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噶尔丹迅速作出反应。1688年初，轮到他入侵土谢图汗领土，在鄂尔浑河支流塔米尔河畔歼灭了土谢图汗军，任其部下掠夺建在哈拉和林的成吉思汗族人的额尔德尼昭寺庙：这是准噶尔人正在取代东蒙古人成为蒙古各族首领的明显标志。从噶尔丹那里逃跑之后，土谢图汗与另外几位喀尔喀汗（其中包括被土谢图汗杀死的末代扎萨克图汗的兄弟和继承人策妄扎布）逃到库库河屯附近、即山西西北边境的土默特部境内避难，该地已处于清朝的保护之下，他们恳求满族人康熙皇帝给予帮助。噶尔丹在征服了鄂尔浑河和土拉河地区之后，继续南下到克鲁伦河流域，直达满洲的边境地区（1690年春）。喀尔喀人全境都被准噶尔人征服，从此，准噶尔帝国的疆域从伊犁河一直延伸到贝尔湖。噶尔丹甚至沿着从库伦到张家口之路，冒险向内蒙古进军。
康熙皇帝不可能让这个新的蒙古帝国就在中国的门槛边崛起。他迎战噶尔丹，把他堵在张家口和库伦之间、离北京80里格〔77〕的乌兰布通。耶稣会士们为康熙制造的火炮非噶尔丹所能应付，这位新的成吉思汗仓皇失措，逃离喀尔喀境（1690年底）。1691年5月，康熙在多伦诺尔召集会议，会上以土谢图汗和车臣汗为首的喀尔喀部主要首领们承认他们自己是中国——满族帝国的属臣，并同意纳贡，作为对此的回报，他们将得到帝国国库的一笔津贴。他们以个人效忠的纽带进一步承认了他们对清朝的义务，个人效忠后来由于两个家族的联盟而不断加强。在此可以提一下，尽管这种制度是以中国处理“蛮族”的管理经验为基础，但是，它主要是建立在蒙古可汗们附属于满洲大汗的、游牧民对游牧民的形式上。因此，当1912年满清王朝灭亡、中华民国取代之时，蒙古王公们认为他们解除了他们的效忠誓言，宣布独立。
1695年，噶尔丹与清朝之间的战争再次爆发。噶尔丹又穿过喀尔喀境，长驱直入克鲁伦河流域，目的是要与嫩江边的科尔沁人取得联系，他想怂恿科尔沁人摆脱清朝藩属的地位。但是，科尔沁人将此阴谋通报了北京朝廷。1696年春，康熙皇帝率领全军前去讨伐，他们从张家口直逼克鲁伦河，然后沿河而上追击敌人。〔78〕这位准噶尔汗企图避开康熙，但是，康熙的主要将领费扬古率先头部队在土拉河畔追上了他，由于再次使用了火炮和滑膛枪，于1696年6月12日在库伦南的昭莫多打败了噶尔丹。噶尔丹的妻子被杀，她的随从被俘，她的牧民们也留在清军手中。这位准噶尔领导者在损失了半数军队之后，向西逃，而康熙皇帝凯旋地回到北京。清朝的胜利使喀尔喀人重新获得了他们的领地，在第二年夏天，康熙正在准备再发动一场战争把准噶尔人赶回塔尔巴哈台时，得知噶尔丹在病后不久于1697年5月3日已经去世。〔79〕
满清帝国从这次胜利中获得的最大利益是在喀尔喀人中建立了一个永久性的保护国。康熙从准噶尔统治下解救出来的四位喀尔喀汗对他是唯命是从，清朝官员住在他们之中，在喀尔喀境内的中心地库伦有一支清朝驻军。此外，在世界观上康熙仍是地道的满族人，能够理解游牧民的心理，慎重地避免干涉东蒙古人的民族组织。他尊重该地区内原部落、军事和行政的划分，即划分为扎格兰（议会或盟），爱马克（部或军团），库西昆（“旗”）和苏木（“箭”或“骑兵中队”）。〔80〕
在鄂尔多斯人中也发生了类似的事情。老莫斯特尔特记道：“各部按满族八旗的模式分编成为旗，尽管大多数部落仍由原统治家族的王公们统治，但是一些部落，如察哈尔部和归化城的土默特部失去了他们的首领，处于满族官员的统治之下。……属于同一旗中的个人又分属一定数量的苏木之中，依次又分为若干营，苏木受制于章京，营由扎兰统领，这一体制致使贵族（台吉，来自太子）与其部属之间团结的纽带松弛了，缩小了曾经使这些贵族与平民（哈拉抽）区别的鸿沟”。〔81〕
从疆域的观点来看，康熙帝由于劝哈密的穆斯林王公、阿布杜拉·塔尔汗伯格承认了他的宗主地位，从而控制了东突厥斯坦商路的起点。
第十二节 策妄阿拉布坦统治下的准噶尔汗国（1697—1727年）
康熙皇帝满足于已经确立了的对喀尔喀人的保护权，这一保护权又因噶尔丹的死而得到保证，他没有打算征服塔尔巴哈台的准噶尔国。他任随噶尔丹的侄子、僧格之子策妄阿拉布坦登上了绰罗斯部王位。况且，噶尔丹一度曾企图处死策妄阿拉布坦，最后，策妄阿拉布坦反叛了他的叔叔，〔82〕因此，北京朝廷认为准噶尔各部现在是由中国的一位盟友在统治。事实是，如考朗特清楚地指出，策妄阿拉布坦在采取他叔叔的反中国的政策之前，需要巩固他在塔尔巴哈台和伊犁地区的地位。伊犁地区对于新汗将具有特殊的利益，他似乎选定固尔扎为他的都城，把叶密立城留给他的兄弟大策凌敦罗卜。〔83〕
在伊犁河地区，准噶尔人的霸权与吉尔吉斯—哈萨克人发生了冲突。〔84〕吉尔吉斯—哈萨克人是一支信奉伊斯兰教的突厥族游牧民，他们统治着从巴尔喀什湖到乌拉尔河之间的地区。他们的三个部之间保持着某些松散的联系，但仍服从于同一个汗，即头克汗（死于1718），据巴托尔德说，头克汗被看成是其民的立法者。〔85〕在他的统治下，这些终年过着游牧生活的人有了一些小规模的组织，并开始稳定。大约自1597—1598年起，在泰外库勒汗的统治下，吉尔吉斯—哈萨克人就从乌兹别克人即布哈拉的昔班汗国手中夺取了突厥斯坦城和塔什干城。一百年以后，头克汗在突厥斯坦城里接见来自俄国（1694年）和卡尔梅克人（1698年）的使者。〔86〕由于头克汗处于如此强大的地位，他能够利用由于准噶尔人与中国冲突在准噶尔人中所产生的混乱，他毫不犹豫地让人处死了大批准噶尔使者，尤其恶劣的是，还杀害了随行的500人。〔87〕
17世纪末发生在伊犁河和锡尔河之间草原一角的这桩杀害使团所有成员的事件，显然是游牧部落间的另一种斗争。然而，在它的后面掩盖着的是古老的种族冲突和宗教冲突。西部的草原帝国是属于突厥人呢还是属于蒙古人呢？是属于穆斯林呢还是属于佛教徒呢？正是后者最终取得了胜利。策妄阿拉布坦进攻头克汗并打败了他（1698年）。中帐首领布拉特汗于1718年继承了头克汗，他甚至更不走运。准噶尔人从吉尔吉斯—哈萨克人手中夺取赛拉木城、塔什干城和突厥斯坦城（1723年）。吉尔吉斯—哈萨克人的三个部落因战败而分裂，各自东西。大帐和中帐的一些首领们承认了策妄阿拉布坦的宗主权；喀喇吉尔吉斯人，或者说伊塞克湖边的布鲁特人也承认了策妄阿拉布坦的宗主权。策妄阿拉布坦还维持了其前任噶尔丹所确立的准噶尔人对喀什和叶儿羌的统治。在北方，其兄弟大策凌敦罗卜（其统治地在斋桑湖和叶密立）率军攻打俄国人，一度曾使俄国人退出了叶尼塞河畔的雅米谢威斯克（1716年）要塞。1720年春，一支俄国惩罚性的远征军与策妄阿拉布坦之子噶尔丹策零在斋桑湖附近发生冲突；尽管双方武器悬殊：弓箭对付火器，但是，噶尔丹策零还是成功地率2万准噶尔战士堵住了俄国人。斋桑湖盆地仍是准噶尔人的领地。俄国与准噶尔人的边界最终固定以乌斯季卡缅诺哥尔斯克要塞为界，该要塞是俄国人于当年（1720年）在叶尼塞河畔、北纬50°处建立的。〔88〕
策妄阿拉布坦未待西部的帝国巩固，就在东部开始实行其叔叔噶尔丹的反满清中国的政策。西藏教会中发生的政治—宗教的动乱给了他机会。自从达赖喇嘛阿旺·罗卜藏于1680—1682年间去世以后，喇嘛教会一直被世俗的第巴桑结嘉措操纵。他为所欲为，先以已故达赖喇嘛（他公开宣称这位达赖喇嘛仍在世）之名统治，后来（1697年）他又在他指定为新达赖喇嘛的一个幼童的名义下进行统治。〔89〕第巴桑结嘉措站在准噶尔人一边反对中国。康熙煽动青海地区的和硕特部拉藏汗反对他，拉藏汗于1705—1706年进入拉萨，处死桑结嘉措，废黜年幼的达赖喇嘛。〔90〕在使用了一些复杂计谋之后，拉藏汗和康熙提名了新的达赖喇嘛，并得到中国的正式批准（1708—1710年）。
策妄阿拉布坦心怀叵测地注视着这些变化，西藏教会在蒙古的精神影响是太强烈了，他不能让清朝利用它。大约1717年6月，他派其弟大策凌敦多卜率军入西藏。大策凌敦多卜从和阗出发，经过空前大胆的翻越昆仑山和荒漠高原的行军，然而直奔那曲地区，在那里有和硕特部拉藏汗，即中国一方的代表，他正在打猎娱乐。虽然拉藏汗受到袭击，但是，他还是在那曲和腾格里湖之间的一个隘口（肯定是在桑雄拉关隘）堵住了敌人，直到10月，当他被迫撤往拉萨时，大策凌敦多卜军尾追着他。1717年12月2日，叛乱者们向大策凌敦多卜打开了拉萨的大门，准噶尔军连续三天屠杀了中国方面的所有支持者们（无论是真的还是被怀疑的）。拉萨汗曾试图守住布达拉宫，后来在逃跑时被杀。圣殿布达拉宫遭到掠夺。考朗特惊奇地发现，准噶尔人，这些虔诚的喇嘛教徒，洗劫他们自己的宗教圣城，而以掠夺来的宝物去装饰固尔扎的喇嘛寺庙，然而，中世纪基督教世界的威尼斯人在亚历山大堡和君士坦丁堡的行为不也是如此吗？并且，“遗骨之战”不正是可以追溯到佛教的初期吗？
与此同时，康熙不愿意让准噶尔人占有西藏，或者说，他不能容忍一个其疆域从斋桑湖和塔什干延伸到西藏的准噶尔帝国存在。1718年，他命令四川长官进军西藏，但是，这位长官在到达那曲时被准噶尔军击败杀死。1720年，另外两支清军入藏；一支又从四川进军，另一支从柴达木进入。第二支军打败了准噶尔军，这些准噶尔军在西藏已经引起了藏民们的仇恨，现在（1720年秋）被迫仓皇逃出西藏。大策凌敦多卜带着不到半数的军队退回准噶尔地区。一位亲清政府的达赖喇嘛被扶上位，两位清朝高级官员被派到西藏；担负着操纵黄教政策的任务。〔91〕
策妄阿拉布坦在戈壁地区也不走运，他的军队未能从清朝驻军手中夺取哈密（1715年）。现在轮到清军发起攻势，于1716年占领巴里坤。然后，两支清军分两路进攻策妄阿拉布坦，一支从巴里坤出发；另一支的活动在更北方，他们占领吐鲁番，并于1720年底，又在乌鲁木齐打败准噶尔军。虽然中国人未能久留在乌鲁木齐，但是，他们在吐鲁番设立了一个军屯区。注意到以下事情是很有趣的，即吐鲁番的穆斯林反对准噶尔人的统治的起义，便利了清朝的行动。〔92〕
有过远征尝试的康熙皇帝很可能将会发动对准噶尔本地的征服，但是，他于1722年12月去世，他的儿子、不爱习武的雍正继位，使清朝廷于1724年与策妄阿拉布坦议和。〔93〕然而，这次和平只不过是一次休战而已。因为当策妄阿拉布坦于1727年底去世前，他已经通过占领吐鲁番又恢复了对清朝的攻势，吐鲁番的穆斯林居民已逃到中国境内的敦煌。
第十三节 噶尔丹策零的统治（1727—1745年）
策妄阿拉布坦之子噶尔丹策零继位。新准噶尔王从一开始就表现出对中国非常的敌视，以致雍正皇帝于1731年与他们重新开战。一支清军从巴里坤前往乌鲁木齐，〔94〕击溃了集结在那儿的敌军。但是，清军没有留在乌鲁木齐。再往北，另一支清军一直来到科布多，甚至越过科布多、进入了准噶尔腹地，〔95〕但在两个月之后被击败，几乎全军覆没，雍正皇帝灰心丧气，下令军队撤出科布多和吐鲁番两地。
噶尔丹策零企图利用清军这次失败，派其叔叔大策凌敦多卜入侵喀尔喀境。〔96〕大策凌敦多卜从已经得解放的科布多出发，一直推进到克鲁伦河，但是，喀尔喀人进行了坚决的抵抗，他们在拜塔里克河、土拉河和翁金河的各渡口设防（据《东华录》记），准噶尔人在1731年底以前都未能在喀尔喀立住脚。1732年春，那些离开乌鲁木齐前往哈密去驱逐清朝驻军的准噶尔人没有取得大的进展。同年夏末，一小支正在进攻喀尔喀部境内的准噶尔军在和林附近受到一位喀尔喀王的突然袭击，部分人被杀。〔97〕现在轮到清军采取攻势。他们于1733—1734年夺取地处杭爱山中心的乌里雅苏台，兵锋直至黑额尔齐斯河。甚至科布多也被夺回。〔98〕
清朝尽管取得了这些胜利，并且明显地仍占领着（也许是暂时）乌里雅苏台和科布多，但是雍正皇帝于1735年提出与噶尔丹策零缔约，通过该条约，中国将保留杭爱山以东地区（即喀尔喀部境），而准噶尔人将得到该山脉以西和西南地区（即准噶尔和喀什噶尔）。在此基础上达成了不言而喻的休战协议，雍正去世（1735年）以后，其子、继承人乾隆皇帝于1740年认可了这一条约。这次和平一直维持到1745年底噶尔丹策零去世时。〔99〕
第十四节 清朝合并准噶尔地区
噶尔丹策零去世后，紧接着是准噶尔国内的动乱时期。噶尔丹策零之子策妄多尔济·那木扎尔（约1745—1750年在位），是一个放荡而残忍的年轻人，他被贵族们弄瞎了眼关在阿克苏。众人不服新汗喇嘛达尔札（1750—1753年在位）的统治。〔100〕已经臣服于绰罗斯部洪台吉一个世纪之久的杜尔伯特部、和硕特部和辉特部威胁要摆脱绰罗斯部而独立。统一丧失了，准噶尔国也随之而消失。最后在1753年，一位名叫达瓦齐的能干首领、即策凌敦多卜的孙子，在辉特部王、噶尔丹策零的女婿阿睦尔撒纳的支持下，进军固尔扎，处死了达尔札。〔101〕达瓦齐被拥立为汗（1753—1755年在位）后，现在不得不与他昔日的盟友阿睦尔撒纳展开了争