吸烟者比不吸烟者患上膀胱癌和肾癌的危险要大3倍。过去在没有认识到喝咖啡者的吸烟习惯是主要原因的时候，许多文章怀疑咖啡是这两个器官的致癌物质。尼古丁滥用的影响已经很明确了，尼古丁分解产物可替宁会沉积在膀胱和肾脏，而尼古丁这种强烈致癌物质可以在吸烟者尿液中检查出来。今天，结肠癌已经变得很普遍，但是自从1966年后，没有一个病例对照研究提到咖啡可能与之相关。也有人提出乳腺癌和咖啡有一定的关系，因为有人在乳腺纤维囊性病变和咖啡因之间发现了“因果联系”，之后由于没有可以成立的证据，乳腺癌和咖啡之间存在联系的说法就销声匿迹了。没有科学证据发现咖啡和卵巢癌、前列腺癌、良性前列腺增生之间存在因果关系。高血压检测随访项目研究对一万例高血压患者及其喝咖啡的习惯进行了为期5年的研究，结果显示，对不喝咖啡和不摄入咖啡因的人，以及轻度、中度或重度咖啡饮用者来说，癌症发病率都是1％，没有任何区别。
最近，针对日本人群的研究发现，喝咖啡习惯与肝细胞癌（HCC）风险降低存在联系。绿茶在日本人中很流行，但研究者用同样的资料分析发现绿茶和HCC风险无关。另外一项研究也显示，咖啡对肝脏具有保护作用。分析发现，与每天喝1杯或少于1杯咖啡的人相比，每天喝2杯或以上咖啡的人，在20年间因肝病住院或死亡的比例只有前者的大约1/2。
结肠直肠癌由于恶性程度高是美国第二位主要死因。大约5％的美国人会发生结直肠癌，估计每年新发病例达到万，死亡万。喝咖啡和结肠癌之间的关系一直存在争议。意大利米兰的一个研究显示，摄入咖啡和较低的结肠癌发病率有很强相关性。加拿大卡尔加里大学的社区健康科学系的研究发现，近端结肠癌比远端结肠癌风险下降程度更显著。美国的研究显示，摄入含咖啡因的咖啡、茶或者咖啡因与结肠直肠癌无关。咖啡中的其他成分如绿原酸或双萜烯可能是无咖啡因咖啡中的具有抗癌作用的成分。
美国纽约布法罗罗斯维尔公园肿瘤研究所流行病学部门的研究发现，摄入咖啡对绝经前女性的乳腺有保护性作用，但是对绝经后的女性则没有。在我们环境中，发现了许多有致癌作用的物理和生物学因素。酒精和烟草诱发的肿瘤是发达国家恶性病最常见的形式。
咖啡在西方国家流传已经有几百年历史，至今也没有明确的证据表明咖啡会引发癌症。去年一篇国际综述对66项研究进行总结，科学家们发现喝咖啡对胰腺或肾脏肿瘤没有影响。另一篇综述提到，与不喝咖啡的人相比，喝咖啡的人患肝癌的风险只有前者的一半。瑞典的一项针对万名女性的研究还发现，咖啡、茶或咖啡因均与乳腺癌无关。
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74。 伤害儿童
很对人都害怕给自己的孩子喝含有咖啡因的咖啡，然而他们没有想到，孩子们几十年来已经摄入了大量的咖啡因，这些咖啡因就存在于瓶装可乐中，这也是造成儿童肥胖流行的一个主要原因。肥胖严重影响了人的生活质量，降低了人的平均寿命。由于人们坚信食物对儿童行为会产生影响，因此咖啡因至今仍备受关注。在美国，父母不允许孩子喝咖啡，却允许他们饮用含咖啡因的高热量软饮料（一大瓶碳酸可乐含有的咖啡因相当于4杯咖啡），从而使肥胖的风险大大增加。“轻型”和“零卡路里”的汽水也被卷入了这场自己引发的争斗中。对于一个终日懒散在家的人来说，饮用轻型汽水（即所谓的无糖型）被认为是解决相扑肚及其引起的代谢综合征（如糖尿病、心血管疾病、高血压、高脂血症和低HDL）的方案。然而，研究发现，每天饮用超过一瓶汽水，即便是轻型的也会增加代谢综合征的发生率。代谢综合征人群患冠心病、2型糖尿病及与动脉粥样斑块有关的其他疾病（如中风和周围性血管疾病等）的风险明显增加。代谢综合征在美国越来越普遍，估计有5000万美国人患有此类疾病。
咖啡生产国目前正在实施一个项目，在小学早餐时饮用咖啡牛奶以防止肥胖和其他与健康有关的问题（如糖尿病，抑郁或自杀、酗酒或肝硬化等等）的发生。在食品供应中咖啡因是经过最全面测试的配料之一，被美国食品和药物管理局甚至140多个国家都被视为安全成分。孩子生命之初靠喝奶生存，我们还要引导他们进入下一阶段——摄入饮料。应该只给儿童提供天然饮料或与牛奶等健康物质相调配的饮料，同时还要搭配天然有机水果和蔬菜。咖啡牛奶完全符合这样的要求，而且经常饮用更有利于儿童的社会化和在校表现。
人们一直担忧产前接触咖啡因是否会对婴儿行为和发育产生潜在影响，或在儿童时期食用咖啡因会对行为产生不利影响。
最近一项基于193名儿童（其中96名为小儿多动症患者，97名为正常儿童）的9项针对咖啡因对儿童影响的研究结果显示：这些研究中尚未发现咖啡因有害作用的证据。也就是说，在大多数情况下仍然没有证据证明儿童及青少年饮用适量咖啡因会造成任何严重后果。
在咖啡的生产国，如巴西，该国的学校已将牛奶和咖啡纳入学生的早餐中，因而肥胖的发生率很低。在拉丁美洲国家将咖啡与牛奶列入学校早餐，这有助于解决拉丁美洲饥饿等问题，帮助改善学校形象和抵制垃圾食品和酒精饮料的消费。
咖啡因在全世界广泛地被儿童所摄取。事实上儿童适当地少量摄入咖啡因不会对身体造成伤害，反而对身体有益。咖啡比任何人造饮料都对身体有益，所以不应该担心将咖啡作为一种替代性健康饮品提供给儿童，尤其是加牛奶的咖啡。