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忠贤性狡而贪，胆粗而大，口衔天宪，手握王爵，所好生羽毛【对喜欢的人，使之成为羽翼】，所恶成疮痏。荫子弟，则一世再世；赉【赐予，赠送】厮养，则千金万金。毒痡士庶，毙百余人【指残害普通士民】；威加缙绅，空十数署【指迫害朝臣】。一切生杀予夺之权尽为忠贤所窃，陛下犹不觉悟乎？且忠贤固供事先帝者也，陛下之宠忠贤，亦以忠贤曾供事先帝也。乃于先帝陵工，略不厝【措置】念。臣尝屡请铜，靳【吝惜】不肯予。间过香山碧云寺，见忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝。前列生祠，又前建佛宇，璇题耀日，珠网悬星，费金钱几百万。为己坟墓则如此，为先帝陵寝则如彼，可胜诛哉！今忠贤已尽窃陛下权，致内廷外朝止知有忠贤，不知有陛下，尚可一日留左右耶？｛119｝
比之杨涟措辞，更无顾忌，痛哉快哉。尤其“忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝……可胜诛哉”这几句，极其严厉。
魏忠贤顿时恶向胆边生，“遂矫旨【假传圣旨】午门前行杖一百棍”，密令行刑者照死里打，“杖后，于御道前倒拖横曳者三匝，甫出而气绝矣”｛120｝。
好像万燝并非东林党，但后来史家还是把他算做死于党祸之第一人：“此奸逆纵杀立威第一人也。”｛121｝意思是，魏忠贤是从这里大开杀戒，向东林党发起总攻的。
从这天起，血腥的帷幕缓缓拉开。阉党已然决意全面清算所有敢于向其权威挑战者。但谁也不会想到，下一个目标，竟直指内阁首辅叶向高。在阉党看来，叶向高是东林党人的总后台，虽然叶为人老成持重，甚至私下并不赞同杨涟激化事态的做法，但阉党仍然认为“必去叶向高而后可”｛122｝，不扳倒叶向高，而欲给予东林党以毁灭性打击，是不可能的。他们像苍蝇趴在鸡蛋上那样，仔细寻找着任何微小的缝隙。
终于，他们找到了。
当时负责纠察京城政纪的御史，名叫林汝翥，据说是叶向高的外甥。不久前，有两个太监虐害市民，治安当局不敢处置，事情传到“纪检书记”林汝翥耳中，他大怒：岂有此理！遂绑了来，各处鞭刑五十下。受罢刑，两个太监找主子王体乾哭诉了，王听说林御史乃叶向高外甥，如获至宝，遂与客、魏一起，奏于朱由校，把事情说成林汝翥滥作威福，污辱内臣。朱由校这个傻帽儿，立即相信，命如万燝例，也杖一百，削职为民。
得了旨意，宦官们即扑向林宅。可是那林汝翥事先闻知此事，脚底抹油，不知去向。林汝翥一溜，众宦官正中下怀，当即奔叶向高府邸而来，以林汝翥乃叶氏外甥为由，“群珰数十围叶寓，直入内宣，喧哗搜捉”，直到叶向高紧急上奏，朱由校亲自下令，众宦官这才停止冲击首相私邸，撤围回宫。｛123｝
林汝翥出于畏惧逃脱，行为怯懦，有失宪臣风范，他自知可耻，不久就现身投案，被打一百棍，几乎死掉。
但这件事情根本是冲叶向高来的。“中官围阁臣第，二百年来所无。”｛124｝这是巨大的羞辱，发生这种事态，出于荣誉感和抗议，为全体士大夫的尊严计，叶向高必须主动请辞。于是，递上一份又一份辞呈，朱由校照例不允、挽留。但他如果确有诚意，应该处分冲击叶府的宦官，但他却并无表示。叶向高见状，坚持辞职。虚情假意几个回合，朱由校也就批准了叶的请求。
这又是阉党一大胜利。通往迫害的大门从此豁然敞开，杨涟、左光斗们即将大难临头。
东林党倒也不曾坐以待毙，但他们能够应战的方式，有限而且无力。一是在一些职位人选上，与阉党争夺；二是上书皇帝，指摘和抨击阉党。八月，都察院左都御史孙玮病故，赵南星以吏部尚书主持廷推→文·冇·人·冇·书·冇·屋←，拟由杨涟升任此职，但被朱由校断然拒绝。于是，改推高攀龙，得到批准。
结果似乎不错，处境似乎不是那么不利，东林党人紧张的心情，稍得松缓。这或许使他们错误地估计了形势，尤其是朱由校的态度。他们继续抨击阉党，试图在舆论上进一步影响皇帝。其实这根本没用。以朱由校那样是非完全混乱以至颠倒的人，就算递上一万本揭批奏章，亦无损阉党一根汗毛。至于个别职位的争夺，当皇帝本人已为阉党所左右的情形之下，也是毫无意义的；何况，允许高攀龙主掌都察院，难保不是阉党一计，故意给你一点甜头，让你错判形势，助你骄纵之气。
实际上，东林党不断参劾阉党人物的做法，确实已经让朱由校感到心烦。对于国事，他毫无兴致，只希望别来打搅他干木匠活、嬉玩。魏忠贤、客氏、王体乾等了解这一点。东林党人不断添扰之际，他们就在一旁挑拨，加重朱由校的不悦。他们说，这些人打着忧国旗号，目的却是拉帮结派。这个分析，很能打动朱由校。他觉得这些人喋喋不休的样子，确实像是宗派主义、山头主义。
十月八日，他第一次表态：
近日蹊径歧分，意见各别，爱憎毁誉，附和排挤。大臣顾昔【惜】身名，动思引去，小臣瞻风望气，依违自合。职业不修，政事隳废。当由纪纲不肃、结党徇私，以至于此。特戒谕尔等，涤虑深思，更【改易，丢弃】私易辙。｛125｝
虽然不曾点名，矛头是指向东林党的，“大臣顾昔身名，动思引去”这句一望而知是针对叶向高。整个旨意，明显可见阉党观点的影响，“结党徇私”四个字正是阉党急欲给予杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙等人的定性，现在终于被写入上谕。这是重大信号。
过了几日，因为山西巡抚人选之争，再出一道圣旨，指名道姓谴责魏大中“欺朕冲幼，把持会推，以朝廷封疆为师生报德”。又有“你部院大臣，奉旨看议，何必含糊偏比【偏，偏向；比，勾结】，委曲【这里作不正直讲】调停”｛126｝之语。部院分别指吏部和都察院，它们的领导人，一个是赵南星，一个是高攀龙。这道圣旨再次提到“朋谋结党”。
受到皇帝明确指责，赵南星、高攀龙按照惯例，先后请求罢免己职，均得批准。其中，赵南星免职的旨意，径由内出，根本不经过内阁票拟，也就是不给内阁——叶向高去后，韩爌继任首辅，他也被视为东林党——说话的机会。高攀龙之罢，虽然交由内阁票拟，但当内阁认为以一件并不很严重的事，驱逐两位重臣（吏部尚书、左都御史属于“九卿”），处置失当时，朱由校——或者完全将他控制起来的魏忠贤等——便甩开内阁，直接传旨准许高攀龙辞职。
韩爌、朱国桢两位内阁大臣做了最后抗争，批评这样的重大问题一个“御批径发、不复到阁”，另一个虽下内阁票拟却“又蒙御笔改移”，“大骇听闻，有伤国体”。而朱由校的回答，不仅重申对免职者“师生植党”、“附和依违，全无公论”、“不知有朝廷”的指责，还特意提到“或世庙时必不敢如此”。｛127｝世庙即世宗嘉靖皇帝，那是士大夫被收拾得最服服帖帖的一段时期，看来，朱由校以及魏忠贤等都对嘉靖时代心向往之，也希望亲眼看到那样的局面。
除内阁外，吏部和都察院是东林党人盘踞的两块最主要的朝中要地，吏部主管干部选用和升迁，都察院负责干部监察和纪检，因此，如果说东林党一度操天启朝组织工作大权，不为过。反之，自朱由校和魏忠贤来看，过去的吏部、都察院完全变质，为牛鬼蛇神把持，是个黑窝。赵南星、高攀龙被揪出打倒，乃端黑窝的第一步。要彻底打掉东林党人的黑线，还需要把斗争引向深入。
十月十六日、十八日，赵南星、高攀龙先后去位，仅隔两天，十月二十日，由顾秉谦、魏广微起草，朱由校批准的一份诏书，即向全国公布。｛128｝诏书有别于日常政务中的上谕，用以发布更加正式并且要宣达于全体国民的重大决策。与一般的简短不同，这份诏书长四百余字，有点鸿篇巨制的意思，实际上，它就相当于发动反对东林党运动的宣言书。内容分三层，首先是对朝中严峻的政治形势加以回顾和描述：
大小臣庶，坐享国家之禄，靡【无，没有】怀君父之忧，内外连结，呼吸应答，盘踞要地，把持通津，念在营私【心思都在营私上】，事图【对事情的看法、思路和主张】颠倒，诛锄正人【阉党之自诩】，朋比为奸，欺朕幼冲，无所忌惮。
第二，当前“群小”的猖狂和斗争的紧迫性：“迩年以来，恣行愈甚，忠贞皆为解体，明哲咸思保身。”提到四月份以来杨涟等踵继弹劾魏忠贤的浪潮，说：“朕前已有特谕，备极鲜明，如何大小臣工，视若弁髦【弁髦，古代贵族子弟行加冠礼时用弁束住头发，礼成后把弁去掉不用，后喻没用的东西】，全不尊信？”——我明明表过态了嘛，立场很鲜明嘛，为什么这些人根本听不进去，全当耳旁风？提到山西巡抚职位会推一事，“皆是欺瞒，但遂营谋之私”，提到赵南星、高攀龙的垮台及其反响，“今元凶已放，群小未安，或公相党救，或妄肆猜忖”，意即他们“人还在，心不死”。第三，发出严正警告，表明将斗争进行到底的决心：
谕尔徒众【正告你们这些反动派的追随者们】，姑与维新【姑且让你们参加到改过自新的队伍中来】，洗涤肾肠，脱换胎骨。果能改图【改变思想认识】，仍当任用，如有怙【恃，倚仗】其稔恶【稔，熟悉的意思；稔恶，犹言邪恶成性】，嫉夫善类【阉党之自诩】，甘愿指纵之鹰犬，罔虑胎【指早已种下的根因；《汉书》：“福生有基，祸生有胎。”】遗之祸患，朕将力行祖宗之法，决不袭姑息之政矣！
曾经有人设想，赵、高罢免之后，东林党人暂作韬晦之想，俯首低眉，或能躲过一劫。其实并无此种可能。权力斗争，犹如两个互相扼住咽喉的人之间的比拼，毫无退路，谁先松手，则性命立为对方所取。职是之故，尽管诏书声色俱厉，尚存于朝的东林党骨干仍然只能硬着头皮顺惯性往下走。赵、高空下的位子，需要提出人选。起初，吏部、都察院分别提出由吏部侍郎陈于廷、左副都御史杨涟暂时代理。这两人都是东林党，不可能获准。不过朱由校还算客气，只是留中不发，冷处理，但意思并不含糊：各位，请给我知趣点儿！
东林党人并非不知趣，然而又有什么办法？如今举朝除了他们自己，都团结到了魏忠贤周围，他们倘若不推举自家人，就只能推举阉党分子，那岂非太过搞笑！因此，朱由校留中不发之后，在陈于廷主持下又搞了一次会推，报上几个人选供定夺——这几个人，还是东林党。
朱由校大觉此乃“给脸不要脸”，怒甚。十月二十八日，降下严旨，痛斥长期以来吏部、都察院为黑线人物所控制，已成独立王国（“吏部、都察院浊乱已久”），质问既然三番五次责令整改，“如何此次会推，仍是赵南星拟用之私人？”他接着立刻点出陈于廷、杨涟、左光斗三人，钦定了“钳制众正，抗旨徇私”的罪名，乃至痛骂“老奸巨猾、冥顽无耻”，最末一句：“陈于廷、杨涟、左光斗，都著革了职为民！”｛129｝
写到这里，不能忘记交代一下。几个月来，今日一道圣旨，明日一篇诏书，似乎朱由校忽然之间变得勤于政事起来。但实在而言，谁也搞不清这些以朱由校名义发表的言论，究竟有多少真正出自他本人。《实录》都直截了当记在他名下，那只是因为它不便指出这些圣旨可能并非出于皇帝本人，否则历史会出现太多的混乱，太多的荒唐。但我们从侧面了解到，朱由校一直无心理国，一直抱着多一事不如少一事的态度，以便有更多的时间和精力去做所感兴趣的事。刘若愚证实，平时，魏忠贤、王体乾等专拣朱由校沉迷于自己手艺的时候来奏事，使后者感到不耐烦，挥挥手：你们用心去办，我知道了。｛130｝比较可靠的推想是，上述大多数旨意，都由阉党写好，念或解释给朱由校听，取得他同意，然后发表。至于怎么解释，以及念了什么，却是可以有很大自由空间的。
杨涟、左光斗丢官，是东林党人的滑铁卢。这是东林党战斗力最强、声望最高的两位斗士。他们的倒掉，就如同东林党旗帜的倒掉。
除上述三人革职，参与会推的其他官员，被降职贬外。
二十天后，首辅韩爌见局势如此，无心恋栈，求去，谕旨即准，且冷嘲热讽，给足难堪。
依序继为首辅的朱国桢｛131｝，既非东林党亦非阉党，算是当时的无党派人士，魏忠贤对他谈不上仇恨。但过不了多久，老先生发现自己在内阁里呆着，怎么都别扭。表面上他是首辅，权力却教顾秉谦、魏广微之流分去不少。他想不计较吧，别人觉着他还挺碍事，没意思得很。熬到十二月份，熬不下去，请辞，当然也获批准。
天启四年就这么过去了。新年来临之前，整个朝廷，从部院到内阁，原来位居要津的东林党人，辞的辞，免的免，贬的贬，几乎清理一空。毫无疑问，东林党遭受了惨败。
然而，赶跑东林党巨头，并不是阉党的最终目的。阉党分子虽然无缘拜读《农夫与蛇》的寓言，但休让冻僵了的蛇苏醒后咬上一口的道理，还是懂的。打倒之后，还要再踏上一只脚、教他永世不得翻身的认识，也是有的。因此，历史掀到天启五年这一页时，“迫害”成了新的年度主题。
任何政治迫害，首先从圈定名单开始，排阵营、站队、确立打击目标；现在如此，古时也不例外。东林党一倒，各种名单马上出笼，顾秉谦、魏广微进《缙绅便览》，崔呈秀进《天鉴录》，此外有《东林点将录》《东林同志录》《东林姓名》等。这些名单提供给魏忠贤和朱由校，作为组织清理的依据。《缙绅便览》对于列入名单者，分别以姓名旁点三点、二点、一点，区分其重要性。《同志录》与此相仿，唯将点改成圈，画三圈、二圈或一圈。《天鉴录》则将所有人分做首恶、胁从两种。御史卢承钦对提供名单做出解释：
东林自顾宪成、李三