把临时馆址设在北海公园，任命袁同礼为馆长。1931年，基金会计划提供137。4万元为北京图书馆建立一栋新图书馆大楼。
1926年，胡适与其师郭秉文等人在美国发起成立华美协进社，以协助中国的科学与图书馆训练为其目标。美国董事孟禄与杜威（John Dewey）两人提议，要以每年25000美元来进行一项增进了解中国的计划。该基金会批准由郭秉文（中国董事）与孟禄两人来创办一机构加以实现，这个机构就是华美协进社（China Institute in American）。清华大学在美国的一大笔庚子赔款基金就由它管理。
华美协进社是一个无党派、非盈利的文化教育组织。它是第一个以美国社会为对象，传播中华文明和现代文化，成为美国社会了解中国的窗口。华美协进社设在纽约曼哈顿上东城一幢典雅的红砖楼里，社内还建有一座富于诗情画意的中式花园。这座别墅是由当年时代集团（Time Inc。）总裁亨利·鲁斯（Henry R。 Luce）于1946年所捐赠。
华美协进社一直是东西方文化交流的一座桥梁。从早年引荐京剧大师梅兰芳首次来美国演出，使得西方世界对中国文化精粹叹为观止；到接引早期中国留学生、学者来美国学习西方文化，成为海外游子的聚会所。多年来，华美协进社通过设立课堂教育、举办艺术展览及各项文化讲座，不仅为西方人学习中国语言、文化、艺术，提供了一个重要的公共空间，同时也在不同的历史时期，为西方人乃至海外华人，敞开了一扇透视中国社会状况的窗口。
1924年至1949年间，中基会共计补助了中国大专院校233次、研究机构139次、教育文化事业团体147次，其中包括帮助国立北京大学解决财务问题、建立国立北京图书馆等。
1950年中基会迁往台湾，此后至1970年为止，共投入100余万美元推动教育事业发展。
除庚子赔款外，基金会“还有1908年归还的供奖学金和清华大学使用的款项”。按规定，只有中国的教育部长和清华大学校长一致同意，才能动用该基金。
1955年以前，梅贻琦一直住在纽约。1950年起，任华美协进社的常务董事，以清华大学校长的名义保管着庞大的清华基金。
自1950年起，梅贻琦流亡海外，台湾几次征召他回来，甚至以教育主管部门一把手的位置为饵而他都不应，却只想出任华美协进社常务董事，原因就是华美协进社乃中华教育基金会驻美机构，清华大学在美的全部庚款基金就由这一机构管理，梅贻琦正是为了他心中的“大事因缘”而特别谋求此职，以便实际掌控这笔数目庞大的基金，使其不致因战乱和国内变故而流失。他在离北平南飞之际对教务长吴泽霖所说的“我一定走，我的走是为了保护清华的基金”，就指此事。
当时纷乱的内外环境以及梅贻琦的举动，引起了蒋介石父子的注意，直接或间接地参与或指使了多次的计划。台湾方面频频派人到纽约，以各种名义商谈将清华基金调拨到台湾归国民党政府支配，或请其携带基金利息到台湾为学术机构购买设备仪器，但皆被梅贻琦拒绝。
其时，台湾当局虽稳住了阵脚，但财政依然捉襟见肘，特别是外汇储备急需打一针强心剂，以缓解内外交困的压力。蒋介石就以“外汇存底缺乏，应以此款来弥补”为由，要求梅贻琦把基金汇回台湾运用，被梅贻琦一口拒绝，他说：“钱是用来办教育的，不是用来打仗的！”
一计不成再生一计。蒋介石又动之以民族大义，派出的代表向他说，“清华基金庚子赔款，最好尽快花光，等于雪洗耻辱”，梅贻琦依然不为所动，表示：“钱是清华的，要花在清华学子身上，与耻辱何干？”
当时管理清华基金的中华文化教育基金董事会，主席是蒋梦麟，干事长却是在美国的胡适，台湾蒋氏父子见梅贻琦搂紧基金不放，甚为焦虑，又不便强行施压胁迫，遂派蒋梦麟赴美与胡适、梅贻琦等董事会人员协商。
基金会干事长胡适赞同梅贻琦的看法，也愤于蒋介石受小人包围，且不懂国际基金的规章，特发表声明指出，依照1929年中美政府签定之协议内容，基金会为民间机构，自行改组，政府不能干涉，同时基金会只能动用利息，不能动支本金。
梅贻琦的坚持让学术界佩服不已，但是却触怒了蒋介石。尽管蒋梦麟与胡适回台就此事向蒋介石作了详细报告，仍受到一些国民党政客和不明真相者的纠缠和刁难。据梅贻琦的助手赵赓飏回忆：“1951年冬天，当局已经决定令清华在台复校，而有的官员倡言清华基金是庚子赔款的余额，最好尽量花光，等于‘雪洗耻辱’。梅校长表面上对此虽然不表示异议，但心里极不赞成。尤其限于委托保管案的事实，也不可能办到。”
赵氏所说的保管案，除了明确当局不能干涉外，这笔庞大基金的支用手续，必须由台湾教育主管机构一把手与清华大学校长一致同意，并提出详细的计划提交董事会，然后由董事会召开全体董事会议决定是否通过并拨发利息，本金不能动。
蒋介石无法说服梅贻琦把钱交出来，就发动许多人进行游说，甚至进行人身攻击，诬陷他操守有问题，不爱台，但梅贻琦都不为所动。鉴于既成规则的严格限制，许多人对这批基金只能吹胡子瞪眼发一通荒谬的怪论而无可奈何，就连包括原清华大学教授、时任台湾国民党政权对外交往主管部门一把手的叶公超也是如此。
叶公超回忆，那时候岛内就有些人对梅先生不甚满意，认为他是一个守财奴，只肯把钱用在国外，不肯用在中国台湾岛内。叶公超最初也这样想，后来他才知道并非如此，梅贻琦想的比他周到。叶公超说：“梅贻琦是第一个想到现在的科学发展长期规划，至少胡适之先生是这样告诉我的。”
叶公超回忆说：“梅贻琦在美国的时候，我每次至纽约都去看他，都劝他回台湾来，而且要把清华的钱用在台湾。他每次都说：‘我一定来，不过我对清华的钱，总要想出更好的用法来我才回去。’有一次，他拿出许多计划来，他说：‘我不愿意把清华的钱拿去盖大房子，去做表面上的工作。’他一直在想如何拿有限的钱为中国作长期的研究工作。”
这个研究工作包括海峡两岸。梅贻琦人虽在美国，他却始终心念母校，想回到昔日一草一木都花了精力的清华大学。1914年，他由美国吴士脱大学学成回国担任清华大学的教职，于1931年出任清华大学校长。到1949年前往台湾，再到1962年在台湾去世，几乎终其一生服务于清华大学。
2 离开祖国大陆
回顾梅贻琦飞往南京的第二天，摇摇欲坠的国民政府孙科内阁匆匆任命其为教育部部长，梅却坚辞不就，只允任“南来教授招待委员会”委员，暂客居上海老友朱经农家中。对于自己坚辞教育部部长的原因，梅在清华同学会上沉痛说道，自己“身为清华校长，把清华弃置危城，只身南来，深感惭愧，怎好跑出来做官？”虽拒绝“做官”，却并未放弃“做事”，梅在南京与上海的短暂日子，尽其全力协助教育部代部长陈雪屏处理当时严重的教育问题。
1948年12月，解放大军席卷华北，北平解放旦夕可待。这时，清华师生一方面以高度的欣悦之情准备迎接解放，一方面也想到他们的校长，想尽可能争取把他留下，为新中国服务。清华民主墙上出现过“语至恳切”的挽留梅校长的墙报等，同学们甚至还组织队伍到校长住处齐呼挽留梅校长的口号。清华校友还曾从解放区发回电报，一面为梅校长贺六十寿辰，一面劝他留下。但梅贻琦先生早已做好出走的安排。11月28日，他的夫人携长女祖彬及两个外孙搭乘亲戚的飞机离开北平飞抵广州，不久又转抵香港暂驻。
在这期间，梅贻琦还在北平城里设了一个“校产保管小组”，把一批账目和物资转移到城里。12月14日，北平围城开始，梅贻琦恰好就在这天的下午4时半离校进城，一时一切出入证均告失效。他在城里大约逗留了一星期，于21日从东单临时机场搭乘南京派来的飞机离开北平，开始了他生命的最后一段历程。
梅贻琦在国外期间，曾有人劝他回大陆。他的朋友兼同事方巨成回忆说：“梅校长在公寓安顿下来后，我们请他到家里来吃便饭……谈话中心离不开国内局势的发展，我们两人告诉梅校长，我们一家准备回去了，我们想参加建设袓国的工作；也告诉他有好几位我们熟悉的同学也即将回国，当时你一言我一语，表示希望梅校长离开欧洲也回北京去。……陈益当场表示，如果梅先生路费方面有困难，这个问题是可以解决的。……过了片刻，梅先生表态了，他对我们说：‘你们回去我赞成，但我自己还想在外面看看再说。’”
1954年，他的儿子梅祖彦想冲破外界阻挠，放弃在美的工作回国参加新中国的建设，梅先生没有明确表态，但以默许的方式赞同了。在这以前他还曾对祖彦说过：“如果你回国，你回去是有用的，我就不行了。”并说：“可能没有再见面的机会了。”方巨成对此感慨地说：“现在回想那三十多年前的往事，感到当时还是对他规劝敦促不够，否则梅校长很可能在1949年以后走的一段道路是会有所不同的。”
梅贻琦流亡到美国进了协进社后，专门辟出一间办公室负责保管清华基金，自己为自己支付薪水，每月三百元，以维持日常生活。自1951年起，梅在纽约组织清华大学在美文化事业顾问委员会，通过清华基金利息协助在美华籍学人研究学术，购买美国出版学术期刊赠台湾专科以上学校，同时筹划恢复《清华学报》事宜。
其间，梅贻琦借原清华大学经济系教授萧家魁回祖国大陆之机，托其带回一封致清华大学领导人的亲笔信，表示可以用清华基金资助母校购买图书、仪器。因当时的环境和局势，这封信未能交给学校，此事便不了了之。据说，北平解放初期，清华大学曾收到过从美国寄来的“来历不明”的期刊，很可能是梅贻琦赠送的，可惜没人当回事而任其流散，后来遗失了。不久前，萧先生特地主动从天津写信给清华大学证实有此事。这封信刊登在《清华校友通讯》复6期上，题为《梅贻琦先生身在国外，依然怀念清华》。
当时和他住在一起的他的儿子梅祖彦（现任清华大学水利系教授，全国政协委员）曾回忆说：“清华原在美国订了许多期刊，当时由于中美不通邮，这些期刊全寄给在美国的梅校长，久而久之，收到的期刊竟然堆满了一个房间。梅校长常常一个人躲在房间里把这些期刊拆了又包、包了又拆，还常常说：‘这些期刊是清华的，总有一天要把这些东西还给清华。’”
梅校长常谓：“清华有点儿钱，要撙节着用在图书、仪器、请教授上；房子要坚固持久，不要好看舒服。”他的一片心思都花在清华大学上了。据吴泽霖教授回忆说，梅贻琦离校那天，吴曾在校门口碰见他，问他是不是要走，他说：“我一定走，我的走是为了保护清华的基金。假使我不走，这个基金我就没有法子保护起来。”
多年后其同事李鹤龄也说：“但我还要想入非非，为什么梅校长会在香港、在美国闲居一长段时间而没有马上就到台湾去呢？假如正当梅校长在美国把那些期刊包了又拆，拆了又包的时候，有人远远地向大洋彼岸招一招手，他会不会带着那些大包小包和他的老骨头回到清华园，最终让他的老骨头与王国维的为邻呢？”
1949年6月底，梅贻琦由广州赴香港，与夫人、孩子短暂相聚后飞抵巴黎，与李书华等五人代表国民党政府出席即将召开的联合国教科文组织科学会议，并出任常驻代表。
9月，作为首席代表与李书华、袁同礼、陈源、熊庆来等一起参加“联教文”组织第四次大会。会后与李书华在巴黎南郊的一个叫儒维集（Juvisy）的小镇暂住。不久，他从法国给在伦敦的一位普通校友拍电报，要他在伦敦为他租一个租金比较低廉的旅馆，说他要到那里住一段时间。
这位校友追忆说：“记得当时在伦敦，有好几位资格较老且又在官场有些地位的清华校友，梅校长本来可以给他们写信托办此事，他们甚至可能会欢迎校长在他们家里下榻的。但那时国内的形势是，人民解放军已渡过长江，解放了南京和上海，梅校长不给当时那些同官场有联系的校友写信，不知是否有所考虑。”
1949年12月，梅贻琦飞抵纽约。一开始，他同缪云台先生一起租用了贝松生（著名建筑家贝聿铭之父）的一所闲置的公寓暂住。据缪先生回忆说，那时他两人都是刚刚离开祖国，有惆怅感，也不知究应何所适从，他们两人甚至想一起入纽约大学历史系读书，同做半百之年的大学生。
1950年2月，国民党政府教育主管机构迁至广州，召开历任一把手会议，决请梅校长赴美处理清华基金事宜。7月，梅校长以“中国驻联合国教科文组织首席代表”身份赴法开会，并随即转到美国处理清华基金相关事宜。他推荐胡适代理执行长，并补足董事，恢复清华基金的运作。梅校长以清华基金协助华美协进社进行国际活动，并与在美文化界、学术界华人取得联系，以清华基金利息协助在美的中国学人进行研究与出版，并对台湾专科以上学校购买仪器及书籍进行补助。1952年梅校长在美管理清华基金，并积极援助在美华裔学人的学术工作，同时补助岛内相关学术发展工作。1953年梅校长担任国民党政府教育主管机构在美文化事业顾问委员会主任委员。
3 前往台湾
蒋介石看准了梅贻琦思念清华大学的心事，一心只在乎清华大学，然而这样迟早要出“大事”，蒋介石为了防止梅贻琦回到祖国大陆，就让人传话，以让清华在�