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当然，大本营也知道用战列舰对付航空母舰的难度，于是绞尽脑汁，提出了“捷”号作战的基本思路，即以战列舰为主力，强行突入敌主力部队海域，依靠近战火力歼灭敌人，同时为减轻主力舰队突入时的压力，实施大规模的陆基飞机攻击作战和佯动作战。
对于第二个问题，日本军事家们的思维模式倒有些超前。
当时，大本营对美军下一步的进攻方向判断不清（美军自己都没有确定下来，指挥太平洋战争的几位美国将军——金海军上将、麦克阿瑟、尼米兹正在为此争论不休），但是确信仗肯定要打，因此在7月24日大本营制定了《陆海军今后作战指导大纲》，提出了一个可以随机应变的“捷”号作战的设想。
该设想的出发点是“无论敌来自任何方向，均能随时集结陆海空军事力量，进行迎击并将其击溃。”根据这一设想，日军大本营预想了4个决战方向，并相应制订了4套作战方案。它们是：菲律宾方向的“捷－1”号作战计划；台湾和琉球方向的“捷－2”号作战计划；日本本土（北海道除外）方向的“捷－3”号作战计划；库页岛、北海道方向的“捷－4”号作战计划。
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“捷”号作战计划（4）
那些终日紧盯着作战地图的日军参谋们认为，这套周全的作战计划可以保证无论敌人来攻上述任何地点，均能随时集结陆海空军事力量，进行迎击并将其击溃。
围绕着“捷”号系列作战计划，日本大本营要求南方军总司令官、台湾军总司令官、本土防卫军总司令官等与海军协同，在8月至10月间迅速完成“捷－1”号至“捷－4”号作战的准备。
与此同时，大本营根据已往的作战特别是失败的教训，开始研究作战重点、战法，调整作战指挥关系。其主要变化如下：
一是把菲律宾方向作战列为重中之重。
在最高战争指导会议上，小矶国昭首相对当时战争形势的判断是：“今后敌之对我海上交通的破坏作战，将与驻华空军的活动相配合，将对西南各岛及菲律宾方面集中使用潜艇并辅以机动部队的挺进攻击，因而我方船只将增加损失。但是，只要敌方在西南各岛及菲律宾方面获得空军基地的企图不能实现，则本土与南方地区之间的海上交通大体上仍能保持。”根据这一判断，他得出结论说 ：“第一、在太平洋方面，消灭向我进攻的美军主力。第二、固守南方各重要地区，排除万难，保护我国防圈内的海上交通。”总参谋长梅津美治郎则明确表示，“西南方面作战的重点是菲律宾决战”。
二是掌握一定的机动力量，随时可向不同作战方向实施增援。大本营下令南方军以1个旅在菲律宾北部待命，随时准备调往台湾或西南诸岛方向；台湾军以1个旅为基干的部队，随时准备调往菲律宾北部或西南诸岛方向；本土防卫军分别以1个团（内含3个步兵营、1个炮兵营）在鹿儿岛和姬路附近待命，准备向西南诸岛或小笠原岛方向调动；大本营调1个师在上海附近待命，随时准备向菲律宾、西南诸岛或台湾调动 ；大本营以47师驻弘前，随时准备调往本州岛东北或北海道。
三是改变以往两军种航空兵绝少相互配合的局面。大本营海军部和陆军部达成协议，“当敌来攻时，两军种航空兵力集中在决战重要地区，发挥整体战斗力，捕捉并击溃敌之进攻兵力。”协商期间，海军部曾向陆军部提出把陆军的全部航空兵置于海军的指挥之下，但陆军一直把陆军航空兵视为自己的命根子，不愿把它们全部交给海军。况且，陆军航空兵的飞机装备和飞行员的训练也未必适应海上作战。双方经过多次讨价还价，终于达成同一地区的海、陆军航空兵部队在作战时积极协同的原则：在海上作战时，统一由海军方面指挥 ；在陆上作战时，统一由陆军方面指挥。
四是接受###作战的教训，改变过去的“水际滩头”防御为“纵深梯次”防御。从海岸到纵深，依次构筑岸边阵地、主抵抗阵地、预备主抵抗阵地、二道防线阵地，力图尽一切手段削弱敌军战斗力，不失时机地转入反攻，一举击溃敌军，在不得已时也能长期持久作战 ；改变过去将航空兵主要用于歼灭敌航空母舰编队的作法，保存实力，用于攻击敌运输舰船和登陆部队 ；组建特攻队，实施特攻战法，用飞机、人操鱼雷或汽艇等“自杀”式攻击，挽回战争败局。
基于上述判断和调整思想，日本大本营对驻菲律宾的陆军和航空兵部队进行了新的编组和兵力配置。
为了加强菲律宾地面作战的指挥和协调，7月28日大本营陆军部在菲律宾成立第14方面军。
该方面军除了统辖原驻菲律宾的第14集团军各部队外，又从中国的内蒙地区、东北地区调集第26师、8师及坦克2师到这个热带岛国来。至1944年10月，方面军编成内有第35集团军（辖第16、第30、第100、第102师及独立混成第55旅）及归方面军直属的第8、第26、第103、第105师，坦克第2师，独立混成第58、第61旅。
航空作战，主要依靠司令部设在马尼拉的第4航空军。该航空军由第2、第4及第7航空师组成。按规定应拥有1056架飞机，但因在新几内亚的战斗中损失惨重，实际上只剩下500余架飞机，而能立即用于作战的还不到一半。鉴于航空兵力量太少，日军大本营打算一旦发动“捷－1”号作战，便从日本本土、台湾、中国华北抽调11个飞行中队（8个战斗机中队、1个轻轰炸机中队、1个重轰炸机中队和1个侦察机中队），从马来亚、法属印度###抽调3个飞行中队（2个战斗机中队、1个轻轰炸机中队）支援菲律宾战区。
“捷”号作战计划（5）
此外，日本海军西南方面舰队也把司令部设在马尼拉，负责指挥一些战斗力不强的小型船只及丧失了战舰的水兵和岸勤人员参加当地战斗。
南方军于7月下旬接到大本营“捷”号作战准备的命令后，制定了“捷－1”号作战计划实施方案：
一、南方军和海军协同，击溃向菲律宾方向来攻的主敌美军，摧毁其继续作战企图。
二、决战以和海军协同进行的航空作战为主，在海上歼灭来攻的敌主力。
三、地面决战，力求在吕宋地区。
四、迅速整备菲律宾岛上的机场，使之适应航空部队的灵活作战。机场的整备主要由第14方面军担任，由第4航空军协同。
五、地面作战准备应准照下列各项（略）
六、航空作战应准照下列各项（略）
8月5日，南方军在马尼拉进行了陆海军联合图上模拟演习，把敌在莱特湾登陆作为第一设想，把在拉蒙湾登陆作为第二设想。并对第14方面军、第4航空军下达了“捷”号作战准备的命令，要求在8月底以前基本完成作战准备。
当年9月，设在马尼拉的日本南方军司令部下令菲律宾战区进入戒备状态，以10月下旬为目标，加紧各项作战准备。总司令官寺内寿一根据不久前南方军总参谋长率领的特派视察小组考察的结果，进一步加强了菲律宾中、南部的防务，陆续把部队调往与莫罗泰群岛一水之隔的棉兰老岛、莱特岛等处，企图在航空部队的支援下，在登陆美军建立起滩头堡之前就粉碎其进攻。根据判断，美军可能首先在莱特岛和棉兰老岛登陆，当然也可能直接在吕宋岛登陆，登陆兵力约10～15个师，可能还有一定数量的伞兵师或坦克师。因此寺内下令，如果是在莱特岛或棉兰老岛登陆，由第35集团军司令部指挥作战，如果是在吕宋岛登陆，则由方面军司令部指挥作战。
寺内寿一这样做，实际上削弱了当时菲律宾的整体防务力量，使多头的指挥系统影响了整个战区的协调作战。
菲律宾作战前夕的10月5日，日军大本营任命在中国东北担任第1方面军司令官的新加坡征服者、绰号“马来之虎”的山下奉文上将为新建第14方面军的司令官，让其负责“捷－1”号地面作战的实施。任命之时，大本营把山下奉文召至东京，告诉他地面决战只限于吕宋岛，在菲律宾中、南部则由陆海军航空兵及海军谋求决战。
1885年，山下奉文出生于日本高知县香美郡晓霞村，父亲是一名乡村医生，家境相当贫寒。他并没有承继救死扶伤的祖业，很小就考入广岛陆军幼年学校，后来又就读于日本士官学校、陆军大学。这个满脑子法西斯军国主义思想的职业军人当过驻瑞士、德国和奥地利的武官，还在陆军省机关工作过。由于裙带关系和陆军“皇道派”头子荒木贞夫上将的提携，1930年，他出任陆军第３步兵团团长，并从此扮演了日本军国主义侵略亚洲各国的急先锋角色。1936年3月，山下奉文调任驻朝日军第40旅旅长。第二年他率部进攻北京，参加了日本政府谋划已久的“七·七”事变，在南苑、长辛店和廊坊一带大肆屠杀中国军民。此后，他担任过日本驻华北方面军参谋长、关东军驻中国牡丹江第4师师长、日本航空总监、关东军防卫军司令官等职，双手沾满了中国华北、东北抗日军民的鲜血。
1941年11月8日，也就是太平洋战争爆发前夕，一直呆在中国的山下奉文奉命回到东京，很快就被任命为第25集团军司令官，负责进攻马来亚、新加坡。
马来亚战役的胜利令山下奉文声名大噪，并获得了“马来之虎”的绰号。但他却没有因此而得到重用。原因是日本军队内部的法西斯派别之争——皇道派发动“二·二六”政变时，作为皇道派干将的山下奉文也深深地卷了进去。他不仅躲在幕后出谋划策，并且放纵部下带领步兵部队举事杀人。政变失败后，其对立面统制派干将东条、寺内一伙上台，皇道派人物从此一蹶不振。虽然山下奉文攻克新加坡有功，却仍然被贬到中国东北的牡丹江，担任驻满洲第1方面军司令官这一闲职。直到日军在太平洋战争中节节失利，曾经不可一世的日本帝国日薄西山之际，日本军方才想起这头沉睡已久的“马来之虎”，把他从冰天雪地的北国调到热带岛国菲律宾来。
“捷”号作战计划（6）
当山下奉文于1944年10月6日到马尼拉走马上任，担任第１４方面军司令官之时，这个太平洋岛国已是亟亟可危。麦克阿瑟率领的美国陆军第6集团军和第8集团军的几十万人已经砺兵秣马多日，哈尔西的第3舰队和金凯德的第7舰队已将数以千计的舰船摆在出发海域，一场规模不亚于诺曼底登陆的战役即将举行，真可谓“箭在弦，刀出鞘”。而日陆军参谋本部把这个“烫手的山竽”交到山下奉文手里的时候，并没有给他及时派来强有力的增援部队。从总兵力上看，第14方面军约23万人，人数不算太少，但大都分散在星罗棋布的菲律宾各个岛上。在美军进攻莱特时，那里只有2万人。
在10月15日晚日本广播电台“东京玫瑰”散布的“弥天大谎”中，有一点是千真万确的，那就是，哈尔西的第3舰队确实空袭了台湾岛及西南诸岛，并在12日至15日期间与从台湾和九州方向飞来的日军陆基飞机进行过连续几天的激烈空战。
哈尔西率领的第38特混舰队是一支拥有强大作战力量的大舰队，它有4个航空母舰大队，共有正规航空母舰9艘、轻型航空母舰8艘、战列舰6艘、重巡洋舰4艘、轻巡洋舰10艘、驱逐舰58艘，作战飞机180架。另外有负责支援的护卫航空母舰（可搭载预备飞机）11艘，给油舰33艘。
哈尔西出动大批舰载机空袭台湾等地的目的，就是要在美军正式登陆莱特岛之前，摧毁日军可能投入和增援的航空作战力量，尽量减少美军登陆作战时的压力和损失。
1944月10月6日，哈尔西率领第38特混舰队离开乌利西海军基地，10月10日早晨到达冲绳东南120海里处。
日军侦察机9日发现美军舰队行踪。大本营据此判断：美国人是不是要攻打台湾？
自10日晨开始，哈尔西先后派出1193架次的舰载机对冲绳本岛、奄美大岛、宫古岛等西南诸岛的日军航空设施和舰船进行了猛烈的空袭，击毁日军飞机93架，击沉日军舰船87艘，己方仅损失飞机21架。
联合舰队10日9时发出“基地航空部队‘捷－2’号作战预令”，命令基地航空部队“迅速查清敌情并捕捉、歼灭之”。
11日，第38特混舰队南下攻击吕宋岛。
12日，第38特混舰队北上并出动飞机1378架次空袭台湾各地，严重破坏了日军在台湾地区的航空兵力和地面设施，己方损失飞机48架。
这一天，联合舰队司令官丰田副武上将下令“基地航空部队实施‘捷－2’号作战”，动用从九州到菲律宾的所有基地航空部队对美国特混舰队展开攻击，并把正在濑户内海重建的航空母舰舰载机部队加强给基地航空部队的第2航空舰队。因为，在9月中旬美国特混舰队袭击小笠原、硫黄岛、雅浦、帕劳以及菲律宾中南部的日军航空基地时，丰田想保存实力，未予有力还击，结果反而吃了大亏，这一次他不想重蹈覆辙，所以坚定地予以还击。
第一天反击就传来“特大喜讯”，让丰田乐得合不上嘴。
当天，台湾东方海面刮起台风。到傍晚，待命中的T攻击部队79架飞机才由九州南部的鹿屋基地分两批出击，第一批56架，第二批23架。陆军重轰炸机、海军舰载攻击机计约50架，也自冲绳基地起飞出击。它们对美军特混舰队进行了轮番攻击。T攻击部队是第2航空舰队的精锐部队，由“一”式陆攻机、“银河”轰炸机、“飞龙”重轰炸机等鱼雷攻击机组成。据说，因其飞行员战术技术一流，可在台风中进行攻击，故取“台风”的第一个字母“T”命名该部队。
T攻击部队报告夜袭战果说，击沉类似敌航空母舰4艘。
13日，第38特混舰队出动500架次飞机继续对台湾实施空袭。
日本海军出动T攻击部队的45架飞机，其中“一”式陆攻机27架、“银河”轰炸机6架、“零”式战斗机12架，从日本九州鹿屋基地起飞，对出没于狂风暴雨中的美