估计，目前俄罗斯的各级杜马议员，约有5％～10％是黑手党成员。
因此，这与普京的执政方略严重脱节。普京意识到，俄罗斯的发展问题已经日益突出。国际社会和当今世界的准则是残酷的竞争。无论从经济规模，还是从经济结构和效率看，俄罗斯都已无法和主要大国相比，其它大国已经将俄落下一大截，俄罗斯目前需要快步发展。由此，普京的治国方略逐步从“稳定战略”转变为“加速发展战略”。因此行政改革成为了普京为俄罗斯设计的总体发展战略的重要一环，是连接政治改革和经济改革的不可或缺的中间环节。
普京还认识到，俄罗斯所要建立的强有力国家“必须是民主、法制、高效的联邦制国家，必须提高司法体系的作用，完善联邦关系，加大打击犯罪的力度”。执行权力机构本应依法办事，但是现在的国家机关工作助长了贪污腐败。贪污腐败不是缺少惩罚的结果，而是限制经济自由的直接结果。普京感到，问题不仅在立法机关，也在执行机关的工作制度本身。现行的制度妨碍了改革，在许多情况下简直是阻碍改革。这种制度保护的是得到所谓“地位”租金的权力，保护的是受贿和违规。此外，由于领导人的软弱和不够自信，导致政权为一些公司和家族所瓜分。
虽然俄的行政存在着如此多的弊病，但普京上台之初却没有宣布进行大规模的行政改革，因为他预见到了可能的阻力，决定悄悄地分步进行。
2000年5月13日就在普京提出改革联邦委员会建议的同一天，国家杜马顺利通过了普京总统对卡西亚诺夫的总理提名。随后俄政府组阁很快完成，原内阁大部分成员基本留任。普京把卡西亚诺夫安排在内阁的重要位置上，主要是由于卡西亚诺夫的政治色彩淡薄，是典型的务实派官僚，最适合于推行自己的决策。
卡西亚诺夫新政府暂时只设四名副总理，即库德林、马特维延科、克列巴诺夫和赫里斯坚科。据报道，原副总理绍伊古主动提出不担任副总理一职。虽然卡西亚诺夫称新政府不设第一副总理，但从库德林主管的业务范围看，这位身兼财政部长的圣彼得堡人实际上就是第一副总理。
卡西亚诺夫政府明显不同于普京政府。如果说普京是个政治型总理的话，卡西亚诺夫则是个技术型总理。前者上任伊始就被叶利钦定为“接班人”，他的主要任务是结束国家的混乱局面，开拓俄罗斯新时代。叶利钦执政时期，由于重病缠身，总理在国家政治生活中的地位十分突出。而卡西亚诺夫同其前任不同，他的主要任务是要将普京的治国蓝图逐步变为现实。这就意味着，今后俄罗斯国家建设的大政方针将由总统及总统办公厅来制定，政府只需抓好落实。
同时，43岁的卡西亚诺夫，39岁的库德林也十分符合普京将领导层主力年轻化的要求。俄罗斯《论据与事实》周刊把这些人称为“血气方刚的内行人”。再加上这一代人不在忧郁的30年代或艰难的40年代出生，他们的青年时代在苏联探索宇宙、繁荣电影、在世界体坛取得辉煌成绩、电视机逐步普及和大学生自编自演的娱乐晚会中度过，他们是在“为我们的苏维埃祖国而自豪”的气氛中成长的，因此他们目标明确，雄心勃勃，干劲十足，没有多少教条和框框，也较少形式主义和陈规陋习，捍卫国家利益和讲究实效是其主要特点。与此同时，由于年轻气盛，他们也可能做出一些冒险的事情。随着政府的稳定，普京的改革步伐也日益加快。
2000年11月30日，格列夫在俄德经济论坛上表示，2001年初政府部门将进行大规模行政改革。2001年3月2日，前总理、现俄联邦统计署署长斯捷帕申通过有关媒体透露，普京正在制定行政改革计划。普京在2001年的国情咨文中也表示，“官员们不熟悉管理体制，因此，必须实行与时代要求和目标相符合的行政改革。国家机关应该成为国家政策小巧的执行工具。”
2001年3月28日普京开始了他执政以来第一次国家权力机构的大规模人事调整。对一些最重要的强力部门进行了大改组，更换了联邦安全会议秘书、国防部长、内务部长、税警局等四个强力部门和原子能源部等部门的重要官员。
在这一系列人事变动中，最关键和最引人注目的是俄联邦安全会议秘书谢·伊万诺夫改任国防部长，内务部长鲁沙伊洛改任联邦安全会议秘书，“团结党”议会党团领导人格雷兹洛夫出任内务部长，而63岁的国防部长谢尔盖耶夫作为总统顾问，将从事战略稳定问题的协调和研究工作。
政府改革（二）
从历史上看，同时对四个强力部门负责人进行调整，只有在发生未遂政变时，才可能发生。而普京之所以做出这一决定，主要目的在于推进军事改革，并尽早实现车臣局势正常化。
俄罗斯军事改革酝酿已久，虽然在普京总统的主持下制定了改革蓝图，但由于有意见分歧，仍不能很好地贯彻执行。分歧的代表人物不是别人，而是国防部长谢尔盖耶夫和总参谋长克瓦什宁。前者坚持说，俄战略核力量非但不能削弱，还应大大加强；后者的意见恰恰相反，认为要加强常规武装力量。无疑，谢尔盖耶夫和克瓦什宁的争论使国防部和总参谋部的关系蒙上了一层阴影。在这种情况下，很难指望二人能够通力合作，推动军事改革计划的顺利实施。谢·伊万诺夫近年来担任联邦安全会议秘书并领导了军事改革工作小组，他虽然是文职人员，但对军队情况了如指掌。由他出任国防部长是考虑到他和军队没有直接瓜葛，便于解决国防部面临的许多问题和较容易理顺国防部同总参谋部的关系。
在这次人事变动中不仅谢·伊万诺夫成为俄历史上第一位担任国防部长的文职人员，女性文职人员库杰林娜被任命为负责军费问题的国防部副部长也是前所未有的。因此，上述举措被视为俄军事领域的一项重大改革。谢·伊万诺夫入主国防部将提高国防部在国家权力机构中的地位和作用。
内务部长鲁沙伊洛填补联邦安全会议秘书职务的空缺也势所必然。普京总统称赞他在内务部建立了“一个出色的能战斗的集体”，并相信他在新的岗位上会更好地完成任务。普京指出，任命鲁沙伊洛担任此职与车臣局势密切相关。显然，在普京看来，鲁沙伊洛是协调强力部门之间合作、尽快使车臣局势正常化的合适人选。
格雷兹洛夫出任内务部长却有些出乎人们的意料。他是“亲总统”的政党“团结党”议会党团领导人，这是格雷兹洛夫被委以重任的政治基础。政界人士普遍认为，普京选择格雷兹洛夫担当此任具有明显的“政治色彩”。同样，格雷兹洛夫也因此成为担任内务部长的第一位文职人员。
普京总统做出的人事变动决定得到了国内各主要党派的赞同和支持。普京指出，这次人事变动将促进军事机构的现代化改革，由文职人员担任强力部门的关键职务是“俄社会生活向非军事化迈出的重要一步”。
2001年8月，普京下令成立由卡西亚诺夫总理牵头的公务员改革问题委员会和由总统办公厅第一副主任梅特维杰夫主持的部门间改革方案筹备工作小组，签署了《俄联邦国家公务员制度改革构想》，要求该委员会讨论重组国家机构的规划草案等法律规章制度，并于2002年10～11月举行委员会第一次大会。通过此次改革国家管理机构将被分为四种类型：第一是部委，负责制定国家政策，协调署、公务部门和监督机构间的活动；第二是公务部门，包括司法机构、税务、海关部门，负责提供与落实执行权力机构职能相关的服务，其资金来源仅靠预算，或法律规定的由经济主体及居民的责任支付的金额；第三是署，负责提供国家服务，其经济来源既有预算拨款又有商业盈利（比如宇宙航天署、统计署）；第四是监督机构，负责对经济主体和居民进行监督。
2001年9月21日，俄罗斯有关媒体以《行政改革悄悄进行》为题报道了科扎克领导的委员会的工作情况。委员会决定授权总统办公厅国家法制局于2001年11月1日前提出修改现有的联邦中央和地方的42个分权协议，建议政府在2002年1月1日前提出修改地方和联邦政府及其部门法律的权力。
2002年2月，普京根据卡西亚诺夫总理的提议，解除克列巴诺夫的副总理职务，此前他主管的交通部、核能部、通讯与信息部改由总理直接负责。舆论认为，克列巴诺夫被解职是俄罗斯政府通过改组提高效能的结果。
2002年8月12日，普京签署总统令，具有过渡性质的《国家公务员公务行为准则》开始实施。与此同时，2002年底俄政府准备向国家杜马提交有关行政改革的一揽子法律文本，届时俄现行的国家管理体制将有巨大变化。其中包括修改一些框架性的、原则性的法律，并考虑废除1995年通过的《俄联邦国家公务员基础法》，代之以俄联邦国家公务员体系等。
与“寡头”作战（一）
2000年6月13日，俄罗斯总检察院以诈骗和盗窃罪将号称俄传媒“龙头老大”、俄金融“七巨头”之一的古辛斯基拘捕。证据是，1996年底古辛斯基的“大桥”集团在购买国家电视公司“圣彼得堡第十一频道”70％股份的时候只花了25万旧卢布，而该频道的实际价值高达1000万美元。合同签署12天后，该频道的负责人在芬兰的个人账户上就出现了100万美元的好处费，这笔钱的曝光使俄罗斯检察机关认定古辛斯基在其它地方有类似的侵吞国家财产的犯罪行为。被捕后的古辛斯基立即被押往莫斯科条件最恶劣的布德尔卡监狱。此事在俄政坛立即引起轩然大波。紧随其后，数名金融寡头连遭传讯，一场普京和俄金融寡头的殊死争斗由此拉开帷幕。
众所周知，经济转轨以来，在俄罗斯的经济生活中，出现了金融资本与工业资本相互渗透、不断融合的金融集团，他们中的一些“精英”已经不满足于当大款，他们开始企图控制国家政权，这些人被称为“寡头”。
1996年初，叶利钦总统的第一任期即将结束，国内竞选斗争日趋激烈。古辛斯基等寡头非常担心俄共领导人久加诺夫获胜。同年3月，以别列佐夫斯基和古辛斯基为首的企业巨头达成谅解，成立了知名企业家小组，出资全力支持叶利钦再次参加总统大选。
鉴于“寡头”对叶利钦的资助，在叶利钦执政期间，寡头们的日子过得十分滋润。其代表人物别列佐夫斯基就是一个例子，此人长脸、秃顶，有点儿口吃，他不仅家财万贯，还利用与叶利钦的特殊关系左右了俄政策。
对寡头们来说，没有什么做不成的事。还以别列佐夫斯基为例，从无执政经验的他，硬是一步就坐到了国家安全会议副秘书的位子上。其后，叶利钦说服独联体12个国家元首，他转眼间又成了独联体执行秘书，在独联体内飞来飞去，与大小总统们讨论着独联体的未来。
1998年3月至1999年5月俄政府的三次更迭都与金融寡头的幕后操纵有关。别列佐夫斯基在普京当选为总统后还自豪地对外宣称，自己“在宣布普京为叶利钦接班人和总理人选等问题上，发挥了极其重要的作用”。并夸口说：“几乎所有的政治家都有自己的身价，他们差不多都被我收买了。”
同时这些寡头控制的经济部门也越来越多。据别列佐夫斯基估计，包括俄罗斯“七巨头”在内的金融工业集团已控制了俄罗斯经济的近50％。
《环球时报》曾报道，俄罗斯寡头新贵的穷奢极侈，同平民百姓的贫苦形成了巨大反差。例如遭到通辑的俄寡头古辛斯基，经常身着豪服出入巴黎五星级饭店，每餐一掷千金。他的周末是在欧洲的私人别墅里度过的，在西班牙和伦敦的奢华场所经常能看到他的身影。古辛斯基出门必有保镖跟随。他周末打网球时，在网球场巡逻的武装警卫多达15人。古辛斯基公开声称，他雇佣的保安人员达几千人之多。
而另一方面，俄罗斯近两成居民处于赤贫状态。在俄大城市的地下通道里，总能见到骨瘦如柴的老妪，伸着颤抖的手，眼泪汪汪地向行人乞讨。每当傍晚，街头就会出现一些老妪，手中举着几条干鱼、几根香肠或几包油炸马铃薯片，她们从不叫卖，只是默默地呆立着，眼巴巴地望着过往行人，静候问津者。更凄惨的景象是有的老年寡妇，手中居然举着年轻时获得的劳动勋章，或是卫国战争中牺牲的亡夫的衣服，期待着能换回点食品。这种鲜明的对照，令有良心的俄罗斯人都感到痛心疾首。
面对这种情况普京发誓要“让人民过上好日子”。他强调说：“我们的优先方向是保护市场，使其免受达官显贵和犯罪分子的非法侵入”，“所有经营主体应该一律平等”，同寡头的关系应“像同小面包房主和修鞋店主一样”，“诚实的工作应该比偷窃得到更大的收益”。普京还坚定地表示，政府惩治金融寡头的行动“今后再也不会回头”！
寡头们原以为“普京之所以说要摆脱寡头，是因为他必须这样对选民说……但要摆脱寡头是不可能的”。的确，前俄总理普里马科夫也曾努力打击金融寡头，结果却被叶利钦和金融寡头搞下了台。普京被认为是“忠于叶利钦的人”，何况金融寡头还大撒金钱支持过他竞选。
但寡头们这次却失算了，普京就算原来曾经忠于过叶利钦，但看到改革失败给俄罗斯造成的灾难后，他也未必愿意违背自己的良心，继续推行叶利钦已经失败的政策。据报道，叶利钦曾向报刊发表评论，公开为金融寡头进行辩护，指责普京打击惩治他们的行动。但是，据一项社会舆论调查，大多数民众认为叶利钦过大于功，被评为“最差的、最黑心的”领导人之一。普京显然不愿意继续追随叶利钦，为了维护少数金融寡头的利益，重蹈其身败名裂的覆辙。
因此普京上任后采取了完全的另一种态度：与寡头们划清界限。那个克里姆林宫以前的常客别列佐夫斯基，因此感觉到了从没有过的失落。他虽然是国家杜马的代表，但在议会里没有自己的党