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在细菌战诉讼团一再努力下，2000年井本雄男终于被法庭确定为证人。但是这一年的2月3日，井本雄男突然去世，这个细菌战的参与组织协调者，尽知细菌战高级秘密的人，还是将他所知道的都带进了坟墓。井本雄男的突然去世，对细菌战诉讼团是一个巨大的损失。这一损失让王选痛悔不已，她立即向法院提出申请，按照证人的年龄大小安排出庭秩序，年龄大的先安排，类似的事情不能再次发生。
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就一本日记展开的较量（3）
井本雄男去世后，在被告日本政府那里，《井本日记》突然不再是个人日记，而变成了“公务秘密文件”，并援引日本民事诉讼法第220条第4项，向法庭指出：有关公务文件没有公开的义务。
围绕一本日记的翻云覆雨，日本政府对于细菌战的态度演绎到了极致。一直到一审宣判结束，《井本日记》仍然在日本政府的手里，没有向社会公开。
怒告日本现行隐瞒罪
对于日本政府的一而再再而三的隐瞒，细菌战诉讼团向法庭提出增加诉讼请求的要求，将日本政府的现行隐瞒罪作为诉讼的请求之一，状告日本政府隐瞒罪。
诉讼团在向法庭提交的请求文书中说，战争期间，日本是将细菌战作为国家政策进行的，并彻底隐瞒了这一国家行为。战败日军撤退时，彻底销毁在中国设立的用于细菌武器研究的设施和所有资料。在战后，日本又和美国一道隐瞒细菌战，使细菌战的战犯逃脱了远东军事法庭的审判。而更重要的是战后几十年日本政府又通过修改教科书、国会质询中撒谎、欺骗、推托和假装等手段长期隐瞒细菌战事实。正是由于这样，才使许多受害者并不知道自己是死于日军细菌战，幸存者在时至今日的五十多年间，也没有明确认识到自己所患鼠疫是由日军细菌战造成的。日本政府的这种隐瞒行为，妨碍了救济受害者，损害了原告的权利，应该承担罪责并给予赔偿。
在追讨日本政府的现行隐瞒罪的同时，细菌战诉讼团还追加了追究日本政府立法不作为罪的请求。日本政府知情而隐瞒，故意拖延关于受害赔偿的法律的制定，损害了受害人的权利。而德国、澳大利亚、美国、加拿大等国家都制定了战后赔偿法，向被残杀和强行关押的受害者支付了赔偿金，因此日本政府应该承担立法不作为的责任。
细菌战的事实是随着诉讼开展而一步步被揭露，被剥开的，它让人们逐渐看到其中的残酷和非人道；诉讼团也是随着历史的黑幕一层层揭开，与日本政府的一次次较量而成熟，王选也是这样一步步成长起来的。这一点刘惠明看得十分清楚。
刘惠明是唯一的参加辩护团工作的中国律师。当时他正在日本留学，后来又在日本律师事务所工作，是王选看到他既懂中国法律，又熟悉日本法律，没有语言的障碍硬把他拉入律师团的。1999年到2001年刘惠明在日本从事律师工作期间，一直坚持参加每月一次的辩护团工作会议。王选只要是在日本，也一定要赶来东京参加律师工作会议。
刘惠明记得，一开始细菌战诉讼团只是提出赔偿和道歉的要求。在一次辩护团工作会议上，王选提出一个问题：细菌战的影响如此之大，如此惨烈，罪恶如此之深重，而在过去的近半个世纪当中，日本政府和美国政府联合隐瞒了这桩罪恶，是否可以认定这是一种新的侵权行为？
刘惠明说，日本政府在应对诉讼方面也做了大量的准备。从辩护团这个角度上来说，就要考虑到对方所提出的法律依据，得想办法来应对。
辩护团的律师们就此进行了广泛的讨论，如果要向法庭提出追究日本政府隐瞒罪的请求，就得有相应的法律依据。为了使这项罪名成立，辩护团请来了历史学家、军队史学者、防疫专家，从各个侧面来判断其可行性。一次次的讨论使辩护团的思维开阔起来：因为政府进行了隐瞒，所以造成了新的侵权，因为是新的侵权，所以所谓超过了诉讼时间的“时壁”论就不成立，细菌战犯罪就成了一件持续到现在的犯罪，而政府面对这种犯罪不作为，则负有“立法不作为”责任。
刘惠明将诉讼团向法庭提出的新的诉讼要求称之为“进步”。
刘惠明指出，现行的法律包括国际法在原告的诉讼请求上是有很多障碍的。比如按现有的法律，期限问题、个人权力能否成为国际法的申请主体等等都是空白。这让辩护团有了很多思考，很多问题都在突破，很多问题已经超越法庭而成为世界性的学术课题。
而这些法律问题的突破，将代表着人类越来越尊重个体的权利，法律越来越走向人性化，是整个人类文明的进步。
正如细菌战辩护团团长土屋公献所说：细菌战诉讼最终推动的是日本政治和社会进步。
亲历老兵复原历史（1）
从细菌战诉讼开始，日本细菌战揭露会、辩护团、王选等就开始了寻找当年731老兵的工作，这是一群进入风烛残年的人。和中国的战争经历者一样，他们都是历史的见证人，而在不久的将来，五年、十年，这些人就会辞世而去，带着他们珍贵的记忆。
但是在日本，更多的731老兵遵守着当年的封口令。
南京1644细菌部队的老兵，战后成立了一个由原队员组成的叫做“清风会”的战友会，战友会每年都会在风景名胜之地举行活动，对于不热衷于活动的当年老兵，战友会会通过各种方式施加压力和警告。
1644部队绘画兵石田甚太郞因为细菌实验残酷的记忆就“像幻影一般追逐着”他，所以数十年中离群索居，性情乖戾，并一直以贩鱼为生，从不参加战友会。“战前我是一名小有名气的留着长发的、现代派的插图装饰画家。但是战后我未再重操画笔，像和尚一般剃了个光头，悄然度日。这一切都是为了躲避‘南京幻影’的追逐。”石田老人去世前说。
但是“那些人”从来没有忘记他，每年都会有对他颇为“担心”的人给他寄些信来。老人将这些信一封封地积攒下来。“战败以后日本军虽然解散了，但军内原先所有的‘长官命令绝对服从’等级制度，直到如今依然存续在士兵们的内心深处。他以自己的死来换取真相的公开，选择了一条背叛长官的道路。我深信，在战时的南京不断目睹了日本医学人员的组织性犯罪行为的他，在战后从不参加以军医为中心的战友会的活动，这也是他对此的全力抵抗和抗议的行为。”石田老人的孙女说。
无人知道当年做过“魔鬼”的人到了晚年内心有着什么样的挣扎。“当年的731老兵有3000人，现在已经有2000人死掉了。揭露会找到了300人，他们当中只有100人开了口，但其中大多数又不愿意出庭作证，有的拿出了材料，但不让讲出自己的姓名。”王选说。
2000年11月15日，法庭第17次开庭，两位细菌部队的老兵筱塚良雄、松本正一在法庭上做证。他们的声音被永久地纪录下来，被各种媒体传播到全世界。处于烟障中的历史展现出了从来没有过的清晰和生动，任何掩饰帷幕都在这诉说面前变得透明。深深的忏悔陈列在两位日本老人的每一条皱纹里——这是日本人的脸，这张脸因为忏悔而善良无比。
上个世纪30年代末，筱塚良雄作为731部队少年班的一员，来到中国哈尔滨的731平房区，一开始他在731部队做细菌研究的辅助工作——刷洗培养细菌的器皿、准备活体解剖的用具等。1940年5月开始，筱塚良雄开始被安排参加“跳蚤增殖工作，这项工作在田中、筱田班管理的一座被称为“四方楼”的三楼暗室内进行，在这个暗室中的架子上，排列着许多类似石油罐的罐子，罐子里面有很多黑老鼠，这些黑老鼠是跳蚤的饵食。他的工作主要是确认罐子里的老鼠是否死了，如果老鼠死在罐中了就要把它拿出来，然后放进去活的老鼠。那年8月末，他们把跳蚤从稻壳中分离出来。这些跳蚤被大量地生产出来后，由731部队的航空班运往南京。
筱塚良雄证言
直到今天我都记得自己最初参加活体解剖一个中国男人的事情。在解剖这个中国男人的时候，我知道自己以前曾经给他做过采血实验。他是一个头脑清晰、具有知识分子风度的人。我看到他瞪着我，只好把眼光转到别的地方。感染了鼠疫菌的他，脸色和身体完全变黑了。在他还有一口气的时候，特别班的人把他赤裸裸地放在担架上，送到我们所在的解剖室。他被放在解剖台上，班长命令我给他洗身，我用橡皮管冲洗他的身体，再用硬板刷子刷洗他的身体。现在我还记得当我要用硬板刷子刷洗他的脸部时，我非常犹豫。拿着解剖刀的班副催我快点干，我就闭上眼睛刷洗了这个男人的脸部。当班里的人员用听诊器在这个男人的胸部，还能够听到他的心脏跳动的时候，解剖就开始了。这样不到两个月的时间，我对五个中国男人进行了活体解剖。当我活活解剖了三个中国人后，班长对我说，你终于“是一个有用的人了”。
我们叫受害者为“圆木”。我们不愿承认自己在夺取人的生命。所以，我们让自己深信，我们所做的事情就像砍树一样。
日本人更想把自己当作战争受害者，甚至一名和平运动者，但我不能让这段历史残留在黑暗中。
松本博，南京1644部队卫生兵，1943年入伍，接受六个月的卫生兵训练后到南京1644部队看管在押的“实验材料”。7号楼是1644部队的中心建筑，四楼房间按“松”、“竹”、“梅”等字样编号排列，尽头有处置室和焚烧炉。松本负责“松”字室。“松”室里放有七个像鸟笼一样的的笼子，长、高、宽各一米，一个笼子关一根“圆木”。所有的人入笼后一律裸体，为的是防止他们自杀。因笼子很小，只能抱膝靠在笼子里，既不能伸腿，也不能站立。笼子里有个罐子当便器，每天倒一次。笼子底部是五寸方材，用螺栓固定，每当“圆木”伸手取陶制食罐时，螺栓就一点点松动。
松本博证言
“圆木”关入笼子两三天后，就开始注射细菌，军医来注射，可能有霍乱、鼠疫、破伤风、瓦斯坏疽什么的，有时拿来装在试管里的鼠疫跳蚤，放在“圆木”的肚子上，让它们吸血。
亲历老兵复原历史（2）
我见这些人年龄比我还年轻，如同孩子，他们对我没有攻击的表现，我也表示一点点意思。我不吸烟，有时悄悄把配给自己的烟给他们吸，如果被上司发现是要受严厉处罚的。他们很是理解，为了不让烟飘出去，一点点吸，然后吐到便器内，另外，不能大家一起吸，一个人吸完后轮下一个人。
当然，这些人总会一天天衰弱下去，根据菌种的不同，进行三四个月的观察，军官或军医判断生菌已经在“圆木”体内发生作用后就实行采血。
采血的日子给“圆木”戴上黑头巾，带到处置室，让其躺在处置台上，手脚都用皮带固定，然后在头巾上滴几滴麻醉剂，让他数一、二、三，一会就发出鼾声睡过去。接着给大腿消毒，军医切开腹股沟部位，用钳子拉出动脉，插进针头，一头是大口的瓶子，采血就这样开始。
最初，血汩汩地向外流，以后血流慢慢变细，“圆木”遂产生很厉害的痉挛，连固定身体的床都嘎吱嘎吱地响动。更残忍的是，这时会有人穿着皮靴去踩“圆木”的心脏，于是，吸管里出现血泡，这是最后的一滴血，采血这才结束。采后的血放到哪里，也许是培养室，或者其他什么地方，这是我们这级士兵不可能知道的。一个人的血液大体有四到六杯左右，尸体就丢进处置室旁边的电气焚烧炉烧掉。烟从烟筒冒出，外面不知道发生了什么，但是，臭味是闻得到的，油也滴在外面的马路上。剩下的骨灰在军官学校对面挖坑埋掉。
松本在这里服役十个月，亲见有四五十人被全部采血，以人体作为细菌制造器，然后“收获”污染的血液，再用这血去培养更多的细菌。
原731航空班队员八十岁的松本正一直接参与了多次细菌的飞机撒播。航空班班长是石井四郞的女婿增田美保，先后有八名飞行员参加细菌对中国的攻击。这些人后来或因飞机失事而死，或因感染了细菌而死，只有松本正一活了下来，并把战时的许多照片保留至今。这一天他向法庭提供了一个多小时的证词。
松本正一证言
1940年夏秋，我被派往杭州，航空班有三分之二的人乘97式重型轰炸机、97式单引擎轻型轰炸机从哈尔滨来到杭州。干部们把这次行动叫作“杭州作战”，用的是国民党在笕桥的机场。
1940年秋，增田美保驾单引擎97式轰炸机，卫生兵今村为轰炸手，把两箱染过鼠疫的跳蚤放在机下撒布到衢州。“衢州作战”只有一箱撒布成功，另一箱撒不出去，在途中把箱子扔了。后来在“宁波作战”中吸取了这次教训，把装有跳蚤的箱子做成小的流线状，把跳蚤分装在五层扁平的箱子里，投下时靠电磁石打开箱子的前后方，靠风使箱子里的跳蚤飞出落下。
有一次在攻击作战时，准备将染过鼠疫的跳蚤用飞机撒布下来，但箱子后部打不开，里面的跳蚤成漩涡状落不下来，只好返回。可是飞机在机场停稳后，箱子突然打开，大量跳蚤飞了出来，于是急忙进行消毒处理，结果连飞机都烧掉了。
1941年秋后，我在南京待了大约六个月，我所在的航空班去了30多人，所有的97式单引擎和同型的双引擎轰炸机都去了。另外山口班队员也来了很多，与在南京的南京1644部队合流。我记得南京细菌攻击进行了三次。平泽驾97式单引擎轰炸机，把从哈尔滨搬来的鼠疫跳蚤撒在了湖南常德的街上，后来听说效果不错。
1945年8月，我又回到哈尔滨，11月前后，长官命令部队转移，航空班可以马上离开，因此让我们销毁证据。我们把机要库、宿舍、破飞机全部烧掉�