化学农药残余量过高，一向是食品安全的一大隐患。种植Bt转基因作物可以不用或少用农药，不仅可以节省费用，还可以避免农药污染，对保护环境和身体健康，都是大有好处的。从这个意义上说，Bt转基因作物更环保、更安全、更绿色。（方舟子：《转基因水稻杀虫不害人，农药更有害》，载《中国青年报》，20050420。）
——方舟子
对中国的亿万农民而言，发展转基因水稻的最大好处就是转基因水稻品质上升带来的价值提升和抗病害或抗虫害能力增加，从而减少农药使用带来的支出，让农民们能够获得实实在在的经济利益。
——孔祥智；中国人民大学农发学院教授
经过农业转基因生物安全委员会评审，农业部1997年首次批准了转基因抗虫棉花的商业化种植。……（长时间研究发现，种植了抗虫棉以后）在全国范围内有效控制了棉铃虫和红铃虫的危害。棉铃虫和红铃虫是我国棉花生产的主要害虫，以往棉农防治棉铃虫一年需要打药10次到20次，大量用药导致农民成本提高、收益减少、人畜中毒、环境污染、天敌减少、害虫对农药产生抗药性等一系列问题。种植转基因抗虫棉之后，品种本身就具有良好的抗虫效果，一般只需要打药2次到5次，就能有效控制这两种主要害虫，不仅棉花上农药用量减少达70％以上，而且大豆/玉米/花生上棉铃虫的数量也显著减少。（彭于发：《种植抗虫转基因棉花和水稻对生态环境有利》，见农业部网站，20100304。）
——彭于发，中国农业科学院植物保护研究所研究员、农业转基因生物安全委员
反对者则直接指出，抗虫转基因作物开始几年时确实会减少农药使用，但随着次生虫的增加和昆虫抗药性的增加，农药的使用不仅不会减少，反而会大量增加。
例如，美国有机中心研究所的报告指出，种植转基因作物后，1996—2008年美国农药使用量大大增加。这一研究指出，转基因作物推出前3年，农药使用量确实有所减少。但最近几年由于耐除草剂作物的大面积种植，农药需求量急剧增多。过去13年耐除草剂作物上的除草剂使用量总共增加了亿磅（即亿公斤），其中2008年比2007年增加了46％。（参见《转基因作物对农药需要量存争议》，载《农资与市场》，20100118。）
中美两国科学家关于中国转基因棉花的长期跟踪调研也揭示了类似的问题。这是中国科学院农业政策研究中心和美国康奈尔大学合作的项目，也是世界第一个对转基因棉花种植状况进行长期跟踪和评估的课题。这项历时7年的研究表明，尽管Bt转基因棉花能有效控制棉铃虫，但长期种植会导致其他害虫肆虐，这使得中国种植的Bt转基因棉花长期经济性不如预想。中美两国科学家对中国481户棉农历时7年的长期跟踪调研后发现：这些农户在种植转基因棉花的第三年经济效益最大，他们的平均杀虫剂用量比种植普通棉花者低70％，而收入要高出36％。
唯一可取还是需要谨慎？（9）
但情况从第四年开始发生逆转。转基因棉花尽管抑制了棉铃虫，但它无法杀死盲蝽等其他害虫，导致盲蝽侵害棉田。当年转基因棉花种植户杀虫剂用量上升，投入成本比普通棉花种植户高了3倍，而他们的收入却低了8％。到第七年，转基因棉花种植户所使用的杀虫剂，已明显高于普通棉花种植户，加上转基因棉花种子成本也较高，使棉花种植户的收入大幅下降。（贺涛、贾鹤鹏：《盲蝽蟓：小昆虫挑战高科技》，载《科学新闻》，20081031。）
绿色和平组织在2010年1月最新发布的报告中指出，在6～10年的时间跨度上来看，转基因作物导致农药使用的增加而不是减少。
我国转基因棉花种植过程中次生害虫频发，日渐成为主要害虫，致使农药使用量大增。
研究显示，阿根廷转基因大豆施加的草甘膦的总量从1998 年到2004 年增加了56 倍。转基因作物的种植使得1996 年到2008 年美国农药使用量增加了万吨。
我国转基因棉花种植过程中对于黄萎病和枯萎病更加敏感，造成大规模的减产。其中，2009 年江苏盐城大丰市转基因棉花55万亩，近40 万亩有黄萎病，其中3万亩棉花死亡，病情严重的田块减产七成。（绿色和平组织：《转基因作物的经济代价》，201002。）
转基因作物与生物多样性
（1）害虫剿灭，益虫增多？
什么是生物多样性？生物多样性指的是地球上生物圈中所有的生物，即动物、植物、微生物，以及它们所拥有的基因和生存环境。
简单地说，生物多样性表现为千千万万的生物种类。
生物多样性为人们提供了食物、纤维、木材、药材和多种工业原料，在保持土壤肥力、保证水质以及调节气候等方面发挥了重要作用。
某一物种一旦消失，就永不再生。消失的物种不仅会使人类失去一种自然资源，还会通过食物链引起其他物种的消失。生物多样性不仅对经济持续发展具有重要意义，而且对子孙后代、对人类的未来具有重要意义。
因此，环境保护专家们总说“生物多样性”对他们来说是不可讨论的原则。
……（转基因作物）为天敌和益虫提供了良好的环境条件，农田生物多样性更加丰富。由于减轻了农药对害虫天敌和有益昆虫的伤害，瓢虫/草蛉/蜘蛛和寄生蜂等害虫天敌和有益昆虫的数量几倍到几百倍地增加，抗虫棉田及其周边生物多样性更加丰富多样，有利于农田环境保护。（彭于发：《种植抗虫转基因棉花和水稻对生态环境有利》，见农业部网站，20100304。）
——彭于发
《科学时报》：蜜蜂是上千种水果、蔬菜、鲜花和谷物的主要授粉工。我注意到有文章引用来自国外关于蜜蜂的资料显示，有些种植转基因作物的地里，蜜蜂的数量减少了一半。那么，在国内的相关研究中有没有类似结论？转基因作物大面积推广之后，会不会对其他生物包括微生物有影响？
彭于发：迄今为止，国内大规模种植的转基因作物主要是抗虫棉花，尚没有看到文章或者文献报道说国内外的转基因抗虫棉对自然环境中的蜜蜂或者传粉昆虫有不利影响。（王卉、张巧玲：《转基因作物利弊专家谈：生物安全认识渐清晰》，载《科学时报》，20100505。）
根据彭研究员的文章和发言，我们可以得出结论：种植转基因作物，生物多样性不仅不会受到威胁，还会更加丰富。
唯一可取还是需要谨慎？（10）
不过彭研究员的国内国际同行的其他研究揭示了不同的结论。
国家环保总局南京环境科学研究所2006年6月3日在北京公布了一份关于转Bt抗虫棉环境影响研究的综合报告。报告称，转基因棉田里，棉铃虫的一类天敌寄生蜂的种群数量大大减少；昆虫群落、害虫和天敌亚群落的多样性和均匀分布都低于常规棉田。
负责这份报告的专家薛达元说，转基因棉田中某些昆虫比例占优势的情况比较明显，昆虫群落的稳定性不如常规棉田，发生某种虫害的可能性就比较大。
报告显示，转Bt抗虫棉对棉铃虫以外的害虫防治效果很差，某些害虫的发生比常规棉田要严重，甚至上升为主要害虫，危及棉花生长。（《专家呼吁警惕转基因生物对环境的影响》，见食品伙伴网，20060407。）
瑞士研究人员曾经用吃过Bt玉米叶的蚜虫喂养草铃虫幼虫，结果草铃虫幼虫死亡。这是非常让人意外的。因为原本Bt毒蛋白对于草铃虫是无毒的，但不知为何，进入蚜虫体内了就变成了对草铃虫有害的分子形式。同样，用吃了Bt马铃薯叶的蚜虫喂养蚜虫的天敌瓢虫，瓢虫的身体状况和生殖状况下降了。（参见沈孝宙：《转基因之争》，北京，化学工业出版社，92页，2008。）这样的试验结果表明，本来只是针对某种害虫设计的转基因作物，也可能危害这种害虫的天敌，从而危害整个生物链。
欧盟环境官员们发现，转基因玉米会影响到蝴蝶尤其是著名的君主蝶的生长，也会威胁到其他益虫。于是他们做出裁定——转基因玉米种子会对环境造成不可挽回的破坏，其种植将带来无法让人接受的风险，并于2007年禁止销售转基因玉米。
转基因生物包含了从不相关的物种转入的外来基因。它们投放入自然环境后将像一般的生物一样繁殖，转移入其他的物种或者产生新的品种，改变了自然界中的基因资源。
这种对自然基因资源的改变很难被人为控制在最初投放的地区，并且是无法还原的。最令人担心的是，经过人类筛选的外来基因会令新品种比其他原生品种优越，大量繁殖，破坏了当地的生物多样性。
——伊莎贝尔？梅斯特尔，绿色和平组织生物安全项目主任
目前人类对待不希望的物种，如昆虫和草本植物，统统冠以“害”或“杂”，发明了剧毒的农药或除草剂灭杀而后快，不仅灭杀了有害的生物，也造成“害虫”或“杂草”的天敌生物灭绝，造成农田生物多样性急剧下降。其不良后果是，农药越用越多，害虫也越来越猖獗。
我们在山东平邑县开展了这样一个试验； 在20亩试验田里，停止农药使用，改用诱虫灯让害虫“自愿上钩”，捕获的“害虫”用来养鸡。结果令人兴奋：农田里严重危害花生、玉米的金龟甲等“害虫”得到控制，就连靠近试验地的庄稼也很少虫害。而在普通农田里，农民每亩施加两遍剧毒农药——绿英，一次是在种植时拌种，另一次是在花生长成后灌根。不计劳动力和健康成本，每亩花了80元，但害虫照样危害，收获时，每穴里照样有3～5个金龟甲幼虫。他们不得不提前收获花生，以便从虫口里抢粮。
用生态平衡的办法，害虫是越来越少的，生态环境是越来越改善的。但农药贩子、转基因的鼓吹者不喜欢这样的结果。转基因打乱生态平衡后，再通过大量农药使用，继续打乱生态平衡，转基因和农药成了棉花现代农业的新“二害”。
唯一可取还是需要谨慎？（11）
在农业生产上，必须尊重物种生存权，恢复生态平衡。对于“害”虫控制，不能将目光仅盯在化学防治上，或转基因技术上，还要考虑物理、生物甚至人类传统知识的贡献。不能像现在这样，头痛医头，脚痛医脚，将简单问题复杂化，继续干那种违背自然规律的傻事了。（蒋高明：《转基因棉退化说明了什么》，载《第一财经日报》，20091019。）
——蒋高明
（2）油菜变成超级杂草？
外源基因通过转基因作物或家养动物扩散到其他栽培作物或自然野生物种并成为后者基因的一部分，在环境生物学中我们称为基因污染；不喜欢“污染”这个词的专家们称之为基因漂移。
一个转基因生物；在从实验室被释放到大自然中以后，会像希腊神话中的特洛伊木马一样，因其所具有的优势基因，对其他物种造成侵略，最终导致其他物种灭绝的过程。（见沈孝宙：《转基因之争》，92页。）这是1999年，科学家们用小型鱼类进行实验室模拟研究后，提出的假设。
生长迅速，具有明显基因优势的转基因鱼（黑色）进入生态系统，与野生同类（白色）杂交，产生杂交鱼（灰色），杂交鱼逐渐取代野生鱼，最后自身种群也衰落了。
不幸的是，这样的假说渐渐发生在了现实中。在英国，小规模种植转基因作物的试验地周围，就发现了体内含有转基因蛋白污染的蜜蜂。美国转基因草莓种植地周围50米的野生草莓已经有50％含有转基因，转基因向日葵附近的野生同类25％～38％含有转基因。加拿大的转基因油菜有的已经变成除也除不掉的超级杂草，墨西哥“玉米妈妈”的圣洁也遭到了转基因玉米的玷污。
1995年，加拿大开始商业化种植转基因油菜。但在随后的几年里，麻烦出现了。一方面，油菜的抗除草剂基因飘移到附近的杂草，杂草也变得具有了抗性，变成了除草剂无能为力的“超级杂草”；另一方面，收获时散落的油菜籽第二年重新萌发，但如果第二年这片田里种植的不再是油菜而是别的作物，那些萌发出的油菜也将成为“超级杂草”。这些“超级杂草”还会通过交叉授粉等方式，污染别的植物。
如今，这些杂草化油菜在加拿大的农田里已非常普遍。（参见《加拿大“转基因油菜超级杂草”事件》，见农博网，20070913。）
21世纪初，美国得克萨斯州一个生产无公害绿色玉米的农场，所生产的玉米却被发现含有转基因成分。原来是因为附近种植了转基因Bt玉米。结果这家农场被迫将受到污染的玉米全部销毁，承担了巨大的经济损失。研究表明，转基因成分是通过交叉授粉传播的。美国大面积推广转基因作物，使许多非转基因作物的种子中含有了转基因成分。
两位学者奎斯特和卡普拉于2001年11月在《自然》发文，称在墨西哥南部2000年种植的地方品种中检测到转基因，而那一地区自1998年就禁止种植转基因玉米。该文引起轰动，人们由此更加担心转基因作物给生态环境造成威胁。
墨西哥是玉米的故乡，拥有丰富的玉米种类，农民们世世代代种植玉米，并以此为生。我们在《孟山都公司眼中的世界》这一独立导演所拍摄的纪录片中，看到了由于基因污染而产生的“怪胎”玉米，看到了农民们保护自己传统玉米种子的渴望。
对于国内人们针对转基因水稻提出的基因污染问题，张启发院士做出了回应：
唯一可取还是需要谨慎？（12）
野生水稻在我国属于濒危资源，除江西、广东、广西、云南等少数省份有国家建立的野生水稻专门保护圃外，我国已基本上没有自然状态下的野生水稻了。水稻是自花授粉植物，在稻田中的自然传播难以超过1米的距离。两种因素加在一起，转基因水稻的基因不可能漂移到野生水稻。（魏刚、陈永杰、*：《转基因水稻不是魔鬼》�