刘迈不慌不忙道：“射钩斩祛，并迈为三。”射钩是一个故事，春秋时齐国公子纠与小白争做国君。管仲辅佐公子纠，所以用箭射小白，结果没有射死小白，只射中小白的带钩。后来小白成为国君（即齐桓公），不计前仇，任管仲为相，遂为霸主；斩祛又是一个小故事，晋公子重耳（后来的晋文公）出逃到翟国，晋献公派出寺人披追杀他，也没杀死重耳，只是在重耳翻墙的时候斩下了重耳的衣袖。重耳后来也不计前仇，赦免了寺人披。重耳后来也成为霸主。刘迈的意思是你桓玄就是将来成霸业的人，我则是历史上第三个被霸主原谅的人。这是一种很高级的拍马屁方式。桓玄听了非常高兴，当即也给了刘迈一个参军的官做。
刘牢之被桓玄任命为会稽内史。刘牢之一听这个任命非常吃惊：“这不是要夺我兵权么？看来大祸将至！”于是召开紧急军情会议，商讨征伐桓玄。参军刘袭道：“人世间最不应当做的事那就是反。将军先反了王兖州，后又反了司马郎君，今天又要反桓公。像你这么反来反去的人，根本没有自立的根本！”说完话就走了。刘牢之手下的绝大部分将佐也纷纷离开了他。
刘牢之的军队就这样垮掉了。他只好带刘裕去投奔广陵的高雅之。刘裕劝他说：“你去了广陵也逃不出桓玄的手心啊。我呢，也要脱下戎装，换上常服，回京口做老百姓了。”也告辞走了。何无忌问刘裕：“你们都走了，我该怎么办？”刘裕说：“我估摸刘镇北一定不免一死，你可随我一起回京口。”何无忌本是刘牢之的外甥，他犹豫了半天，最终还是告辞了刘牢之，也走了。
刘牢之这才开始害怕起来，带着没有将校只有士兵的军队向北撤退，等撤到新洲的时候，他的士兵也跑得精光。刘牢之觉得自己太丢人了，太窝囊了，太愚蠢了，前途也很黯淡，未来没有希望，就解下腰带找了棵树上吊死了。刘牢之无德无信无威，竟然也想争天下做皇帝，结果下场很惨。
刘牢之的儿子刘敬宣不久赶来，他把父亲的尸体装殓后，送回丹徒老家。桓玄派军队赶到，刘敬宣来不及掩埋他的父亲，匆匆渡江，北逃到广陵，与高雅之、司马休之一起投奔了南燕。桓玄命令劈开刘牢之的棺材，砍下首级，把尸体扔到野外曝尸。又到处悬赏捉拿刘牢之的党羽，杀戮北府军将领。辅国将军袁虔之等北府将领逃往长安，投奔后秦。姚兴任命袁虔之为大司农，并问他：“桓玄才略和他的父亲比起来怎么样？他能不能成功？”袁虔之道：“桓玄名为晋臣，实为晋贼。此人好猜忌，赏罚不公。我看比他的父亲差远了。桓玄既然已经执掌朝政，将来肯定篡逆。但他没有命世之才，断无成功道理，迟早要完蛋。”
孙恩被困在海岛，得不到大陆补给，过得很是辛苦，几次带兵进攻东晋，但每回都被打了回去。孙恩感觉前途无望，投水而死。一些家属和信徒也跟着投水自杀。但事后仍然有很多人迷信他，不相信他会这么容易就死去，称这些投水的人为“水仙”。孙恩死后，还留有七八千教徒，于是大家又推孙恩的妹夫卢循为首领。卢循遂向桓玄请降，桓玄刚刚执掌朝政，也不愿意国家有事，所以就接受了卢循的投降，任命他为永嘉太守。卢循接受任命后，依然保存实力，并在这年五月，再次举兵起义。桓玄派去镇压的军队连连失败，桓玄很为这事心烦。桓修建议起用刘裕。桓玄说：“刘裕是刘牢之的老部下，我担心他执掌兵权后对我不利。”桓修说：“当年刘牢之要带兵攻打你，刘裕没有跟随他，而是解甲归田，可见这个人和刘牢之也没什么太深的交情。后来我一直用他做我的中兵参军，我们相处时间也很长，我看他对你并无异心。”
桓玄于是命刘裕为建武将军，令他出讨卢循。在家赋闲的刘裕再一次得到了出山发展的机会。他带着何无忌领兵出征，用一年多的时间将卢循彻底赶出三吴。卢循逃往晋安（今福建省南安市丰州镇），刘裕又追来把卢循赶出福建。卢循只好渡海向南海逃走。刘裕回师京城，桓玄论功行赏，将刘裕升为彭城内史，从此日益受到朝廷的重视和重用。
东晋复国
晋元兴二年（403）九月，桓玄逼安帝封他为楚王，见事情办得很顺利，朝野内外也没有反对的声音，于是他胆子更大起来，准备当皇帝。他问桓谦如果他当皇帝，会不会有实权人物反对。桓谦说：“其他人都不敢反对，只有刘裕这个人我不敢说。”
桓玄让桓谦去试探刘裕，刘裕对桓谦说他双手赞成桓玄当皇帝。桓谦很高兴，赶回来告诉桓玄。于是桓玄立刻行动，经过一番安排之后，带着文武百官入内宫，让安帝禅让。安帝本是个白痴，自然无话，于是由卞范之拟禅让诏，安帝签了个字，司徒王谧奉上玉玺。桓玄登基成为皇帝，国号为楚。桓玄当皇帝后，把他的亲信都任命到实权职位，桓修的弟弟桓弘为青州刺史，刁逵为豫州刺史，郭昶之为江州刺史，刘裕也因为对桓玄表示过拥戴，被封为中军将军。桓玄还认为刘裕是个难得的军事将领，以后国家少不了要用刘裕的地方，于是经常厚赏刘裕，并经常召见刘裕一起喝酒游玩，拉拢感情。
刘裕早就派何无忌拉拢了一大批中下级军官和地方官，打算起兵反楚复晋，但被桓玄留在京中，一直不能脱身。刘裕以母亲身体有病需要照顾为名向桓玄请假。桓玄批准刘裕走后不久，他又后悔了，急忙派人去追刘裕，哪知道刘裕挑了一匹快马，一路玩命地南奔，桓玄的人根本就追不上。这哪是回家探母，分明是逃命。桓玄听说刘裕跑得这么快，心里隐隐感觉不安，但还心存侥幸，没想到几天后他的担心成为现实。刘裕在京口起兵了！
刘裕一路狂奔，回到京口，这时京口的何无忌已经联络了一大批北府兵旧将和其他反楚的中下级官吏，刘裕被推为起义首领。刘裕安排下三路人马，分别进攻青州刺史桓弘，徐、兖二州刺史桓修和豫州刺史刁逵。
京口这一路，刘裕和何无忌化装成钦差大臣带着一百多人来到桓修府中，等恒修出来迎接时，一刀将桓修劈死，因为京口士兵大多为北府旧部，是刘裕和何无忌的老部下，所以都投降了刘裕。司马刁弘率自己的军队来战，刘裕很快将刁弘击败，收降其部下，占了徐、兖二州。
广陵这一路，刘毅在桓弘手下做参军，刘道规为参军，孟昶为主簿，三个人一起邀请桓弘出去打猎。桓弘未加防备，一口答应。在打猎的那天早上。三个人带上打猎的刀枪剑戟直接走到桓弘的客厅，桓弘正在吃早饭，看见三个人拿着兵器还纳闷他们怎么这么着急。哪知道三个人一齐围上来用这些打猎的武器把桓弘给杀了，也收降了青州的士兵。刘道规据守广陵，刘毅和孟昶带兵去京口和刘裕会合。刘裕让孟昶守京口，然后挑出一万多精兵，攻向京师。
历阳这一路，诸葛长民却被刁逵先发制人，反被擒获。刁逵把诸葛长民等人装入囚车中送往京城。
桓玄听说刘裕等人造反，不由大惊道：“刘裕是当世英雄，刘毅为人杰，何无忌的军事才能不亚于他的舅舅刘牢之。这三个又一起联合起来反对我，我就要败啦！”这时桓谦大哭闯入，一定要请桓玄出兵击杀刘裕，为二弟桓弘报仇。
桓玄道：“刘裕虽然兵少，但这个人打仗很厉害，手中又握有善战的北府兵，如果出兵对决，一旦战败，大势去矣！不如把所有的军队都收缩到覆舟山一带防守。刘裕行军数百里不见一兵一卒，忽在覆舟山见我数倍于他的大军，军心必惧。我们坚守不出，刘裕的军队久攻不下，军心会更加动摇。到时，刘裕自然会退兵。”但桓谦一定要桓玄出击，为二弟报仇。桓玄被他缠得没有办法，就派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后北上去攻刘裕。
吴甫之率三万兵在江乘与刘裕的部队相遇。吴甫之先击败前锋何无忌，但刘裕的中军随后杀到，又大败吴甫之的部队，并杀死吴甫之。刘裕带军队追杀吴甫之的残兵，追到罗落桥的时候，皇甫敷率领五万大军赶到。两军混战一番后，刘裕因为兵少，被楚军分割包围，刘裕手下将军檀凭之被射死。在这危急时刻，刘裕带一小队人马，奋力杀向皇甫敷，把皇甫敷杀死。皇甫敷死后，形势顿时逆转，失去主将的楚兵纷纷撤退，刘裕趁势掩杀，沿途又征招降兵，很快壮大成为一支三万人的队伍。
桓玄急忙任命桓谦为征讨都督，令游击将军何澹之率两万人守东陵，又命卞范之率一万兵防守覆舟山，作为东陵后援。刘裕进兵至东陵，很快击溃桓谦的军队，接着又攻下覆舟山。桓谦、何澹之、卞范之逃回京城，对桓玄道：“刘裕的兵力很强，漫山遍野，不知有多少。你快逃吧！”桓玄也被吓坏了，带着三个人和数千亲信及士兵挟持着晋安帝和司马德文仓皇逃出京城。前相国参军胡籓拉住桓玄的马笼头道：“现在你还有八百羽林军射手，身边也有数千人，为什么不去和刘裕决一死战呢？今天你离开京城，就再没有回到京城的那一天了。”
桓玄无以作答，只以鞭指了指天，表示这是天意，便率众人逃到石头城，又从石头城乘船西逃。一路上桓玄心情难受，刚当上皇帝没几天就被人家赶下台，这皇帝做的还不如安帝那个白痴。他难受得连一口饭都咽不下去，还是他的儿子桓昇替他抚胸才得以咽下。等到了浔阳，江州刺史郭昶之迎接桓玄，桓玄遂命何澹之和郭昶之守在湓口，自己与桓谦、卞范之等人，胁持晋安帝和司马德文退回江陵。
刘裕的军队到了建康，王谧率京中百官出城来迎。刘裕入城后派刘毅率何无忌、刘道规等率一万水军继续追剿桓玄，又把城中没来得逃走的桓氏宗族余党全部杀死。有人向刘裕告发说：“王谧帮助桓玄篡位。当年桓玄篡晋时，王谧还亲手解下晋帝的玺绶。”
王谧当年从刁逵手中救下刘裕，后来不但一直资助刘裕，还激励他事业上进，刘裕一直记在心里，把王谧当做恩人，所以对这件事睁一眼闭一眼，并没有去加罪王谧。刘裕执掌朝纲后，到处寻求人才，先后重用刘穆之、胡籓、臧熹等人，又整理纲纪，打击豪强，严肃法律，稳定了社会。
不久诸葛长民也回来了。原来，诸葛长民被押到当利口的时候，传来消息，桓玄败出京城。押送诸葛长民的士兵也起义反对桓玄，打开囚车放出诸葛长民等人，诸葛长民又潜回到历阳，发动兵变。刁逵在兵变中失败，弃城而走，后来被其部下擒回，反被诸葛长民用槛车押送到京城。刘裕以前被刁逵欺负过，所以连审都没审，就让人把刁逵杀了。
击败桓玄入京后，按道理应当封赏功臣。但皇帝不在了，封官的事就只好互相推选吧。王谧和大家推举刘裕为扬州刺史。刘裕一再拒绝，最后以王谧为侍中，领司徒，扬州刺史，录尚书事。大家又推举刘裕为使持节，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事，徐州刺史，推选刘毅为青州刺史，何无忌为琅琊内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守，诸葛长民为宣城内史。刘敬宣和司马休之听说刘裕打了胜仗，起义成功，也从南燕回国。毕竟刘裕当年是跟着刘牢之混起来的，看在刘牢之的面子上，刘裕让大家推选刘牢之的儿子刘敬宣为晋陵太守，又任命司马休之为会稽内史。
刘毅、何无忌、刘道规的晋军在桑落洲与桓玄的战将何澹之激战，这时桓玄的军队还很多，双方打了很多天不分胜负。何澹之想了个自以为是的计策，他悄悄地移到郭昶之舰中，让自己的旗舰冲向敌阵，以诱晋舰来围攻，这样其他楚舰则可以仗着舰多兵多对晋舰进行反包围。但他担心泄密，并没有把这个事通知到每条船上，而是憋在自己肚子里不说。这就为后来的败仗埋下了伏笔。
晋军很快把这只旗舰攻下。何无忌一马当先，攻入旗舰中，却不见主帅何澹之。何无忌方知上当，这时候楚舰已经从四面八方将晋舰包围，何无忌急中生智，出来喊道：“何澹之已被我生擒了，你们还不投降？”
楚军见旗舰被攻下，所以都相信何无忌擒住了他们的主帅，皆无斗志，纷纷撤退。晋军乘势追击，楚军大败。何澹之从郭昶之的舰中急得跳出来大喊：“我在这里！”竟然无人注意，楚军大败。何澹之和郭昶之只好弃舰而逃。晋军遂攻克湓口，进据浔阳，又从浔阳继续进兵。
桓玄又派苻宏为前锋，率荆州水军二万阻挡刘毅。刘毅的军队只有一万，听说桓玄船高兵多，便打算回浔阳坚守。刘道规道：“敌众我寡，即使退到浔阳，也难坚守。不如乘胜进攻，一鼓作气，与之死战。两军决战，雄者克！不在兵多！”何无忌也不同意退兵。
刘毅于是继续进军，在峥嵘洲与桓玄的水军遭遇后，两军混战。由于晋军兵少，又处于下游，开战后处于不利的局面，开始后撤。但这个时候忽然刮起了东风，而且这场风刮得特别猛烈。水军交战，风向特别重要。楚军虽然处于上流但遇到强烈的逆风，船只都被吹得后退。晋军趁势掩杀，并同时射出火箭放起火来。楚船纷纷中箭着火，风助火势，越来越大，楚军登时溃败。桓玄见此情景，再一次指天长叹道：“这是上天亡我啊！”桓玄乘小船逃走，殷仲文投降晋军。
桓玄逃回江陵后，苻宏、冯该等将请桓玄整兵再战。但楚军上下，大多将士充满悲观情绪，就是桓玄也认为上天站在刘裕的那一边而再无斗志，打算去汉中投奔梁州刺史桓希。但桓玄出逃的消息被人走漏，他出发的前一夜，有人趁机发起暴乱，哄抢国家的府库和沿街商店。桓玄也顾不得整兵镇压了，只想快跑，于是带了三四百亲信士兵，连夜从城西出逃。因为走得着急，竟把晋安帝和司马德文给忘在城中。荆州别驾王康产、太守王腾之两个人急忙带着几百侍卫保护住两个人。
桓玄船到江陵西南三十里处的枚回洲时，正遇上宁州刺史毛Ц