军根据以往作战经验，他们每每在进攻前后退数丈，然后加鞭策马突前，忽然冲击敌人步兵阵。只要对方阵脚稍动，清军骑兵就会举刀呐喊乘势杀入，对方步兵定会因为怯懦自相践踏。由此，清军常常以此战法取胜。
照芦葫画瓢。清军仍旧使用老战法，以大队骑兵压上猛冲。
出乎意料的是，郑成功所部步兵严阵而待，屹然不动。他们高举盾牌，大声呐喊。远远望去，郑军步兵如铜墙铁壁一般，纹丝不动。
清将挥旗，骑兵三次冲锋，均被郑军挡回，再无余技可施。
清军喘息，正犹豫间，他们忽然望见郑军背后有黑烟冉冉升起。清军刚刚准备整马重新冲阵，忽然发现，郑军士兵疾走如飞，他们抛开盾牌，主动跳进，快速跑动，发起攻击。
一般来讲，郑军三人为一组，一名士兵以盾牌为二人遮蔽刀箭，一人砍马，一人砍人，往往一刀把清军铁甲兵挥为两段。郑军士兵大多使用倭刀，锋利无比。
此战过后，清军败回的士兵往往惊呼：“海贼厉害，一刀杀六段！”
旁人问原因，清后兵解释：“我们三骑为一组，海贼（郑军）迎前，齐腰削来，我们的人被从中间断开，是为六段！”
饶使郑军如此勇猛，清军猛冲不退。因为，清军后面有猛将管效忠督战。他手斩后退士兵数人，冒死前冲，非常勇敢。
相战良久，郑军中忽有一将举白旗，顿时炮号声起。
正在进攻的郑军士兵，闻炮忽然向两边散开，正当前的郑军躲散不及，也都立刻趴下，伏在当地不动。
清军骑兵见状，以为郑军要撤退，纷纷拍马纵前冲杀。还未冲出数米，郑军后阵中闪出炮队，不急不慢，捻信点燃，当面施放大炮和倭铳，给予冲锋的清军痛击，轰轰之间，千余清军被大炮倭铳击成肉末。（倭铳疑似手榴弹类的抛掷武器，不是枪类）
清军血肉遍地，四逃惊溃。
郑成功大兵大呼：“汉兵暂避！”
听此呼声，清军中的汉人步卒，撒丫子四处奔逃。
郑军尾随而上，不杀汉人步卒，纷纷追截骑兵的满兵。他们抡刀挺枪，把清朝骑兵干掉数千，还杀死不少清军中级将领。
清将管效忠多备战马，跳跃闪躲，三匹马的马头皆被郑军砍落，幸亏他身手敏捷，三跳三起。
郑军兵士见他身手敏捷，又穿着高级武将官服，很想活捉他报功，这才让他有了生还机会。
管效忠败退至银山，仍然不放弃努力。他整理兵马，率残兵从山上冲下，实施反冲锋。
郑兵在山下布阵，清一色身穿铁甲胄，戴精铁面具，连腿上也有铁护套，唯余两足不作遮蔽。
这些铁甲猛士冷静异常，迎着从山坡陆坡冲荡而下的清军骑兵，挥长刀专砍马腿，锐不可当。
由于郑军步兵铁甲全身，无下刀处，管效忠命令清军，在马上用箭，专门射郑军士兵没有遮护的双脚。
郑军士兵似乎不懂得疼痛，往往拨箭而起，若无其事，仍旧大刀猛挥杀人。
最终，支援镇江的清军诸部丧失信心，拨马狂奔，大败而去。
清将管效忠不甘心。依旧盘桓不去。
二十二日，他自提数千精骑，奔赶岸边准备与郑军决一雌雄。
望见郑军师船，管效忠大声吆喝：
“从来只有马上皇帝，没听说过有水上皇帝，快快上岸决战！”
稍顷，郑军两艘大船泊岸，陆续下来两千陆兵，在扬蓬山一带的菜园开阔地结阵。
见状，管效忠派其麾下勇将王大厅率兵出战。
率二千兵马迎战的郑军主将是周都督，他迎前喝问王大厅：“你是管效忠吗，何不早降？”
话音未落，善射的王大厅一箭射来，正中周都督脚趾。
低头拔箭时，王大厅又射出二箭，不偏不倚，都还射在周都督脚趾之上。
周都督大怒，他也不再拨另外两只箭，挺身大喝，持刀疾奔而至。
没等清将王大大厅掉转马头逃跑，他扭腰跃前，手中刀光一闪。王大厅的身子还在马上，脑袋已经落地。
见状，清军大骇。
郑军方阵开始移动，准备攻击。
管效忠经验丰富，忙对手下清军兵士说：“别慌，这是八卦阵，生门向江一面，可从此攻入。”
他挥旗命令清军攻入八卦阵“生门”。
清军全部冲入后，郑军忽然变为长蛇阵，首尾相应，把数千清军包围其中。
管效忠尽管英勇，落入阵中也心慌，乱打乱闯，他手下清军被杀得落花流水。