沙俄军队经过几年的准备，把城堡修得十分牢固。彭春观察了地形之后，在城南筑起土山，让兵士站在土山上往城里放弩箭。城里的俄军以为清兵要在城南进攻，就把兵力拉到城南。哪儿知道清军却在城北隐蔽地方放了火炮，乘城北敌人防守空虚，突然轰起炮来。炮弹在城头呼啸着飞向城里，敌人的城楼被炮弹击中了，熊熊燃烧起来。
天色渐渐发白，清军又在城下堆起柴草，准备放火烧城。俄军头目这才吓慌了神，在城头上扯起白旗投降。
按照康熙帝的事前嘱咐，彭春把投降的俄军全部释放，勒令他们撤回本土。俄军头目托尔布津哭丧着脸，带着残兵败将走了。
俄军撤走后，彭春命令兵士把雅克萨城堡全部拆毁，让百姓耕种；接着，带着军队回到瑷珲城。但是，遭到惨败的俄军头目并没有死心，他们打听到清军撤出的消息，过了不久，又带兵溜回雅克萨，把城堡修筑得更加坚固。
边境的警报传到了北京，康熙帝决定把侵略军彻底消灭。第二年夏天，黑龙江将军萨布素再一次进军雅克萨。清军将士想到从他们手里放走的敌人又来了，恨不得马上把他们消灭。这一次，清军的炮火更加猛烈，俄兵几次出城反扑，都被清军打了回去。守城头目托尔布津中弹死去；留下一批侵略军不得不躲到处窖里，但是没几天，病的病，死的死，最后只剩下了一百五十个人。
沙俄政府慌忙派使者赶到北京，要求谈判。康熙帝这才下令停止攻城。
1689年，中国政府派出代表索额图，沙俄政府也派出戈洛文做代表，在尼布楚举行和谈，规定了中俄两国的东段边界，从法律上划定了以额尔古纳河、格尔毕齐河和外兴安岭为界，整个外兴安岭以南、黑龙江和乌苏里江流域（包括库页岛）都是中国的领土。这就是著名的《尼布楚条约》。这是中国历史上同外国签订的第一个平等条约，表明康熙帝独立自主外交的胜利。
三征噶尔丹
沙俄政府在雅克萨失败以后，并不甘心，就在尼布楚条约签订的第二年，又唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。
那时候，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。准噶尔是漠西蒙古的一支，本来在伊犁一带过游牧生活。自从噶尔丹统治准噶尔部以后，他野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一阵失败了，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。
康熙帝召集大臣宣布他决定亲征噶尔丹。他认为噶尔丹气势汹汹，野心不小，既然打进来，非反击不可。1690年，康熙帝分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后面指挥。
右路清军先接触噶尔丹军，打了败仗。噶尔丹长驱直入，一直打到离开北京只有七百里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）。噶尔丹得意扬扬，还派使者向清军要求交出他们的仇人。
康熙帝命令福全反击。噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。他把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。
清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，响得震天动地。驼城被打开了缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕出山后夹击，把叛军杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。
噶尔丹一看形势不利，赶快派个喇嘛到清营求和。福全一面停止追击，一面派人向康熙帝请示。康熙帝下令说：“快进军追击！别中了贼人的诡计。”果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵逃到漠北去了。
噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝告发。
1696年，康熙帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费杨古率陕西，甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。
康熙帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达，这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来，劝康熙帝班师回北京。康熙帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代；再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？”
当下，康熙帝决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
康熙帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。
噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一座大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照康熙帝的部署，在小山的树林茂密地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把叛军引到预先埋伏的地方，清军先下马步战，听到号角声起，就一跃上马，占据了出顶。叛军向山顶进攻，清军从山顶放箭发枪，展开了一场激战。费扬古又派出一支人马在山下袭击叛军辎重，前后夹击。叛军死的死，降的降。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹判乱集团土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是噶尔丹继续顽抗。隔了一年，康熙帝又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，就服毒自杀。
打那以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。
努尔哈赤和皇太极解决了漠南蒙古问题，康熙则进一步解决了漠西蒙古和漠北蒙古的问题。从秦汉匈奴到明朝蒙古的民族难题，到康熙时才算得解。康熙说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”蒙古成为清朝北部坚固的长城。
后来，噶尔丹的侄儿策妄阿那布坦攻占西藏。1720年，康熙帝又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世进藏。以后，清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。
勤慎理政
康熙处理军国大政有两个显著的特点：一个是“勤”，另一个是“慎”。
康熙一生勤政。“勤政实为君之大本，怠荒实亡国之病源”。明朝灭亡的一个原因，就是皇帝大多怠政，而不勤政。万历皇帝和天启皇帝都是有名的怠政庸君。万历二十几年不上朝，有人说是耽于酒色，有人说是首辅纵容，有人说是疾病缠身，但从根本上说是万历没有做皇帝的责任感。天启也是一样，整天迷恋木工活，刀凿锯斧，玩得津津有味。
清朝的皇帝，从顺治帝到光绪帝都是勤政的。他们吸取明朝亡国的教训，勤理政事。从康熙开始，皇帝每天都要御门听政，就是在皇宫乾清门前，由皇帝亲自主持御前朝廷会议。因为最初康熙听政主要在乾清门，所以称作御门听政。后来听政的地点经常变化，有时在中南海瀛台勤政殿、畅春园澹宁居、避暑山庄澹泊敬诚殿等。参加会议的主要有六部九卿（礼吏户兵刑工六部尚书、左都御史、通政使、大理寺卿）等官员。会议有记录，就是起居注。康熙从14岁亲政以来，每天御门听政，一年四季，无论冬夏，没有例外。
听政的时间，一般在早上八点左右，所以又称“早朝”。康熙的御门听政，严寒酷暑，从不间断。他说：“一岁之中，昧爽视朝，无有虚日。亲断万机，披览奏章。”即使在康熙十八年发生北京大地震，康熙照常早朝，御门听政。康熙从亲政之日起，到去世之前，除因生病、三大节、重大变故外，几乎是没有一天不听政的。
康熙理政不仅“勤”，而且“慎”。康熙一生谨慎，对于关系国计民生的大事，反复调查，慎重决策。如治河这件事。
1706年治河，康熙在御门听政时，大臣们发生意见分歧。经过调查、面奏、辩论、验证等，从正月初十日开始到十二月二十七日结束，整整进行了一年，才做出决策，真可谓慎之又慎。而康熙治河决策的全过程是这样的：
第一，重视治河。康熙亲政后将三藩及河务、漕运三件大事，书写在宫中柱子上。
第二，寻根溯源。比如黄河，他派侍卫探查黄河之源，到星宿海，往返万余里，并绘成舆图。这是中国历史上第一幅经过实际踏查而绘成的黄河图。另如永定河。康熙巡视北京通州段河堤，随驾的有皇太子、皇四子、皇五子、皇八子、皇十四子、皇十五子、皇十七子等。他命诸皇子分钉木桩，学用仪盘，亲自检测仪器，记录测量数据。
第三，任用能臣。康熙任用治河名臣靳辅和陈潢。靳辅，汉军镶黄旗人，以安徽巡抚授
为河道总督。受命后，一日八上奏疏，报告治河之策。他的治河方略是：统审全局，河运并治，浚河筑堤，束水攻沙，多开引河，量入为出。他重点治理黄河、淮河、运河交汇的清口。陈潢，浙江杭州人，善治水，负才不遇，题诗祠壁。靳辅见而惊异，访得引为幕友。疏奏多由陈潢起稿，施工亦由陈潢监理。他们督率民工，日夜辛勤，治河大成。但是，靳辅受到诸臣合讦交攻，发生了意见分歧。
第四，御前辩论。河道总督靳辅与直隶巡抚于成龙在治河方略上意见相左。争论的主要是两个问题：一个是治河水退后出现的田地，是实行屯田还是由豪绅垦占？另一个是为了使河水通畅顺流入海，是开浚海口还是修筑大堤？康熙不妄加论断，而是命双方在乾清门进行御前辩论，各申己见，互相驳难。关于屯田——于成龙说：“屯田夺民产业，不能实行！”靳辅则说：“丈出之田，作为屯田，抵补河工所用钱粮。因属吏奉行不善，民怨是实，臣无可辩，唯候处分。”关于开浚海口，靳辅的意见是：开海口虽可泄水，但可能引起海水倒灌。于成龙的意见是：要是加高河堤，堤高一丈五尺，民居在其下面，一旦河决，无数百姓，将饱鱼腹！争论没有达成共识，决定再广泛征询意见。
第五，集思广益。辩论双方各有各的理由，康熙不能决断。他又命乡里临河的在京官员，书写己见，上报朝廷。
第六，会议裁决。康熙帝听了两方面的陈述，看了大臣的疏报，交九卿会议裁决：采纳了于成龙的方案，将靳辅罢官，陈潢被削职、逮京后病死。
第七，实践验证。康熙帝曾数次派大臣视察河工，检验朝廷辩论的意见孰对孰错。后康熙帝南巡阅河，靳辅扈行随从。回京后，康熙肯定靳辅治河功绩，复还他的原来品级。
第八，改正错误。靳辅之后，命于成龙为河道总督。康熙帝召于成龙入京，问：“过去你说靳辅之短，现在怎样？”于成龙回答：“臣那时妄言，现在也按照靳辅的办法去做。”这是对靳辅治河方案最好的结论。
第九，断不出书。康熙悉心治河数十年，撰写治河论述，河道总督张鹏翮请将治河谕旨编纂成书，雕刻颁行，永久遵守。康熙说：“前代治河之书，无不翻阅，泛论虽易，实行则难。河水没有定性，治河不可一法。今日治河之言，欲令后人遵行，断不可行。”这表现了康熙可贵的谦逊的科学态度。
以上九点能够做到其中的一点，就可以称得上是明君了，何况康熙件件做到了呢！
此外，康熙还东巡山东，西巡陕西，北巡塞外，南巡江浙，京畿之地更是频繁巡视之地。巍峨泰山、名胜孔府、壮丽五台、苍莽草原、清秀水乡都留下了康熙皇帝的足迹，不过他的巡视主要不是为了游玩，而是出于政务的考虑。从这个角度看，康熙巡幸是勤政的反映。在巡视过程中，他尽量避免骚扰百姓，并时常稽查强行买卖、扰害百姓者。
康熙继承了儒家为政“仁爱”的理念，并在施政过程中加以实践，十分注意恢复和发展生产，与民休养生息。康熙身后谥号为“仁皇帝”，这个“仁”字，恰恰是康熙一生为人、行政的一个显著特点，也是康熙区别于清朝其他11位皇帝的一个显著特点。
康熙屡次申令停止圈占土地；又蠲免钱粮达545次之多。他赈灾，设义仓，关心民众疾苦。他宣布：自康熙五十一年（1712年），“盛世滋生人丁，永不加赋”。后雍正实行“摊丁入地”，中国长期以来的人丁银被免除。其正面影响是减轻了人身依附，其负面影响是刺激人口增长。乾隆时人口到3亿，道光时则突破4亿。
关于康熙的仁爱，可以举一个例子。1677年，康熙在塞外视察时，发现一个人僵卧在路旁。他亲自询问，知道这个人叫王四海，是个佣工，在回家路上，因为饥饿，躺下起不来。康熙立即下令给他喂热粥。等王四海苏醒后，将他带到行宫。后给王四海盘缠，送他回家。
1679年，北京大地震。康熙下令开设粥厂，还让太医院给伤病者送医送药。1722年春，康熙帝年近七