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只要将国民党方面的上述复案与中共方面的提案稍加比较，就可以立即看出，复案除对“拥护”蒋之领导地位二点表示满意外，对其余各点根本没有接受和讨论的态度。
国民党方面的上述复案实际上是对中共方面的提案的基本否定。
当中共代表们接到此复案之后，其心情之沉重是不难想象的。为此，周恩来于同日在给中共中央的电报中指出：国民党表面上招待得很好，天天有人出来请宴会，报纸上不刊发刺激文章，对《新华日报》的检查也较放宽，在社会上造成一种政府力求团结的气象，，但实际上对一切具体问题并未放弃削弱我以至消灭我的方针，以求得在有利于他的条件下解决问题，他们只要求我们认识和承认他的法统及承认军令政令要统一，但反过来却不愿认识和承认我们抗日军队和解放区民选政府长期存在的事实，不愿从事实出发解决问题，只取一概否认的态度，他们特别抓紧的是军队国家化问题，而对政治民主化问题则根本不感兴趣。
周恩来给延安的这份电报准确反映了重庆谈判中第二轮正式会谈时的真实情形，究竟谁是谁非，谁想和平谁不想和平，谁现实谁不现实就十分清楚了。
国共两党在谈判中的争论是十分激烈的。在9 月8 日（第二轮）、9 月10日（第三轮）、9 月11日（第三轮）、9 月12日（第四轮）、9 月15日（第五轮）的会谈中，双方除在召开政治会议问题上意见较为接近外，在其余实质性问题上大都争执不下。而争论的焦点是军队问题和解放区问题。
国民党方面坚持所谓在国家现有体制内实现政令军令统一的必要性，要求中共放弃所谓“必有军队、有地盘，控制军政机关始有保证”的观点。
中共方面认为，中共已作了重大让步，国民党前途已获保障，决无动摇；而国民党对中共的态度却是不平等的，观念是自大的，自西安事变以来一贯视中共为被统治者，为投降者，始终不愿予以承认。要承认中共的政治地位，就必须承认中共所领导的军队、解放区及经普选产生的人民政权，目前政府尚处于国民党党治时期，中共自不能将军队和政权交给一党之政府；政府今日欲求达到统一全国全军之理想，就必须从现实出发，采取民主之方式，循一定之步骤，而非可一步登天，一蹴而就，若谓“我的是我的，你的亦应当给我”，此非民主协商之态度，将无益于问题之解决。
和谈的气氛恶化了，这在9 月15日的第六轮会谈中表现的十分明显。
在这次会谈中，周恩来责问国民党代表，谈话已进行两星期，中共为谋求问题之解决一再让步，不知政府对于此事，除已提出之原则外，尚有没有其他意见？
在周恩来等追问下，张群不得不承认，国方事前党内并未有任何讨论，亦未准备任何方案与中共谈判，甚至连蒋介石的主张亦未经党和政府的讨论。张群一语不慎，道破了国民党的天机，那就是，蒋介石对这次谈判根本就没有抱有过丝毫诚意。
国民党方面在这轮谈判中，其代表张群竟然宣布。中共所提军队问题与中央规定相距甚远，实无法再谈；至于解放区问题，中央之主张亦不能再有变更。9 月17日，当毛泽东与蒋介石在林国直接商谈时，双方争执仍在军队和政权问题上。至此，国共和谈陷入了僵局。
毛泽东是充满和平诚意的。为了争取和平建国的局面，毛泽东决定按预先制定的方案率先作出让步，以打破僵局。
为此，9 月19日，国共双方进行第七轮会谈。在会谈中，周恩来通知国民党代表：赫尔利大使拟议中央与中共军队之比例为1 ／5 ，中共以此比例考虑愿让步至1/7 ，即中央现有263 个师，中共应编为43个师（较9 月3 日所提方案让步5 个师）；以后，中央军队缩编。中共亦依此比例裁编，如中央军从缩编为60个师，中共应为10个师，中央军队如缩编为120 个师，中共应为20个师。同时，关于军队驻地问题，中共拟将海南岛、广东、浙江。苏南、皖南、湖北、湖南、河南境内黄河以南等八个地区之军队撤退，集中于苏北、皖北及陇海路以北地区，此为第一步；第二步再将苏北、皖北、豫北三地区之军队撤退，而将中共所有之43个师集中驻防于山东、河北、察哈尔、热河与山西之大部分、绥远之小部分及陕甘宁边区等七个地区。至于解放区亦随军队驻地之规定而合一。
9 月21日，第八轮会谈开始，国民党方面对中共提出的新方案作出反应，表示可允中共增加数个补充师，但至多不超过5 个军16个师。同时又提出，军队驻地与所谓“解放区”不能混为一谈，中共尽可开列堪任地方各级行政官员的人选名单，送请中央量材任用，但不可指定何省划归中共，并规定由中共推荐各级官员。这无疑意味着国民党不但有权任免中共干部，而且有权随意调遣。对此，中共方面当然不能同意。面对国民党方面的拖延态度，周恩来严正指出，过去在抗战期间，双方商谈可以拖延，问题可以僵持；现在是和平建国时期，问题之解决必须从速，商谈不能拖延，也不容僵持。
在这两轮会谈中，虽说双方都有所让步，而且也均已接近了各自最初拟定的谈判底价，但仍不足以打破彼此间的僵持状态。在随后5 天的时间里，国共谈判不能不再次停顿了下来。
在和谈停顿期间，蒋介石甚至亲自出面向毛泽东施加压力。
在一次会见中，蒋介石对周恩来说：“盼告诉润之，要和，就照这个条件和。不然，就请他回延安带兵来打好了。”
这时的蒋介石，自恃实力雄厚，趾高气扬，态度蛮横，已到了无以复加的地步。
毛泽东的骨头是最硬的，他生来就敢于迎接挑战，从不在任何人的威胁下低头。次日见到蒋介石时，毛泽东当面答复了蒋介石的挑衅：“现在打，我实在打不过你。但我可以用对付日本人的办法来对付你，你占点线，我占面，以乡村包围城市，你看如何？”
事实上后来的中国解放战争中，毛泽东就是如同他所说的那样，一步一步地将敢于发动内战的国民党军最终消灭的。
由于谈判的搁浅，国共双方陷入僵持。美国驻华大使赫尔利迫不及待地跳了出来，并对中共方面施加了很大的压力。
赫尔利对周恩来说，蒋介石可同意中共军队的数目增至20个师，但中共必须同意立即缩编至此数，不能按国军数目比例缩编，也不能拖延，同时，军队与行政不能合起来谈，中共必须放弃请求任命北方五省主席和两省副主席等要求，要么承认由国民党统一，要么谈判破裂。这实际上是想以再增加四个师的数额来换取中共交出解放区政权。本来，国共双方准备在军队数目问题上达成协议后就发表会谈公报，但这时赫尔利却节外生枝，提出如果解放区问题谈不出结果，就不能发表公报。不过，他向中共方面保证，无论谈判成功与否和发不发公报，毛泽东随时可以返回延安。赫尔利说完后，便蛮横地要求周恩来马上请示毛泽东作最后决定。并于21日向毛泽东提出如不照此办理谈判就要破裂。赫尔利这些话，如同最后通碟一般。毛泽东抑制了愤怒，从容不迫地用八个字来回答：“问题复杂，还要讨论。”并指出：军队国家化，国家要统一，我们是完全赞成的，但前提是国家民主化，军队和解放区不能交给一党控制的政府。如何民主化，还要讨论、虽然目前有很多困难，但总会想出克服办法的。我们不主张破裂。
在会谈中，毛泽东还表示，中共不拒绝蒋介石关于中共军队编为20个师的提议，但还要作进一步的考虑。这实际上还在准备作一定让步。毛泽东还将灵活性和原则性巧妙结合起来，一方面，他接受了蒋介石给中共增加四个师编制的建议，另一方面，在解放区问题上却抛回去了一个软钉子。赫尔利是色厉内茬的，面对毛泽东之天衣无缝的回答，他只好无可奈何地表示，要是当初按照《延安协定》（除联合政府的名词不要外）的办法来解决问题就好了。赫尔利在谈判中旧事重提，充分反映了他那穷途末路的凄凉心情。也许是心有感应吧，他这次回国后不久便被杜鲁门解除了大使的职务，此后，他再也没能踏上中国的土地。毛泽东对这位前美国驻华大使的印象也是再坏不过的了。返回延安后，毛泽东在谈到赫尔利的恶劣表演时，曾气愤难平地说：“美国政府、魏德迈、赫尔利，对我们很坏。
在谈判陷入僵局期间，周恩来等中共代表与文化、妇女。产业。新闻各界及各党派人士进行了广泛的接触，向他们详细介绍国共谈判的真实情况，阐释中国共产党的主张，指出谈判停顿的责任在国民党。经过周思来卓有成效的工作，各方人士了解了事情的真相，认为中共已仁至义尽，不能再有让步。否则，不仅是中共的损失，而且也是全国民主力量的损失，其他民主党派及地方实力派将同感威胁。有的民主人士甚至提出，今后应改变谈判方式，由各党派参加的政治会议来代替现在的国共谈判，立即结束党治，组织民主联合政府等。他们纷纷指责国民党，为中共鸣不平，从而使国民党在政治上陷入了被动。
在对中共施加压力后未能奏效的情况下，蒋介石本人也乱了方寸。他感到如继续对中共施压，最终只能导致和谈破裂，如果和谈破裂对国民党未必有利。战后苏联的动向，尤其是中共如在东北发展，令蒋介石忧心仲忡；美国的态度同样令他放心不下。为此，他在9 月20日的日记中这样写道：“俄国对‘共毛’之袒护，几乎以此为奇货，预备制造其傀儡，美国蒙昧，且为之保证，殊为可叹！此时俄国是否因此借口毁灭其盟约义务促使蒙疆内侵与久踞东北？又美国舆论与政策，是否因之改变，弃绝我国不再予以接济乎？中共因之‘叛变’，其能有成乎？”
可见蒋介石十分担心重庆谈判的结果很可能会直接影响美、苏两国的对华政策。如果这次和谈不欢而散，蒋介石必然承担主要责任，如此无论从国际或者国内对其都不会有好印象。总之，无论从哪方面考虑，蒋介石都不敢过于造次，把事情做过了头，导致和谈破裂，他无法向世人交待。
其实，国民党使谈判陷于搁浅的根本目的是为了恐吓中共作出更大的让步，并非真的使谈判中止。当赫尔利亲自出马向毛泽东施压无效后，蒋介石已经意识到，中共再作大的让步已无可能。所以到了9 月25日，国民党方面由张群出面主动向周恩来表示要重新谈判，继续就双方僵持的政治问题和解放区问题进行谈判，这样一来。僵局便打破了。
从9 月27日起，重庆谈判进入最后阶段。双方在这一阶段共进行了四轮会谈，并取得了如下进展：（一）军队整编问题，认为中共军队缩编为20个师的数目可以考虑，商定由军令部次长刘斐、军政部次长林蔚和第18集团军参谋长叶剑英组成三人军事小组，具体磋商全国军队之整编问题；（二）解放区问题，虽未达成共识，但同意继续商谈；（三）国民大会问题，。同意提交政治会议解决；（四）政治会议问题，同意由国民政府召集，各党派及社会贤达推荐代表出席，代表人数原定国民党、共产党、民主同盟及社会贤达各9 人，但青年党要求独立参加政协，后经周恩来斡旋，重新确定的名额分配比例为：国民党8 人、共产党7 人、民主同盟9 人、社会贤达9 人、青年党5 人，共38人。
鉴于国共谈判已取得部分进展，同时考虑到毛泽东应返回延安，一周恩来在10月2 日的会谈中建议，将一个月来的谈话记录整理出来，其中总的方针、军事问题、政治问题等或已双方同意，或者意见接近，择其能发表者发表之，以解人民之渴。对这一建议，国民党方面表示同意。
10月5 日，周恩来将谈判记录交给国民党代表，并告以毛泽东拟于下星期返回延安。10月8 日，双方就会谈纪要交换了意见，并将其定名为《国民政府与中共代表会谈纪要》。在这里需要说明的是，国民党内部对发表会谈公报意见并不统一，其中国民党谈判代表的态度较为积极，如张治中曾对毛泽东说：“不发表这个东西不行，你既这么大的面子来了，就总得搞个什么。”但多数国民党人不以为然，据说国民党中常委会在讨论该问题时，争论甚烈，后经邵力子解释，说签发公报是蒋总裁的旨意，这才得以通过。；公报的名称也作了变动，其全称原拟为（国民政府和国民党代表与中共代表会谈纪要X 最后删去了“和国民党代表”几个字。实际上，一直到10月9 日，当毛泽东与蒋介石直接商谈时，蒋介石仍然提出要中共放弃军队，但被毛泽东回绝。
10月10日下午，中共代表周恩来、王若飞和国民党代表王世杰、邵力子、张治中，在桂国客厅正式签署了《国民政府与中共代表会谈纪要》。签字仪式结束后，邵力子深有感触地说：“此次商谈�