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在“四一二”反革命政变后的腥风血雨中，他还是有所不为，有不少值得称道的地方。所以，在抗日战争时期，他赞同团结抗日，实现第二次国共合作；抗战胜利之后，他反对内战，赞成和平；一直到全国解放前夕，他希望能留在祖国大陆，都不是偶然的……
至于对国民党的顽劣与贪腐分子，于右任会毫不迟疑地给予严厉的制裁。
抗战期间，国民党大员贪污腐化最有名的要算是孔祥熙与孙科了。一笔天文数字的国家巨款巧妙地成为国库局少数人的囊中财富，对于这样一个损公肥私的签呈，身为中央银行总裁的孔祥熙居然批了一个“可”字，引发社会“反孔”情绪日趋强烈，蒋介石不得不考虑“换马”。但孔是蒋的姻亲，有宋霭龄、宋美龄“护孔”，“换马”谈何容易。政学系不仅向蒋介石告状，还利用《大公报》等报揭发和抨击，并要监察院派员调查。此事未了，“半甘半晋”、人称“卫大法师”的卫聚贤拜访监察院院长于右任。卫聚贤是清华大学毕业的历史学家，作为“山西人才”被“收容”于孔家“人才库”，以高薪放在中央银行研究室。卫聚贤借此良机长期研究历史，颇多建树。卫聚贤找到于院长说：“去年中行结算，不多不少结余一元法币，岂非怪事？”中央银行乃国库，当年经费已被“皇亲国戚”鲸吞。经手人员有所不平，因分赃不均而互相攻讦。卫聚贤虽是吃孔家饭的人，但他毕竟还有几分文人正气，听说中行之丑事不平则鸣。他不敢公开抨击孔祥熙，故把有关情况向监察院院长于右任透露。
此次卫聚贤据实揭发、检举，监察院不能不管。经监察会会议研究，卫聚贤的检举材料来自中央银行内部，有根有据，决定由鄂籍监委刘禺生执笔写就《弹劾中央银行总裁孔祥熙贪污渎职、祸国殃民一案》。
监察院秘书长程沧波，在监察院是一个承上启下的非常关键的人物，原是CC系重要骨干，曾担任过中央日报社社长。他认为可以“舆论先行”，于是由程签署后新闻稿被送往中央社。
殊不知蒋介石侍从室第一处主任陈布雷打电话说，蒋介石命令撤回新闻稿。次日仅有一家《益世报》刊出，原因是参加监察会的委员范争波是该报主笔，他返报社以本报讯发出此稿。范本身又属中统，从他的立场，不仅要刊出，还要放在显著地位。结果《益世报》被勒令当天报纸全部收回，且罚停刊一月。这种惩罚算是很轻，虽说是中宣部下的命令，但实际上是陈布雷所为。程沧波也被停职，隔了一段时间，才被派到中宣部当副部长。
于右任身为国民党元老，素来就看不起蒋介石“不学无术”，声称不干了，打算离开重庆。这个消息立即为蒋介石所知，深感去除了胸中的块垒，火速指示行政院送来汽油三桶，以作于院长远行之用。于右任准备前往成都而不再返回，并正式提出辞呈。蒋介石假意慰留，又派四川省主席张群前去劝留。据闻于右任后来返重庆后怪事频频发生，坐汽车，途中车轮飞脱；坐飞机，空中漏油。于右任几经死里逃生，有惊无险。
另一大案乃弹劾孙科案。1949年3月9日香港《华商报》报道：孙科一当上行政院长，就立刻下令俞鸿钧由中信局发还蓝妮的敌产染料，价值数十万美元。俞鸿钧时任财政部长，因拒付而被撤职。
3月15日《华商报》继续报道：“监察院14日决定弹劾孙科和他的女友蓝妮。孙科任行政院院长时曾命令敌产管理委员会发回蓝妮在抗战将结束时拥有的8吨日本染料。监察委员金越光出示孙科一封信的照片——信中孙科说染料是属于他的家眷的，请调查没收后的情形并迅速发还该批货物，信尾曰‘不胜感激之至’。于右任的好友兼同事、监委金越光对于右任院长说：‘孙科此举是愚蠢和违法的，如果我们不严厉制裁他，怎能平公愤而提高我们军队的士气？’于院长乃慨然同意调查，结果监察院遂以8票对7票通过弹劾孙科和蓝妮。”其中多出的一票，是于右任投的，这有违主席中立的规定，但是为了通过弹劾案，他也顾不得主席之尊而毅然投出赞成票。
该报介绍这条新闻的背景资料时说，政府曾把蓝妮的84桶染料当作敌产拍卖，因为蓝妮抗战时和大汉奸陈公博有关系。孙科因此事曾写信给三任行政院院长（宋子文、张群、翁文灏），请求将该染料发还蓝妮，但是都遭到拒绝。到孙科自己当行政院长时，亲自下令发还，但该批染料早已拍卖，因此孙科下令中央信托局照当时市价以美元赔偿。
此事竟使得蒋介石在日记中写道：“苦痛极矣。”1945年年末，国民党元老张继偕夫人到昆明举办书法展览。他告诉陈赓雅说：“监察院院长于右任对此案也有弹劾，而且主导投票。”显示出于老对蒋、陈、孔、宋家族的不满由来已久。
5 竞选副总统失利
1948年，于右任参加副总统竞选。其他候选人又是包饭店请吃喝，又是招待看电影送礼品。只有于右任招待活动最少，请了一两次客，便支持不住了。于右任没有办法，只得在国民大会堂前摆上一张八仙桌子，有人开玩笑说：“于大胡子，人家几十桌、上百桌地开席，你这一张桌子打算请几个人？”于右任微笑着铺纸研墨说：“谁投我一票，我给谁写上一副对联！”
于右任精书法，早在20世纪20年代便有“北于南郑”之称。“南郑”指郑孝胥。于右任在八仙桌前，只要有人来求字，就挥毫写上一幅，一天下来，居然也有不少支持者排队求字，把他累得头晕眼花。
现在看来，于老的墨宝价值是远高于其他三人的招待，但在当时却不然，选举结果可想而知，于右任和两位党外人士第一轮就被淘汰出局。他的一位同乡代表说得十分中肯、有趣：“纸弹是敌不过银弹的。”于右任落选后，继续担任“只拍苍蝇，不打老虎”的监察院院长。
6 为张学良求情
然而于右任一生无时无刻不在找蒋介石的“麻烦”，让蒋介石既爱又怕。蒋介石下野后，准备动身离京前，李宗仁亲眼见到这样一幕，后来写在他的回忆录上：“这时于右任忽然老态龙钟地追上去，口里喊着：‘总统！总统！’蒋先生稍停问何事。于右任说：‘为和谈方便起见，可否请总统在离京之前，下个手令把张学良、杨虎城放出来？’”
这位老同盟会员、年已古稀的监察院长、美髯公于右任很少在公开场合高声叫喊蒋介石，何况趋步向前以低姿态敦请蒋介石下令释放张学良、杨虎城。蒋介石似乎并不买账，只把手向后一摆说：“你找德邻办去！”说毕，便加快脚步走了。拖着一大把胡须的七十老人于右任，在众人注视之下，颜面扫地、尴尬不已，只有慢慢地走回，大家这才黯然地离开会场。
提到张、杨两人，蒋介石的心情已经不佳，不知趣的于大胡子却哪壶不开提哪壶，难怪他刚开口就触痛了蒋最不愿提起的不愉快的往事，恼怒之情溢于言表，“找德邻办去”是最好的推托，人在他的特务手中，德邻办得了吗？可怜于老碰了一鼻子灰。
7 被迫离开祖国大陆
1948年春，于右任出席在南京召开的第一届伪“行宪国民大会”，与孙科、李宗仁、程潜、莫德惠、徐傅霖六人竞选，于右任选“副总统”落选后仍任监察院院长。这时，他极力希望通过和谈解决中国问题。1949年2月15日，由颜惠庆、章士钊、江庸、邵力子组成的“上海人民和平代表团”到北平、石家庄等地，与毛泽东、叶剑英等中共领导人协商和谈事宜。2月27日，颜惠庆、章士钊等人返回南京时，于右任亲往机场迎接。同年4月，国共和谈在北平正式举行。李宗仁原拟派于右任作为特使去北平，他亦欣然受命，并做好了动身的准备。但正在北平参加和谈的国民党首席代表张治中认为，于右任暂不离开南京可以促使南京政府批准和谈协议，待南京政府批准和谈协议后，由于右任到北平主持签字。李宗仁接受了张治中等的建议，于右任遂未能成行。
周恩来闻知，对于右任的处境十分担忧。当国民党和谈代表黄绍竑和代表团顾问屈武携带《国内和平协议》草案去南京复命时，特别请屈武到南京后立即转告于右任：“如果南京政府拒绝批准这个《国内和平协议》，我们渡江占领南京时，希望于先生在南京不要动，到时候我们会派飞机接你来北平，将来同张澜、李济深和沈钧儒先生一道，组织新政协，我们一同合作。”
屈武到南京后向于右任转达了周恩来的意见，但这时他已身不由己。
周恩来的交代慢了一步。南京解放前夕，一位国民党的高级军官来到于公馆，对于右任说：“报告院长，共产党军队已经突破江防，请院长即刻离开南京。飞机已经准备好了。到广州或是先到上海，由院长决定。”于右任说：“现在我身体不好，等一等再说好了。”那军官坚持说：“情况紧急，必须马上离开南京！”没等于右任把衣服穿好，就强使他上车驰往机场。于右任十分不想走，他早已看透了国民党，看透了蒋介石，不想去当随葬品。因此于右任到了上海后，看到国民党已兵败如山倒了，他原本打算就留下不走了。一次夜深人静时，其夫人沈氏问于右任：“上海要解放，怎么办？”于右任安慰道：“不要怕，上海解放了，共产党、毛主席会保护我们的。”
于右任在上海没住多久，解放军就大兵压境，不得已又同次子仲岑、儿媳周宝珠及两个孙子一道去了广州，最后在蒋介石的催促下，辗转飞往台北。
4月20日，国民党拒绝接受《国内和平协议》，人民解放军发起渡江战役。国民党军政机关撤往广州，于右任被“护送”至上海。25日，于右任被迫由沪抵穗，继续主持监察院院务。7月16日，国民党中常会正式决定成立挽救残局的最高决策机关中央非常委员会，蒋介石、李宗仁为正副主席，于右任是九委员之一。广州解放前于右任到香港，11月26日奉召到重庆，28日离渝，29日被迫飞抵台湾，而原配夫人高仲林、长女于芝秀等亲属仍留在大陆。
1949年11月下旬，于右任得知发妻和女儿仍在重庆等他，又从台北飞到了重庆。可是，妻子、女儿因等不着他，已于前几日去了成都。为此，于右任十分后悔，他对随行人员说：“我要是早来几天，就见到夫人了。”在重庆，于右任一直设法与妻子取得联系，想让她们返回重庆，但没有成功。
11月29日，解放军攻城的炮声越来越紧，于右任在众人的劝说下，蒋介石不容他再考虑，便派人把他接往香港，随后转往台湾。于右任不得不乘飞机飞往台湾。这一走，他就再没有机会回大陆。在台湾继续做了十五年的监察部门一把手，直到去世。
于右任暮年孤独无依，深念大陆亲人，抑郁苦闷，无以释怀，于1962年1月24日写下了脍炙人口的《国殇》这一人间离情绝唱。
8 在台湾的晚年岁月
国民党政权摇摇欲坠时，于右任随国民党政府来台后，蒋介石给于右任一个冷衙门坐，即监察部门一把手，在一党独大、以党领政的时代，监察部门有如无牙老虎。于右任任监察部门一把手，一干就是十五年，苦闷可想而知。他在1949年3月26日曾提出辞去监察部门一把手职务，但在一片“挽留”声中，不得已仍留任。
于是他寄情书法，而且对各界的求字大多来者不拒，在三十多年前，坊间不少招牌都是于右任题的。但也有例外，一是倚仗权势的宋子文，还有就是他看不顺眼的官员，这些人求字他从不给。
于右任为人写字，不看来者的职位与身份，标准是他喜不喜欢。宋子文很喜欢于右任的字，特置一把精贵的扇面，托人请于右任题墨，于右任拒绝。但他却为南京夫子庙大集成酒馆的女侍写了一副对联：“玉壶卖春茅屋赏雨，座中佳士左右修竹。”
由于他的字值钱，到台后颇有一些落魄文人假借他的大名卖字。他的下属知道后要“严惩”，于右任关照“不要为难他们”。甚而连台北和平东路街头一商店招牌也假冒他的字，于右任见了，一点也不恼，让店家把假冒招牌摘下，为他重题了一幅。店家送一大笔润金，于右任拒收，店主嗟叹不已。
这十五年间，于右任的监察部门一把手形同虚设，几乎无所事事。他在1953年监察部门年度总检讨会上曾说：“年来我也多病，大声讲话头部便会作痛，老天爷留我是罚我，作苦工的日子尚未完满。”从这些话中，可以想见他当监察部门一把手的心绪。
但是于右任不愿做一只被拔了牙的老虎，他带领的监察主管部门迁台后曾弹劾的两名最高官员是前代“总统”李宗仁与前行政当局一把手俞鸿钧。此外，还有1955年影响较大的“孙立人案”。当时的监察部门一把手都是于右任。
1952年1月监察主管部门通过了弹劾李宗仁案。由于1949年停止行使“总统”职务的蒋介石当时已“复行视事”，1954年一届“国民大会”第四次会议通过了罢免李宗仁的提案，理由是李宗仁担任代“总统”期间“违法失职”。
1955年，与台湾当局组织陈诚领导的“九人小组”调查原“陆军总司令”、二级上将孙立人部属涉及间谍案及兵变的同时，监察主管部门陶百川等5人自行发动调查，其调查结果与台湾当局方面极为不同。监察主管部门报告认为孙立人案子虚乌有。
回顾半世纪前台湾的政治肃杀的环境，监察主管部门如螳臂挡车般地对抗行政权，“监察之父”于右任与蒋介石抗衡，同意安全委员会推举曹启文、萧一山、王枕华3人以及会外监委陶百川、余俊贤共组5人调查小组还原真相，5人并上书蒋介石犯颜直谏。该报告由于过于敏感，与当局意旨不合，事后被列为机密封存，直到1988年才�