三、惩办残暴富豪辈事；
四、惩罚不良儒林两班事；
五、烧却奴婶文书事；
六、改善七班贱人待遇，脱去白丁头上的平壤笠事；
七、许可青春寡妇改嫁事；
八、无名杂税一并勿施事；
九、官吏采用打破地阀登用人材事；
十、严惩与倭奸通者事；
十一、已往公私债务一并勿施事；
十二、土地平均分作事。
协议既定，起义军便暂时撤离全州城，日后逐渐瓦解。等到6月底，东学党起义基本平息了。
如果从朝鲜政府请求清朝派兵帮助镇压东学党起义这一点来看，此次入朝清军的作战目的基本达到。但由于日本乘机大肆派兵入朝，使得援朝清军和入朝的日军处于严重的军事对峙状态。
朝鲜政府被日军突如其来的大举出兵吓得得魂飞魄散。朝鲜政府立即声称农民暴动业已平息，要求清日两军同时撤退。中国也认为乱事已平定，为使日军退去，即根据《天津条约》的规定，要求中日两国同时撤兵。但是日本的政策是乘机排斥中国在朝鲜的势力，独霸朝鲜，自然不会同意。
高宗和朝鲜政府通过各国驻汉城的外交使节，特别是通过当时在朝鲜以“朋友”自居的美国公使，敦请美国等各国政府出面给予斡旋，促使日军立即撤退。然而，美国人却支持日本侵略者入侵朝鲜的行径。
日本以保护使馆及侨民的名义派兵，现在使馆和侨民的安全已不成问题，中国又愿撤兵，日本如坚持不撤兵，师出无名，势必会引起国际舆论的不满。日本政府为扭转这种不利局势，提出一项提案，电令日本驻津领事通知李鸿章。提案的内容为：农民暴动尚未平息，中日两国军队应共同镇压朝鲜乱民。平定后，为改革朝鲜内政起见，中日两国派常驻委员驻朝鲜，调查财政，淘汰官吏，并设置必要之警备兵，以保持国内的安宁。
很显然，日本是借这个中日共同改革朝鲜内政的要求，难住清朝。日本政府明知这个要求必定不为中国所接受，在提出提案的同时已经决定，不论与中国协商的结果如何，在朝鲜政府导致农民暴动的腐败内政得到“改革”之前，决不撤兵；如果中国政府不赞同这个提案，日本政府要独力担任朝鲜政事改革。
中国自然不会接受这个提案。此时朝鲜局势极为紧张，中、日、美、英、法、俄等国军舰十艘集结济物浦港口。从仁川到汉城，沿途日军把守要害，盘查行人。日本政府训令大鸟不得撤兵，并相机使日军继续开赴汉城。战争大有一触即发之势。
在中国方面，自中日朝鲜问题争端发生，李鸿章就把解决的希望寄托在国际调停上。他先是挽请俄国，继而挽请英国出面调停。幻想通过俄英的干涉来制止日本侵略。然而，英国在看到日本开战决心已定，并在得到了日本有关日军“不在长江下游上海及其附近地区为战争运动”的保证后，决心支持日本，最终拒绝了李鸿章的要求。俄国看到日本背后有英国支持，也不愿卷入中日朝鲜问题的纷争，最后也拒绝了李鸿章的调停建议。
李鸿章重外交、轻军事的作法，引起大清国朝野上下的严重不安和舆论的不满。以光绪帝师翁同龢为代表的一部分官僚力主增兵朝鲜，抗击日本侵略。翁同龢曾多次呼吁增兵朝鲜，占据要隘，以绝对优势兵力压倒日本，认为只有这样，日本方肯撤兵，紧张局势才可能有所缓和。
李鸿章在挽请俄英调停相继失败之后，迫于国内主战派压力，才匆匆忙忙作军事布署，第二次不情愿地对朝派遣了清军。少部分增援驻守牙山的清军，大部分则向平壤集结，以便同日军展开决战。
在此期间，日本侵略者毫不迟延地在朝鲜制造有利形势。就在李鸿章积极进行联俄之时，日本加紧向朝鲜向朝鲜增加兵力，并千方百计地制造挑起战争的借口。日本政府密令日本驻朝鲜公使大鸟圭介：“目前形势表明开战已不可避免。务须不择手段地制造开战之借口。”
当中国拒绝了中日共同改革朝鲜内政提案之后，日本人就单独地开始了非法行动。6月26日，日本公使单方面地要求高宗“改革内政”，7月4日，大鸟根据日本政府给他的机密训令，向朝鲜政府提出改革内政的五大纲领26条目，详细规定了有关用人，行政，兵制，币制等项“改革”，甚至连兴办学校、铁路都包括在内。这个强加于朝鲜的“改革方案”，实质上是欲借此把朝鲜完全控制在日本手中。
而且，大鸟还逼迫朝鲜政府在三天内制订出实行“改革方案”的具体措施，十天内付诸实行。而当时这个所谓的“改革方案”，类似“敷设汉城至各通商口岸间的铁路，架设足以联系全国各主要城市的可靠的通信网”等条款，均是无法在限期之内实现的。但是，正如日本侵略者自己所承认的那样，他们的目的在于“故意提出这些在限期内无法实行的改革条款，如被拒绝，或是在限期内未能付诸实现，就可以此反诬朝鲜政府没有改革内政的诚意，为日本人能以行使武力，颠覆朝鲜政府，由他们自己独力着手进行改革制造借口。”
明成皇后14（5）
当时朝鲜政府在日本强大军队屯集汉城，日使大鸟百般威胁下，不得不任命几位大臣为改革委员，高宗下了罪已诏，亲日分子乘机而起。袁世凯此时虽极力阻挡，但毫无用处。据说大鸟还想派兵把他押解出境，袁世凯惊慌起来，电请李鸿章准予下旗回国。曾经是朝鲜“太上皇”的袁世凯，现在也一筹莫展了。
闵氏政府惊慌失措，不知道用何种方法遏制住日本的势头，只有一味地期待美国调停。
高宗曾多次训令朝鲜驻美公使李承沫根据朝美条约的规定，要求美国政府给予“友好的援助”。而美国对此所采取的立场，却是，“我们只能以友好的方式去影响日本，决不和其他列强一道进行干涉。”
大清国李鸿章仍然期盼着外国的调停，企图促使各国出面调解，同时又幻想怂恿俄国派兵船与中国水师会办，压迫日本。正当李鸿章忙于京津的谈判之时，日本侵略朝鲜在军事、政治、外交各方面都准备成熟了。日本终于在1894年7月23日凌晨，开始了强盗般的军事行动，以庞大的兵力进攻了朝鲜王宫。守卫王宫的朝鲜士兵英勇抵抗，但终因真不敌众，王宫在当天就为日军所占领，高宗、闵妃也遭日本侵略者所软禁。与此同时，另一支日本部队包围并占领了云岘官，在当天早上十时，日本人将大院君送入宫中，强将所有权力移转给大院君，大院君在日本人的压力下充当了其代理人。
大院君从那一天一早到被日本军拉进皇宫为止，期间的经历真是迂回曲折。
日本想要除掉闵妃，推举大院君，很早就派一个叫江本的人去亲近大院君。这个江本在23日当天破晓时分突然去找大院君，告知日本军占领王宫的消息后，恳请大院君：
“现在就是大监入宫，赶走闵氏一派，导正国政的机会。小人早向日本政府推荐大监，如果大监不听小人请求，小人就只有负起责任，切腹自杀了。请大监一定要接受小人的请求！”
大院君怎会以这样的方式重回朝廷，更不愿意充当日本人的傀儡，他不仅没有答应，脸上的表情还非常的坚定。
正好这个时候，日本士兵一涌而上，想要强拉大院君入宫。江本貌似严厉地斥责他们的无礼，不断恳请大院君自动入宫。
大院君陷入痛苦的沉默之中，许久之后，突然抬起头来质问江本：
“如果贵国这次的行为真的是为义理而行，阁下能否以日本天皇的名义承诺，在这次事件成功后，不抢夺我国一寸国土吗？”
江本见大院君中计，当场提笔写出如下的誓约书：
“日本政府此次行动是为义理而行，这次事件成功后，不取一寸朝鲜土地。特此盟誓。”
这种方式是日本人惯用的伎俩，为了达到目的而写下虚伪的誓约书，这对日本人来说并不是难事。但是大院君却相信他们了。大院君曾经发誓要赶走闵氏一派，导正国家，也坚信只要日后振作起来，便可以阻挡住日本的势力，所以，他仍然接受了日本军的护卫，进入皇宫。
大院君入宫之后，拜见高宗与闵妃。高宗被日本人的阵势吓得一直在发抖，闵妃则以憎恶的眼神瞪着面前的日本人和大院君。
日本公使大鸟对高宗说道：
“皇上陛下与皇后娘娘从今天开始，还按照以前的方式，将所有政务委由国太公处理。”
闵妃眼中喷火，紧咬牙关，但是面对日本人的枪剑，她一点办法也没有了。
在日本人的胁迫下，高宗心不干情不愿的下达圣旨：
“从现在起，所有政务均由国太公裁决，陆海军的统帅权也归国太公掌管。”
就这样，一直以闵妃一派为核心的亲清政权，被日本公使和大院君所颠覆，大院君第三次掌握政权。但是，只有这一次，大院君仿佛一个摆设一般，没有任何实权，只不过是日本的傀儡。
在日本人的组织下，朝鲜组成了一个以金弘集为首的亲日政权，原来闵族集团人物被迫害或逐散。日本侵略者以朝鲜的主人自居，为所欲为。他们为了制造能以立即同清朝直接开战的借口，唆使在日本刀尖下的朝鲜傀儡改府，按照它的主子的意图，于7月25日正式宣布脱离中国独立自主，废除中、朝两国过去所订条约，并宣布把驱逐清军出朝鲜的一切权限“委托”结日本。
日本海军在尚未得到朝鲜正式公文之前，25日拂晓，即在牙山口外丰岛海面，开始袭击中国兵舰和运输船。中国军舰受重伤，在朝鲜海滩自行焚毁。另一艘雇佣来的英商船，高升号被击沉，船上中国军队一千人不愿投降而壮烈牺牲。这是中日甲午战争的开端，在甲午战史上是为丰岛海战。
28日，驻朝鲜牙山的叶志超及聂士成军队又被日军所攻，这时聂士成驻守牙山东北面的成欢驿，首先被日军包围，聂士成败退。而驻守牙山东南面公州的叶志超则闻风而逃。这两个贪生怕死的将领狼狈北走平壤，从此汉城以下不见中国军队踪影。
这次战役，在甲午战史上，是为成欢之役。清廷以日本业已开衅，即电驻日公使汪凤藻下旗回国。8月1日中国正式对日宣战，同时日皇也颁下宣战诏。多年来的中日纠纷，终于在朝鲜的土地上兵戎相见。
清政府对日宣战后，光绪帝和以翁同龢为代表的主战派主张入朝清军立即南进，将日军逐出朝鲜。但李鸿章主张“先定守局，再图进取”，反对南进，认为目前清军只能坚扎平壤，扼取形胜，若进攻汉城，必须添足3万人。强调兵力不足，而采取消极防御方针。李鸿章之所以对部署军事态度消极，是因为他心今总是盘算着惜外国之力求和，他把主要希望寄托在俄国可能的援助上。此时李鸿章与喀西尼仍保持联络，有意请俄派兵。
明成皇后14（6）
李鸿章的消极防御方针遭到光绪帝的驳斥，光绪帝指出，若迁延不进，坐失事机，办理更为棘手。著令李鸿章电饬各军统将，克期进发，直指汉城。尽管严旨屡加，但李鸿章总是不以为意，总以兵力不敷为借口，拒不受命。
当时，日军大队在赴朝途中，还未到达朝鲜，若李鸿章执行光绪帝迅速进兵的方针，令在朝的清军迅速挥师汉城，也许朝鲜战局完全是另一个局面。不幸的是，由于李鸿章消极避
战，战略保守，给了日军以厚集兵力的时间，致使清军在朝鲜丧失主动进攻的时机。在李鸿章的所谓“先定守局，再图进取”的消极避战方针的束缚下，进驻平壤的清军既不“分道争利”，又不“择险分屯”，“株守以待”，消极防彻，一切处于漫无布置的局面。
与李鸿章的消极避战方针正好相反，日本自宣战后，首先确定实施大本营“作战大方针”的方案：驱逐清军出朝鲜，进而占领控制全部朝鲜。为此，继续向朝鲜大举增兵。9月15日，明治天皇到达广岛，亲自指挥对清战争。
日军在朝鲜的攻势作战，目标首先是围攻平壤。自叶志超率部北上，日军在朝鲜南部已无后顾之忧，于是，集中全力北上，以平壤为进军目标。9月12日平壤大战拉开序幕。
日军16000余人兵临平壤城下，并从南、北、西北、东北方向对平壤形成了包围。这时，叶志超急忙颁布防御命令，布署战守。任务确定后，又要求各军，虽划地防守，但彼此仍需互相援应，各军各营倘有疏失，一经查出，立照军法从事。作为总统平壤清军的叶志超虽然严令各军防守，但他自己却无坚强的战斗决心，暗中伺机准备弃城逃跑。
9月14日，即日军向平壤发起总攻前夕，叶志超竟召集各将领会议，以兵单、弹药不全，地势不熟等理由，商讨弃城北撤之计，提议暂退暖州，以图后举。会上，遭到左宝贵等人的痛斥。事后，左宝贵为严防叶氏逃跑，派亲兵对叶加以严密监视。自此，叶氏威信扫地，号令不行。
15日，日军向平壤发起总攻。驻守平壤清军各营实际上是处于诸将各自行动的状态，缺乏统一指挥和调度的情况下进行防守作战的，尽管如此，各军备营仍进行了坚决抵抗。日军死伤甚多，因死伤惨重，被迫撤退。这一仗，清军取得了重大胜利。但守卫牡丹台的清兵，在日军猛烈的炮火之下，节节后退，在日军三面合击之中，牡丹台终于失守。当时左宝贵正在玄武门督战，见牡丹台失守，亲自登阵督战，点燃大炮，向日军轰击，先后3次被日军流弹击中，犹裹伤再战，直至牺牲。左宝贵的牺牲是日清战争中，清朝高级将领洒血疆场、为国捐躯第一人。
得到其他几处关卡失守，以及左宝贵战死的消息，叶志超惊恐万状，决定弃城逃跑。他强令坚守阵地的马玉昆和卫汝贵迅速撤军，又在城门上悬挂白旗，派人假平安道监司的名义，致书日军，要求停战。是时，天气骤变，雷鸣电闪，暴雨如注。日军接到清军要求停战文书后，估计清军可能利用雷雨，趁黑夜弃城逃走