1998年，车臣选举出为最高统治集团利益服务的新议会，此外还根据马斯哈多夫的命令成立了最高###教法典法院。该法院自诞生的第一天起就觊觎得到车臣最高立法权力，这也注定了它与议会之间必将冲突不断。2月3日，马斯哈多夫发表电视讲话，宣布在车臣全面实行###教法典制度。
同时，车臣还努力加强与外高加索国家的经济联系。其目的有两个：一是努力同外高加索国家签署现实可行的经济协议，以减轻对俄的依赖；二是对车臣无法实施的项目进行谈判，力争从心理上对俄施加压力。1997年底，车臣副总理阿·扎卡耶夫访问格鲁吉亚，双方讨论了发挥第比利斯—格罗兹尼公路的作用问题。该公路可使车辆绕过俄罗斯与外界联系，从而对打破了俄的封锁，具有重大战略意义。车臣还极力扩大与阿塞拜疆的联系，双方曾讨论车臣石油加工综合体加工部分里海石油的问题。车臣还努力求助于西方和###国家。在车臣总统选举时，马斯哈多夫就获取了欧安会35万美元的资金援助。1997年，马斯哈多夫先后出访了土耳其、格鲁吉亚、波兰、美国等国，他一面积极游说各国商人到车臣投资，一面寻求这些国家对车臣的政治声援，声称：“如果俄罗斯不第一个承认车臣，那么其它国家可能首先承认。”
在军事方面，马斯哈多夫解散了由杜达耶夫建立的原总统卫队，组建了车臣国民卫队、总统卫队和###卫队及正规军等。据专家估计，这支正规军约有两万人。其中包括巴萨耶夫所指挥的“阿布哈兹”空降强击营；巴拉耶夫的穆斯林营；格拉耶夫的特种兵团；伊萨耶夫的坦克团、高射炮兵团、反坦克团、第一和第二摩托化步兵团、第三步兵团；阿尔萨努卡耶夫的山地步兵团、两个工程营及两个通信营。这一切都预示着车臣战争的再次爆发将不可避免。
第二次车臣战争（一）
1999年在第一次车臣战争中有“高加索狼”之称的巴萨耶夫不满足车臣事实上独立的现状，要求实现北高加索地区更大的自由。为此他公开叫嚷已经组建了敢死队，要“解放达吉斯坦”、“解放整个高加索”，并在同年7月4日率领200多名“车独”武装分子潜入达吉斯坦进行恐怖活动，偷袭了俄内务部队哨所，从而点燃了第二次车臣战争的导火索。8月7日他又指挥5000多名武装分子聚集于达吉斯坦和车臣边境，分两路攻入达吉斯坦，向俄军猛烈进攻，企图继在车臣赶走俄军以后再在达吉斯坦打败俄军，以实现车臣、达吉斯坦脱离俄罗斯而建立独立的###原教旨主义国家的目的。
指挥此次行动的34岁的沙米利·巴萨耶夫是车臣前总理，车臣叛乱分子的领导人。他勇猛善战，因1995年在布杰诺夫斯克的车臣战争期间扣押人质而出名。他在总统大选中败给了马斯哈多夫，在出任了几个月的总理之后加入到总统反对派的行列。
面对巴萨耶夫的进攻，8月10日，刚刚成为总理的普京就与总统叶利钦及有关部门领导人讨论了车臣形势。普京表示：“车臣是一个被匪徒和宗教极端分子占领的地区，是从外部攻击和内部颠覆（俄罗斯）的前哨阵地”，对车臣匪帮“如果今天不动手；明天损失会更大”。“不管车臣匪徒藏在何处，俄军都将把他们消灭”。普京请求叶利钦赋予他指挥行动和协调各强力部门的全权。在得到允许后普京便马上开始扭转强力部门的工作局面。他每天都召集这些部门的领导人到自己的办公室，一次次地要求他们把所有资源聚集成一股力量。他还召开了安全委员会扩大会议，在会上他表示，在高加索地区出现的践踏法律和恐怖主义行动是不能容忍的，必须采取措施整顿那里的秩序和纪律。他说，俄罗斯领导人已向联邦和地方权力机关下达了任务，根除那里产生骚乱的祸根。普京向新闻界宣布，在达吉斯坦活动的武装分子中有车臣武装分子，俄政府已经为整顿达吉斯坦的秩序制定了一整套方案，并得到了叶利钦总统的批准，同时宣布成立恢复达吉斯坦正常秩序军事司令部。
随后，俄罗斯空军武装直升机就向盘踞在达吉斯坦共和国几个村庄内的非法武装分子展开了猛烈进攻。俄空军采用北约打击南联盟的模式，即利用空中优势和高科技武器对攻击目标进行远距离、高精度、无地面人员接触、尽量避免人员伤亡的军事打击。对“车独”活动基地和通讯、交通、经济设施等进行昼夜轰炸，使其瘫痪，又调集大量军队于车达边境对“车独”武装展开激战。
在此次俄军的行动中，共有6人死亡，多人受伤。此外，俄军的两架武装直升机被武装分子击毁，在遇难的机组人员中有四八七直升机团副团长、俄罗斯英雄纳伍莫夫。不久，俄军对武装分子再次展开了大规模的军事行动。据俄内务部副部长科列斯尼科夫说，“二次袭击中俄军共有10人阵亡、27人受伤。武装分子数十人被击毙，几百人受伤。俄军夺回了被武装分子占领的部分村庄”。到9月14日，俄空军出动战机达1700架次，消灭了2000多名匪徒、250多个活动点和150个训练基地。
巴萨耶夫在受到如此沉重的打击后，又派出大批恐怖分子潜入俄内地，把几百吨炸药混在白糖里运进莫斯科，实行把战火引向俄内部的恐怖“掏肚战”。1999年8月31日和9月4日、9日、13日、16日车臣恐怖分子连续在莫斯科、布伊纳克斯克和伏尔加顿斯克等城市制造了一系列恶性恐怖爆炸事件。这其中9月4日在布伊纳克斯克一座军营的爆炸中炸死几十人，大多是妇女儿童。在莫斯科连续发生了三起爆炸事件，其中最大的一起是9月13日凌晨5时许，位于莫斯科交通中心卡什尔大街六号的一座八层居民楼被爆炸夷为平地，楼内还在熟睡的数百人死伤惨重。9月16日，俄南部城市伏尔加顿斯克一幢九层居民楼被炸，100多人死伤。这些恐怖爆炸一共造成了300人死亡，很多人受伤，使整个俄罗斯陷入一片恐慌。由于广传有十几吨炸药不知藏在莫斯科哪座建筑物中随时可能爆炸，更使莫斯科人心惶惶。仅9月16日这一天，就有1000多个发现可疑爆炸物的报警电话。而“车独”恐怖分子更是连续几天在莫斯科大打恐吓电话，闹得人们越加恐惧。
巴萨耶夫的恐怖行动彻底激怒了俄罗斯民众。普京趁热打铁，开始寻求议会的支持，拟定计划对付被指控策划了炸弹袭击事件的车臣恐怖分子。
在1999年9月14日召开的杜马会议上，普京首次提出了调整车臣局势的一套计划：第一，在与车臣交界的所有地区实行严格的临时隔离办法。但车臣仍为俄罗斯联邦的组成部分，任何损害俄罗斯领土完整的行为将被认为是非法行为；第二，必须对《哈萨维尤尔特协议》的执行情况重新进行公正的分析。分裂主义分子单方面利用1996年达成的这一协议试图解决车臣地位问题，实行国家分裂；第三，彻底消灭达吉斯坦境内的武装匪徒，车臣领导人应该将在车臣境内的匪徒移交俄罗斯方面，否则，俄罗斯将被迫越过车臣边境消灭这些武装；第四，建议由被迫生活在车臣之外的更有威信的车臣人组成车臣共和国在俄罗斯的合法代表机构。最后，普京表示只有这一系列措施实施后，才能讨论车臣未来的政治经济地位问题。通过这次会议普京向世人表明了他在车臣问题上的强硬立场。
因为普京非常清楚，如果对这场企图搞乱和分裂俄罗斯的“车独”恐怖战惊慌失措、软弱退缩，反击不力甚至再度屈服妥协，其后果必然会是：
1车臣—印古什—达吉斯坦肯定会正式从俄罗斯分裂出去，独立成国。由此也就会引发俄境内的整个北高加索地区、俄的其它民族和边疆省份纷纷效仿“车独”的离俄独立和准独立浪潮，俄中央政权很可能控制不住局面而使俄联邦分崩离析。而这些独立出去的国家又很可能会在美国—西方和国际恐怖主义、###原教旨主义的鼓动支持下与俄为敌。俄国内的投降卖国思潮将会更加泛滥，经济军事将会加速衰退，恐怖和犯罪活动会更猖獗，社会秩序也会更加混乱。同时阶级矛盾更加尖锐突出，俄的国家综合实力也必将更大地萎缩。
2早就盼望投向西方加入北约的波罗的海三国和属于独联体的乌克兰、格鲁吉亚等高加索三国和哈萨克斯坦等中亚五国，甚至与俄关系最为紧密的白俄罗斯，见俄罗斯如此软弱无能，虚弱无力，连自己的国土都保卫不住，在美国西方的软硬兼施和利诱策动之下必会离俄而去。加入北约，并会按照美国的旨意给俄找麻烦，与俄作对。
3环里海的高加索地区和中亚地区，尤其是阿塞拜疆、哈萨克斯坦、土库曼斯坦和乌兹别克斯坦四国，经探明，其石油储备有500亿至2000亿桶，石油天然气储备至少有9万亿立方米，按照1998年的价格计算，大约价值达3万亿美元，而且有大量的输油气管道要修建。如此巨大的能源财富和工程建设都在俄罗斯的势力范围之内，是俄的重要财富来源。但是一旦这些国家离去，倒向西方加入北约，如此庞大的“黑色金子”必然会流向美国和西方。而美国等西方国家在车臣问题上采取政策的企图之一，就是如俄国防部长谢尔盖耶夫所说的“削弱俄罗斯的地位，把俄罗斯赶出里海地区、高加索和中亚”。也如同一些学者认为的，就像用一把高加索匕首来切割俄罗斯这块黄油，把这一地区的矿物资源据为己有。于是原本最能得到这笔财富的俄罗斯却只能望金兴叹，无可奈何，任人宰割、瓜分和掠夺。
第二次车臣战争（二）
因此普京绝不会将车臣放任自由，但为了获得国际支持，俄罗斯外长伊万诺夫在9月18日晚的渥太华八国外长会议预备会上说：“国际恐怖主义问题是对国际社会的一种危险的挑战，必须集体采取紧急措施，阻止恐怖主义的蔓延。”伊万诺夫随后展开的游说活动也取得一定进展，他向新闻媒体表示，在谈判中“我们已商妥，建议在近期举行‘八大国’外交部长会晤，讨论这一全球性挑战和寻求对付这一挑战的策略”。
针对俄罗斯的计划，车臣呼吁国际社会阻止俄罗斯对其人民采取的“侵略行为”。车臣警告，他们将采取一切防卫措施。
9月19日俄空军继续轰炸车臣境内的可疑目标，并展开了自8月份轰炸行动以来最猛烈的一次。在车臣紧邻达吉斯坦的边境地区安营扎寨的武装分子同时遭到重创，4座营房、5个据点和21辆汽车被俄空军摧毁。匪徒死亡人数估计约有140人。
与此同时，约2000名武装分子集结在车臣邻近斯塔夫罗波尔的边境地区。他们修工事，挖堑壕，构筑永备发射点，等待和俄军决一死战。
针对这一形势，斯塔夫罗波尔边疆区行政机构采取了一系列相应的安全措施。该边疆区驻守在斯车边境地区的警察和内卫部队的火炮及装甲武器得到进一步加强。边界巡逻队也获得了空中支援。沿边村镇守卫部队之间的通信联络系统也得到进一步完善。原先使用的电台极易被车臣武装分子截听，新一代电台则杜绝了这种可能。
就在军队武装打击的同时，全俄警方也展开了严厉打击恐怖活动的“旋风”行动。仅9月16～18日三天内，逮捕的逃犯就达2200多人，嫌疑犯9000多人，没收武器2000多件，发现私藏武器的黑窝点1万多个，找到炸药300公斤，爆炸装置774个。到10月2日为止，俄警方在“旋风”行动中侦破的涉嫌恐怖案件达17万个，发现炸药515吨，爆炸装置4000个，收缴枪支7000件，有不少炸弹炸药由于及时发现排除而未能爆炸，否则将会有更多的平民百姓伤亡。
在俄展开军事行动后不久，普京在接受俄罗斯电视台的采访时，对他的车臣政策做了进一步阐述。他评述了车臣局势和俄罗斯领土上的恐怖活动，分析了其背景，提出了政府和社会的主要任务。
普京指出：“我们来回忆一下苏联解体和随后发生的一些事件。苏联解体后分离主义情绪高涨，特别是在车臣共和国这种势力具有极强的进攻性。俄罗斯与车臣就相互关系进行了长时间的谈判，但没有取得积极成果。俄罗斯军队一度进入车臣，对此各方反应强烈。在车臣，在全世界，最主要是在俄罗斯的许多地区，人们都把这看做是俄罗斯领导人的帝国野心大发作。”
“这样做是对还是错，且不对此做评价，我们现在也不去讨论这一决定的动机是什么。我认为，当时一切和平手段并不是都用尽了。我再说一遍，谁对谁错我们暂且不去下结论。我只想提请你们注意，所有这一切都是在军事失利、缺乏周密的军事行动计划和造成重大人员伤亡的情况下发生的。”
在这次采访后不久，普京下令对车臣首府格罗兹尼进行全面空袭。23日，俄空军轰炸了格罗兹尼国际机场和西南部的一座炼油厂，导致六人丧命。另有两人在其它地方被俄军打死。
24日，四架苏25型地面攻击机向卡姆卡拉前军事基地的电视台发射了十多枚导弹，该军事基地已被车臣武装改为了警察总部。空袭造成3人丧命，20人受伤，10来栋房屋被炸毁。此外，俄军火箭还攻击了格罗兹尼以西50公里萨马什基村的一辆汽车。25日上午8时30分，12架俄罗斯喷气式战斗机再次对格罗兹尼和周围地区进行了历时30分钟的突袭，摧毁了电视转播塔和移动电话控制中心，使这个主张独立的共和国境内的通讯中心和其它设施几乎瘫痪，突袭还导致10人死亡。
俄罗斯空军总司令科尔努科夫对记者说，只要武装分子没有被消灭，俄罗斯空军就将继续打击车臣境内的目标。这位总司令认为，为完成这一任务用不着在车臣使用战略空军，只要使用一些高精确度武器，包括激光制导的导弹和可控炸弹即可达到目的。他说，迄今为止俄罗斯空军没有损失一架飞机。
26日，伴随着俄罗斯战机的轰鸣声，俄国防部长谢尔盖耶夫首度警告说：“我们已拟妥多种版本的地面行动计划，将视情况实施，我们的主要目标是歼灭匪徒。”
面对普京的强大进攻