在此期间，毛泽东对《纪要》作了第三次修改。经毛泽东这次修改，《纪要》就最后定稿了。中央军委将《纪要》和林彪的信报送中共中央，中共中央于4月10日将之转发全党，要求认真讨论研究，贯彻执行。
《纪要》认为，建国以来，文艺界“被一条与毛泽东思想相对立的反党反社会主义的黑线专了我们的政。这条黑线就是资产阶级的文艺思想、现代修正主义的文艺思想和所谓三十年代文艺的结合”。“十几年来，真正歌颂工农兵英雄人物，为工农兵服务的好的或者基本上好的作品也有，但是不多；不少中间状态的作品；还有一批反党反社会主义的毒草。”因此，要“坚决进行一场文化战线上的社会主义大革命，彻底搞掉这条黑线”。这就是“文化大革命”中著名的所谓“文艺黑线专政”论。
毛泽东在第一次修改时，在这一段话的后面加写了“搞掉这条黑线之后，还会有将来的黑线，还得再斗争。”《纪要》强调：“这是一场艰巨、复杂、长期的斗争，要经过几十年甚至几百年的努力。这是关系到我国革命前途的大事，也是关系到世界革命前途的大事。”在这里，毛泽东修改时，又加写了一段文字：“过去十几年的教训是：我们抓迟了。”毛主席说，他只抓过一些个别的问题，没有全盘系统的抓起来，而只要我们不抓，很多阵地就只好任黑线去占领，这是一条严重的教训。1962年十中全会作出要在全国进行阶级斗争这个决定之后，文化方面的兴无灭资的斗争也就一步一步地开展起来。
这个《纪要》实际上是对《二月提纲》的全面否定，也是对建国以来文艺工作的全面否定，它表明毛泽东已决心采取更大的行动了。
毛泽东在支持江青等人炮制《纪要》的同时，对身为“文化革命五人小组”组长的彭真的不满也与日俱增。
《二月提纲》下发后，局势得到了一定的稳定，由姚文元的文章引发出的大批判运动，逐步呈现出学术讨论的趋势，这恰是江青、张春桥等人所不满的。但是此时的张春桥虽然为江青所赏识，但仅仅是上海市委书记处的一个书记，并不知晓《二月提纲》产生的底细，而《二月提纲》是以中共中央的名义下发的，因此，一方面他不得不对《二月提纲》在一定范围内进行传达，但另一方面又不甘心局势就这么平静下来。在这种情况下，为了摸清北京的情况，张春桥乃于3月初派上海市委宣传部部长杨永直到北京“探底”。
一个与《二月提纲》对立的文件（5）
杨永直找到了###副部长许立群等人，反复询问《二月提纲》中提到的“学阀”是否有所指，双方谈了几次，均不得要领。3月1l日，在杨永直准备返回上海前，许立群向彭真汇报了同杨永直交谈情况，并请示如何回答上海方面提出的问题。
许立群说：“杨永直问，学阀有没有具体对象，指的是谁？”
彭真回答说：“学阀没有具体指什么人，是阿Q，谁头上有疤就是谁。”
许又说：“杨永直问，上海要批判一批坏影片，包括《女跳水员》行不行？……因为有大腿。”
彭真说：“你去问张春桥、杨永直，他们游过泳没有？”
许立群又说：“杨永直问，重要的学术批判文章要不要送###审查？”
彭真生气地说：“过去上海发姚文元的文章，连个招呼都不打，上海市委的党性到哪里去了？”
许立群把彭真的这些答复告诉了杨永直，杨永直回上海后，立即向张春桥作了汇报。
张春桥听了杨的汇报，意识到这是一个攻击彭真的好机会，说道：“现在有把握了，这个谈话说明###和北京市委是反对姚文元文章的，《二月提纲》的矛盾是指向姚文元的，也是指向毛主席的。”
在两个月后的中共中央政治局扩大会议上，张春桥说：“所谓学阀，不是指姚文元，也不是指上海市委，而是针对毛泽东同志的；所谓武断，还不是指毛主席把《海瑞罢官》同政治问题、庐山会议联系起来，说要害是罢官；所谓‘以势压人’还不是说毛主席以势压人，上海市委以势压人。”
3月17日至20日，毛泽东在杭州主持召开中共中央政治局扩大会议。他在讲话中说：我们在解放以后，对知识分子实行包下来的政策，有利也有弊。现在学术界和教育界是资产阶级知识分子掌握实权。社会主义革命越深入，他们就越抵抗，就越暴露出他们的反党反社会主义的面目。现在许多地方对于这个问题认识还很差，学术批判还没有开展起来。各地都要注意学校、报纸、刊物、出版社掌握在什么人的手里，要对资产阶级的学术权威进行切实的批判。我们要培养自己年轻的学术权威。不要怕青年人犯“王法”，不要扣压他们的稿件。毛泽东还说：学术界、教育界的问题，过去我们是蒙在鼓里的，许多事情我们不知道，事实上是资产阶级、小资产阶级掌握的。阶级斗争展开的面很广，包括各个方面，请各大区注意一下，学校、出版、报纸、文艺、电影、戏剧各方面都要管。
3月28日至30日，毛泽东在上海接连同康生谈了两次话，同康生、江青、张春桥等人谈了一次话，批评“五人小组”的《汇报提纲》，批评彭真、###和北京市委，说如果包庇坏人，###要解散，北京市委要解散，五人小组要解散。针对彭真责问上海市委发表姚文元的文章为何不向###打招呼一事，毛泽东说：八届十中全会作出了进行阶级斗争的决议，为什么吴晗写了那么多反动文章，###都不要打招呼，而发表姚文元的文章偏偏要跟###打招呼，难道中央的决议不算数吗？什么叫学阀？那些包庇###知识分子的人就是学阀，包庇吴晗、翦伯赞这些“中学阀”的人是“大学阀”，###是“阎王殿”，要“打倒阎王，解放小鬼”！他还说：我历来主张，凡中央机关做坏事，我就号召地方造反，向中央进攻，各地要多出些“孙悟空”，大闹天宫。去年九月会议，我就问各地同志，中央出了“修正主义”，你们怎么办？很可能出，这是最危险的。要支持左派，建立队伍，走群众路线。毛泽东还要康生告诉彭真，要就许立群的问题打电话向上海市委道歉。
一个与《二月提纲》对立的文件（6）
3月31日，康生回到北京，向周恩来、彭真详细地传达了这几次谈话内容。
4月2日和5日，《人民日报》、《红旗》杂志、《光明日报》分别发表了原被###“扣压”的“左派”文章，即戚本禹的《〈海瑞骂皇帝〉和〈海瑞罢官〉的反动本质》和关锋、林杰的《〈海瑞骂皇帝〉和〈海瑞罢官〉是反党反社会主义的两株大毒草》。前者说：“《海瑞罢官》实际上是借着古人的躯壳，为一小撮被人民‘罢’了‘官’的右倾机会主义分子鸣冤叫屈，它的真正主题是号召被人民‘罢官’而去的右倾机会主义分子东山再起。”后者称：“作者心目中的‘海瑞’不是历史上的海瑞，不是‘僵尸复活’，而是现在的、顽固的右倾机会主义分子。”
4月9日至12日，中共中央书记处在北京开会，康生、陈伯达发言批判彭真。康生系统地批判了彭真在这次学术批判运动中的“严重错误”，陈伯达则从政治路线方面批评彭真的“严重错误”，并揭发彭真在民主革命各个时期的“错误”，以此说明彭真在此次运动犯“错误”的必然性。会议决定：第一，起草一个撤销并彻底批判《二月提纲》的通知（即后来的《五一六通知》）；第二，成立文化革命文件起草小组（即后来的中央文化革命小组）报毛泽东和中央政治局常委批准。
随后，毛泽东于4月14日对《通知》的草稿作了重要修改，加上了“撤销原来的‘文化革命五人小组’，重新设立‘文化革命文件起草小组’，隶属于政治局常委之下”等语，并为《通知》加写了许多重要的话，成为“文化大革命”的重要理论依据。
4月16日至24日，毛泽东在杭州主持召开政治局常委扩大会议。22日，毛泽东在会上作了长篇讲话，他说：我不相信只是吴晗的问题，这是触及灵魂的斗争，意识形态的，触及的很广泛。吴晗问题之所以严重，是因为“朝里有人”，中央有，各区、各省、市都有，军队也有，出修正主义，不只文化出，党政军也要出，主要是党、军。真正有代表性的，省、市都要批评一、二个。毛泽东还针对《二月提纲》关于“有破有立”的观点说：先破后立，不破不立，破中有立，破就要讲道理，讲道理就是立，要彻底地破。
4月28、29日，毛泽东又讲了两次话，对彭真和北京市委提出了更加严厉的批评。他说：北京市一根针也插不进去，一滴水也泼不进去，彭真要按他的世界观来改造党，事物走向反面，他已为自己准备了垮台的条件，对他的错误要彻底攻。并说：阶级斗争是不依人的意志为转移的，“西风吹渭水，落叶下长安”，“灰尘不扫不少”，“阶级斗争，不斗不倒”。
自从姚文元的文章发表以来，毛泽东对彭真及北京市委的做法很不满意，甚至认为已成了他发动“文化大革命”的重要障碍。在这个过程中，江青又多次到毛泽东那里告状，说彭真压制她，欺负她。毛泽东回答江青说：彭真算什么，我一个小指头就可以把他打倒。①4月下旬，彭真被停止了工作，在5月召开的中央政治局扩大会议上被彻底打倒。
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一个与《二月提纲》对立的文件（7）
由于###在这场大批判中也试图将之限制在学术批判的范围，并对“左派”的文章有过“压制”，因而不止一次被指责为“阎王殿”，毛泽东还表示“要打倒阎王，解放小鬼”。既然如此，作为###部长的陆定一无疑成了“阎王殿”中的“大阎王”，摆脱不了遭打倒的命运了。
陆定一的夫人严慰冰曾与叶群同学，了解叶群的历史与为人，对叶群的所作所为看不惯，从1964年6月至1966年2月写了23封匿名信，揭发林彪、叶群的许多劣迹。为此，严慰冰于1966年4月，被林彪、江青一伙以“反革命罪”逮捕入狱，并说陆定一与此案有密切联系，实际上写匿名信与陆定一无关。但这对于林彪、江青等人来说，是一个打倒陆定一的重要突破口。1966年5月8日，陆定一从外地一回到北京即遭软禁。在随后召开的中共中央政治局扩大会议上，陆定一遭到“揭发”和批判。归纳起来，陆定一的问题有：
（一）对毛泽东思想无感情，反对学习毛泽东著作，认为“以毛泽东思想为指导”是庸俗化、简单化、实用主义、贴标签；
（二）在文艺、教育、体育等领域贯彻修正主义、资产阶级的反动路线，与毛泽东的革命路线针锋相对；
（三）反对搞阶级斗争，在文艺方面提倡题材自由化；
（四）反对总路线，对大跃进咬牙切齿；
（五）在庐山会议上态度消极，从来就与彭德怀搞在一起，给自己的孩子取名为“德德”，其中一个“德”是彭德怀的“德”；
（六）从来反对教条主义不反修正主义，反“左”不反右，包庇右派，压制“左派”，不准革命，是大学阀，《二月提纲》也是陆定一的思想，陆定一与彭真、罗瑞卿有共同点，三人互相勾结，互相配合，是桃园三结义，大三家村；
（七）反对林彪，是严慰冰反革命匿名信的幕后策划者、指使者。①
就在这次政治局扩大会议上，彭真、罗瑞卿、陆定一和###被打成“反党集团”，他们的职务被撤销，成为“文化大革命”中被打倒的第一批高级干部。
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被抛到风口浪尖的“三家村”（1）
《燕山夜话》和《三家村札记》给当时沉闷的文坛带来一缕清风，受到了读者的广泛欢迎。然而，令“三家村”始料不及的是，他们这些深受读者欢迎的文章，却给自己带来了无穷的祸害。
到1966年3月底4月初，彭真的处境日渐艰难之际，对吴晗《海瑞罢官》的批判已突破了学术讨论的范围，而北京市的另外两名领导邓拓和廖沫沙又成了批判的对象，他俩和吴晗构成了有名的“三家村”。一时间，各地报刊充斥着批判“三家村”的文章。
邓拓和廖沫沙获罪的原因，则是两本杂文集——《燕山夜话》和《三家村札记》。
邓拓是党内一支笔。抗战时期，他长期担任《晋察冀日报》的社长兼总编辑，曾主持编辑了中共历史上的第一部《毛泽东选集》。解放后，曾较长时间担任《人民日报》总编辑。但到1957年反右派运动前夕，一直办报的邓拓似乎跟不上形势，被毛泽东批评为《人民日报》过去是书生办报，现在应当说是死人办报，意即政治敏感性太不强。受到批评的邓拓感到很委屈，觉得自己是一介书生，还不如搞个人的学术研究算了，何必担这么多的风险。但邓拓最终还是放弃了搞学术的想法，在《人民日报》继续工作一段时间后，调到了北京市委任文教书记。
与吴晗相比，邓拓从事政治的时间很早。早年的邓拓，一面从事政治，年仅18岁就入了党，做党的地下工作；一面从事学术，20多岁便写成了著名的学术著作《中国救荒史》，这本书到现在仍有它重要的学术价值。解放后，他虽然身居要职，但仍对学术不能忘怀。1950年，他还发表了《从万历到乾隆——关于中国资本主义萌芽时期的一个论证》的长篇论文。作为中国科学院的学部委员，他在1957年提交《1957年年度的研究题目计划》时，曾将“中国资本主义萌芽的研究”作为年度研究计划，表示要写出研究报告和论文集，并编出资料集。1957年夏天全国大反右派之际，他还对《中国救荒史》作了修改，准备再版。可见，成了政治家的邓拓，依然是保持着强烈的学术情结。
1961年，应《北京晚报》的要求，邓拓在该报上开设了一个新的专栏：《燕山夜话》，署名马南。为什么办这个栏目和起这个笔名，邓拓曾解释说：“燕山是北京的一个主要的山�