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本书《论郗鉴》篇曾论及东晋门阀政治出现的两个基本条件，一是皇权不振，一是士族专兵。太元以来太原王氏活跃之时，孝武帝力图重振皇权，又图以司马道子的相权相辅，是皇权不振这一基本条件已在改变之中，或者说已有了改变的可能xìng。太原王氏二支之中，居京口重镇的王恭，兵力仰赖于并非门阀士族的刘牢之；先后居上游荆、江的王忱、王愉，也都无兵权在握，是士族专兵的这一基本条件已不存在。所以，代表门阀政治一个特定阶段的太原王氏两支的覆灭，实际上也是东晋百年门阀政治的终场。
太原王氏在东晋的政治作用消失了，东晋一朝的门阀政治从此结束。但是，司马氏政权的命运也处在风雨飘摇之中。政局山重水复，前路何在，什么力量将代之而起，孝武帝开始的振兴皇权的历史趋势是否还能继续下去，这一切，此时此刻尚不见端倪。
王恭死后，刘牢之代王恭居北府之任，北府重镇第一次落到将门出身的下层士族之手。刘牢之率北府兵至京邑以拒上游之师，杨佺期、桓玄、殷仲堪回军蔡洲，司马道子信左卫将军桓修（桓冲之子，桓玄从兄，尚简文帝女武昌公主）之谋，以桓玄为江州，杨佺期为雍州，黜殷仲堪为广州，而委桓修以荆州之任，居上游之核心。桓修说：“西军可说而解也，修知其情矣。若许佺期以重利，无不倒戈于仲堪者”（《殷仲堪传》）。由此可知，上游诸军存在重重矛盾，其军事实力的关键在杨佺期。殷仲堪初不接受朝命。但是，桓玄一则喜于江州宠授，二则喜于与荆州桓修为邻，所以意存观望，有接受朝命的可能。杨佺期亦在可否之间。但是桓、杨将士家属多在殷仲堪治下的江陵，殷仲堪命将士南归荆州，否则大军至江陵，将悉戮余口，以此胁迫桓、杨置朝命于不顾。这种复杂的利害关系，使得殷—桓—杨联盟又维持了一个短暂的时间。他们彼此以子弟为质，盟于寻阳，共拒朝命，不过盟主地位已由殷仲堪改属桓玄。此时，孙恩之众已起于会稽，上游之事朝廷已无力顾及。
隆安三年（399年），殷仲堪与杨佺期共谋袭击桓玄，反被桓玄分别消灭。桓玄并有殷、杨军力，独揽上游，对建康威胁甚大。只是由于孙恩之众横扫三吴，上游才得短期敛兵，未向下游发动攻击。
元兴元年（402年），司马元显讨伐桓玄，桓玄乘机举兵东下，至于姑孰，北府将刘牢之向桓玄投降。桓玄入京师总揽大局，刘牢之所领的徐、兖刺史亦为桓玄所夺。桓玄杀司马元显，流司马道子。刘牢之惧祸，拟奔江北，途中自缢而死。桓玄消灭了一切对手，并趁卢循主力泛海南下之机，于元兴二年十二月代晋为楚。
三，总结
上述晋末政争的五个阶段，是江左的太原王氏由极盛到覆灭的过程，是严格意义的门阀政治最终结束的过程，也是司马氏的东晋政权彻底败落的过程。东晋末年政局，由主相相持演变为两藩对立，再变为孝武帝死后两藩联合以抗中枢，再变为一藩失败一藩成功，再变为桓玄暂得独揽权力而成篡局。在这十余年瞬息变化的政局中，不论是皇帝，是相王，是权臣，是藩镇，是士族，没有一个人得以成为时局的重心。百年门阀政治的格局破坏了，而皇权政治并没有真正树立起来。中枢既昏乱，又虚弱。如果说有什么势力在这十余年中真正起了作用，那就是上下游两强藩所倚恃的军队：上游是以杨佺期雍州兵为主的军队，下游是刘牢之的北府兵。
上下游这两支军队，都是由边境地区的北来流民为主体而组成的。军队的统领，刘牢之是出自将门的次等士族；杨佺期虽出弘农杨氏高门，亦因晚渡及婚宦失类而不得预于胜流，实际地位与刘牢之相近，只能算作次等士族。北府兵和雍州兵，军队由次等士族的武将率领，而武将则由门阀士族指挥，武将和门阀士族之间一直存在矛盾。王恭轻视刘牢之，桓玄以寒士裁抑杨佺期，都是同样的xìng质。所以这两支军队都有脱离士族统治的倾向，实际上是走着与士族相对dú lì的但却是迂回曲折的发展道路。
在门阀政治无法继续，皇权政治不得复兴的条件下，只有刘牢之、杨佺期的军队具有澄清局势、恢复安定的潜在作用。但是这些伧荒武将并不理解自己能起的作用和自己的历史使命，不具备使自己的军队完全脱离门阀士族附庸地位的意识。他们没有一定的方向，始终只是在百年门阀政治造成的迷宫里跌跌撞撞。
以下游武将刘牢之论，他虽然握有一支决定建康命运的军队，但他一叛王恭而降司马道子，二叛司马道子而降桓玄，三叛桓玄而走上绝路。他始终只是为了自存，而又终于无法自存。《谢安传》谢安疑刘牢之“不可独任”，《刘牢之传》牢之参军刘袭谓“一人而三反，岂得立也！”刘牢之的行动并不只是个人晕头转向、进退失宜问题，而是反映了本来是门阀士族的工具的伦荒武将转化为社会统治力量时必然出现的曲折。居间行计以促成刘牢之的反复的，一次是司马道子派出的高素，一次是司马元显派出的何穆之，这二人都是北府旧人，但也都不明白北府兵的历史作用。不过，也还应当看到，刘牢之几次倒戈后，北府兵既未真正归于司马道子父子，也未真正归于桓玄。桓玄蓄意剥夺刘牢之兵权，先是自己兼领徐州，后来又以桓修出镇京口，并徒刘牢之于会稽，以北府兵配诸桓。尽管如此，北府兵并不为桓玄所用。当刘裕进攻桓玄时，桓玄以桓谦等人拒战，“谦等士卒多北府人，素慑伏裕，莫敢出斗，……谦等诸军一时奔散”，事见《晋书》卷八五《刘毅传》。甚至在刘牢之自杀以后，北府势力还能重建，并团聚在刘裕周围，成为刘裕驱逐桓玄，压平卢循，进行北伐，废晋立宋的主要力量。
至于上游杨佺期的武力，与刘牢之的北府兵相比，xìng质上很相像而结局却又不同。杨氏的兵力是上游荆州的决定力量，没有它，殷仲堪和桓玄很难有所作为。而杨氏兄弟始终只是依违于门阀士族势力之间，没有dú lì发展的打算，与刘牢之所统北府兵相似。不过，杨氏兄弟的武力被桓玄兼并后，就成为门阀士族桓氏的工具，成为桓玄入京代晋的垫脚石，这又与北府兵完全不同。桓玄兼并杨佺期，这是局部问题；桓玄终于被北府将刘裕所灭，这是全局问题。从局部看来，门阀士族可以吃掉强大的伦荒武将；从全局看来，门阀士族的统治地位终将要被伧荒武将所取代。
还有，即令是荆州这一局部，桓玄兼并杨佺期，也没有长期地改变荆州地区门阀士族与伧荒武将的关系。《梁书》卷一○《萧颖达传》：“江陵素畏襄阳人”。陈寅恪先生《述东晋王导之功业》一文据此立论曰：“此点不独涉及梁武帝之霸业，即前此之桓玄、刘毅、沈攸之，后此之梁元帝、萧詧诸人之兴亡成败，皆与之有关也。”东晋以来，特别是桓温居江陵以来，上游侨人门第较高者常居江陵，门第较低而有武力者大率居襄阳附近，与下游侨人门第较高者居建康，门第较低而有武力者大率居京口附近相类似。《南齐书》卷一五《州郡志》（下）：襄阳、江陵“步道五百，势同唇齿。”江陵必须用襄阳的武力，始能维持上游的统治；襄阳的武力总是在关键时刻，影响甚至决定江陵的政局。这就是“江陵素畏襄阳人”的历史背景。杨佺期之后有鲁宗之。据《宋书》卷七四《鲁爽传》，太元末鲁宗之自扶风至襄阳，开始以其武力影响江陵政局。他在以后的关键时刻三入江陵，一是支援刘道规灭桓氏余党，一是助刘裕灭刘毅，一是抗拒刘裕而未成功。入刘宋后，门阀政治的格局不存在了，但襄阳武力对江陵政局的举足轻重作用，大体如旧。此点越出本题范围，无庸细究。
这里再顺便谈一下与其时政局关系密切的孙恩问题。《魏书》卷九六《司马睿传》曰：“德宗（司马德宗，即晋安帝）以来，内外乖贰，石头之外，皆专之于荆、江；自江以西，则受命于豫州；京口及于江北，皆兖州刺史刘牢之等所制，德宗政令所行，唯三吴而已。”上下游的藩镇兵皆不在司马道子父子之手，道子父子yù补充京师兵力以求自保，只有从三吴一隅徵发，于是而有发东土诸郡“免奴为客者”，号之曰“乐属”，移置京师以充军役之事，终于激发三吴农民起义。所以从导火线说来，东晋的农民起义正是东晋统治者长期内争的直接结果。徵发“免奴为客者”为兵，其事同晋元帝太兴四年（321年）“免中州良民遭难为扬州诸郡僮客者以备征役”，xìng质是一样的，但时机迥异，所以后果各不相同。
孙恩家族，在西晋时已跻入社会高层；卢循更是出于北方门阀士族。他们南渡均晚，在江左不得预于胜流，没有方便的、良好的仕进机会，与杨佺期、刘牢之、刘裕属于同一社会阶层，即次等士族。这些同属于江左侨姓次等士族等级的人物，却具有各自不同的面貌，在晋宋之际，以各种不同的方式，宗教的和世俗的，政治的和军事的，来显示自己的存在，以求代替门阀士族的政治作用。这是晋宋之际政局发展的显著趋势和重要内涵。
在门阀政治终场的过程中出现了桓玄的兴废，这只能视为门阀政治的回光反照，已如前论。桓玄终于被刘裕击败，这可以视为次等士族对于主宰东晋政治百年之久的门阀士族的决定xìng的胜利，在此以后，刘裕还有一个经营过程。不过刘裕在这个过程中的竞争对手已不再是门阀士族，而是以道教面貌出现而与他角逐的另一次等士族人物，即卢循。这就是说，次等士族的各种成分之中，究竟该由哪一种成分占据统治地位，还须由历史来选择。结果是历史选择了北府将刘裕。
次等士族代替门阀士族的统治地位，终于要导致朝代易姓和易制。易制才能保证易姓的成功。所谓易制，就是刘裕把东晋孝武帝企图恢复而未成功的皇权政治真正付诸实现。《孝武帝纪》记谶曰：“晋祚尽昌明”。东晋门阀政治，到孝武帝时确实将结束了，但是代替东晋门阀政治的刘宋皇权政治，却是在实现着东晋孝武帝的遗志。刘裕在建宋以前的活动，正是在为实现孝武帝的遗志作多方面的准备。
回顾谢安死后东晋的这一段历史，无论是主是相，还是其它内外当权士族，人物均甚鄙陋，活动均具皇朝末代特徵。但是这些人物活动所具有的客观意义，都可以从时代背景上加以解释。不过鄙陋人物毕竟不可以当大任，成大事，所以晋末政局琐碎不堪，史家多不屑于探究。这一阶段由依附于主、相的太原王氏交织其间的、由门阀政治过渡到皇权政治的历史内容，遂因其纷坛杂乱而隐晦不显，只有刘裕个人，近年来稍被史家注意，作出肯定的评价，但大多也不过是限于个人才能运用方面而已。
东晋百年的门阀政治中，曾经居于权力中心的士族只有几家。其中颍川庾氏受桓温诛戮；谯郡桓氏在桓玄败后死绝；太原王氏世称华胄，它的两支也都在政争中覆灭。只有琅邪王氏和陈郡谢氏，在长时间的复杂冲突中，没有受到集中的毁灭xìng的打击。所以王、谢家族人物就成为替新朝奉玺缓的工具而受到特别的重视，家族发展得以延绵久长，至于南朝之末。后代所称五朝门第，遂以王、谢为其代表。这种情况是由东晋的政局造成的，而不是说魏晋以来的门阀士族中，本来就以王、谢的门第最高。
………【第一章 虎陷京口活人墓】………
火把的光线在狭长yīn冷的走廊上曲曲折折地跳跃向前，一条南北朝向的走廊在昏暗地光线中隐隐绰绰，走廊两边各有六间小屋，每间屋子大门紧锁，门下那个送饭的小口也堵得严严实实，只在高高的墙头上开了一个通风的小窗，走廊里尽是哀嚎哭叫的声音，这便是京口镇西城的京口监。
顺着走廊向前便是狱吏们活动的堂口，这里的光线稍亮，可以看清楚厚重的牢门口处，泥质的面目狰狞的狴犴雕塑。便是这样一处森寒yīn冷的所在，此时却传出阵阵高声喧哗和嬉笑之声。
“走马，走马……哎呀~！”一个两鬓含霜，胡须花白的老头子连声高叫，骰盅一开差点背过气去。这群人正做双陆之戏，两枚骰子若在六点之上方可走马，这老头却摇出两个两点，眼看着彩头没吃到，还被对方打马。
“老刘头，你这手气忒背了，只怕是要脱裤子了吧！”一个流里流气的狱吏披着一件蓑衣站在堂口里大桌子的西侧，虽然冷得发抖，却难掩脸上的兴奋，好像终于有人要跟他一样把衣衫都输掉了似的，围在桌边的狱吏都哈哈大笑起来，一时污言秽语不断，不过这些人都或多或少如那穿着蓑衣的狱吏一般狼狈。
这时听见一个嘹亮的童音“呔”了一声，接着便见一个穿着藏青布衣约莫十岁的孩童跳到了大桌上面，朗声说道：“没钱的离场，还有钱的就下注，老子可没那么多闲心陪你们聒噪！”这孩童倒生就一副漂亮的脸孔，看上去惹人爱怜，只是听他这一声喊，那些狱吏们却都忍不住退了一步。
这时那个领班的唤作老刘头的狱吏尴尬地摸了摸下颚稀疏的胡子，陪笑道：“羯奴，你的手气太好，我们不是你的对手，今儿就散了吧！”听得领头的发言，余下的狱吏虽然输得有些不甘，但也低声附和着，那个流里流气的狱吏哼了一声，“不赌了，不堵了，羯奴，你哪回来不把我们弄得清洁溜溜地，以后莫再来这大牢里摆档子了！”
那个被称作羯奴的俊美孩童桀桀怪笑道：“当我稀罕来这鬼地方么？罢了，把这些阿堵物都拿回去吧，快把我虎哥提出来，我带他回去！”这不过是这孩子惯常的手段，每次都是用这手将他那兄弟从牢里捞出来，他们本就是当地的游侠儿，虽难免因作jiān犯科之事被逮，不过和狱吏上下关系