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抗战胜利后，北大复校。傅斯年代理校长之职，负责北大接收、复员和北迁事宜。但钱穆却没有得到返回北平的邀请。30年代，钱穆任教北大时，即与傅斯年相识。钱穆早年作为考据名家，被傅斯年视为史料考证派的同志，二人彼此往来问学，保持着不错的关系。但是钱穆与他在学术观点上又是同不胜异的。在钱穆看来，考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。在西南联大时期，随着钱穆自己史学理论体系的日渐成熟，对史料考据派进行了全面批判。为此，作为学派领袖的傅斯年对钱穆的攻击自然不会高兴。北大复校，钱穆不在被邀之列，这恐怕是重要原因之一。至此，钱穆告别了北大。
钱穆到达香港后，即创办新亚书院（今并于香港中文大学），收留战乱流离的学生。钱穆秉承了中国传统知识份子经世救国的抱负，他坦言：“我创办新亚的动机，是因为当初从大陆出来，见到许多流亡青年，到处彷徨，走投无路，又不是人人都有机会到台湾来；而我觉得自己是从事教育工作的人，怎忍眼看他们失学。同时，也觉得自己只有这一条适当的路可以走。虽然没有一点把握，但始终认定这是一件应当做的事。”
1952年，18岁的李敖初次拜访钱穆。钱穆对李敖态度诚恳，循循善诱，慰勉有加；对于自己不知道的东西，钱穆还虚心向李敖求教。日后，钱穆和李敖书信来往多年，钱穆曾在信中殷殷规劝：“昨奉来书，知君努力学问，与日俱进，著能持之以恒，继续不懈，将来必有成就，可喜可贺。”“学问之事，首贵有恒心，其次则防骄气，小有所成，志得意满，中道而止，虽有脱秀之质，犯此二病，终不能有远到之望，唯立志高远，始克免此。君尚在青年，向学伊始，故特以此相勉。”又说：“当知学问与德性实为一事，学问之造诣，必以德性之修养为根基，亦以德性之修养为限度，苟忽于德性，则学问终难深入，此层务盼注意。”钱穆去世后，李敖回忆说：“信中对一个18岁的青年如此鼓励，固因我的好学引起他的注意，也实可看出他具有教育家的风度。”
李敖初时对钱穆甚是佩服，但此后，因钱对蒋的态度，李敖对钱发起了猛烈攻击。但李敖却始终记得钱穆对他的殷殷教诲。钱穆去世后，他回忆说：“在钱穆死前不久，我去‘故宫博物院’，远远地望见了他，他已老态龙钟、步履维艰。我没有趋前问候，但心里一直感念他，毕竟在我少年时代，他曾经被我心仪，曾经热心指导过我、帮助过我，这种老辈风范的人物，对于‘现代史’的来说，真是‘上古史’了……”
钱穆曾先后在美国耶鲁大学、哈佛大学讲课和讲演。在耶鲁大学讲课结束时被授予该校名誉博士学位。后又去哥伦比亚大学为“丁龙讲座”作演讲。在美国停留七个月后，他应邀去英国访问，参观了牛津、剑桥大学。从英国到法国、意大利，最后回到香港。
钱穆完成《朱子新学案》以后，应张其昀之约，任中国文化学院（现中国文学大学）历史系教授，每周两小时，学生到他家听课。又应蒋复璁之约，任国立故宫博物院特聘研究员。院在素书楼对面。院为钱辟一研究室，钱在此读《四库全书》中宋、元、明理学诸集，并撰写专论。钱穆居双溪时，曾先后两次去日本、韩国访问，又数度去香港作讲演。
1977年，钱穆83岁，冬天胃痛甚剧，次春患黄斑变性症，双目失明。时新亚书院创设钱穆讲座，金耀基院长恳请他作首次主讲人。钱先生的讲演题为《从中国历史来看中国民族性及中国文化》。
1986年，钱穆92岁生辰，在素书楼讲最后一课，告别杏坛，最后对学生赠言：“你是中国人，不要忘记了中国！”
【风华】
钱穆讲课很受学生欢迎，他所担任的课程，中国近三百年学术思想史、中国通史等，从来都是两个小时连起来讲，中间不休息，他讲课的地点从来都在二院大讲堂，而且从来都是座无虚席。
朱海涛先生《北大与北大人》中描写钱穆：一付金属细边眼镜，和那自然而然的和蔼，使人想到“温文”两个字，再配以那件常穿的灰布长衫，这风度无限雍容潇洒。向例他总带着几本有关的书；走到讲桌旁，将书打开，身子半倚半伏在桌上，俯着头，对那满堂的学生一眼也不看，自顾自的用一只手翻书。翻，翻，翻，足翻到一分钟以上，这时全堂的学生都坐定了，聚精会神的等着他，他不翻书了，抬起头来滔滔不绝地开始讲下去，越讲越有趣味，听的人越听越有趣味。对于一个问题每每反复申论，引经据典，使大家惊异于其渊博，更惊异于其记忆力之强……这种充实而光辉的讲授自然而然地长期吸引了人。
当年在历史系读书的何兹全后来回忆道：“钱先生讲课，很有声势，也很有特点。虽然一口无锡方言，不怎么好懂，但仍然吸引人。我听过他的先秦史、秦汉史。他讲先秦史，倒着讲，先讲战国，再往上讲春秋、西周。我听他一年课，战国讲完，也就到学年结束了。他讲课每讲到得意处，像和人争论问题一样，高声辩论，面红耳赤，在讲台上龙行虎步，走来走去。”
钱穆个子虽小，但十分自信，两眼炯炯有神。平时虽不苟言笑，说话时却十分风趣健谈。在北大当时穿长袍的教授极少，陈寅恪是个坚定的长袍主义者，钱穆看到陈寅恪穿长袍，他也改穿长袍，这一习惯他后来长期保持着。
钱穆几十年如一日练习太极拳。他的弟子回忆钱穆先生打太极拳时曾说：他呼吸深长，全套每次可打30分钟。在桂林街初期，有一天正当钱先生在上课，突然来了两个阿飞，在课室门口探头探脑，一派轻薄。钱先生站着问他们是做什么的，他们也不理睬，还旁若无人地在课室内左右穿插。钱先生恼怒了，登时把长袍的两只阔袖拉起，露出两只结实的手臂，一个箭步就抢到那两个阿飞的面前，摆出个揽雀尾的姿势，把他们吓得一溜烟跑了。
1943年，钱穆在遵义讲学期间，每天都要出去散步一个小时。他的学生曾回忆道：先生很喜欢散步。每晨早餐后，由我陪从，沿着湘江西岸顺流南行；大约走一小时，再沿着去时的岸边小道回老城。这样的散步，除天雨外，没有一天间断过。先生总是提着一根棕竹手杖，边走边谈。先生说，他很爱山水，尤爱流水，因为流水活泼，水声悦耳，可以清思虑，除烦恼，怡情养性。
1950年春天，余英时从北京的燕京大学来到新亚书院，他发现“整个学校的办公室只是一个很小的房间，一张长桌子已占满了全部空间”。而钱穆给他的第一印象则是“个子虽小，但神定气足，尤其是双目炯炯，好象把你的心都照亮了”。
在北大，钱穆主要讲中国上古史、中国近三百年学术史、中国通史和中国政治制度史等课，每堂课上两小时。钱穆通常准点进教室，上堂就讲，没有废话，中间也不休息。由于博闻强记，上课时常常旁征博引，把历史与现实结合起来，借古讽今，时出新见，很快声名大振，听课的人越来越多。大约因为在家乡执教太久，乡音不改，上课时始终不脱一口无锡腔，开始学生听了很不习惯，但他的课讲得实在精彩，谁也舍不得离开，时间一久，大家也就熟悉了，反而觉得很有味道。他自己从不觉得无锡话有什么不好，五十年代在新亚学院演讲时，香港学生反映听不太清楚，有人问他要不要提供翻译，意思是译成粤语，他很不高兴地反问道，要译成英语吗，中国人怎么会听不懂中国话呢？
【推崇】
钱穆高中未毕业，但一直致力于史学研究，学界众人均对其推崇备至。
从一九一二年起，在十年半时间内，钱穆辗转四所小学，读书之余完成了第一部学术著作《论语文解》，并陆续在报刊上发表文章，渐渐崭露头角。时为上海圣约翰大学教授的钱基博（钱钟书的父亲）读到钱穆的一篇文章，大加赏识。一九二三年，在钱基博推荐下，钱穆转入他兼职的无锡省立第三师范任教，从此两人结下厚谊。钱穆对钱基博的友情一直念念不忘，晚年回忆说：“同事逾百人，最敬事者，首推子泉。生平相交，治学之勤，待人之厚，亦首推子泉。”
在无锡三师时，钱穆已经完成《国学概论》，并开始撰写其代表作《先秦诸子系年》。一个偶然的机会，著名学者蒙文通看到他的文章，慕名前来造访，打开“系年”手稿便被吸引了，在回南京的车上迫不及待地读了起来，认为该书“体大精深，乾嘉以来，少有匹矣”。
钱穆的《先秦诸子系年》，陈寅恪不止一次加以称赞。陈寅恪称《先秦诸子系年》“极精湛”，“自王静安（国维）后未见此等著作”。陈寅恪将钱穆之著作与自己最尊崇的王国维著作相提并论，可见陈对此书的赞赏。
陈寅恪曾在多种场合表示对《先秦诸子系年》一书的称道。如朱自清日记载，陈寅恪于1933年4月在叶公超晚宴上“谈钱宾四《诸子系年》稿”，“谓作教本最佳，其中前人诸说皆经提要收入，而新见亦多。最重要者说明《史记·六国表》但据《秦记》，不可信。《竹书纪年》系魏史，与秦之不通于上国者不同。诸子与《纪年》合，而《史记》年代多误。谓纵横之说，以为当较晚于《史记》所载，此一大发明。寅恪云更可以据楚文楚二主名及《过秦论》中秦孝公之事证之”。
1934年5月16日，杨树达出席清华历史系研究生姚薇元口试会。会后，陈寅恪对杨“言钱宾四（穆）《诸子系年》极精湛。时代全据《纪年》订《史记》之误，心得极多，至可佩服”。
陈寅恪对钱穆的《国史大纲·引论》也给予肯定。钱穆的《师友杂忆》记载，1939年3月，参加中央研究院评议会的张晓峰于会后探访其时卜居宜良的钱穆，转告陈寅恪对《国史大纲·引论》的称道：张其峋晓峰来昆明出席中央研究院评议会，晤及陈寅恪。寅恪告彼近日此间报端有一篇大文章，君必一读。晓峰问，何题。乃曰，钱某《国史大纲》引论。晓峰遂于会后来宜良，宿山中一宵，告余寅恪所言。
顾颉刚则称赞《先秦诸子系年》“作得非常精炼，民国以来战国史之第一部著作也”。当时年长钱穆一岁的顾颉刚，已是中国学术界大名鼎鼎的人物，虽与钱穆素昧平生，但读《系年》稿后，对他的史学功底和才华大加赞赏，并说：“君似不宜长在中学中教国文，宜去大学中教历史。”
当时的钱穆与顾颉刚两人，在学术地位上相去甚远，其研究方法、学术观点等也不尽一致，但是顾对钱仍是关爱备至。钱穆从燕京大学辞职后，顾颉刚于1931年3月18日，给胡适去信，极力推荐钱穆代替自己，到北大任教。信中说：“……我想，他如到北大，则我即可不来，因为我所能教之功课他无不能教也，且他为学比我笃实，我们虽方向有些不同，但我尊重他，希望他常对我补偏救弊。故北大如请他，则较请我为好……他所作《诸子系年》，已完稿，洋洋三十万言，实近年一大著作，过数日当请他奉览。”胡适一向好提携后进，也赏识钱穆的学识，于是钱穆便到向往已久的北大任教了。
胡适相当赏识钱穆，称钱的《刘向歆父子年谱》乃“一大著作，见解与体例都好”。钱穆在北大史学系讲中国上古史（先秦史），有人问胡适关于先秦诸子事，胡适总说：有关先秦诸子事，可向宾四（钱穆）先生请教，不必再问他。胡适还将私藏“孤本”《求仁录》借给钱研览。
钱穆初到北平，胡适的弟子傅斯年对他优礼有加，邀至史语所，奉为上宾。
在胡适有生之年，钱穆未能当成中央研究院院士。日后李敖认为这是不公道的，他说：“钱穆的理学怪说固不足论，但他在古典方面的朴学成就，却更该先入选成院士。”
【礼遇】
蒋介石对钱穆礼遇有加，以至于蒋、钱关系，一直众说纷纭，钱穆为此也不少挨骂。
抗战时，钱穆就数度于四川会见蒋介石，谈及理学与历史，蒋托钱穆编写《清儒学案》，邀他到重庆中央训练团演讲，素有交情。
1949年国民党军队兵败如山倒之际，钱穆是主张蒋介石应下野的人士之一。日后，蒋介石却对钱穆礼遇有加，甚至公开说，或许钱穆等人当时所言，“对国事是有利的”；为表达对钱穆的敬重，蒋介石在面见钱穆时，特别将中山装改为一袭长袍；钱穆对朱熹与王阳明学说的专精，与崇尚王阳明的蒋介石更是一拍即合。
钱穆曾回忆他与蒋介石的见面：第一次召见面，“谈话不到数分钟，已使我忘却一切拘束，权畅尽怀，如对师长，如晤老友，恍如仍在我日常之学究生活中。”第二次蒋介石设宴，“餐桌旁备两座，一座背对室门进口，一座在右侧，我见座椅不同，即趋向右侧之座，乃总统坚命我坐背向室门之座。我坚不敢移步，总统屡命辍。旁侍者告我，委员长之意，不可坚辞。余遂换至背室门之座。侍者见我移座，即将桌上预放两碗筷互易，我乃确知此座乃预定为总统座位，心滋不安，但已无可奈何。”
钱穆创办新亚书院后，蒋介石不但亲自邀请钱穆来台一叙，由宋美龄、蒋经国招待，同时指示台湾行政当局每月拨给港币三千元，供新亚纾解资金困境，前后长达四年，直到耶鲁大学提供新亚书院补助为止。
1950年之后，钱穆大约每年受邀到台湾演说或与蒋介石小叙，蒋经国多会作陪，与钱穆建立一定交情。钱穆曾考虑在台兴办新亚分校，但因未获国民党支持，不了了之。
1966年文化大革命，让身在海岛一隅的蒋介石兴起对抗的念头，发动“中华文化复兴运动”。为将台湾建设成国际汉学的中心，蒋介石礼贤下士，力邀散居海外的大师级人物返台，钱穆称许此举是“自辛亥以来最大的一�