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仅过一天，形势突变。11月11日，彭德怀为军委起草致陈赓、张宗逊等电报，称敌有乘虚袭我延安极大可能，望陈张两纵队速向延安前进。毛泽东于12日亦致电贺龙、李井泉，告之蒋军从晋南共调七个旅位于中部、宜川准备两路进攻延安；宁夏青海马军亦正在急调中。指示应令独四旅和三五九旅速开吕梁备战。14日毛泽东为军委起草致陈赓、张宗逊电，称：敌主力似集中宜川以便突袭延安，你们两部飞速开进。并望每日行程电告。
11月18日，整三十六师一六五旅四九四团在富县南之烛子沟和陕甘宁边区部队发生接触战，被击退。这本来也许是双方进一步战斗的开始，但11月20日，陈谢纵队渡过汾河进入吕梁地区，随即与王震等部发动吕梁战役（又称晋西南战役）。胡宗南因侧背受巨大威胁，不得不令已入陕之整一师、九十师东返，汇合驻临汾、吉县之第三十师六十七旅、整二十七师四十七旅共六个旅，分路向蒲县、大宁反扑，企图稳定晋西南局面。
这时中央军委还是基本按照原计划行事，准备让陈谢纵队入陕，但要求杨苏纵队开太岳执行陈纵队原任务，保障陕北向太行、太岳之通路，并归刘邓薄王指挥补给。23日，彭德怀代军委起草给陈赓的复电，同意其在清水关、永和关两处渡河。
随即，一方面由于张宗逊纵队已由临县碛口西渡黄河进入陕北，另一方面亦可能认识到陈谢纵队在外线配合牵制更为有利，因此对该部的调动作了调整。24日彭德怀起草的军委电报认为：胡（宗南）顽进攻延安，准备尚未完成，如其发现我主力西移，可能改变其预定计划。该电允许陈赓以一部攻取隰县、大宁，延迟两三天渡河。同日，毛泽东又致电陈赓谢富治，根据所得情报，进一步调整方案为以陈赓等部并指挥独四旅先于数日内攻占隰县、蒲县、乡宁、吉县、大宁等五县，然后准备在蒲县、乡宁地区歼灭由禹门口渡黄河东返之整一师。在同日的另一电中，毛泽东通告陈谢，张宗逊纵队已经到达延安附近集结休整，新四旅、警七团、教导旅均已构筑强固工事，足以抗敌十至十五天。25日彭德怀代军委起草给陈、谢的电报，要求其夺取隰县，再夺蒲、吉、乡等城，并将原渡河的命令改变为“待命西开”。
陈赓所部的行动，不但打乱了胡宗南的计划，而且获得相当的补给。二十四旅打开大宁后，得到五万担粮食。这进一步使中央在作战与供给的问题上更加倾向于以陈赓部在吕梁地区继续作战。11月27日，毛泽东复电陈谢，同意其26日20时关于吕梁地区作战的部署，要求“有步骤地解决吕梁各县之敌”。
这样一来，原定杨苏纵队的任务就必须重新调整了。12月1日，毛泽东给刘邓的电报中称“杨苏纵队仍决南调”，但“待其过正太路后拟令其开太行休整两个月”，“该纵尔后即归你们指挥”。12月7日，彭德怀起草的军委致聂荣臻等的电报，正式命令杨苏纵队南调至上党区归还刘邓建制。
此后，对陈谢纵队的使用基本上确定下来。12月2日，毛泽东给陈谢的电报称：隰县、蒲县占领，粮食又多，于我极有利。要其考虑寻歼分散之敌，相机占领吉乡两县。12月4日，彭德怀起草之致陈谢电，明确：今冬仍在内线各个歼灭敌人；反攻与出击时机，须看消灭敌人的情况才能具体决定。陈赓同志暂不宜来延安。
张宗逊纵队的到达，使延安增加了两个主力旅。12月5日，毛泽东、朱德、刘少奇等检阅了第一纵队并讲了话。当时，第一纵队是刚经过了晋绥一系列的战斗，补充的战士大部分是刚刚俘虏的国民党军，纵队干部中有人提出受阅是否会发生问题，建议将战士手里的子弹全部收起来。纵队经过研究，最后还是决定子弹一颗不收，相信这些战士的思想进步，相信我军政治工作的力量。
由于张宗逊、王震所部均西调，陕甘宁和晋绥这两个解放区如何配合作战的问题，已经亟待解决。彭德怀、习仲勋12月11日从延安动身前往晋西北，15日到达山西离石西之高家沟。16日，彭德怀在高家沟主持召开陕甘宁和晋绥两区高干会议。出席者有贺龙、习仲勋、陈赓、李井泉、王震、罗贵波等。会议只开了一天，主要议题是讨论和决定如何发展和坚持吕梁，吸引胡宗南部于黄河东岸，以巩固太行、保卫陕甘宁。会议商定，在吕梁区作战的太岳四纵、二十四旅、晋绥吕梁独四旅、三五九旅，统归陈赓、王震、谢富治指挥，粮食、武器、弹药、服装分别由晋绥、陕甘宁供应。这样，吕梁成为一个相对独立的战区，因而后来规定四纵建制上仍属刘邓集团，但军事指挥暂直属军委。
胡宗南部对晋南的进攻，采取集中兵力的战法，12月25日彭德怀起草的致陈赓、王震的电报指出：罗（列）、严（明）两师西进，兵力集中且强大，难各个击破。要求陈赓等以小部牵制、阻滞胡军，主力转至吉县以北。这样，至1947年1月，胡宗南部基本达到目的。于是，胡宗南将整一军调回运城附近休整，并保持机动。晋南防务，则由整三十师接替守备。
46年12月31日起，胡宗南部开始向关中地区进行试探性进攻。胡军四十八旅、十二旅、一三五旅及两个保安团分别占领武王山、杨家店、长舌头、湫头、西坡店等地。陕甘宁晋绥联防军在司令员王世泰、参谋长张文舟指挥下，以警三旅七团和新四旅南下，反击进犯之敌。1月17日夜，警三旅七团攻占旬邑以东5公里之崔家河寨子，歼敌保安大队1个中队大部，26日攻占梁庄、宁家，歼敌陕西省保安三团2个中队一部。与此同时，警一旅三团亦攻占旬邑县城，歼敌一部，后与友邻新四旅分三路向宁家至金池之敌碉堡线发动攻击，28日攻占黄甫、金池、龙高各据点，突破封锁线35公里。
此时，胡军急令淳化之一二三旅三六八团和重占旬邑之四十八旅一四三团从南、北向共军反击，企图夺回梁庄，恢复封锁线。30日晚，胡军之三六八团由副团长率团部及两个营进抵通润镇，一四三团进至金池、龙高一线。
王世泰等决心集中警三旅七团、新四旅七七一团、警一旅三团，诱敌三六八团至梁庄地区歼灭之。故此，以警七团担任正面阻击，节节抗击至梁庄外围；七七一团隐蔽于梁庄南侧之高家地区，待敌进至梁庄后从侧后攻击；警一旅三团（欠一营）位于刘家堡地区，从左侧突击；该团一营配属七七一团，于泾河北岸之河流、周家地区担任警戒，并作为七七一团预备队。
31日7时，胡军发起攻击。一四三团被新四旅十六团阻于黄甫、腰里地区；三六八团兵分两路，向宁家、于家攻击。但该团畏歼进展缓慢，一整天才进至于家，天黑又缩回通润镇。2月1日7时，该敌又自通润镇出动攻击，8时30分占领宁家、于家。警七团退至梁庄坚决抗击。该敌继续向梁庄攻击，并一度突破警七团阵地。此时，新四旅七七一团分三路向敌侧后出击，警七团亦乘势发动反击，将敌压缩于梁庄村外。经半小时战斗，将敌三六八团团部及两个营939人全歼。
为扩大战果，警七团继续攻击方里镇守敌陕西省保安四团二大队，攻城未克。但守敌因失去外围碉堡依托，且援敌被阻，不得已放弃该城东逃，被堵击的警一旅二团全歼于方里镇以南地区。
这一系列战斗，共计歼敌1600余人，迫使胡军退出武王山、杨家店等地，滞止了胡军之进攻。
这些战斗，打得不错，但也反映出一些问题。比如警一旅攻打旬邑的战斗，本来已经打进城消灭了守军陕西省保安二团一个大队100余人，残敌退守北山据点顽抗。王世泰对警一旅参谋长刘懋功说：“北山不好打，你去给张占云（警一旅三团团长）说，攻北山要相机行事”，刘虽然觉得北山是制高点，不拿下对旬邑是威胁，但因为是联防军首长的指示，旅长高锦纯在旁边也没有表态，只好去向张占云传达了该指示。张占云一听“相机”，思想上犹豫了，结果敌援军到后，旬邑丢失。本来有把握的胜仗没打好，调去攻北山的炮兵都没用上。战后，新四旅意见很大，向上反映。结果给了刘懋功一个处分，把警三团团长张占云给撤了职，团政委陈克功也被调走，由葛海洲接任警三团团长。
歼灭胡军三六八团的战斗中所俘虏的胡军一个副营长，还很不服气，被俘后声称：“有种的咱们摆开战场干，搞偷袭、伏击算什么！”这一方面反映了国民党军对我军的战略战术无知，另一方面也反映出战争初期国民党军的骄横态度。
1月底，陕北组织野战集团军。1月31日，毛泽东致电贺龙、李井泉：“边区各旅及一纵队组织一野战集团，以张宗逊、王世泰为正副司令，习仲勋、廖汉生为正副政委，二月底完成一切战斗准备。”
2月9日，胡宗南在三原召开军事会议，计划夺取延安，“摧毁共军首脑机关，两个月内解决陕甘宁地区，六个月内消灭整个共军”。
国军第一步的计划是夺取位于陕甘宁边区南面突出的“囊形地带”。这个“囊形地带”，系陕甘宁边区的关中分区，从宜君向南折经同官（今铜川）、耀县，向西经淳化再向北折经旬邑至甘肃的正宁，以马栏为中心，宜君、正宁为袋口。该囊形地带不但是陕甘宁边区进出物资，打破国民党经济封锁的捷径，而且西北共军可由此进出封锁线南端，对关中、陇东两大地区的各个城镇以及陇海铁路西段、陕甘公路交通线均形成重大威胁。而国民党军的封锁线也因为这个“囊形地带”而增加了300里，牵制了其守备兵力，所以颇感头痛。以前因政治上的原因，不敢贸然动手。如今既然决定进攻延安，政治上的障碍已不存在。而军事上来说，为便于从陇东、关中和晋南向宜川、洛川一带安全集结军队，消除进攻延安大军左侧背的威胁和保证后方补给线的安全，也非首先夺取该地区不可。
胡宗南指定整编二十九军担任夺取“囊形地带”的任务。在三原作战会议上，由二十九军参谋长文于一报告了二十九军的计划，以整编第二十四旅和整编四十八旅分别从宜君西北以及正宁东南，插入“囊形地带”北端，以封闭袋口，以一部占领要点，堵截南下救援和包围圈内北撤的共军；以主力控置于马栏以北，准备截击共军。二十九军主力则同时从东、南、西三面迅速推进，包围囊内共军，军预备队控置于宜君附近。
但该计划遭到西安绥署副参谋长薛敏泉的反对。薛认为此次作战目的是迅速夺取“囊形地带”，所以不同意封闭袋口，主张仅从东、西、南三面进攻。
文、薛两人争执不下，整三十六师师长钟松起来发言，亦坚决主张采取军部的计划。胡宗南看到在场将领大有继钟松之后一个个起来坚持军部方案的苗头，急忙宣布“不必再争论了，决定按薛副参谋长提出的绥署意见执行，一切责任由我负。军预备队控置于三原附近。决定14日拂晓开始攻击。所有参加作战的将领，统归刘军长指挥”。之后，也不再征求刘戡的意见（会前向胡宗南呈核方案时，刘戡也认为军部的方案比较妥当），就宣布散会。
胡宗南采取薛敏泉方案的用意是部队不受重大损失就可以夺取延安，并将解放军赶过黄河，就算是结束了陕北的战事，可以向蒋介石报功了。
2月17日，胡宗南的部队开始向关中“囊形地带”发起进攻。以东线之一六五旅占领关门子，二十四旅进至杨家店；南线之一二三旅侵占柳林、庙湾；十二旅进至蒋家山地区；五十五旅占领爷台山；四十八旅一四三团抵达清水塬，该旅副旅长陈清率一四二团由西线进至五顷塬子，准备占领雕翎关后，截断关中地区共军后方的唯一道路石底子，与一六五旅一起封闭合围口。
因关中地区狭窄，回旋余地小，易遭合围。所以王世泰等决定主力部队和党政机关转移跳出合围圈，以保存实力。故此，以新四旅先行转移至石底子以北，阻击东线之敌；警一旅三团一、三营抵转角（马栏东北30公里），阻击杨家店之敌；警三旅七团一、三营配合警一旅一团阻击杨坡头之敌，二营占领雕翎关阻击敌四十八旅一四二团，掩护关中地区党政机关转移。
2月17日5时，警三旅七团二营先敌到达雕翎关，和整四十八旅一四二团发生战斗，在新四旅十六团两个连的增援下，与敌激战一天，毙伤其200余人，完成了阻击任务，随后转移至石底子以北地区。
18日10时，敌达成合围，但关中地区主力和党政机关已经安全转移，只有警一旅三团被包围在刘家店以北地区，当晚该团绕到敌后湫头也安全突围了。第一回合的较量，双方没有真面目的接触，在胡宗南看来，达到了其预期的目的，但并未抓住任何一部分共军。
2月10日，中央军委命令：以第一纵队（辖三五八旅、独立第一旅）和教导旅、新编第四旅、警备第一旅、警备第三旅组成陕甘宁边区野战集团军，张宗逊为司令员，习仲勋为政治委员，王世泰为副司令员，廖汉生为副政治委员，阎揆要为参谋长，徐立清为政治部主任，冼恒汉为副政治委员。
一纵此前（8日）也已经由延安出发，11日到达鄜县以西黑水寺、直罗镇地区集结。
胡宗南部20日占据关中地区首府马栏之后，其进攻边区的意图已经暴露。军事上如何应付，成为中共军委高层考虑的重点。
2月24日，彭德怀为军委起草了关于反击胡宗南部进攻边区的部署电，该电中详细通报了敌情，指出敌军用于进攻者一共十二个旅，除一六五旅、四十八旅三团制余均为两团，共计二十六个团。彭德怀判断其进攻延安时，守备、警戒、维持交通的兵力至少要十一个团，所以“实际上进攻延安兵力不超过十五团”，且“指挥差，兵力疲劳，士气不振”，因而“我可击破敌之进攻，保卫延安”。