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弗洛伊德慢慢相信，对精神病人适用的东西，对正常人也同样适用。然而，后来的发展却是这样的一种方式，即，他们不可为人接受的欲望，藏在清醒头脑之外的那些东西，都转变成了可为人接受的行动方式。因此一来，健康的行为，如同病态的行为一样，都在很大程度上由无意识的力量来促发和引导。
原初过程及二级过程：
在弗洛伊德的观点来看，无意识思维不仅仅只是我们用来羁押思维当中原初和不成熟部分的不可忍受的思想和欲望的地方。他把发生在这里面的精神过程叫做“原初过程”，它们是要通过行为，或者，在这些行为因为现实世界的力量而受阻的时候，通过像儿童时期的引诱概念或者梦想这类幻想来打破禁忌，实现愿望。无意识的内容虽然不是来自现实世界，却是促使我们行动的精神现实。
在我们成长的时候，我们得知，不能按那些不受控制的原初过程的催促来行动。我们得知哪些是在现实世界里可以被接受，可以成功实现的，哪些不能。有意识的思维操作的方式，是按照“二级过程”来进行的，即我们构想并实现一些满足可以为社会所接受的一些欲求的办法时所需要的那些思想、认知和解决问题的精神活动。
快乐原则：
许多哲学家和心理学家早已发现，人类行为在很大程度上都是趋乐避苦所致。弗洛伊德把这种理论归入他的无意识理论里去，但改变了其重心。他说，整个精神机关的基本促进动力，来自没有得到满足的愿望或者没有得到平息的激动——一个释放由此而产生的未满足感（不快）的愿望，从而消解紧张，得到快乐。在早期，弗洛伊德把它叫做“不快乐原则”，可后来重新命名为“快乐原则”，这个标签后来成为心理学词汇的一部分。
“快乐和不快乐原则在弗洛伊德的心理学中是最基本的概念，”琼斯说。“它自动调节精神贯注的过程。”“精神贯注”在弗洛伊德的写作当中是一个非常重要的术语，这个词是标准版的译者詹姆斯·斯特雷奇根据弗格伊德所用的Besetzung这个德语词改制的，原来的意思是“全神贯注”或者“充满”，弗洛伊德用这个词表示“精神能量的装载”，或者，按后来的说法，是“情感投入”。
饥饿是一个典型的愿望。当原初思想（想象食物，梦见食物）不能达成画饼充饥的效果时，二级过程思维便会接过驱除苦痛的任务，会神贯注或者精神能量会被转移到现实世界的活动上去，如购买食物，烧制食品等，这些活动过一阵子就能排除饥饿感，并带来轻松快乐。因此，原初过程是按快乐原则来行事的，而二级过程是按现实原则行事的。可是，如弗洛伊德后来所补充的那样：
用现实原则来替代快乐原则，并不意味着可以去掉快乐原则，而是它的防护。一种暂时的快乐，由于其结果是不确定的（也就是说，愿望的那些结果），会被放弃掉，可只是为了便于顺着这个新的路径在稍后一点的时间里获取确定的快乐。
性欲：俄狄浦斯情结：
尽管弗洛伊德有关性欲的一些思想直到1900年以后才初具成熟的形式，或者在他的系统里才开始显示出重要性，可是，我们知道，早在这之前，他就已经慢慢地相信，性欲驱动力是最威猛的力量之一，它甚至在儿童时代就已经存在了，而且在正常人格和精神病人格的形成过程当中都起很大的作用。
他认为，这个驱动力最重要的一个方面是，在儿童时期，它通常因为原初过程而导向异性的父母。众所周知，弗洛伊德把这些驱动力叫做俄狄浦斯，因为在希腊神话中，这个人在不知情的情况下误杀了亲父并娶了生身母亲。在小男孩中，这种导向母亲的性驱动力伴随着对父亲这个情敌的仇视，还有甩掉他的恶劣愿望。可是，通过现实的二级过程思想，这个孩子认识到，他的父亲远较他为强，在彼此的争斗中父亲必赢无疑，而且，俄狄浦斯式的愿望包含了很严重的危险。结果，这种愿望与恐惧之间的冲突导致了不可忍受的焦虑。弗洛伊德直到1910年才把这个东西叫做“俄狄浦斯情结”，可在90年代末期给弗里士的一些信件当中，他已经开始把这个类比引向俄狄浦斯神话了，在1900的《释梦》中，他已经以简单的形式公开论及这个理论了。他认为俄狄浦斯情结是人类经验中不可避免的一部分：“把最初的性冲动导向我们的母亲，并把最初的仇恨和我们最开始的谋杀愿望导向我们的父亲，这也许”——他后来把“也许”砍掉了——“就是我们所有人的命运。我们的梦告诉我们，事情就是这样的。”后来，他又形成了有关女孩子当中一些不同但类似现象的理论。
抑制：
为了排遣俄狄浦斯情结造成的焦虑。孩子只好抑制自己的俄狄浦斯愿望，把它们藏在无意识里。抑制是思维最重要和最紧要的机制，是精神自我防范的基本方式，以避免由于原初愿望和会在现实世界里受到伤害的担心而产生的焦虑引起的冲突。琼斯说：“它可能很确定地被认为是弗洛伊德最为重要和富于创造性的贡献。”
在接下来的一些年里，弗络伊德会把俄狄浦斯情结及其通过抑制来解决问题的理论扩展开，使其成为儿童成长理论中的核心。
衡定原则：
虽然弗洛伊德不再用生理学术语来解释心理过程，可是，他仍然相信，亥姆霍兹的能量守衡原则——任何一个封闭系统中的能量总和为常数——可以应用到精神现象当中去。如他和布罗伊尔在《癔病的研究》中所说的：“在这样一个有机体内，存在一个使脑内激发保持为常数的倾向。”当一些事件引发过多的激发时，比如发生了某件使我们很生气的事情时，我们倾向于以一种或者另一种方式来消解这种愤怒，以保持我们正常的激发平衡。我们如何做到这一点，就是由二级过程思维所管束——或者有时候是突破它——的原初过程思想发生作用的结果。布罗伊尔和弗洛伊德举了一个例子：
“当俾斯麦必须在国王面前压抑他的愤怒时，过后他往往把一只昂贵的花瓶摔到地上泄愤。”
衡定原则是弗洛伊德心理学的基本信条，这是他对精神病和其它一些现象的解释中最基本的部分。其它的一些现象当中，最引人注意的是位移。由于精神激发保持为一个衡定的总量，如果在一个思想当中受到了削减，它会在另一个相关的想法当中增补回来。它是被“移了位”。如我们所知，弗洛伊德依靠这个概念来解释精神症状和梦想，在这两种例子里，得不到允许的一些愿望中蓄积的能量被移位至一个允许的活动中去了。以后，他把这个概念应用到“升华”的解释中去——即，用积极的方式将没有能够实现或者受到压抑的一些愿望中的能量去从事建设性的活动。例如，敌对的冲动，可以重新导入为了获取成功而进行的努力。弗洛伊德一向善于找到一个合适的办法或者文学例子来说明问题，他在这里引用了海涅想象上帝解释创造的一首诗：
创造之冲动
源根于病痛；
借由创造，我康复；
借由创造，我硕健。
成功
1900年，尽管已经完成了他的自我分析，已经年届44的弗洛伊德却有很多原因感到元气大泄，颇不如意。他原指望自己的得意之作《释梦》会哄动一时，可后来，他说：“这样的见解命当如此，可一辈子只能有一次。”然而，这本书出版的时候，即1899年12月，虽然听到一些恭维话，在维也纳还是有一些乱七八糟的评论，而在别的地方却没有丝毫反应。从商业角度看，这本书亏成了无底洞，6年时间只卖出去351本。
弗洛伊德比以前任何时候更感到无人问津，孤立无援。他的门诊业务，原指望这本书会有所帮助的，哪知还是要死不活，他仍然遭受着害怕贫穷的痛苦。他与布罗伊尔的友谊早就断了线，他对弗里士作为自己的密友、支持者、合作人和偶象的｜Qī｜shu｜ωang｜、非常热切的亲密和无法独立的依赖也在崩溃之中。在他进行自我分析的时候，他曾仔细地分析了他对弗里士近乎崇拜的感情，发现这里面有几乎精神病的倾向和一种掩盖起来的、含有同性恋成分的因素在里面。当自我分析使弗络伊德从对弗里士的情感依赖中解脱出来的时候，后者变得很容易激怒，经常是鸡蛋里面挑骨头。1900年8月的一次大会上，他们彼此疯狂地攻击对方的观点，弗里士告诉弗洛伊德说，他怀疑弗洛伊德的心理分析研究有什么价值。他们再也没有碰过面，他们通信往来的热情也逐渐消失。几年以后，他们之间的友谊突然间完全终结，当时，弗里士谴责弗洛伊德把他尚未出版的万有遗传双性论理论透露给哲学家奥托·魏宁格（他然后在出版物中使用了这些观点），而又没有指明这是弗里士的观点。
但是，从这年起，弗洛伊德的生活开始有所改善了。1902年，他终于被提升为维也纳大学的特命教授，他余下来的一生都是以弗洛伊德教授闻名于天下的。这项荣誉来得是迟了些，可是，从名分上和实际上都还是雪里送炭，使他受益不浅的。
也是在这一年，维也纳的一位医生威尔汉姆·斯特克尔给弗洛伊德出了个主意，这人曾患阳萎，被弗洛伊德治好了。他建议弗洛伊德每周开一次晚会，让一些对他的工作有兴趣的同事来参加。弗洛伊德喜欢这个主意，向其他3位医生发出了邀请函。1902年秋天，这5位把自己叫做“星期三心理学会”的医生开始在弗洛伊德的办公室内定期碰面。一位成员交一份论文，之后，几个人一边喝咖啡用茶点，一边讨论这篇论文和相关的心理学理论和疗法。按其中一位成员的说法：“最初几年，这屋子里有某种宗教盟誓的气氛。弗洛伊德自己是它的新教主和预言家，他使当时心理学调查当中的一些方法流于肤浅。”
这个团体慢慢成长起来，它早期的成员包括奥托·兰克、阿尔弗雷德·阿德勒、山达·弗伦茨和欧内斯特·琼斯，后来注定都成了心理学运动中的大腕。到1906年，共有17名成员，两年后，这个不断成长的团体组成了维也纳心理分析学会，不过已经分出了教派，争吵不断。这时期，在欧洲和美洲也冒出了许多类似的学会，到1910年，在纽伦堡的一次大会上，国际心理分析协会也成立了。
弗洛伊德的教授地位和组建星期三心理学会的工作，使他在门诊业务和收入上都获得了丰收。他单独开了一个办公套间，与他家宽敞的住宅完全分开。他开始收藏罗马和希腊小雕像及他喜爱的其它一些古董，把它们摆放在视线所及的桌子上，他自己就坐在病人的躺椅靠头那一边的后面。他现在还有钱到更遥远的地方去过更豪华的度假生活。他习惯于非常努力地工作9个月，再休3个月的暑假。他与全家——玛莎、他们的6个孩子、玛莎末嫁的姐妹明娜——一起先到山区度过假期的前面一部分。尽管他在照片里显得神情严肃，甚至目光可惧——有人说他的眼神有穿透力，还说他颐指气使——可在私人生活当中，他可以是个热情、豁达散荡、不拘小节的人，度假的时候还背一个背包，穿上远足衣和长靴，带着稍大些的孩子们行走在森林里，爬山，找蘑菇，还钓鱼。这样过几个星期之后，他会离开家人去到意大利，拜访罗马市，这也是他自我分析的成果之一。玛莎不跟他一起去，弗洛伊德是个很保守的维也纳中产阶级家长，他的妻子是个家庭女主人，她惟一的人生目的就是要为“我们亲爱的家长”服务。她保持住了安宁与次序，让弗洛伊德从烦琐的俗务中解脱出来，替他整理衣物，甚至为他把牙膏挤在他的牙刷上。有这样的支持，怪不得弗洛伊德这位特别喜欢工作的人会取得如此多的成就。尽管他每天看病长达八九个小时，可是，他在晚上和周末还是写了很多东西，他一生的心理学作品共有23大卷。
弗洛伊德在新世纪头几年完成了大小不一的许多著述，其中有两部特别重要，一部使他声名大噪，另一部令他恶名昭彰。
第一部是1901年发表的《普通心理病理学》。它谈论的是诸如遗忘、说话走嘴和做事笨手笨脚这些话题，弗洛伊德认为这些不光是一些小毛病，而是有非常重要的无意识原因的。尽管该书的目的非常严肃，可是，满篇都是从弗洛伊德自己的生活、病人的生活和从报刊及其它来源收集到的许多逗笑的材料。有个例子是弗洛伊德最喜欢举出来的，他后来在其它一些作品中也引用过的。说是，奥地利国会众议院的主席知道，特别召集的一次会议不会产生什么好结果，因此暗地里希望它早点结束，会议开始时，他正式宣布：“先生们，我注意到占合法大多数的出席者已经到场，因此我宣布，会议到此结束！”《普通心理病理学》成了弗洛伊德最为畅销的书，在他活着的时候，已经出了11版，并且翻译成了12种外语。
第二部著作《性学三论》是1905年出版的。这部著作在把性描述为人类行为当中最为根本的力量时，比以前的作品走得更远。第一篇论及性错乱行为，认为这是不完整或者扭曲成长的后果。第二篇论及婴儿性欲，这篇文章进一步扩展了弗洛伊德早年对这个课题的观点，他坚持认为，所有的人生而具有倒错的潜能，只是在健康的成长中，这种倒错欲被控制了而已。第三篇文章讲青春期性欲和因解剖学差别而形成的男性人格与女性人格的差异。
《性学三论》里有很多显明的细节，书中有关儿童性欲的理论思想触犯了欧洲和美洲的中产阶级中一些思维受约束的小镇居民们。弗洛伊德被称为思想肮脏的泛性论者和“维也纳的浪荡子”，他写的书被定性为“色情作品”，是对儿童纯洁本性的玷污。按琼斯1955年的说法：“这本书的出版使他声名大败，非难雀起，到现在仍然如此，特别是那些没�