孙中山在中共大力支持下，最终在10月13日命令韶关警卫军及部分粤军昼夜兼程赶回广州。14日任命胡汉民代理革命委员会委员长，廖仲恺为秘书长，对商团采取行动。15日命令蒋介石为总指挥，协助胡、廖二人剿灭叛乱。当天，广州革命政府调动黄埔军校学员800名，工人和农民纠察队3200人，湘、滇军校学员700余人，吴铁城指挥的警察2000余人，交由蒋介石指挥平叛，仅经过半日激战，不可一世的商团即被彻底剿灭。
国共合作平定商团叛乱，打响了大革命高潮的第一枪，清除了广州革命政府的心腹之患，稳定了政局，为推动革命形势的进一步发展创造了条件。
这也是蒋介石在国共合作的背景下，在广大工农群众和市民的支持下，第一次独立指挥并打赢的战斗。当然他没有把账记在工农大众的头上，在他看来，孙中山指挥失当，胡汉民错误妥协，中共冒险，只有他是反击商团的英雄。无论怎样，平定商团的胜利，提高了蒋介石的威信，奠定了他后来作为国民党军事领袖，篡夺国民党最高领导权的基础。
平定商团叛乱后，坐镇韶关的孙中山先后两次来电，要蒋介石把当初扣压的商团军械的余下部分迅速运往韶关。但蒋介石又一次抗命不从。对于蒋介石的这一次抗命，孙中山非常气愤，在电报中责问：“此械兄竟以何用为最适宜？”并在最后一封电报中下令说：“所余300支枪，必即日运韶，以利北伐。”但蒋介石最终没执行。
在平定商团后，蒋介石抗命不从的性质与前一次不同。此时的蒋介石已非往昔，他已经拥有自己的军队——黄埔学生；拥有自己的势力范围——部分国民党的军事领域；已经准备自行其是——介入国民党的军事决策过程、扩充兵力。
蒋介石在晚年也没有对这次抗命行为作出过交代，谈及此事时，总是只讲平定商团的功劳，不讲拒运武器参加北伐的事实。1924年10月31日，孙中山在北伐没有取得战绩的情况下回到广州，13天后启程北上去北京，蒋介石头上的“紧箍圈”消失。
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黄埔建军
孙中山之所以北上去北京，其缘由是：1924年10月23日，出身贫穷自诩为孙中山先生信徒的直系将领冯玉祥、胡景翼等人发动“北京政变”，推翻了直系军阀曹锟、吴佩孚控制的北洋政府。10月28日，冯玉祥等将领又发出召集和平会议的通电，提出按照孙中山先生的建国大纲建立新政府，欢迎孙中山北上任新政府的领袖。11月1日，冯玉祥又致电孙中山：“一切建国方略，尚赖指挥，望速命驾北来。”被冯玉祥将军等推出来主持北洋政府工作的皖系军阀段祺瑞也派出代表许世英专程南下广州，迎接孙中山北上。
当时在“中华民国”的大旗下，在革命原则上，能不通过战争实现中国北方和南方统一，将中国建设成资产阶级民主共和国，是益于国家和人民大众的好事。孙中山于是同意北上。11月4日，孙中山命胡汉民留守广州，任代元帅，任命谭延辏е鞒执蟊居捅狈ゾ隆�11月10日，孙中山发表《北上宣言》，主张速开国民会议和废除外国列强强加给中国的一切不平等条约。13日，孙中山和夫人宋庆龄及随行人员汪精卫、邵元冲、陈友仁、李烈钧等登上永丰号军舰，在苏联军舰“波罗斯基号”的护航下前往香港，途中他最后一次视察了他视为“掌上明珠”的黄埔军校。
轮渡缓缓开动，从东郊码头驶向广州东南方向的黄埔区长洲岛。孙中山记得，半年前初夏的珠江，一泾汪洋，水云连天，6月16日他就是沿着这条航道，乘坐“江固”号军舰登上长洲岛，宣布这所在中共和苏联帮助下创办的“国民党中央陆军军官学校”正式开学的。他记得当时校门高挂着“亲爱精诚”的校训，二道门两旁挂着蒋介石手书的“先烈之血，主义之花”的对联。在开学典礼上他发表了著名的校训：“三民主义，吾党所宗，以建民国，以进大同。咨尔多士，为民前锋，夙夜匪懈，主义是从，夫勤夫勇，必信必忠。一心一德，贯彻始终。”这一校训，几年后经征集谱曲，成为蒋介石南京政府的国歌！
蒋介石和黄埔军校方面以军校最高礼节——阅兵仪式，迎送总理。
此时颇受孙中山称赞的原中共广东区委军事负责人周恩来已就任黄埔军校政治部主任。
孙中山在检阅黄埔军校学生时对蒋介石和周恩来说：“余此次赴京，明知其异常危险，将来能否归来尚未一定。然余北上，是为革命，是为救国救民而奋斗，又何危险之可言耶？……余所提倡之主义冀能早日实现，今观黄埔军校学生，能忍苦耐劳，努力奋斗如此，必能继吾之革命事业，必能继续我之生命，实行我之主义。凡人总有一死，只要死得其所，若二三年前余即不能死；今有学生诸君，可完成我未竟之成，则可以死矣。”
第二天孙中山一行人在香港乘日本“春阳龙”号邮轮前往上海。孙中山之语不幸言中，此行竟成永别，此次会面也成为他和蒋介石、周恩来最后一次会面。
孙中山离开广州城，蒋介石放手扩充实力。在孙中山离粤后的一个星期，即11月20日，在周恩来的参与下，黄埔军校教导团成立。一个月后又成立第2团。这支直接由蒋介石组建和掌握的军队，由何应钦和王登云分别任第1团团长和党代表；由王柏龄、张静愚任第2团团长和党代表。沈应阳、胡公冕、陈继承、顾祝同、蒋鼎文、季文、郑洞国等人任营长、营党代表。
虽说只有两个团，但这是国民党通过自己办的军校创建的第一支武装，所以对国民党来说分外重要；也是依照现代军事理论创建的第一支武装，所以有较强的战斗力；也是中共方面支持下创建的第一支武装，所以在初期深受中共的影响。就个人而言，此部与周恩来息息相关。
黄埔一期生刘天回忆说，周恩来来到广东之前，“在共产党内地位，还只是一个地方干部而不是中央干部。但他是很聪明的，他看到了黄埔军校在革命过程中的重要”。周恩来以极大的热忱投入黄埔军校的工作，黄埔军校成为周恩来戎马生涯的起点。在中共历史上，周恩来是公认的第一个认识到中国需要一支革命军队的人。
周恩来就任黄埔军校政治部主任时，当时的政治部“是个空架子，学校也没有真正进步的政治工作可言”。周恩来接手后，逐步使之完善。周恩来聘请了不少优秀的共产党人任政治教官，如聂荣臻、李富春、恽代英、高语罕、熊雄、萧楚女、张秋人等，于是包括帝国主义侵略中国史、苏联研究、社会主义运动、军队中政治工作在内的20多门政治课目陆续走进了学员课堂。通过这些课目将强烈的政治信念化为战斗力的重要组成部分，锻造出一批为政治理想而战的军官。
周恩来很重视发展军校中的中###团组织，在他的领导下，成立了中共黄埔支部。在中###史上，黄埔支部后成为黄埔特别支部，地位令人瞩目，支部中的干事都是精英分子，活动能量极大。
中共在黄埔发展自己的武装力量也是从周恩来开始的。他利用自己的政治部主任的身份，在叶挺的协助下，于1924年11月，在取得孙中山同意后，组建了“陆海军大元帅铁甲车队”，这支部队是中共直接控制的第一支部队，队长是共产党员徐成章，副队长是共产党人周士弟，党代表是共产党人廖乾吾。后来该队全体人员编入国民革命军叶挺独立团，成为叶挺独立团的基层骨干。周恩来还在黄埔军校秘密发展了一支完全由中共领导的学生军，叶剑英则在粤军中组织了另两支亲共产党的连队，这几支队伍暗藏于黄埔军校教导团中。后来这些武装力量成为国共合作破裂后中共发动起义的骨干。
回顾这段历史，毛泽东说过：“中共真正懂得直接准备战争的组织军队的重要性……是从1924年参加黄埔军事学校开始。”
黄埔军校教导团成立初期虽深受中共的影响，但它毕竟是蒋介石一手创建起来的武装，所以直接控制在蒋介石手中，这支部队的成员，后来只要不是中###员，只要愿意听从蒋介石的指挥者，都成为了国民党的高级将领和官员，国民党内显赫一时的黄埔系即源于此。
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东征与平叛（1）
早在广州商团叛乱时，不甘心被孙中山赶出广州的陈炯明就蠢蠢欲动，开始布置兵力，相继占领宝安、东莞、石龙等地。商团被打垮后，陈炯明以援助商团为名，于1925年1月7日，自任“救粤军总司令”，下达向广州进攻的总动员令。陈部兵分三路，由林虎、洪兆麟分别出任“总指挥”和“副总指挥”，叶举担任各路总指挥，率7个军10万之众，向广州方向扑来。至正月下旬，已经兵临虎门石滩一线，广州告急！
面对陈炯明部的进攻，广州革命政府在代理大元帅胡汉民的主持下，决定全面出击。在北京已经病重的孙中山也来电要求大本营立即行动，消灭陈炯明。
1925年1月15日，大本营发表《东征宣言》，向陈炯明宣战。
参加东征的联军几乎包括广州革命大本营所能调动的全部军队，包括许崇智的建国粤军、杨希闵的建国滇军、刘震寰的建国桂军、谭延辏У慕ü婢⒒破揖５牧礁鼋痰纪拧Ｓ裳钕ｃ沙鋈味髁芩玖睢�
1月30日，东征联军兵分三路迎敌。由杨希闵指挥左路军，约3万人，迎战林虎；由许崇智指挥右路军，约2万余人，迎战洪兆麟部；由刘震寰指挥的中路军约6千人直插陈炯明总部所在地惠州城。
东征的激战区是南部，因此东征联军右路军担负着主要作战任务。
右路军由许崇智任总司令，蒋介石任参谋长，参与指挥的还有具少将军衔的黄埔军校政治部主任周恩来和苏联军事顾问加伦将军等。
许崇智下辖各部粤军约1万人，黄埔军校两个教导团约2千人。
在中共和国民党左派领导下，广东地区的工农运动发展很快，广大工农群众的革命热情分外高涨，他们积极参军参战支援前线作战，成为东征的主要支持力量。右路军的行动，也得到了广大人民群众的配合，所以进军顺利。
时至2月11日，右路军以周恩来协助叶挺组建的以共产党人为主的铁甲车队为前锋，接连攻克东皖、石龙、平胡、深圳等地。对于右路军的所战皆捷，蒋介石十分得意，据说曾以诗言志，挥笔写道：
亲率三千子弟兵，
鸣鹤未靖此东征。
艰难革命成孤债，
挥到长空涕泪横。
此诗真假难分，但文字粗糙，缺乏意境，不像一个率军出征屡打胜仗的将军所写。
东征西路军于2月14日包围淡水。淡水距惠州城70里左右，面积不大，陈炯明把它视为古城惠州的外围阵地，特布置4000人防守，被右路军打败的各残部也加入了淡水城的守卫行列。
当晚，许崇智、蒋介石、周恩来、加伦等人决定，攻城从三个方面同时进行，由蒋介石具体指挥，黄埔教导团作主力，从东南面进攻，粤军第2师从西北方向攻城，粤军第4师从东北方向攻城。
15日晨，右路军在风雨交加中开始进攻。黄埔教导团组成的“奋勇队”冒着风雨搭竹梯登上城楼，经激烈巷战，终占领淡水城。下午洪兆麟率增援部队赶到，被右路军挡在淡水城外，经黄埔教导1团和粤军1、2师全力打击后向惠州方向逃窜，淡水残敌也向东逃去。
攻克淡水后，东征联军总部特意向远在北京正在病中的孙中山先生报捷。
蒋介石对淡水这一仗非常重视，他指挥得非常果断，且赏罚分明。黄埔教导第2团第1连连长孙良抵挡不往敌军，擅自退却，被他下令当场处决；担任主攻的教导2团1营营长沈应时英勇作战负伤，蒋介石立即在战场上提拔他为第2团团长；教导1团团长何应钦进攻和阻援有功，即授予大功一次。
淡水之役为东征开战以来最大的一次胜利，降敌千余人，缴枪千余支，奠定了东征胜利的基础。身为实际指挥官的蒋介石继平定商团之后，又名噪一时，连孙中山也说出了“国民党军事靠蒋介石”的话。
东征右路军在占领淡水后，乘胜追击，2月17日进入陈炯明的根据地海陆丰地区，先后占领干城、海丰城、揭阳等地。3月7日占领潮州、汕头，洪兆麟残部向北逃窜。
就在右路军一路进军之际，左路杨希闵、中路刘震寰部，却早与陈炯明部将林虎有勾结，杨部进军博罗、刘部进军飞鹅岭后就不再行动，使林虎得以组织2万大军，穿过东征中路军的防线，从兴宁、五华南下直捣东征右路军右翼，图谋在潮州一带围歼在潮州立足未稳的东征右路军。 电子书 分享网站
东征与平叛（2）
3月13日，双方在棉湖、鲤湖一带交火激战。
此前一天——1925年3月12日9时30分，中国革命的先行者、伟大的孙中山先生在北京行馆内留下“革命尚未成功，同志仍需努力”的不朽遗嘱，与世长辞，终年59岁。
当噩耗传到激战的棉湖前线时，东征三军不禁放声大哭。据说，蒋介石当时即在阵地上跪北遥拜，痛苦万分。东征西路军在前线###追悼孙中山先生，由总指挥蒋介石主持大会，周恩来在会上宣读祭文，戎马倥偬之间，蒋介石含泪提出尊孙中山为中华民国国父，不失时机地举起了孙中山这面大旗。
孙中山去世的消息激起敌我双方的斗志，棉湖之战越打越惨烈。何应钦的教导1团只有12个连，很快陷于10倍敌人的包围之中，苦撑到13日中午，教导2团、粤军第7旅以及部分海陆丰农民自卫军赶来增援，教导2团从鲤湖突袭敌人后背，于次日晨将林虎主力消灭。战斗中，黄埔教导两个团2000人加上随军行动的黄埔学生500人，共阵亡600人，仅教导1团即阵亡300人，后来据查，大多是共产党人。
棉湖战役被蒋介石视为一生中最值得夸耀的战役之一。此役是蒋介石主持黄埔军校以来第一次出征之战的胜负关键，直接关系到他能否成为国民