在车臣长期驻扎一个师。
同时“车独”分子除几百人投降外，其余数千人纷纷撤进山区与俄军打游击战。车臣战事进入剿匪阶段。2月8日，“车独”副总统阿尔萨诺夫被击毙，输红了眼的“车独”匪首巴萨耶夫通过网络悬赏250万美元下达对普京的追杀令。到2月28日，俄军收复了99％的车臣土地。3月10日，巴萨耶夫和哈塔卜的2500人被俄军包围，歼灭一半，另一支格拉耶夫武装被围歼。但俄军在交战中损失也很惨重，仅3月初的头一周内，就有156名俄军官兵阵亡，其中包括被伏击牺牲的84名精锐伞兵。3月12日，“车独”战地司令拉杜耶夫被擒，但巴萨耶夫和哈塔卜以及所剩的数百名武装分子逃脱。随着春天的来临，光秃秃的山地变成了枝繁叶茂的密林，因此车臣武装分子获得了很好的掩护，俄军的清剿行动变得更加艰难。
3月20日，普京亲自驾驶苏27歼击机到车臣首府。他强调指出，车臣武装分子只有走出山区放下武器才能与俄政府谈判。2000年6月8日，在普京总统的签署批准下，车臣临时政府成立，俄军除留下一部分部队守卫外，其余的开始撤出车臣。
在第二次车臣战争中，据俄军第一副总参谋长马尼洛夫称：至2000年6月15日，俄军和内务部队亡2091人，伤5962人，以相当于前次1/3的代价，就取得了全面的战争胜利。第二次车臣战争，俄军充分吸取了上次战争的教训，准备充分，战术、指挥灵活，放弃了以往的大量兵力进攻，取而代之的是大量运用了特种部队和精干的内卫队，用猎杀的方式对付车臣武装。同时，俄军吸取了美军在海湾和科索沃的作战经验，大量地使用了高科技、高精度的武器，摧毁了车臣许多军用、民用目标，大量地杀伤其兵员，然后才让步兵进行下一步的作战行动，有效地减少了部队的伤亡。同时俄军还加强了对信息、情报的收集，迫使车臣武装连电台也不敢使用，大大地削弱了其战斗力。
2001年1月22日，俄总统普京宣布俄军全面从车臣撤军，俄军的作战将从大量的歼灭非法武装转为反恐怖行动。由15万人组成的第四十二师和内务部的一个由六七千人组成的旅将长期驻守车臣。
战场外的斗争（一）
自从俄罗斯在车臣发动军事行动的第一天起，就承受着来自西方的巨大压力。西方国家对车臣非法武装骚扰平民百姓、袭击俄罗斯军警、制造爆炸事件和绑架劫持似乎并不太感兴趣，他们不顾车臣的实际情况，一再指责俄罗斯军队在车臣滥杀无辜、践踏人权。西方媒体在报道车臣的时候，很少使用“匪徒”、“恐怖分子”等俄罗斯常用的字眼，而是经常用“战斗队员”、“起义者”等概念混淆视听。
第二次车臣战争初期，对于俄军在车臣的军事行动，西方社会算是默认了。但随着俄军在车臣战场上频频告捷，一些西方媒体大肆渲染，称轰炸造成大量平民伤亡和引发了“难民潮”，车臣境内出现了“人道主义灾难”。车臣分裂分子也大造舆论，企图将高加索问题国际化。西方国家领导人也开始坐不住了，接二连三地发表讲话，要求俄罗斯停止车臣战争和“种族清洗”，呼吁俄与车臣当局恢复政治谈判。
美国首先出来批评俄的行动违反了1990年欧洲常规裁军条约。美国务院发言人鲁宾说：“俄罗斯所部署的武器已经远远超出了装甲车和战斗武器范畴所限制的数量。”言下之意是俄不应该派军镇压“车独”。他又指责俄在车臣的行动违反了日内瓦国际公约，要求俄停止战争，与“车独”分子对话。
其后，西方国家在“俄罗斯—欧盟”首脑会议、北约外长会议和八国集团会议上都纷纷改变了会议主题而开始对俄进行声讨，他们异口同声地要求普京政府马上停止在车臣的军事行动，甚至要求在欧洲安全和合作组织范围内讨论北高加索的问题，企图直接干涉俄的内政。欧盟警告俄罗斯不要因车臣战争增加常规武器数量而破坏欧洲军事力量的平衡。一些西方政治家则把俄打击“车独”说成是“侵略”。西方媒体更是连篇累牍地攻击和渲染俄政府在车臣制造所谓违反人权的“人道主义灾难”。接着，德国外长和美国副国务卿正式向俄发出信号：“对车臣局势恶化及俄罗斯的军事行动表示担忧”，要求俄“停止军事行动，减少和平居民的伤亡”。美国总统克林顿、国务卿奥尔布莱特分别发表讲话，希望俄停止军事行动，通过谈判政治解决车臣问题。克林顿甚至以相当严厉的口气要求普京立即停止在车臣境内的“暴力”行为，而且他把车臣战争称为“种族战争”，为国际社会的干涉提供了一个名义。同时，由于“车独”分离分子是###原教旨主义和国际恐怖组织的一部分，为了支援“车独”的反俄恐怖战争，数百名来自沙特阿拉伯、也门、科威特、巴勒斯坦、阿富汗以及格鲁吉亚、阿塞拜疆和亚美尼亚的原教旨主义激进分子，甚至还有在中国新疆搞“###厥斯坦”的“###”分子徒步通过格鲁吉亚和阿塞拜疆边境纷纷涌入车臣，加入巴萨耶夫的队伍之中。某些###国际组织也通过在欧洲的分支机构向“车独”提供食品、药品和医疗设备等。阿富汗的塔利班更是积极，不仅派遣60名武装分子进入俄境内从事恐怖活动，还为“车独”提供了专打俄军低空飞机的美制“针”式导弹，并打下了两架俄机。10月17日，塔利班又卖给“车独”20枚这种导弹并偷偷运入了车臣境内。“车独”还从伊朗购进一批类似的武器。这使“车独”非法武装如虎添翼，实力大增，在俄后方所进行的一系列恐怖更是连连得手。炸弹爆炸，绑架人质，破坏设施，制造假钞扰乱俄金融秩序等事件层出不穷。
到了1999年11月中旬的欧安组织首脑会议上，俄与西方在车臣问题上的矛盾更加激化。美、英、法、德等国批评俄罗斯在车臣的军事行动，称“战争无助于反对恐怖活动，它只能使恐怖活动更为猖獗”。
为有力回击西方国家的指责，叶利钦总统和普京政府一边毫不留情地打击和消灭“车独”武装和恐怖分子，一边则同美国西方做毫不退让的较量。叶利钦对美、法、德等国首脑支持“车独”和攻击俄罗斯的发言或摇头否认或敲打桌子以示抗议。对于西方势力企图作为中介机构参与车臣冲突的调解从而干涉俄内政，叶利钦拍案而起，尖锐指出：“西方没有权力在车臣问题上批评俄罗斯。”他严正指出，在莫斯科和俄罗斯其它地区，车臣恐怖分子制造的流血事件已造成1580名平民伤亡，几千个家庭遭难。“你们无权因车臣问题批评俄罗斯……我们必须制止恐怖主义的‘毒瘤’渗透到俄罗斯。”俄决不同匪徒和凶手谈判，要彻底肃清匪徒武装，消灭恐怖分子，或把他们绳之以法。他要与会者想一想“以美国为首的北约对南斯拉夫的侵略”。他在与法德两国领导人会晤时仅仅三分钟就拂袖而去，随后愤然提前退出了会议，态度之强硬大大超出了与会各国首脑们的预料。俄国防部长谢尔盖耶夫也气愤地指出：保持北高加索地区的军事冲突正是美国国家利益的需要。美国等国插手车臣，就是对俄罗斯的挑战。在俄的坚持下，欧安组织首脑会议宣言中只“轻描淡写”地涉及了车臣问题。俄舆论认为，俄在与西方近距离的交手中，“先赢了伊斯坦布尔一局”。
西方“一计不成，又生一计”，抛出终止对俄贷款这根“绞索”，企图用经济手段迫使其就范。11月27日，国际货币基金组织总裁康德苏警告说，“假如世界各国不满车臣战事而反对俄罗斯的话，国际货币基金组织就不能继续向俄罗斯提供经济援助”。西方外交政策专家威胁要把俄国排除在七国会议之外，还提出要尽量压低油价使俄国的外汇收入减损。对此，伊万诺夫反唇相讥，“俄罗斯领导人比任何人都希望解决车臣问题，在这一点上用不着别人来教训”，“俄彻底履行了对国际货币基金组织的义务，现在轮不到它发言”。
12月6日，正当俄军向格罗兹尼市民发出最后通牒的时候，美国总统克林顿再次针对俄罗斯的车臣策略，发出了他最强烈的批评。克林顿在白宫发表人权演说时表示，俄罗斯的最后通牒已威胁到车臣无辜平民百姓的生命。他说，俄罗斯将会为其行动付出惨痛代价，这种行为只会强化极端主义，降低莫斯科的国际地位。
欧盟外长亦在一项声明中谴责俄罗斯，并表示正考虑拒绝与莫斯科签署若干合作协议。已获俄罗斯同意即将造访车臣的欧洲安全合作组织秘书长沃勒贝克，也敦促莫斯科不要执行其最后通牒。
英国外交大臣罗宾·库克说：“假如俄罗斯不尊重基本的人道准则，西方就不会继续援助俄罗斯。”他说，除非俄罗斯解除威胁，否则他希望欧盟各国政府首脑在12月10日至11日的赫尔辛基首脑会议上“斟酌”对俄社会给予经济援助的前景。此前，库克把俄罗斯大使尤里·福金召到外交部，加紧对莫斯科施加外交压力。
法国总统希拉克在同乌克兰总统列昂尼德·库奇马举行会谈时，称俄的最后通牒“让人无法接受”，并说，解决车臣危机的惟一办法是通过政治途径。他呼吁“尽快开始对话”。
意大利总理马西莫·达莱马也严厉批评俄罗斯对车臣的战争，说这场“令人恐惧和无法接受的”战争必须停止。
在开罗，埃及的穆斯林领袖穆夫蒂·谢赫·瓦塞勒撰文呼吁###国家抵制俄罗斯，以报复其在车臣的行动。
在以伊朗为首的###会议组织代表团离开莫斯科前往备受战争蹂躏的北高加索地区视察之际，伊朗外交部长卡迈勒·哈拉齐警告说，车臣的暴力行径在###国家引起了“不安”。
北约秘书长乔治·罗伯逊警告俄罗斯说，要屠杀格罗兹尼平民的威胁“让人完全无法接受”，他敦促俄罗斯听取国际社会要求其保持克制的呼声。
对此，俄罗斯国家杜马主席谢列兹尼奥夫在12月8日公开表示“完全支持在车臣采取反恐怖行动”。他说：“应当结束剿灭武装分子和恐怖分子的行动，使被迫离家的人返回家园。必须安排好和平生活，如果土匪和恐怖分子不投降，就干脆消灭他们。”谢列兹尼奥夫在谈到西方政治家批评俄罗斯和要求停止车臣反恐怖行动时说，俄罗斯“不会停下来，西方的所有声明都是无人响应的号召”。他说，“他们自己败坏了自己的名声，因为他们毁灭了南斯拉夫”，现在他们又企图分散人们对其在南斯拉夫所作所为的注意力。
他认为：“西方没有解决南斯拉夫的民族冲突，反而走进了死胡同。西方政治家不知道在科索沃该怎么办，就把注意力转到俄罗斯的问题上。如果我们的宣传攻势使他们常常因科索沃问题和南斯拉夫问题受到指责，他们对我们就会客气些。”
战场外的斗争（二）
谢列兹尼奥夫认为，如果国际货币基金组织不再提供贷款，“俄罗斯也不会垮台”。“我们将寻找与国际货币基金组织没有关系的其他贷款人”。
俄联邦委员会主席斯特罗耶夫认为，俄罗斯不应在车臣政策问题上惧怕西方的威胁。他对记者表示：“俄罗斯将结束在车臣的军事行动，我们需要搞和平建设，而且不只是在车臣，在印古什、达吉斯坦、克拉斯诺达尔和斯塔夫罗波尔边疆区都要进行和平建设。”
谈到面对威胁所持的立场，斯特罗耶夫认为，“我们不是南斯拉夫那样可以被威胁和这样对待的国家。”斯特罗耶夫承认，俄罗斯正面临压力，并指出这是“因为我们软弱和一步步退让造成的”。他不同意这会导致俄国在国际上陷于孤立的说法。他解释说：“谁也不会使我们陷于孤立，因为俄罗斯不是想孤立就能被孤立的那种国家，经济制裁对我们来说并不像描绘的那么可怕。”
斯特罗耶夫提醒说，“中国、印度尼西亚、印度都想同我们结为友邦，日本不顾大洋彼岸发出的警告向我们提供了贷款，韩国也在向我们提供贷款。”他强调说：“多极世界是各族人民进一步相互协作的基础。”
同日，俄联邦外交部长伊万诺夫认为，西方某些势力在北高加索局势上人为地制造紧张空气，歪曲事实和真相。他在与联合国秘书长、美国国务卿、英国和芬兰外交大臣通电话时指出，他们甚至把“冷战”时代的词都用上了。
伊万诺夫强调说，俄罗斯不能接受这样的路线，俄罗斯始终渴望着健全的思维和积极的对话。
同一天，面对俄罗斯的强硬立场，美国总统克林顿总统无可奈何之余也表示，因俄罗斯在车臣采取的军事行动而中止对俄援助是不符合美国利益的。
而此时普京的态度更是毫不让步。他说：“车臣是俄联邦不可分割的领土”，俄联邦在三年前与车臣签订的协议是错误的，这使得车臣武装分子获得了喘息的机会，并把车臣变成了训练国际恐怖分子的基地。因此必须不惜代价地对车臣叛匪重拳出击，毫不手软，一打到底。他反对对西方压力和“车独”分裂恐怖活动进行妥协退让，严辞责问道：“我们要什么？是要微不足道的西方贷款，还是要保住大片领土？”他表示，俄军歼灭车臣恐怖分子的决心决不会动摇，“哪里有匪徒，我们就打到哪儿。如果在厕所里抓到了匪徒，就直接把他塞进便池里”。
2000年1月13日晚，美国国务院一些负责人权、难民事务和对俄政策的官员会见了车臣非法政府的“外长”艾哈迈多夫。1月14日，俄罗斯外长伊万诺夫就美国国务院官员会见所谓的车臣“外长”艾哈迈多夫一事做出反应，对美方的这一举动表示“遗憾和严重忧虑”。
伊万诺夫与爱尔兰外长、欧洲委员会部长理事会轮值主席安德鲁斯会见后在记者招待会上强调，俄方曾多次声明，美国的此类举动实际上是对国际恐怖主义和分离主义的支持。伊万诺夫认为，那些做出此类举动的人正在使北高加索问题复杂化，并且正在加深车臣和平居民所遭受的苦难。俄方希望美方不要放弃早先声明的无条件支持俄打击恐怖主义的立