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班超对疏勒王忠的叛变迅速作出反应。
凭借他在疏勒十年所建立的威望，多数人仍然忠于汉室，班超迅速改组疏勒的政府，立疏勒贵族成大为新的疏勒王，然后放弃对莎车的进攻，转而进攻疏勒叛军的据点乌即城。
围攻乌即城的战役持续了半年之久，仍然无法破城，因为攻城的兵力太少了，形势对班超很不利，北面要防龟兹及其喽啰国的入侵，南面要防莎车国的反扑。更严重的问题是，康居国也卷了进来。康居国曾在建初三年（78年）协助班超对姑墨发动的石城战役，然而国与国之间，没有永远的朋友。疏勒王忠多次派人前往康居国，请求康居国出兵援助，康居王也察觉到班超的处境很不妙，权衡利弊之下，决定支持疏勒王忠的叛乱。
康居的军队翻山越岭，向疏勒叛军的据点乌即城挺进。
一旦康居军队抵达，班超势必要放弃对乌即城的包围，如此一来，将变得非常的被动，甚至有可能在叛军与康居军的反扑下，被迫撤出疏勒。
必须要想办法让康居军队撤军，这只能走外交途径了。
当时中亚一带，势力最强的当属大月氏国。
东汉时代的大月氏，还有另一个叫法，就是贵霜帝国。月氏自从被匈奴灭国后西迁中亚（事见张骞出使西域），其国家本有五大部落，一百多年后，贵霜部落最后吞并其余四个部落，更改国名为“贵霜”，当时在大汉帝国仍然沿用旧称“月氏”。贵霜帝国开始强盛，开疆拓土，向西攻打安息国（帕提亚帝国），占领伊朗高原东部，向东击灭罽宾（克什米尔一带），然后又南下击破天竺（印度），迫使天竺臣服，此时的月氏国，据有阿富汗、克什米尔、印度西北部、巴基斯坦一部、塔吉克斯坦、乌兹别克斯坦一部、土库曼斯坦以及伊朗东部，当之无愧是中亚与南亚的霸主。
自从张骞出使月氏以来，月氏与汉帝国距离遥远，井水不犯河水，月氏无意得罪东方强大的汉帝国。康居国位于月氏国的北部，当时月氏与康居刚刚和亲，两国关系正处于蜜月期。
班超从月氏国下手，财可通神，他秘密派人给月氏国王送去锦帛财物，同时请求月氏国王向康居国要求撤回援助疏勒叛军的军队。
月氏国王一来也不想与汉帝国为敌，二来得人钱财，便派人前往康居国，告诉康居国王，没事跟汉帝国结怨，不是自讨苦吃么？忘了当年陈汤如何万里远征康居，击杀郅支单于么？康居国王听罢冒了一身冷汗，赶紧急令增援乌即城的军队停止行军，然后派人与班超谈判。谈判的结果，疏勒王忠在康居军队的护送下，到康居国避难，乌即城全体守军向班超投降。
疏勒的叛变差点毁掉班超在西域奋斗的成果。如果不是班超以灵活的外交化解了这次危机，那么有可能陷入四面楚歌的困境。这次危机的解决，充分展现了班超在解决复杂国际问题中的智慧与手段。
尽管这次危机解决了，班超也意识到西域中叛变的暗流涌动，究其原因，是匈奴人在西域的影响力仍然不容小视，北道诸国唯龟兹马首是瞻，而龟兹是坚决站在匈奴人一边，而南道诸国对匈奴、龟兹心怀恐惧，叛变随时可能发生；另一方面，在汉帝国的高层，对经营西域的意义仍然低估，只把经营西域限定为有限战争，并不投入重兵，所以西域的得失，更多是凭借班超的个人的能力，所幸的是，班超正是最佳人选。
班超平乌即城之后，整个外部形势对班超开始有利了。首先是北匈奴在内忧外患之下，不得不与汉帝国和解，互通商贸，其次是北匈奴开始出现大量的叛逃事件，逃到汉帝国的人数越来越多。北匈奴的衰弱，使得龟兹国等北道诸国不敢贸然对班超所在的疏勒国发动进攻，而班超鉴于疏勒国内部的不稳定因素很多，也没有腾出手来解决南部莎车国的叛变，此后几年时间，西域形势相对平稳。
然而前疏勒王忠并不甘心失败。他逃到康居国之后，仍然幻想着杀回疏勒，夺回国王宝座，但是他现在已经成为一名光杆司令，他极力游说康居国王，并最终向康居国借到了一支军队。元和三年（86年），前疏勒王忠率领借来的康居军队，驻扎在损中，并秘密使人前往龟兹国，密谋与龟兹国联手夺回疏勒。他的如意算盘是，先向班超诈降，争夺班超的信任，然后与龟兹军队内应外合，占领疏勒。
前疏勒王忠诈，可是班超比他更诈！班超有自己的报情网，提早获悉了忠的阴谋，于是他将计就计，假意允许忠的投降。忠大喜，便率少数人马进入槃橐城，而将大部队留在城外埋伏。班超故装不知情状，大摆酒宴，女乐歌舞，觥筹交错，把忠灌得醉熏熏的。班超见时机已到，当即一记暗号，一群武士冲了进来，把忠等人全部擒下，忠一吓之下，酒意全无，忙对班超说：“你这是什么意思？”
班超冷笑道：“你这个恩将仇报的家伙，前番叛变，本长史既往不咎，而你居然领康居兵，暗地里与龟兹互相往来，还暗设伏兵，本长史可有说错？”忠默然无语，班超喝令推出斩首。然后班超率军突袭忠所带来的康居军队，康居军队被杀个措手不及，被击毙七百余人，其余人逃回康居国内。
第二年（87年），外部形势对班超更为有利，这一年，鲜卑军队入侵北匈奴，北匈奴惨败，优留单于被斩杀。北匈奴的惨败，对归附北匈奴的西域国家是一个莫大的震动，这些国家包括龟兹、焉耆、姑墨、温宿、尉头、莎车等。
班超敏锐地发现，收拾莎车的机会到了。
章和元年（87年），班超调集于阗、疏勒等国的军队，共计二万五千人，开始进攻莎车国。这是班超到西域后所发动最大规模的一次进攻。莎车国的位置正好在于阗与疏勒之间，这根钉子不拔除，则南道不能畅通。
莎车国紧急向龟兹国求援。
在班超的指挥下，联军对莎车王城发动强大的攻势，莎车人坚守城池，坐等龟兹援军的到来。此时，龟兹国王自己率龟兹军队，派遣左将军率温宿、姑墨、尉头三国联军，共计五万人，昼夜兼程，开赴莎车国。龟兹等国的援军总兵力为班超的两倍，来势汹汹，而于阗、疏勒等国的军队，向来对龟兹军队怀有恐惧之心，怎么办？
班超召集将校与于阗王开会，共同商讨作战计划，多数将领都认为应当放弃对莎车的进攻，军队返回国内休整。但是班超夺取莎车的意志不变，他在会上提出一个大胆而冒险的作战计划：假装撤退，令莎车人丧失警觉心，然后再杀个回马枪，一举端掉莎车国。
这个计划非常冒险，因为一旦出现差错，内有莎车守军、外有龟兹援军，班超将会陷入极大的被动之中。因此班超周密安排了这个计划的细节。
第二天，联军分两路撤退。班超率军向西疏勒方面撤退，于阗王率军向东于阗方面撤退，临行前，班超制造撤兵混乱的局面，还故意让莎车的俘虏们得知撤退的方向，让一部分俘虏有机会逃跑。这些俘虏将情报汇报给了莎车王，莎车王听罢大喜，想当然地认为班超是得知龟兹等国五万部队前来增援的消息，自知不敌而逃跑的，便派出快马紧急通知正在行军途中的龟兹王。
龟兹王闻讯大喜过望，既然莎车王城已经解围了，他的军队便不急于入城，龟兹王知道班超善于守城，他心中暗暗得意地想：“班超啊班超，这回你可要栽在我手里了，现在你在莎车国内，无城可守，我便在旷地中截击你，看你如此抵挡？”想到这里，他命令温宿王急速率领八千骑兵，赶赴莎车国的东界，务必截住于阗王的退路，自己则亲率一万精兵，急驰莎车国的西界，坐等班超军队返回疏勒。
龟兹王想在野外与班超进行决战，然而这恰恰中了班超的诡计。
班超率军撤出莎车王城后，慢吞吞地行军，并派出侦察兵密切观察敌人援军的动向，当他得知龟兹王中了调虎离山之计后，马上停止行军，派人与于阗王取得联系，约定当天晚上两路军队重新杀回莎车王城。
天将晓，鸡鸣时分，班超的大军连夜行军，杀回莎车王城之下，随即发起总攻。莎车人以为班超的军队早已远遁无踪，说不定正遭龟兹军队截击，哪曾料到这么快便杀了回来。这人啊，一松懈下来，士气很容易就丢失了，莎车兵营内的士兵有的睡眼朦胧，有的还在睡梦中。班超的大军一鼓作气，攻破莎车王城，捣破莎车兵营，莎车军队一片混乱，慌不择路，稀里糊涂便成了刀下之鬼。是役，莎车军队被击毙五千余人，其余部队缴械投降。班超这个冒险的作战计划大获成功，莎车王向班超投降。
还在边界等侯截击的龟兹诸国援军苦等了一天，没有见到班超大军的影子，却传来莎车国已经被攻破的消息。龟兹王大惊失色，莎车一丢，意味着从于阗经莎车到疏勒的通道已经全部被班超所掌控，龟兹王虽然手握五万重兵，但是莎车陷落，五万军队的补给便成大问题了，没有粮食，五万大军很快便会丧失战斗力。龟兹王长叹一口气，下令班师撤退。
莎车战役，是班超在西域指挥的最重要的战役，此役既是智胜，也是险胜，如果班超无法迅速攻破莎车王城，那么结果难以预料。班超在此役中充分利用军事欺骗，调动敌军主力，化被动为主动，在敌人认为最安全的时侯猛烈一击，从而扭转战局，夺得胜利，这堪称是班超军事生涯中的代表作。
从此班超威震西域。
来自北部的龟兹势力被扼制了，但是西部的大月氏国却是巨大的威胁。
月氏国前文已述，即贵霜帝国。此时的月氏国正由强有力的君王所统治（伽迪腓斯二世），雄居中亚。月氏国曾多次协助东汉帝国，自认为有功，请求与东汉政府和亲，迎娶中国的公主。伽迪腓斯二世派遣使者到疏勒，求见班超，但是班超拒绝了月氏王的要求，并且勒令月氏使者返国。
伽迪腓斯二世大怒，准备教训一下班超。永元二年（90年），月氏王派副王谢率领七万人的远征军，进入帕米尔高原的东北，向班超所在的疏勒发动进攻。
疏勒全国震动，班超手中的部队，顶多一万多人，与月氏大军相比差距不小，因此人心惶惶。班超召集全体士兵，对他们说：“你们不必惊慌，月氏军队以七万之众，长途跋涉数千里，翻越葱岭（帕米尔高原），葱岭是天然屏障，难以通行，所以可以判断月氏军队的运输补给肯定不足，七万人的大军，每日要耗费的粮草是惊人的数量，如果他们的后勤补给跟不上，光凭人多有何可惧？我们只要坚壁清野，收谷坚守，不出数十日，月氏军队必陷于饥饿之中，可不攻自破了。”
班超率士兵在月氏大军抵达之前，将城外的粮食全部收割，加固城墙与防御工事。月氏大军抵达后，即对疏勒国的城邑发动猛烈的攻击，班超率军奋勇迎战。在这些年的战争中，班超对守城战经验丰富、很有心得，任凭月氏军队如何的绞尽脑汁，始终无法破城。十余天后，月氏军队的弱点暴露出来了，七万大军的粮食没有着落，月氏军大肆扫荡城外的村庄，但粮食早被班超收进城中，一无所获。
班超估算月氏军队的粮食即将用尽，必定会向龟兹求救，便秘密派遣一支数百人的队伍，埋伏在东部边界的险要之处。果不其然，月氏的统帅谢副王派出一支小分队，携带着金银珠玉，准备赶往龟兹国，打算贿赂龟兹王，以换取龟兹在粮草上的支援。月氏人的行动早在班超的判断之中，小分队刚刚到达疏勒的东界，便遭到致命的伏击，全军覆没，金银珠玉全部被缴获。
谢副王看到被送回来的小分队全体人员的首级，大惊失色，心想这下完蛋了，没有粮食，七万大军如同废人，不要说打仗，就是生存下去就成问题了。月氏军队开始有人因为饥饿而病倒，甚至死亡，无奈之下，谢副王只有与班超谈判这一条路了。他派使者进入疏勒王城，向班超请罪，请求班超放他一马，能让他与他的部下可以活着返回月氏。
班超慷慨地答应了，承诺在月氏军队撤军后，绝不发动攻击。谢副王连连道谢，赶紧带着饥肠漉漉的士兵们，爬山涉水回去了，这一路上，怕少不了有许多尸骨遗弃在荒野了。
力挫中亚最强大的贵霜帝国后，班超更加威名远扬。
【三、西域都护】
公元91年，北匈奴在金微山之役中的惨败，宣告三百年的汉匈战争最终以汉帝国的胜利而告终。正是在这样的背景下，班超终于得以完成经营西域的大业。
北匈奴单于亡命天涯，使西域北道以龟兹为首的国家失去了依靠，无奈之下，龟兹及其喽啰国姑墨、温宿、尉头等国，向班超投降，请求归附汉帝国。鉴于龟兹这些年来一直是班超的死对头，班超威胁龟兹王尤利多退位，改立入侍汉帝国的王子白霸为龟兹王。为防止原龟兹王尤利多东山再起，班超上书政府，将尤利多送往洛阳软禁。
此时西域诸国，还有三个国家未归附汉室，这三个国家是焉耆、危须、尉犁。当年攻击西域都护府，杀死都护陈睦，这三个国家都有份，所以提心吊胆的，怕遭到秋后算账。
从公元73年班超入西域，到现在整整十八年，除了汉政府两次增援的约二千人的部队外，班超可以凭借的就是疏勒与于阗的军队，总计约三、四万人。这十八年的奋斗是艰苦卓绝，班超以疏勒为基地，遭遇到种种困境，在北方战线与龟兹为首的北道势力对抗十余年，顶住龟兹势力向南的扩张；在南方战线有莎车国的叛变；在西方战线挫败了月氏七万大军的进攻；在疏勒内部平定了两次叛乱。
班超是孤胆英雄，但英雄的伟业背后，乃是凭靠强大的汉帝国的实力。伟大的国家为伟大的英雄提供了大展身手的舞台，而伟大的英雄又为国家创造伟大的事业。
龟兹等国投降之后，西域初定，班超坐镇龟兹，徐干坐镇疏勒，东汉政府决定重新设立西域都护府，班超当之无愧地成为西域都护，与班超并肩战斗的徐干擢升为西域长史。
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