经过仔细的调查，他认为孙中山的国民党，是中共在中国可以联合的革命党。
他根据自己在爪哇从事革命斗争的经验向陈独秀提出，中共应放弃排斥国民党的态度，并让共产党和他领导下的社会主义青年团加入国民党，到国民党中去进行政治活动。
也许是为尊重这位共产国际代表，陈独秀笑了笑，不置可否。
马林见得不到中共总书记陈独秀的支持，毫不气馁，于1921年10月主动在上海会见了国民党人孙中山在上海的代表张继，他建议国民党选派代表参加远东各国共产党及民族革命团体第一次代表大会，并初步表示了共产党希望与国民党建立联系的愿望。
此时，正如共产国际所希望的那样，孙中山领导的南方广州政府于1921年9月统一两广之后，接着利用当时北洋军阀中奉系、皖系与直系的矛盾引发的战争，出师北伐，向由直系军阀主政的北洋政府开火，于12月4日率领三万大军在桂林成立北伐大本营。
12月23日，当中国北方还是寒凝大地的时候，经李大钊介绍，马林由中###人张太雷陪同，经汉口到长沙，然后到广州，再由国民党###廖仲恺派人护送到温暖的桂林与孙中山会见。
当时共产国际设在西北利亚伊尔库茨克的远东局并不看好南方的孙中山，而看中北洋直系军阀中的实力派吴佩孚，他们希望中共能与吴合作，以此保障苏俄在华北的利益。作为共产国际驻中国的正式代表的马林，则希望借助孙中山在辛亥革命后的崇高威望和孙中山同陈炯明合作在广东建立的“根据地”尽快把刚成立不久的中共推上中国的政治舞台，不断发展壮大而成为中国革命的主力军。
马林在桂林整整呆了9天，与孙中山就国共合作的问题进行了详细的会谈。
孙中山向马林详细地介绍了国民党的斗争历史及其信奉的三民主义。马林也翔实地向孙中山介绍了苏俄的革命斗争及眼下实行新经济政策恢复战争创伤的情况。
通过前些时对国民党情况的调查和孙中山的亲口讲述，马林更清楚的了解了国民党。在他看来，国民党自成立以来，历经了兴中会、中国同盟会、国民党、中华革命党、中国国民党五个阶段，历经了清末、民国初年、北洋三个时期，虽说成立将近30年，可党不像党，没有举行过一次党的代表大会，也没有正常的中央组织机构，更没有日常基层组织活动，这必然导致严重缺乏战斗力。马林认为，国民党自发动秘密反清武装起义到反袁护法，虽经过无数次的斗争却多告失败或收效甚微，党本身的组织建设没搞好是重要原因之一，国民党没有自己的军队，一直靠借用军阀军队或雇用军阀军队作战。鉴于此，马林诚恳地向孙中山提出三条建议：
共产国际的训令（2）
一、改组国民党，联合社会各阶层，尤其是工农大众；
二、创办军官学校，作为建立革命武装的基础；
三、与中国共产党合作，以尽快掀起革命的高潮。
孙中山很佩服马林的见解，马林的见识和口才折服了孙中山。孙中山深感到列宁领导的共产国际是真诚地在帮助他，解决了他一直在探索而一时理不出头绪的问题，他兴奋地对马林说：“我同意马上与苏俄建立非正式的外交联系并愿意派一个最能干的人作代表去莫斯科。”但在与中国共产党建立统一战线问题上，孙中山还犹豫不定，只是表示“允许在其党内进行共产主义宣传，其他有关合作办法，得慢慢实行”。这说明孙中山对共产主义及新成立的年轻的中共还缺乏充分了解和足够信任。
1922年1月，共产国际在莫斯科召开远东各国共产党和各革命团体代表大会。在马林的极力推荐下，中国共产党和国民党共同组团参加了这次大会。
大会期间，对中国革命十分关心的列宁抱病接见了中共代表张国焘和国民党代表张秋白及工人代表邓培。他关心地问：“中国国民党和中国共产党是否可以合作？”表示了他对国共两党合作的希望。
为了促成国共两党的尽快合作，1922年3月，少共国际代表达林到达上海，随即被莫斯科任命为苏俄政府全权代表同孙中山谈判。
此时孙中山的北伐因陈炯明暗与直系军阀勾搭在内作祟而危机重重，孙中山不得不由韶关回到广州。4月27日达林由中共瞿秋白、张太雷陪同，在广州会见了孙中山。会见的地点，是在孙中山总统府的一间小房子里。他们进行了热情友好的交谈。此时孙中山经由上次与马林会谈已深深认识到革命党建立自己军队的重要性，因此他十分关心苏俄红军的建制和它的组织、教育情况。达林向孙中山作了详细介绍，并坦诚的指出孙中山手下现有的军队不能担负起革命的重任，要取得革命的胜利，必须像列宁组建苏俄红军那样重建一支革命的军队。随后达林十分热心地提到国共合作的问题。这时的孙中山对共产党的了解比以前增多，也对共产党有了更多的好感，因此一扫过去的犹豫态度，表示愿意联合共产党，但在联合的形式上，他反对国共两党平行合作。对此，达林告诉孙中山，中共在政治上、组织上保持独立的情况下，可以作为一个政党加入国民党，他认为：“这样加入国民党就是反帝民族革命统一战线的具体形式。”但即使是这样一种合作形式，孙中山也没有明确表示自己的意见。他认为，以何种形式合作是反帝联合战线的具体问题，可待以后逐步解决。他眼下迫切希望苏俄对他进行经济援助，他对苏俄决定帮助中国建筑一条途经土耳其，将莫斯科和广州联系起来的铁路十分感兴趣，认为这是最重要的任务，也是中国革命最紧要的事业。
在上海的马林在达林与孙中山会谈后即赶赴北京，与当时苏俄政府驻北京公使派克斯商量，向共产国际提出了关于国共合作的具体建议。
在马林的建议下，1922年4月在杭州召开了中共中央全会，陈独秀、李大钊、张国焘、瞿秋白、毛泽东等与马林出席，在马林的主持与影响下，在李大钊、瞿秋白、毛泽东等人的大力支持下，确定了关于国共合作的基本方针。
4月23日，马林离开上海，经新加坡、马赛、阿姆斯特丹、柏林和雷维尔，于7月中旬回到莫斯科复命。
远在莫斯科的共产国际继派出马林之后一而再地派出代表来中国，急于促成国共两党合作，但他们没想到作为共产国际领导下的一个支部——中国共产党，也许是因为刚刚成立，对马克思主义理论研究并不深入，也许是对中国革命的发展规律、中国社会各阶级、各党派的状况以及组织革命统一战线的必要性与可能性都缺乏认识，在马林离开中国后便开始反对共产国际提出的国共合作的建议，当时有独立自主倾向的中共主要领导人都表示反对，尤以个性特强素来不愿人云亦云的陈独秀反对最烈。陈独秀与最早到中国与他和李大钊联系的在共产国际远东局工作的维金斯基关系颇好，1922年6月陈独秀写信给维金斯基，陈述了他反对中共加入国民党的理由：一、共产党与国民党革命宗旨及依据的基础不同；二、国民党联合军阀张作霖、段祺瑞等，其政策和共产主义太不相容；三、国民党未曾发表政纲，在广东以外的各省人民看来，国民党仍是一个争权夺利的党，共产党如加入该党，则会在社会上信仰全失，尤其是在青年人中，将永无发展之机会；四、广东实力派之陈炯明名为国民党，实则反对孙中山甚烈，我们倘加入国民党，会立即受陈派之敌视，即在广东不能活动；五、国民党孙中山派向来对于新加之分子，绝对不能容纳其意见及假以权柄；六、广东、北京、上海、长沙、武昌各区同志对于加入国民党一事，均已开会决议绝对不赞成，在事实上已无加入之可能。 。 想看书来
共产国际的训令（3）
但后来形势发生了变化，因北伐受阻而回到广州的孙中山任命李烈均为北伐总司令，许崇智为总指挥，改设大本营于韶关并发布攻击令，北伐军即分三路向江西进击。江西是当时在北洋政府执政的直系在华南统治力量最薄弱的省份，一经北伐军进攻，即迅速溃败，北伐军一举攻占了江西南部重镇赣州，直系军阀陈光远弃职逃窜。接着北伐军乘胜以破竹之势，又攻占吉安，威胁省会南昌，整个江西指日可以平定。此时，革命军的声威大振，革命形势很好，加之中共对马克思主义和中国社会的认识不断加深，开始接受列宁和共产国际关于民族和殖民地革命的基本思想，明确现阶段中国革命只能是反帝反封建的民族民主革命，这样“与小资产阶级结成广泛的统一战线是必要的”。基于这种认识，中共在《第一次对于时局的主张》中就指出：在中国现有各政党中，“只有国民党比较是革命的民主派，比较是真正的民主派”。不久，陈独秀再次给维金斯基写信，信中改变了过去的看法，表示“我们很希望孙中山派之国民党能觉悟改造，能和我们携手”，希望尽快建立起国内联合战线。此信息传到莫斯科，共产国际为防再出意外，8月初，派马林又匆匆赶回中国，在杭州又召开一次中共中央全会，宣布共产国际的训令。这个训令是由马林自己起草的，据托洛茨基说，由于那时列宁正患病，共产国际主席季诺维也夫便和斯大林商量，他们都表示同意此训令。训令《给共产国际驻中国特派代表的指示》的具体内容是：
一、根据马林的报告，代表的所有活动必须以共产国际第二次代表大会关于殖民地问题决议为基础。
二、共产国际执委会认为国民党是一个革命的政党，这个政党坚持辛亥革命的使命，并渴望建立一个独立的中华民国。
三、共产党人为完成他们的任务，必须在国民党内部和工会中组成从属于他们自己的团体。在这些团体之外，建议成立一个宣传机构，宣传与外国帝国主义作斗争、创建民族独立的中华民国以及组织反对中外剥削者的阶级斗争的主张。
四、这一机构的建立要尽可能地得到国民党的同意，当然，它应保持完全的独立性。由于国民党在南方政府中负实际责任，它暂时需要避免与帝国主义国家发生冲突。
为了使中共全党听从马林的意见，又由最早到中国与陈独秀、李大钊取得联系的维金斯基下达另一指示交马林带回，其中这样写道：
根据共产国际主席团七月十八日决定，中共中央委员会在接到通知后，必须立即把地址迁到广州，所有的工作都必须和菲力浦同志（即马林）紧密联系下进行。
共产国际远东局 维金斯基
一九二二年七月莫斯科
这一指示的原始文件是打印在马林的衬衣上的，以便隐藏。
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陈炯明炮轰粤秀楼
肩负着实现“国共合作”重任的马林，万万没想到在他离开中国回莫斯科途中，被共产国际寄以厚望的孙中山在事业上又一次遭到严重挫折，国民党广州政府政局风云突变，曾被孙中山称为可靠的“爱国将领”、身任国民党广东省省长、粤军总司令、大本营陆军部长的陈炯明，拒绝接济孙中山军械，公开反对孙中山向北洋政府北伐，并于1922年3月，丧心病狂地暗杀了积极支持孙中山北伐的粤军参谋长兼第一师师长邓铿，迫使孙中山不得不回师韶关，改道北伐。孙中山一怒之下下令免去陈炯明的所有职务，可是手握实权的陈炯明早已不把孙中山放在眼里，他索性假戏真做，于1922年4月21日晚在省署召开紧急会议宣布下野，带领随从退居惠州西湖百花洲，又命令在广州的陈家军在石门、虎门一带布防，密电新任粤军参谋长叶举带领50个营火速赶回广州。陈炯明对孙中山的反叛表面化了。孙中山于5月17日，派当时担任广州政府陆军总长的程潜以及内政总长居正（他们都是老同盟会会员、国民党的###），前往惠州百花洲劝谕陈炯明，陈炯明假意答应程潜、居正的要求，表示服从孙中山的指挥，但在他们走后却加紧筹划政变。5月18日，叶举率部进驻广州白云山。6月13日，北洋政府的“总统”换上直系军阀曹锟、吴佩孚的傀儡黎元洪，吴佩孚密许陈炯明以两广巡阅使的职位，诱其叛变革命。陈炯明认为发动政变的时机已到，14日，假意电邀孙中山的得力助手廖仲恺来惠州，廖甫抵石龙即被扣留，旋被押送到石井兵工厂监禁，接着陈密示部属于16日清晨2时发动武装叛乱，以4000人围攻总统府，并炮轰孙中山在观音山住所粤秀楼。孙中山在叛军向粤秀楼开进时在警卫团营长叶挺掩护下，匆匆逃到停泊在长堤天宁码头附近的宝壁军舰上避难。他的许多著述手稿及同列宁通电、通信的底稿和其他来往函电仓促中遭到毁弃。孙中山毫不示弱于陈炯明，即在军舰上手拟电稿，号召各军讨平陈逆。稍后，他移驻永翔号军舰。当天下午，宋庆龄冒着密集的炮火也出了总统府，并于次日晨转赴黄埔与孙中山会合。17日孙中山转登永丰舰（后改名为“中山”号），召集舰队官兵，号召###叛逆，决定“由舰队先发炮，攻击在省叛军，以示正义之不屈，政府威信之犹在”。他率领海军各舰向大沙头、沙河、观音山等处射击，叛军纷纷逃窜。但因魏帮平所部旅长陈辛甫受叛军收买，未能遵照孙中山的命令策应海军，以致失去平叛时机。6月19日，他只好电令李烈钧、许崇智等入赣的北伐部队迅速班师回粤平叛，孙中山也只好随舰移动于珠江上等待时机。
陈炯明得到英帝国主义的帮助，在军事力量对比中占有优势，同时又使用金钱收买海军，致使海圻、深深、肇和三只大型军舰悄悄开走。而回师的北伐军，从7月10日到29日与叛军激战于韶关和翁源一带，因长期征战，疲惫不堪，弹粮供给困难，在陈炯明和直系军阀的前后夹攻下，遭受重大挫折，不得不分途向江西、湖南边境退却。孙中山闻知北伐军回师失利，孤军无援，自己留在海上于事无补，决定离粤赴沪。1922年8月9日下午，�