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袁世凯自得交部从优议叙，于五月初九日奉旨：
工部右侍郎兼管钱法堂事务，着袁世凯补授。钦此。
时光绪帝忧闷成疾，不亲朝政。袁之迁升，皆西太后之旨意斯时也即康有为在新加坡倡言西太后监皇上于瀛台，享以玻璃粉者也。。
袁得补侍郎，即具折谢恩云：
奏为叩谢大恩，恭折仰祈慈鉴事：窃臣伏读邸钞，（中略）白天闻命，伏地增惭，当即恭设香案，望阙叩头谢恩讫。伏念臣一介庸愚，毫无知识，昔奉使于海外，叨拜监司；继典兵于畿南，谬陈臬事。愧乏涓埃之报，叠邀高厚之恩。超迁远过乎寻常，班列遽跻诸卿贰。实形尘忝，时切冰兢。兹复渥荷温纶，真除水部，职考工而六官幸附，稽阙法而九府兼司。自顾辁材，膺斯宠遇，鹈濡益忧其不称，鳌戴弥觉其难胜。惟有趋叩宫门，跪聆慈训，瞻天仰圣，稍纾依恋于九重；竭力殚心，冀答生成于万一。所有微臣感激下忱，谨缮折具奏，叩谢天恩，伏乞皇太后圣鉴。
按：时人见袁之谢恩疏，谓其目无皇上。不知袁仍有谢光绪帝一疏。兹并录于左：
奏为叩谢天恩，恭折仰祈圣鉴事：（中略）伏念臣中州下士，才识凡庸。浙水分巡，愧无坠露轻尘之报；畿疆陈臬，常懔素餐赤芾之讥。未建寸功，谬膺内转。一心兢业，五夜惭惶。兹复钦奉温纶，祗承特简，率百工而兴作，忝职司空，台六府以交修，兼综圜法。凡此宠荣之叠被，惧怍捣昧所能胜。臣惟有趋诣阙廷，叩求训诲，仰聆天语，冀稍宽陨越之愆；俯励冰心，当奋勖从公之志。所有徼臣感激下忱，谨缮折具陈，叩谢天恩，伏乞皇上圣鉴。
第四节巡抚山东
西太后此次临朝，内倚李莲英，外任荣禄。李、荣两人皆与袁有密切关系。故袁慈眷极隆，其权亦日渐澎涨。是年冬山东拳匪倡乱，巡抚毓贤被御史弹劾，荣禄遂保袁世凯办事悉合机宜，才堪大用，得署理山东巡抚。奉旨曰：
毓贤着来京陛见。山东巡抚著袁世凯署理，即行来京请训。钦此。
溯袁世凯自戊戌秋至此，仅期年耳，由臬司开府畿疆，可谓不次之迁，而在袁犹有未洽意者。袁世凯练新兵煞费苦心，一旦移交他人，势必变更，使数载经营尽归乌有。西太后与荣禄亦虑及此，故著袁来京请训，时于新建陆军并未派人接统，俟与袁面商。袁召见时，西太后问新建陆军归何人统率合宜？袁对以数年来如何训兵，如何练将，如何选械，皆中国从来所未有，虽不敢称劲旅，但所有军队，均可与东西各国相比较。近常有外国兵官到臣营看操，亦皆啧啧称赞。惟旧日统兵大员，多不以臣之训练为然，接统之人，臣实不敢妄拟。臣之部下虽有一二精通兵学之员，亦皆望浅资轻，难胜巨任。盖将不得人，有用之兵皆为无用，臣数年心血固无足重轻，但数百万国帑似宜珍惜。袁奏对后即往谒荣禄，谓山东土匪猖獗，又加以义和拳邪术惑民，势诚可虑。本省防营皆老弱不堪，如准将新建陆军带往山东，既可剿灭土匪，又可随时训练，实一举而两善备焉。否则世凯实不忍舍此数年训练之师，坐令废弛也。愿仍司练兵事，并详言历年训练之苦衷与新军之大可恃，中堂若见世凯所著之兵书，便得其详细矣。荣遂转奏西太后，于是遂准袁带队赴任，以资训练。是袁既任疆寄，复绾兵符，盖以一身而兼两任矣。
袁世凯奉命后，遂由小站拔队直赴山东巡抚新任，舳舻千里，顺流而东。
“今请先述其任东抚时之秘史，彼署理山东巡抚之日，正鲁省义和团滋蔓之时。先是前抚毓贤夙仇视外人，遇有交涉案件发生，不问事理曲直一意持强硬态度，袒民而抑外族。语云：‘上有所好，下必有甚焉者’。鲁省民风强悍，而无意识之徒十居八九，久之遂演成排外之举动。初，山东堂邑本有八卦教，旧名曰：‘义和会’，素精拳术，其派分二系，曰坎字拳，曰乾字拳，盖为林清与离卦教之余孽。教中无分老幼尊卑，悉以师弟、师兄称之。彼自谓熟练一种柔术，凡枪炮、刀戟皆所弗惧，以故四方无赖子弟，失业游民，悉归附之，于是声势益大，当李秉衡抚鲁时，震惊其名，曾招其党从。入署见两党魁各手持红灯一，叩之故，彼自言此红灯为教主二目，光线所及，枪炮弗能举火。李信之，厚赉有加。及毓贤莅任，循萧规曹随成例，与义和团深相纳，其宠遇尤过李也。适义和团戕杀临清教堂神父一案，毓贤为御史弹劾罢官。世凯趁间请于荣禄，保荐接任其事。西后以世凯破坏康梁阴谋曾有功于己也，乃许之。世凯又请挈小站训练新军俱住，后可其请，遂于光绪二十五年十一月二十四日将兵而抵济南。”（《袁世凯轶事》）
当袁告荣禄表其练兵方略，有兵书一语，茉奏西太后极言袁训练之精，皆取法西洋，非他人所能及，其所著兵书甚详。又格外说得热闹，西太后闻之，亦甚好听，遂诏命袁世凯进呈兵书。
论袁世凯之训练，不过初具规模，其所著之《练兵要则》，于兵事上各种方略亦不过得其大概。虽然当中国军事幼稚时代，创始改良谈何容易？能得其大要，微袁世凯尚无其选。苟能从此研究，是亦未可限量。袁世凯之《练兵要则》，成于光绪二十五年，迄今将近十年，使当时上下一心，力求进步，不难与世界各国齐驱并驾。惜哉清国人凡事皆浅尝辄止，亦不仅军事一端也。以向无学术之袁世凯，竟能立说著书，发明军事，虽不尽亲手制造，然主动者袁也。考中国发明科学，编辑成书发行问世，在迩时除侯官严几道译英文著述外，当推袁世凯为首屈。严几道系本成说翻译，袁世凯犹独标新意，虽其说不甚精究，要为中国军事改良进步之起点，袁世凯亦居然清国之著述家也。
考中国军队改用枪炮，嚆矢于李鸿章之长胜军。然能道枪炮之源流，应用之利害，本本源源见于著作者，则仅见于袁世凯之《练兵要则》。若尔则袁世凯者，又为清国发明军学家也。
袁世凯奉诏后，即具疏呈进兵书，录其原折于下：
奏为遵旨进呈练兵图册，恭折仰祈圣鉴事：窃臣在德州途次，承准军机大臣字寄，某日奉上谕，着将该军平日训练情形详悉陈奏，并将各种操法绘图贴说，进呈备览。将此谕令知之。钦此。遵旨寄信前来等因，承准此。仰见我皇太后皇上轸念时艰，精求武备，并蒙指授方略，训诲周详。跪诵之余，莫名钦佩。伏念臣一介书生，不谙军旅，缺乏兼人之众，并无殊众之才，前由督办军务处王大臣联名疏举，以臣知兵。钦奉谕旨，饬以仿照洋操，严加训练。受命以来，夙夜竞惕，深惧上负恩遇，下玷戎行，勉策驽庸，力图报称。窃以为治兵之道，纪律为先，而技艺亦在所当重。纪律存乎训诫，技艺资乎练习。臣抵军之始，即与将士申明约束，务期痛除积习，恪守背规。将则训以忠勇廉洁之大闲，兵则训以恭顺勤奋之要义，使皆知奉法循理，以端其志而正其趋。至于技艺则由浅入深，循序递进，始练以步伐身手各法，次练以布阵变化诸方，再练以行军、驻扎、攻守、调度之道，此则步炮马工各队之所同也。若夫步队以起伏分合为主，炮队以攻坚挫锐为期，马队以出奇驰骤为能，工程队以尽地利备军资为事，则又在乎各致其精。臣训练三年，懔遵圣谕，实事求是。并承王大臣遇事指示，又赖诸将士勖勉从公，现在悉心体察，觉技艺日渐娴熟，尚不至相形而见绌，纪律成知遵守，当可望相与以有成。惟是各国讲武已久，将弁之学术阅历似较我为优。而中土民气最驯，士卒之奉公耐劳亦非彼所及。但使就我之众，练我之兵，实按战阵之规，作平时操练之式，即以操练之法，备异日战阵之需，自然劲旅能成，缓急足恃。臣殚竭心力，与诸将士孜孜讲习者，要不外本战法以为操法，庶使兵皆归于实用，冀可仰副圣朝经武整军之至意。但臣学术囿于粗疏，智识限于浅陋，日夜经营，稍具规模，而区区报效之心实不止此，谨将臣军平日训练各条详细汇辑。语不雅驯，惟期核实。并督选兵学素优之同知段祺瑞、直隶州知州冯国璋、守备王世珍等，将各项操法绘图立说，计共造成清册十二本，阵图一本，图说清单一件，一并恭呈御览。所有遵旨进呈练兵图册缘由，理合恭折复奏，伏乞皇太后皇上圣鉴。
袁世凯既进呈后，遂将所著兵书名曰《练兵要则》，发行问世。
袁之抚山东也，其所办之事，当分寻常、重要以说明之。寻常事如河工吏治，概言之则“剔除积弊，实事求是”，足以当之。为此言者，固疆臣应尽之职务，纪之似无意趣。且此八字恒见于中国公牍，实行甚难，敷衍则易，大都有名无实，直中国官场之口头禅耳。然以此概袁寻常之办事可也，以其尚能实践，非若中国官场人，仅托此八字虚名以欺人耳。
第五节义和拳之乱与中外战衅之起
重要事则办拳匪，对外交两端最为卓著。及袁后任直督，为外人所钦佩，鼎鼎大名亦赖此两事。要而论之，拳匪者，不过国民蠢动耳。外交者，清政府已许德意志胶济间建筑铁路权，不过人民惑于迷信，从而阻挠。总此两事均由民智闭塞，始有此无意识之举。有地方教民之责者，但能解散之，开导之，即无难了，结矣。若在开化之邦，本属平淡已极，特较之中国督抚，以钻营为能，以粉饰为工，以颂祷太平为事者，而袁独能防大患于未萌，息风潮于既起，洵庸中矫矫，铁中铮铮者耳。
义和拳本无知恩民，惑于邪说。当时巡抚毓贤不独不知禁止，并提倡之，放纵之，风靡一时而整延全境。一经袁世凯以训练之师数十营，分屯各州县，匪众自望风而息影矣。盖袁自光绪已亥冬到任，至次年庚子春即报拳匪肃清。二月十四日即奉清廷谕旨云：“上谕贵州巡抚著邓华熙调补。毓贤着调补山西巡抚。山东巡抚著袁世凯补授。钦此。”
阻修胶济铁路，绅宦士庶，悉力为敌。袁用两种手段，对绅宦则开诚布公，告以利害；对民则挟之以成。时有莠民欲藉端生事，袁悬千金赏，擒为首者处以法。其事遂寝，德人甚感之。义和拳及土匪经袁剿办后，本境不能存身，遂流窜直隶。直隶地方官始亦严加禁止。庚子四月间，曾见直督裕禄出示云“义和拳，是邪教，尔屠民，当知晓，子弟犯，责父兄”。观此亦似知义和拳之本末。
“裕禄，字寿山，喜塔腊氏，满洲正白旗人，湖北巡抚崇纶子。以刑部笔帖式历官郎中。出为热河兵备道，累迁安徽布政使。光绪二十四年，召为军机大臣、礼部尚书兼总理各国事务衙门。会徵荣禄入枢廷，遂代之督直隶。义和拳起山东，入直境。初，义和会源出八卦教乾坎二系，聚党直、鲁间，为临清郜生文余孽，后称团，专仇教。裕禄初颇持正论，主剿，捕其酋姚洛奇置之法。逾岁，开州传举烽，言匪复至，擒渠率斩以徇。居无何，毓贤抚山东，纵匪，匪散入河间、深、冀，而裕禄承风指，忽主抚。袁世凯方将武卫军，语裕禄：‘盍不请严旨捕治？’裕禄曰：‘拳民无他伎，缓则自消，激则生变。且此委璅事，何烦渎天听邪？’已而毓贤去，世凯代之，自兴兵疾击，以故匪不敢近山东，而纷纷入畿疆矣。”（《清史稿》卷四六五）
其后董福祥助之，端郡王深信其术，刚毅随声附和，而清廷当道诸人多为迷惑，信为神拳，遂大起排外主义。溯义和拳倡乱原因，系由民教相仇。
民教所以相仇，由地方官遇民教讼事不敢凭公判断，是非颠倒。群情汹汹，卒致民怨沸腾。而义和拳起，托名助清灭洋为宗旨，鱼书篝火，煽惑蚩蚩群起揭竿，云集响应，其势遂不可向迩矣。
端郡王所以利用义和拳者，又由皇位之继统问题而起。盖清之同治帝崩无嗣，按诸统系，应立咸丰帝之弟醇亲王子端郡王。西太后以醇亲王之妃是其亲妹，有手足关系，遂立光绪帝，端郡王衔恨已久。至是虽立端王之子溥隽为光绪帝皇太子，兼祧同治帝，而不使之摄政。适端王代庆王之位，当政府之要，遂思利用义和拳与董福祥以扶植其势力，事成则夺回皇位。故端王在西太后前，极称董福祥直今之黄天霸也事后美国报纸论清廷握大政之满洲人以及王公大臣，其平日本领，不过豢养二三瞽者，讲演几部无稽小说，在其胸中脑中耳。语虽太苛，以之赠端郡王与刚毅，亦确论也。。义和拳之事迹，详见于中国各种著述，兹不赘叙。择录当时清廷之敕旨数则，及直督裕禄保义和拳之奏疏，以明当时之形势，兼证袁世凯所处之地位诚不易也。
谕旨一：
裕禄奏，洋人启衅，猝起兵端，连日接仗获胜一折，览奏实深喜慰。我华与各国和好有年，乃因民教相仇之故，竟至决裂，恃其坚甲利兵，攻我大沽口炮台，又由紫竹林分路出战。经裕禄四处分应，经我义民竭力相助，以血肉之躯与枪炮相薄。二十一、二十二、二十三等日，击坏兵轮两艘，杀敌不少。众志成城，民心既固，民气亦扬。所有助战之义和团人民，不用国家一兵，不糜国家一饷，甚至髫龄童子亦复执干戈以卫社稷，此皆仰托祖宗之昭鉴，神圣之护持，使该团民万众一心，有此勇义。着先行传旨嘉奖，余俟事定后再行加恩。尔团民等惟当同心戮力，御侮效忠，始终勿懈，朕有厚望焉。
谕旨二：
现在中外已开战衅，直隶天津地方义和团会同官军助战获胜，业经降旨嘉奖。此等义民，所在皆有，各督抚如能招集成团，藉御外侮，必能得力。如何办法，迅速复奏。沿海沿江各省尤宜急办。将此由六百里加紧通谕知之。
谕旨三：
现在中外开衅，业经谕令各督抚招集义和团民，藉御外侮。各省现有快枪快炮，仅能供防营之用，着各督抚将军分饬各营旗，将旧存枪炮刀矛各种军械赶�