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这就积聚成了不可化解的社会矛盾，不仅广大农民极端仇恨豪强大地主，而且庶族小地主也与豪强大地主存在不共戴天的利害冲突，蓄之既久，其发必速。
对于豪强大地主势力的恣肆坐大，东汉最高统治者曾经力图加以控制，光武帝刘秀、明帝刘庄、章帝刘炟都曾采取措施强化专制皇权。除了不给“中兴”元勋以实职实权，并且剥夺他们的兵柄之外，在中央政府一级，还让位极人臣的“三公”（太尉、司徒、司空）权力虚化，把实际权力运作转移到中朝尚书台。尚书台设秩禄千石的尚书令和六百石的尚书仆射，令、仆以下设六朝尚书分掌庶政，由皇帝遴选亲信臣僚“录尚书事”，意在便于直接指挥。这样做，削弱了相权，加强了皇权，一度稳定了东汉王朝统治秩序。但从和帝刘肇起，这一政治策略就走向反面，变成外戚、宦官交替倾斗专权。刘肇10岁即位，其母窦太后临朝称制，任用窦宪为侍中，窦氏家族把持朝政，连其家奴也敢于横行京师。和帝永元四年（92），靠宦官郑众率领禁军消灭了窦氏势力，郑众预政封侯，揭开了宦官专权序幕。安帝刘祜时，先是邓太后及其兄弟邓骘掌权，邓太后死后，安帝与宦官李闰、江京合谋除掉邓氏势力，又是李闰、江京与阎皇后的兄弟阎昱裹在一起，宦官与外戚共同掌权。延光四年（125）宦官孙程等19人杀掉阎昱，拥立11岁的济阴王刘保为帝，是为顺帝；孙程等19人皆封侯，不但可以在朝为官，还可以养子袭爵。顺帝稍长大，相继拜其后之父梁商，以及梁商之子梁冀为大将军，用外戚势力钳制宦官势力。刘保死后，梁太后和梁冀先后选立冲帝刘炳、质帝刘缵和桓帝刘志，专权近20年，亲戚、党羽“威行内外”。延熹二年（159）梁皇后死，桓帝与宦官单超等人合谋翦除梁氏势力，抄没梁冀的家产价值30多亿钱，竟相当于东汉政府一年赋税收入的一半。单超、具瑗、左悺、徐璜等五个宦官因功封侯，世称“五侯”，从此朝政大权主要落到了宦官手里。他们“手握王爵，口含天宪”（《后汉书·梁冀传》），贪残暴虐超过外戚。到灵帝刘宏时期（168—189），张让、赵忠、封谞、段珪、曹节、侯览、蹇硕、程旷、夏恽、郭胜等10个宦官号称“十常侍”，朋比为奸，无恶不作，灵帝竟事张让如“阿父”，赵忠如“阿母”。外戚、宦官实际上代替刘姓汉室掌控东汉皇权，长达百年之久，这在绵延两千多年的中国封建社会演变史上堪称一道独一无二的另类风景。尤其是宦官势力恶性膨胀（后来明代的魏忠贤阉党在程度上虽有过之，体制性和延续性却有所未及），极大地损害了东汉统治阶级内部其他势力集团的切身利益，从而也加剧了不同阶层、不同阶级之间的矛盾和斗争，黄巾起义爆发于灵帝年间毫不足怪。
在统治阶级内部，切身利益遭到损害相对最大的一个阶层，是官僚士大夫及其后备军太学生。适应封建专制中央集权的需要，东汉的官僚队伍相当庞大，甚至产生了诸如汝南袁氏、弘农杨氏那样世代在中央和地方担任高官的世家望族。最高学府太学里，太学生人数也在不断增加，顺帝时即已增加到三万多人。宦官把持朝政，既阻碍了不少官僚的升迁，又堵塞了众多太学生的仕进，官僚中的“清议”派便时常议论朝政，抨击宦官，太学渐至成为“清议”的中心。他们既坐而论道，也起而振行，司隶校尉李膺严惩不法宦官及其党羽，致使“诸黄门、常侍皆鞠躬屏气，休沐不敢复出官省”（《后汉书·党锢列传·李膺传》）。宦官们自然不会善罢甘休，延熹九年（166）指使党羽牢修诬告李膺“养太学游士，交结诸郡生徒，更相驰驱，共为部党，诽讪朝廷，疑乱风俗”（《后汉书·党锢列传序》），怂恿桓帝收系李膺，并下令郡国收捕“党人”，牵连下狱者多达200余人。第二年虽然赦免出狱，但终身禁锢乡里，不得复仕，酿成了历史上有名的第一次“党锢”事件。灵帝12岁继位以后，建宁元年（168）太傅陈蕃与外戚大将军窦武合作，起用李膺以及其他同被禁锢的名士，共谋诛杀宦官，结果反而被宦官矫诏捕杀，宗亲、宾客遭收系残杀，门生、故吏亦免官禁锢。第二年又捕杜密、李膺等百余“党人”入狱，全都横死狱中，还对张俭大肆追捕。
三年后，逐捕“党人”和太学生千余人，均遭死、徙、废、禁。到熹平五年（176），灵帝还诏令州郡，举凡“党人”的嫡亲、近戚和门生、故吏一概免官禁锢。这就是历史上有名的第二次“党锢”事件。两次“党锢”事件的继踵发生，标志着东汉统治集团内部以宦官势力为一方，以官僚士大夫阶层（时或联合外戚）为另一方的利害冲突，已经达到冰炭水火、你死我活的剧烈程度，刘姓汉室已经毫无能力调和或缓解。物之腐败必然见于自身的肌体，东汉政权正是这样由腐而败，自我覆亡走向历史坟墓的。黄巾起义爆发后，大批“党人”获得解禁，但他们已经有心“杀贼”，无力回“天”了。
同一切腐败政权一样，东汉末年，朝廷上下贪渎枉法，横征暴敛，卖官买官，成了体制性痼疾。特别是灵帝刘宏，由侯而帝之后，竟把“天子”之位当作积聚“私藏”的便道，在西园开建一个“万金堂”，将国库积贮转化为私有。并且给朝廷内外各级官爵开出了明码实价，公开进行拍卖。朝廷内的“三公”之职开价1000万钱，“九卿”和“关内侯”开价500万钱；朝廷外的地方官比京官更好搜括民众，价码相应定得更高些，“二千石”卖2000万钱，“四百石”卖400万钱。这种“官价”还可以上下浮动，如名士崔烈出任“三公”之一的司徒，只付出半价500万钱，而宦官曹腾的养子曹嵩（曹操之父）取代崔烈出任“三公”之一的太尉，就比定价高出十倍，付出一亿钱。一般是现钱交易，暂时凑不够钱的则可以赊欠，待到任职后加倍支付。对那些没有花钱买官的地方官，又换了一个法子，以助军饷、修宫室为名，要求他们向西园缴纳多则数千万钱，少则数百万钱。所有这些钱都先输中署，名之为“导行费”。聚敛的“私藏”挥霍无方，灵帝又在后宫仿建商品街，命令采女乔装贩卖，并互相盗窃争斗，他本人也着商贾服饮宴作乐。上有所好，下必甚焉，买官者趋之若鹜，投入的成本骇人听闻。按东汉俸例，大小官员都按月受俸，半钱半谷。在殇帝延平年间（106），相当于现今“省部级”的“二千石”官员的月俸为钱6500百，米36斛（一斛十斗）；相当于现今“县处级”的“四百石”官员的月俸为钱2500，米15斛。如果灵帝年间官员没有“加薪水”，那就意味着，买一个“二千石”的官要投入等于3076个月“二千石”月钱的买官费，买一个“四百石”
的官要投入等于1600个月“四百石”月钱的买官费，比现今的滥官污吏买官的投入成本高得多了。“羊毛”只能出在“羊”身上，各种买官者及其靠山、党羽势必变本加厉地敲榨盘剥黎民百姓，“视民如寇仇，税之如豺虎”，让黎民百姓为他们“埋单”。贪浊之风甚嚣尘上，连中常侍吕强也看不过，一再上疏示警：“上之化下，犹风之靡草。今上无去奢之俭，下有纵欲之敝，至使禽兽食民之甘，木土衣民之帛。”“调广民困，费多献少，奸吏因其利，百姓受其敝。”
但灵帝哪里听得进去？待黄巾事起，吕强反被同为中常侍的赵忠、夏恽等诬为“贪秽”，被迫自杀。
同卖官买官适成鲜明对照，东汉末年还实行了一个“三互法”，导致官员选用艰难，一些州、县的守、令较长时间虚悬若缺。
据《后汉书·蔡邕传》所述，最初议定“三互法”，是为了消减日甚一日的“州郡相党，人情比周”，即地方势力结党营私，朋比为奸。因之而规定，凡有婚姻关系的家族人士，以及幽州（今河北北部及辽宁一带）、冀州两州人士不得交互为官。幽、冀二州为东汉军力主要基础，州、县的官员欠缺不补，非但不能起到预期的作用，对结党营私、朋比为奸者有所制约或扼制，反而会加剧各种政治势力之间的权力争夺，造成实力空耗，地方不稳定。黄巾起义的主要策源地就出在冀州，冀州地区的黄巾军一举义便活捉了刘氏宗室安平王刘续和甘陵王刘忠，杀掉了幽州刺使郭勋，多少可算东汉政权自食“三互法”的恶果。所以蔡邕曾上疏切谏，不要“坐设三互，自生留阂”，“当越禁取能，以救时敝”。时在灵帝建宁四年（171），比黄巾起义只早13年，16岁的灵帝根本置若罔闻。对此，司马光在《资治通鉴·汉纪四十九》中有一段评论：
叔向有言：“国将亡，必多制。”明王之政，谨择忠贤而任之，凡中外之臣有功则赏，有罪则诛，无所阿私，法制不烦而天下大治。所以然者何哉？执其本故也。及其衰也，百官之任不能择人，而禁令益多，防闲益密，有功者以碍文不赏，为奸者以巧法免诛，上下劳扰而天下大乱。所以然者何哉？逐其末故也。孝灵之时，刺史、二千石贪如豺虎，暴殄烝民，而朝廷方守“三互”之禁。以今视之，岂不适足为笑，而深可为戒哉！
对这段评论稍加引申，就不难得出两点认知。其一为，像东汉末年那样，玩弄法制花招以阻遏腐败定势，连限制官员籍属的“三互法”也出笼了，实不过是“国将亡”的病重乱投医而已，纵能自欺亦难尽欺天下人。其二为，真正的以法治国，必须始终坚持“执其本”，不能临时侥幸“执其末”，东汉政权待到“上下劳扰而天下大乱”才来乱用强心剂，根本不可能避免自取灭亡之灾，何况“三互法”并非好法令。张角作出“苍天已死”的形势研判，实可谓切中肯綮，石破天惊。
东汉政权越走向灭亡，整个统治阶级———上自皇帝、皇室、外戚、宦官集团，下至豪强地主、地方官吏———对于以农民为主体的被统治阶级的政治压迫和经济剥削越趋向苛酷，黎民百姓陷于水深火热之中，身家性命毫无保障。到桓帝年间，苛捐杂税变着法子地增加，例如“田税”一亩加十钱，“口赋”（人头税之一种）从七岁始征改为一岁始征，搜括几至敲骨吸髓。灵帝时，宦官王甫的养子王吉担任沛相，贪暴无已，杀人都“磔尸车上”，游行示众，夏天尸体腐烂了，还“绳连其骨，周遍一郡乃止”，五年间杀了万余人。又废弛水利，导致了水灾、旱灾频繁发生，桓灵之际全国大的水灾就有13次，占到整个东汉时期大水灾的二分之一，大的旱灾也有6次，占到整个东汉时期大旱灾的三分之一。虫灾、蝗灾、风灾、雹灾和地震灾害亦连年不断，人、畜疠疫交替发生，全国到处出现“地广而不得耕，民众而无所食”的凄惨境况，甚至落到人吃人。失去生计的农民辗转流亡，在桓帝永兴元年（153），流民竟达数十万户之众。历史上的农民起义，基本群众主要是流民，他们流离失所，走投无路，只好选择暴动造反来一博命运。从安帝永初三年（109）到灵帝中平元年（184）的近80年间，仅据史籍有记载的，以流民为基干的农民起义就将近百次。当时流传一首民谣：
发如韭，剪复生。
头如鸡，割复鸣。
吏不必可畏，民不必可轻！
民谣就是民心，就是民意，集中表现出起义民众视死如归、前仆后继的拼命气概。从东海到西凉，从冀北到岭南，从几百人、几千人到几万人、几十万人的流民暴动此起彼伏，有的还与羌人、蛮人的反汉斗争相互呼应，所谓“春饥草窃之寇”、“穷厄寒冻之寇”（《后汉书·杨震传附杨赐传》）令东汉政权穷于应付。起义首领或自称“将军”、“皇帝”，或披上宗教外衣自称“真人”、“黑帝”、“黄帝”，表明他们已经不屑于步新莽年间绿林、赤眉的后尘，要依托一个刘姓宗室来作号召，而是立志要革刘姓汉室的命，夺取政权改朝换代了。黄巾起义正是这些起义的继续和发展，“黄天当立”的舆论精蕴，同样也是这些起义终极目标的概括和升华。
黄巾起义于中平元年（184）二月爆发，迅即以7州28郡同时俱起之势，形成了燎原大火。除了张角、张宝、张梁兄弟直接领导的巨鹿黄巾外，其中势力强大的，还有波才领导的颍川黄巾，张曼成、赵弘、韩忠、孙夏领导的南阳黄巾，彭脱领导的汝南、陈国黄巾，卜己领导的东郡黄巾。各部黄巾兵锋所向，杀郡守，虏宗室，烧官府，略聚邑，直指东汉都城洛阳。灵帝急忙任命外戚何进为大将军，聚兵屯守洛阳都亭，并设函各、广城、伊阙、大谷、轘辕、施力、小平津、孟津八关都尉以拱卫京师。又解除“党锢”，赦免“党人”，整合统治阶级内部的多种势力，然后“发天下精兵，博选将帅”，派遣北中郎将卢植、左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁等率军开赴各地讨伐黄巾军。在共同利害面前，原先长期争斗不已的多种势力暂时协同，“公卿出马、弩，举列将子孙及吏民有明战阵之略者诣公车”（《后汉书·孝灵帝纪》），豪强地方武装也向起义军挥动屠刀。黄巾起义军奋勇作战，多次打败东汉政府军，一度把皇甫嵩围困在长社（今河南长葛东）城内，卢植、朱儁所部也一再溃逃。只可惜，以流民为基干的起义军将士缺乏军事素养，或依草结营而被火攻突袭，或麻痹大意而遭偷袭重创，或分散作战而致被围失利，经过大半年殊死搏杀，终被各个击破。当年十一月，随着张角病逝，张梁、张宝先后战死，其他起义军首领或被俘，或投降，一场大规模