但普京的这些措施得到了以“团结”运动和俄共为主的国家杜马的支持。5月31日，国家杜马一读通过了联邦委员会组成程序法。6月23日国家杜马以308票赞成，86票反对的压倒多数通过了剥夺地区行政长官在联邦委员会席位的法案。该法案规定，联邦委员会的代表们从2001年1月1日起将由两名地区代表取代，其中一名由地方领导人委任，另一名则由地方议会选举产生。这是近十年来，俄罗斯议会进行的第四次根本性改革。第一次议会改革是从选举人民代表开始的，以1993年10月白宫事件而告结束。同年底，组成新的联邦议会，其中上院即联邦委员会是由各地居民直接选举产生的，期限为两年。后来根据叶利钦总统的建议，不顾多数议员的强烈反对进行了第三次议会改革。1995年12月国家杜马通过了联邦委员会新的组成程序法，即由联邦主体执行权力机关和立法权力机关领导人组成。
2000年6月28日，联邦委员会对该法律草案进行表决。心怀不满的联邦委员趁势发动反攻，只见托木斯克州议长马尔采夫一手用拳头敲打着桌子，一手晃动着俄联邦宪法，大声喊道：“这是我的位置，我是根据宪法赋予的权利占据这个位置的。”结果，联邦委员会以129票反对、13票赞成的表决结果否决了该法律草案。普京削减地方长官权力和设立“垂直权力机构”的计划遭到严重的挫折。如果不让联邦委员会行使否决权，就必须有三分之二的杜马议员投赞成票。但是由于有一半的杜马代表是由地方选举产生的，地方行政长官有对其施加影响的杠杆，因此斗争进入白热化。
6月30日，国家杜马以408票通过一份呼吁书，表示愿意与上院合作。他们呼吁成立一个协调委员会，对法案做出三点修改：第一，逐步更换联邦委员会的成员；第二，由联邦主体领导人亲自任命地方执行权力机关驻上院代表；第三，派出机构可以召回自己在联邦委员会的代表。如果联邦委员会不接受关于成立协调委员会的建议，杜马就推翻上院的否决。7月19日，国家杜马通过修改后的联邦委员会组成方式法案，同时推翻联邦委员会对总统有权撤销地方领导人法案的否决。
2000年8月，上述法案相继得以签署生效。随后出于安抚的考虑，普京在9月1日宣布成立由一些联邦主体的首脑和议长提出的联邦国务委员会，同时批准了联邦国务委员会条例。条例规定，国务委员会为咨议机关，其职能是协助国家元首行使职权，确保国家权力机关的协调运转和相互协作。其主要任务是讨论有关联邦与联邦主体相互关系的问题、国家建设和巩固联邦制基础的问题，以及有关机构对联邦宪法法律、联邦法律、俄联邦总统的命令以及俄政府决定的执行情况，并向俄总统提出相应的建议。国务委员会还将协助总统解决联邦权力机关和地方权力机关之间的分歧，并根据总统的建议讨论联邦法律和总统令草案、联邦预算执行情况、干部政策以及其它重大问题。
经过一系列的成功运作“可以说，国体四分五裂的时期已经过去了。”
“整党”
在叶利钦时代，由于其在杜马没有自己的政治党团，而以俄共为代表的左翼政党联合社会上其它左翼力量在杜马中组成了强大的反对派，使叶利钦提出的各种法案在第一、二两届杜马中受到了强有力的抵制。
1999年的第三届杜马选举中，亲政府的“团结”运动虽然获得了胜利（占据了第二大党的位置），但俄共仍是杜马第一大党，而且在2000年1月18日的第三届国家杜马第一次全体会议选举杜马主席和各委员会主席时，俄共的谢列兹尼奥夫被选为国家杜马主席，同时在国家杜马27个委员会中俄共获得了10个职位。
鉴于俄共势力的强大以及它在群众中的影响，普京在执政初期对俄共采取了怀柔与笼络的态度，设法改善同俄共的关系。普京在当选总统后的一次讲话中说，尽管人们对俄共可能会有各种各样的看法，但他认为俄共是俄罗斯目前惟一形成了体系的党。俄共当时对普京也采取合作态度，在杜马中支持了普京提出的一些法案。
但从内心讲，普京并不愿意保持这种“危险”的平衡。2000年5月27日在他的授意下，“团结”运动在克里姆林宫召开第二次代表大会，宣布改建为“团结”党。此前，“我们的家园—俄罗斯”、“全俄罗斯”运动、“俄罗斯统一与和谐党”等已宣布解散或停止活动，并号召其成员以个人名义参加“团结”党。加入该党的原“家园”领导人切尔诺梅尔金也参加了成立大会。普京更是亲临会场祝贺并发表讲话，希望“团结”党进一步发展壮大。“团结”党领导人强调，该党面临的任务是发展成为执政党。
随后为了对那些长期盘据俄政坛、势单力薄的政治组织进行一次毁灭性打击，把目前的近180个政治组织变成几个有固定群众基础的政党，加强国家对政党的管理，最终建立以两党或三党制为基础的多党制政治体系，普京于2000年12月26日在克里姆林宫会见了国家杜马各议会党团和议员团领导人，同他们讨论了政党法问题。会后久加诺夫和团结党议会党团领导人格雷兹洛夫表示支持普京总统提出的政党法草案，并决定在2001年1月的国家杜马会议上进行审议。
2001年6月21日经过反复讨论和修改，俄罗斯国家杜马三读通过了《俄罗斯联邦政党法》，联邦委员会于6月29日也批准了这一法案。接着普京总统在7月12日签署了《政党法》并予以正式颁布。《政党法》对政党的成立、登记和撤销、党员的人数和地区组织的数量、政党的宗旨和活动形式、政党的权利和义务等问题都做了详细的规定。其中比较重要的有以下一些内容：政党必须拥有1万名以上成员，并且至少在一半以上联邦主体内建有人员不少于100名的地区组织，在其它联邦主体的地区组织成员不少于50名；政党必须推举候选人参加全国立法、权力机构和地方各级自治代表机构选举；不允许按职业、种族或宗教属性建立政党；成立政党必须先组成发起委员会，举行成立大会，然后召开代表大会，通过党的纲领和章程，并把这些文件提交负责政党登记的部门审核；凡在杜马选举中得票超过30％而组成的议会党团，或通过单席位选举制在议会中拥有12名议员的政党都可以获得国家的财政资助。
根据《政党法》这些规定，俄各政党都大力发展###员和建立新的地区组织，出现了对政党进行改组、联合或建立###的高潮，为参加2003年12月21日举行的国家杜马选举和2004年3月7日举行的总统选举做准备。与此同时，一些达不到《政党法》要求、而又不准备同别的党联合的小党将不再作为政党进行活动。它们有的可能解散，有的可能改组为“俱乐部”类型的团体，将无权提出候选人参加各级立法和权力机关选举。但不排除有些政党和组织可能会转入地下活动。
普京颁布的《政党法》使中派政党实行联合，成为了杜马中的第一大党，组成了支持政府的多数派。2001年4月17日，国家杜马中的四个中派议员团“团结党”、“祖国—全俄罗斯”、“人民代表”、“全俄罗斯”经过协商，决定成立跨党团的协调委员会，从而大大加强了中派的势力。2001年7月12日“团结党”与“祖国”运动组成“团结—祖国联盟”，并着手建立统一的政党。12月1日全俄罗斯“团结和祖国”党成立大会在克里姆林宫大会堂举行。联盟领导人、紧急情况部长绍伊古在会上指出，在团结党、祖国党和“全俄罗斯”运动基础上成立的“团结和祖国”党将使全社会团结在总统周围，为俄罗斯的繁荣而工作。他说，今天成立的中派统一党应成为政权党。联盟另一位领导人、莫斯科市长卢日科夫指出，“团结和祖国”党将团结全社会的建设性力量，保护大多数俄罗斯人的利益。
普京在成立大会上发表讲话指出，俄政治激进的时期已经过去，未来属于那些善于克服私心和放弃狭隘政党利益的政治力量。他希望“团结和祖国”党有效利用现有资源，努力成为俄一支强大的、现代化的政治力量，成为多数党。他同时强调，不要把新成立的党称为政权党。
此次大会还选举出由18人组成的最高委员会，绍伊古、卢日科夫、沙伊米耶夫三人共同担任党的主席。2002年4月“团结—祖国”党举行第一届全俄代表大会，改称“统一的俄罗斯”党，并完成了在司法部的登记手续。“统一的俄罗斯”党在国家杜马中的议员数已超过俄共，成为议会第一大党，从而使普京在议会中获得了比较稳定的依靠力量。
据“俄罗斯杜马”网站公布的资料，本届俄国家杜马中各个主要党团的人数和所占百分比如下：“团结党”党团83人（1844％）、“俄共”党团85人（1889％）、“俄罗斯自由民主党”党团12人（267％）、“祖国—全俄罗斯”党团49人（1089％）、“右翼力量联盟”党团32人（711％）、“亚博卢”党团17人（378％）。
以上统计数字表明，“团结党”、“祖国—全俄罗斯”组成的“统一的俄罗斯”党在杜马中拥有132个席位。如果再加上“人民代表”议员团和“俄罗斯地区”议员团，杜马中的中派议员的总数将达到235人；左翼（包括“俄共”和“农工议员团”）的议员总数为128人；右翼（包括“右翼力量联盟”、“亚博卢”和自由民主党）的议员总数为61人。
2002年4月3日，杜马中的“团结党”等四个组织突然对俄共“发难”，他们联合提出一项议案，要求重新分配杜马委员会的领导职位。这一议案获得了通过，俄共失去了原先拥有的十个委员会中八个委员会的领导职务，只得到了文化旅游和宗教事物这两个无足轻重的委员会的领导权。“祖国—全俄罗斯”的杜马代表费杜洛夫甚至提出了一项议案，要求“取缔俄罗斯共产党在司法部的注册，彻底禁止俄共的一切活动，并追究其党首久加诺夫的刑事责任”。虽然这一提案遭到包括“祖国—全俄罗斯”在内的大多数人和司法部的反对，但俄共在议会中失去了一系列重要阵地。而此时俄共的内部也发生了分化。为了对杜马的上述决议表示谴责和抗议，俄共立即宣布放弃包括杜马主席和其它两个委员会主席的职位。但是，谢列兹尼奥夫拒绝辞职，两个委员会的主席古边科和戈里亚切娃也不同意放弃自己的职位。俄共于是在4月3日和10日分别召开了第六、七次中央全会并通过决定，要求谢列兹尼奥夫等辞职，并声称如果他们拒绝服从中央的决定，就要给予组织处分。但是谢列兹尼奥夫在同普京总统会晤后，拒绝了俄共中央要他辞职的决定。
在这种情况下，俄共于5月25日召开第八次非常中央全会，通过了将谢列兹尼奥夫开除出党的决议，同时被开除出党的还有古边科和戈里亚切娃。接着他们三人又被开除出俄共议会党团。普京总统在5月27日公开批评了俄共中央关于开除谢列兹尼奥夫等人的决议，表示继续支持他留任杜马主席。其它政党也支持谢列兹尼奥夫继续担任杜马主席，直到2003年新一届杜马选举为止。
通过这次“团结党”的进攻和俄共围绕谢列兹尼奥夫问题的争论，俄共在群众中的形象大受损害，而且这也标志着俄共的分裂。俄共势力因此大受打击。根据全俄社会舆论研究中心在2002年6月进行的民意调查，俄共在群众中的支持率为29％，虽然仍居各党之首，但比4月的35％下降了六个百分点，是2000年以来的最低点。
普京通过这一系列的“整党”活动，使国家杜马的组成已大大有利于自己的要求，反对党团如俄共已很难阻止克里姆林宫提出的法案在杜马中获得通过。如果说普京以前常常同包括俄共在内的各党派领导人会晤并征求他们的意见，那么现在普京只会见中派政党领导人，基本上不再听取别的党、特别是俄共领导人的看法。正是在这种情况下，杜马不顾左翼的强烈反对，先后通过了《所得税法》、《劳动法》、《土地法》等重要法案，杜马终于成为了普京可以控制的“橡皮图章”。
政府改革（一）
俄罗斯现行的行政体制成型于叶利钦时代。1993年12月12日俄罗斯通过的联邦新宪法规定了俄罗斯是共和制民主联邦法制国家，实行立法、行政、司法三权分立。但由于种种主观原因，俄罗斯的行政体制并不能适应其发展的需要。首先，国家行政系统职能转换滞后，跟不上市场经济需求的变化。俄罗斯经济转轨已经初见成效，但政治上的转型远未结束，真正意义上的行政转型刚刚开始。其次，国家行政系统组成不合理，各级政府组织之间的职权划分不科学，结构不平衡，其合理配置有待进一步探索。由于轻视行政机构自身的改革，苏联时期的行政顽疾并未因高度集权体制被市场经济体制取代而得到纠正。叶利钦时期虽然多次精简管理机关，合并和划分主管部门，但既没能使政府和政府机关更精干，也没能使它们更有效率。国家权力机关和管理机关的工作人员1993年为882万人，从1997年起机关人员急剧增加，到2002年国家机关人员已达到了114万。机关人员开支在财政支出中的比重逐年增长，1995年占16％，2000年占23％，2001年占32％。与此同时，由于国家机关人员工资很低，造成了人才流失，有经验的专家纷纷辞职。
同时，俄政府也没有建立和实施完善的职业公务员制度，贪污腐败现象严重，甚至威胁到了俄国家利益。苏联解体以后，俄罗斯在公务员制度上迟迟拿不出新规定，国家行政机构几乎直接沿用了苏联时期的一些过时体制，官员缺少监督，贪污腐败十分普遍。俄罗斯的警察与强盗常常是同义词，一些中国移民和商人成为他们的掠夺对象。令人震惊的是，在莫斯科大学宿舍发生火灾的时候，消防员救火的同时竟然对学生宿舍进行了洗劫。俄罗斯的犯罪率近年逐年上升，黑社会活动极其猖獗，甚至出现掏钱购买议员候选人的现象，有人估计