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1931年，日本第一次发现原始人的化石。当时的考古学者直良信夫在兵库县明石市发现了一片古人类的腰骨，后被认为接近北京猿人，但是学界没有承认。第二次世界大战以后，随着考古技术的发展和进步，古人类化石不断被发现。日本列岛上的旧石器时代遗址已经达到了1000处，从北海道到南九州，遍布全日本，但是有人骨化石出土的不到10处。化石人主要有明石人，葛生人、牛川人、三日人、浜北人和圣岳人等。
日本原始人类的来源也是日本考古学界一直争论不休的问题。中日两国为此进行了多方的考察和研究，认为日本化石人的来源并不是一个地方，而是来源于很多地方，至少是从南北两个方向来到日本列岛的。那时日本列岛还是大陆的一部分，中国人来到日本比较方便。有学者研究推断，旧石器时代的日本人有可能是中国北部北京猿人的后裔，在漫长的岁月里经过朝鲜来到了日本。从语言学上看，日本的语言在语法结构、音韵组织等方面和蒙古语、朝鲜语有类似之处。从地质学上看，日本与亚洲大陆原本相连，同中国和朝鲜接近。因此，日本化石人来源于中国的推想也有一定的道理。
日本人类学家今村丰对中国华南地区的居民进行过生物体的测定，发现这些华南人的很多素质和现代日本人很相似，特别是头形指数。有的日本学者还通过研究血型来研究日本人种的来源。研究结果表明，日本人的血型所占比例和中国的湖南人和匈牙利人十分相似。因此，有人认为现代日本人和现代华南人的祖先是华南化石人。
日本人是一个十分复杂的人种，有和中国、东南亚、朝鲜等人种相似的地方，又有自己的独特之处，而且在本国内部也有明显的地域性。现代日本学者大都认为，日本人自古以来就是同一人种，各个时代的不同只是因为生活上的条件不同造成的，并提出了现代日本人的祖先是绳纹时代人的主张。如果绳纹时代人也继承了化石人的血缘的话，那么日本人的发源地也许就是中国。
日本历史学家口清之认为日本人是在日本产生的，但是其核心要素是和华南化石人有关系的日本化石人，逐渐加入了南方的马来和印尼、北方的通古斯和阿伊努人，最后才产生了尚未完全统一的现代日本人。关于日本人起源问题一直没有定论，这种说法也可以成为后世研究的蓝本。
关于日本人的起源，在中国有这样一个民间传说：我国古代的秦始皇为了寻找长生不老药，派出术士徐福带领3000童男童女东渡日本，徐福一去不复返，在日本繁衍生息。徐福带去的3000童男童女经过繁衍，成为了今天的日本人。对于这个传说，中、日两国的学者一直在锲而不舍地搜集证据，进行认真的研究和探索，并希望让全世界相信徐福去日本在历史上确有其事。据史料记载，秦始皇确实曾经派徐福东渡日本寻找长生不老药，徐福在前往日本的途中遭遇风暴，船只被吹到了现在的和歌山县的新宫市。登陆之后，开始在此地劳作、繁衍。
徐福登陆的地点新宫市，是一片美丽的海岸，在海岸上还有一座红色的神社，周围平静而安宁。在新宫市附近有一个小公园，公园内有徐福的墓，是衣冠冢还是实冢就不得而知了。墓前有一块高约3米的墓碑，墓碑上用中文记载着徐福如何到达日本寻找长生不老药以及为什么定居日本的故事。墓碑立于1834年，碑上刻的“徐福之墓碑”出自高丽著名书法家之手，碑上诗歌是一位日本汉学家所写。每年的11月28日，和歌山人都会在这个公园里举行一次徐福登岸的纪念活动。
新宫的海滨随处可见大约米高的断壁残垣，绵延30多公里。有日本学者认为，这是徐福模仿长城修建的一座防御工程。史料记载，在江户幕府时期，日本还曾经修复过这座长城。
在日本的很多地方，尤其是九州，都建有徐福庙。在佐贺的金立市乡村里，徐福被奉为医药神，在其他地方还被奉为水神、农耕神、蚕桑神。
徐福登陆的地区是日本文化最早的开发地区，也是日本传说中的人物神武天皇登岸的地点，因此有人认为徐福就是日本开国神话中的神武天皇。有学者根据从生活在天照大神时代重要的日本皇族墓穴中出土的一枚秦朝的铜镜和一把巨大的秦人用的战刀，推断日本皇族和徐福有很大关系，因为根据徐福登陆时期日本处于石器时代的社会现状，是不可能有这样的东西出现的。日本的弥生文化和秦汉文化几乎相同，比日本固有的绳纹文化先进了数千年，所谓的弥生文化也是徐福来到日本以后产生的。根据中国史官的记载和完备的正史资料，考证地理、日本的历史传说以及历代遗物和出土古物，证明了徐福渡海建立的王国就是日本近畿。日本神武天皇的建国和徐福同一时间、同一思想、同一制度，各个方面都符合，因此，有人断言徐福是日本历史上的第一个皇帝，神武天皇是徐福后裔在第八世纪对徐福追谥的谥号。这种说法遭到了坚信自己是神的后裔的日本学者的坚决反对。
钣野气峰是日本学者中对徐福有比较深入研究的人，他认为，徐福是齐国一位以研究长生不老药而闻名的杰出首领。徐福带来了当时中国人的知识和智慧之大成，其中包括道教。他认为，徐福是日本神道教的真正创始人。
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一、徐福及其文化上的岛国传统（2）
战国时期，齐国对宗教信仰控制比较严格，每个去道观的人都必须斋戒，而且道观中还有专门供人斋戒的房间，用来净化灵魂。直到今天，在日本每个神社中都保留这样的房间，供参拜者斋戒，这样的房间被称为“齐室”，这其中的“齐”应该是来自徐福的家乡齐国。
钣野气峰的研究还得出了许多出乎意料的结论，他认为徐福和他留在日本的随员繁衍了成千上万的后世子孙，而且还得出了只要是茶褐色眼珠的日本人，就必定是齐部落的后裔的结论。徐福随员的后裔有不同的姓氏，他们中许多人姓秦，这是秦王朝的国民。而日本姓氏中的斋藤，汉语意思就是齐。
日本的三口郡，1300年前曾建立过一个秦王国。隋朝皇帝曾派使节前往日本，使节回来后告诉皇帝，山口郡的人和他们有着一样的面孔、风俗和生活方式，就像是从中国过去的，认为他们都是徐福的后裔。据钣野气峰估计，日本至少有30％的人拥有中国血统。1994年4月，当时当选的日本首相羽田孜公开承认，自己是中国第一个皇帝秦始皇的后裔，这让包括日本人在内的很多人十分震惊。他还说自己的祖先姓秦，在200年前才改为“羽田”，在日语中，秦字和羽田的发音相同。
如果说徐福确实是第一个到达日本的中国人，也可以说他开辟了两国交往的先河。徐福带去的先进的秦文化给日本文化、制度的形成带来了很大影响。有学者认为，日本的文化和制度并不是自古创成的，而是由归化人和留学生归纳海外带来的知识和技术形成的。这种文化是将同时代最新的东西用船只一点一滴地运回日本，经过自己改编而形成的文化。这里的“归化人”就是指来自中国和朝鲜等国家的早期移民。正是像徐福这样的“归化人”将先进的文化传入了当时相对落后的日本。
公元4世纪末到5世纪初，中国出现了为了争夺统治权而爆发的内战“八王之乱”，黄河流域的居民不堪战乱和饥饿之苦，纷纷离开居住地外迁。其中的一部分人辗转来到了日本，形成了归化人进入日本的第一次高潮。5世纪末，中国正处在群雄割据的分裂时代，战乱时有发生，一些居民为了逃避战乱而远走他乡，形成了归化人进入日本的第二次高潮。在早期移民中，朝鲜半岛的朝鲜籍汉人也有不少来到了日本，他们精通汉文，受到了日本朝廷的欢迎和重用。
这些归化人在岛国日本传播大陆文化，让岛国上的日本人对优秀的中国文化产生了浓厚的兴趣。据史料记载，当时的倭王曾经通过百济招聘中国工匠，当这些工匠到达日本后，还建立了画部、锦部、陶部、鞍部、翻译部等各种工匠部，充分利用了他们的才能来促进日本各个方面的发展。为了区别以往移民的归化人和这些工匠，日本史书将前者称为“秦汉归化人”，将后者称为“新汉人”。无论名称是什么，这些归化人对日本的发展都作出了特殊的贡献，他们带去的经典书籍、农耕、丝织、木工、冶铁、雕刻和绘画等先进文化和生产技术，促进了日本的文化、技术的发展。归化人不仅带去了中国先进的文化和生产技术，有的还与当地人通婚，最终被“归化”成了日本人。
和日本人究竟来源何处一样，日本传统文化的形成时间也是日本学术界研究的重点。有的学者根据出土的外部装饰着草绳纹的绳纹陶器，认定日本早期文化形成与这一时代，就是从大约1万年前至公元前3世纪的绳纹文化时代。有的学者认为日本的传统文化形成与德川幕府时代。我国学者则认为日本的传统文化形成于农耕社会确立和统一国家形成的弥生时代到大化革新时期，就是公元前3世纪至7世纪中期，传统文化经过发展，到镰仓时代进入发达成熟阶段。
日本传统文化是在绳纹时代文化的基础上发展而成的。大约1万年前，日本进入绳纹文化时期。在这一时期，日本人的生产工具以石器为主，是日本的新石器时代。绳纹时代人们开始制造和使用陶器是时代的重大进步，这意味着人们改造自然的能力有了很大提高。据考古资料得知，绳纹时代的日本社会是以血缘关系为纽带的母系社会。一个母系家庭一般由5到10人组成，若干个不同血缘的家庭构成氏族公社。绳纹时代人们的主要生产活动是狩猎、捕鱼和采集。
绳纹时代文化对日本传统文化的形成有很深远的影响，尤其在语言、风俗和信仰方面有着不可分割的联系，但是日本传统文化却是在日本农耕社会确立之后才形成的。
大约在公元前3世纪，日本从绳纹文化时代进入到了弥生文化时代。因这一时代生产的陶器纹样简单、外形美观，先发现于东京都弥生町而得名。弥生文化有多元性、传统性、国际性和创造性的特点，既继承了绳纹文化的传统，又广泛地吸收了外来文化，在外来文化的启迪下进行了创造，形成了文化的多元性。在形成弥生文化的诸多因素中，中国的影响十分深远。
据日本人研究，水稻是绳纹时代晚期从中国南方传入日本的。水稻传入日本以后，很快得到了普及，进入弥生时代以后，水稻栽培逐渐成为农耕社会的基础。农业发展了，人们生存所用食粮得以保证。水稻的生产迅速发展，男子在获取生活资料的劳动中的作用越来越重要。随着分工的发展，男子逐渐拥有更多的财产，父权制大家庭出现，母权制没落。此时由许多独立的个体家庭组成的农村公社并不是建立在血缘关系上，而是按经济的和地域的关系形成的，由于社会分工和商品交换不发达，这种公社形式长期延续下来。
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