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事实上，在雷震案之后，刚过四十的殷海光似乎真的是“不惑”了，历尽沧桑的他对于现实政治似乎失去了往昔的激情。在介入政治的通道堵塞以后，他重新回到了学术。在研究之余，他将希望寄托于青年，他给自己的定位是“勉力做个好的启蒙人物，介绍好的读物，引导大家打定基础，做将来高深研究的准备”，他引以为自豪的是：“我常向同学说：‘我没有学问，但能使你们有学问。’”
殷海光曾说过一段很“狂”的话：就思想努力的进程而论，我“超过胡适至少一百年，超过唐君毅、牟宗三至少三百年，超过钱穆至少五百年。个中的进程，我自己知道得很清楚。这些知识分子在种种幌子之下努力倒退，只有我还在前进不已”。平心而论，他的这番话其实是他20世纪60年代生活的真实写照。
在祖国大陆时的“反动学生”到台湾变成了台湾的“反动教授”，这个转变是重要的。虽然都是在要求高层实行民主、还政于民、给人民自由，但他不再以当局中的一员的身份来考虑问题了，他是以在野的身份思考中国人的前途。
从1957年8月开始，《自由中国》推出了总标题为“今日的问题”的一系列社论，全面检讨台湾的政治、经济、社会、文化等问题，这一举措极大地提升了杂志的批判色彩。而在此过程中担当大任的殷海光，也一改几年前的沉寂，走到了《自由中国》的最前台。
《是什么，就说什么》是殷海光为这组文章所写的“代绪论”。文章劈头就指出，我们所处的时代，正是需要说真话的时代，然而今日偏偏不能说真话。国民党以官方为“真理的标准”，正是这一政策遮蔽了社会机体里业已潜埋的种种危机。在文章的最后，他特别强调了知识分子的责任：“近代的自由思想者是本着刚健的精神积极奋斗才开出民主自由的花朵。今日之势，不做自由人，就得为奴隶。除了这二者以外，真是再没有第三条路可走了。”
从1957年8月到1958年2月，《自由中国》共计提出15个问题作为“今日的问题”。殷海光执笔的文字除了“代绪论”之外还有多篇。《我们的教育》批评国民党的“党化教育”导致台湾的教育“不仅不及民国初年，而且不及清朝末年。那时的教育，是逐步向一‘开放的社会’发展；今日台湾的教育，则是向建立一个‘封闭的社会’之途迈进”。
殷海光提出的这些问题都很尖锐，曾引起不小的波澜。但他所提出的最尖锐的问题则是所谓“反攻大陆问题”，他将这个问题作为一切问题的关键提了出来。这在当时的台湾是需要相当勇气的。因为国民党官方言必称“反攻大陆”，蒋介石甚至将“一年准备，两年反攻，三年扫荡，五年成功”常挂在嘴边。所谓“反攻”其实是国民党合法性基础的“护身符”，这是老虎屁股，摸不得的。但殷海光偏偏摸了，他公然言明“反攻”的可能性微乎其微。
文章发表后，在台湾社会激起轩然大波。国民党不干了，官方给《自由中国》戴上提倡“反攻无望论”的大帽子，认为这样的言论，影响民心士气，要对《自由中国》予以停刊处分，必要时还可抓人；进而说，这篇文章符合国际阴谋。其他报纸的反应也几乎是一边倒，《联合报》、《自立晚报》等报纸分别撰文围攻殷海光。针对国民党官方的诋毁，殷海光又另著一文，予以辩驳。
殷海光是雷震主持的《自由中国》的一支健笔。又如同当年的《自由中国》事件，台大哲学系教授殷海光，在为《自由中国》执笔时，因触及蒋介石的敏感问题，被雷震退回。然而，殷海光后来对于所谓的“反攻大陆”一事，再度挑战台湾当局的底线，殷仍坚持他的立场，为自己的言论自由、为此书的出版自由奋战到底。
知名作家李敖回忆，国民党是一党专权，要加紧掌握权力，所以对知识分子非常钳制，殷海光就在这时候倒了霉。他说：“我教书的时候，跟殷海光来往颇多。他的自由主义，非蒋氏政权所喜，学校训导处不让他上台演讲。有一回，我气不过，自己办演讲会，请他坐在台上替我讲，他的演讲很有煽动力，其实现在讲起来很肤浅。我是尊重他的人品，并不在意他的学问。殷海光的骨气胜于学问，但当时只有他硬撑着一股气，所以大家把他当作自由主义的标杆。我也佩服他的骨气。”
殷海光在20世纪五六十年代发光发热，引领风骚。当时作家齐邦媛的父亲齐世英所创办的《时与潮》杂志，屡屡刊出殷海光的文章，因此尽管他受到威权体制的折磨，但齐世英的这种支持不啻雪中送炭。
好景不长，1967年以后读者就没有再看到殷海光的文章。原来1966年是殷海光的生命史上最艰困的一年。先是教育主管部门一纸公文，要将他调离台大。“中央研究院”近代史研究所副研究员潘光哲认为，这等举措，其实是要“调虎离山”，让这位当时在台大广受爱戴的老师，失去接触学生的机会。
7 力挺雷震
1960年9月4日，“雷震案”爆发，雷震被捕，《自由中国》停刊。对殷海光个人而言，他不仅丧失了一个公开评论时政、正面推进自由主义思想的平台，而且人身安全都受到威胁。
案发当天，他和《自由中国》编辑部的其他成员一样，各自被完全隔离在家中，如同困在一个个小小的孤岛，不能互通消息，殷海光自己也做好了随时被捕的准备。他没有和其他同仁一起被捕，多少也算“侥幸”。
海外知名的文学家聂华苓听说雷震被捕，第一反应就是问殷海光是否也被抓走了，她在回忆当时的恐怖情景时说：“我和母亲非常担心他的安全，每天早上，一打开报纸，就看有没有殷海光的名字。”
雷震被抓，殷海光、夏道平、宋文明共同发表声明，愿为所写社论负起法律责任。
民间的反弹也很强烈。虽然人们并不知道“雷震案”背后有着复杂的政治因素，但还是自发地组织起了“1960年雷震案后援会”。而《自由中国》半月刊的两支主笔殷海光、夏道平与雷震的好友宋文明为减轻雷震的“罪名”，联名发表了一份轰动一时的《〈自由中国〉言论撰稿人共同声明》，表示愿承担他们自己所有文章的言论责任，并抨击国民党的不实之词。
9月28日起，殷海光陆续发表《我看雷震和新党》、《法律不会说话》、《雷震并没有倒》等文，为雷震声援辩护。10月8日军法宣判雷震触犯了“知‘匪’不报”、“为‘匪’宣传”的两大罪行。《自由中国》与国民党的渐行渐远以致针尖对麦芒自然不能见容于国民党。
在筹组反对党的雷震被捕之后，殷海光写道，我们这些渴望自由的人，“毫无掩蔽地暴露在一个没有约束的权力之下”。国民党是“天无二日，地无二党”。殷海光生前最后一篇政论文是《解剖国民党》，直指蒋介石是没穿衣服的皇帝，国民党是“次级极权主义政权”。
事实上，据后来解密的有关方面的档案，当时“雨田项目小组”（即雷震项目小组，“雨田”即“雷”）曾设计了两种方案，在《雨田项目起诉书假作业构想之说明》（甲）中，即指明雷震与殷海光同为打击对象。聂华苓的担心并非多余。
面对专制统治的暴力恐怖，殷海光把人身危险置之度外。从10月1日到16日，他接连在《民主潮》等杂志发表了《我看雷震和新党》、《法律不会说话——因雷案而想起的》和《雷震并没有倒——给李万居先生的一封公开信》等文，对国民党逮捕雷震等人进行抗争，肯定雷震为自由民主奋斗的精神价值。他这样写道：“虽然，我置身于这小书屋中，我正神驰于古今的兴亡历史，可是我毕竟与这样一群人处在同一时代和同一个岛上。我的身体，正像一些讲思想自由和言论自由的人之身体一样，毫无掩蔽地暴露在一个没有约束的权力之下。雷震先生就是这样地失去身体自由了。想到这里，我不禁要借《圣经》上的一句话赠给雷震先生：‘为义而受难的人，有福了。’”
在整个雷震案前后，殷海光所表现出来的道德勇气和人格力量是十分令人钦佩的，他的友人章清称“殷海光最终的成就是人格上的”，可谓一语中的。追踪殷海光一生奋斗的历程，不论是求学、从军，还是供职、教书期间，这种人格力量始终显现着。
那么，是什么使殷海光具备了这种人格上的力量呢？他的学生林毓生在《殷海光先生一生奋斗的永恒意义》中的回忆似乎可以为我们提供一个解答：“是由于殷先生生命中特有的纯真的道德热情（moral passion），与西南联大的五四遗风相互之融合而导致的殷先生纯真的道德热情……使他不能不为自由民主而呼吁。”殷海光对此也甚为称许，并认为其道出了他“心灵深处多年来‘紧张’之源”。林毓生认为，殷海光先生“那威武不屈的高贵人格，给了自由主义一个道德力量。殷先生多年为自由的维护和奋斗终于为自由主义赋予了道德尊严”。这实是对殷海光人格和行为意义的最扼要公正的评价。
8 国民党的围剿与迫害
雷震被关，殷海光也没好日子过，殷海光不断受到国民党政府的压力。1960年，因为英国伦敦出版的《中国季刊》推崇殷海光为台湾自由主义思想的领袖，蒋介石政权身边的御用学者因而发动了一场围剿。一开始，他就“意识到这是一个学术思想其名而政治其实的事件，于是决心置之不理”。这个阶段的围剿模式，好几年后也曾使用在当时的“监察委员”陶百川身上。
围剿行动不但将他贬为“伪自由主义者”、“文字卖台者”、“知识诈欺者”，最后还极为恶劣地祭出红帽子，指责他“从事煽动颠覆”，他形容这种情形说：“人的名誉毫无保障，甚至人的尊严和安全都被逼到剃刀边缘。”
1964年6月，迫害行动危及他的基本生活，国民党政权停掉了他每月60美元的“长期发展科学补助金”，这笔补助占他最低生活费用的一半。接着，又查禁他交由文星书店出版的著作《中国文化的展望》，版税收入因而中断。
这种断绝生活来源的下三滥手段，目的不外乎将他赶出台大。
事情要从1966年7月台大由于受到政治压力不再续聘，殷海光转任教育主管部门的委员说起。1966年初，美国学者费正清在国会听证会中作证支持中共，蒋介石政权遂发动台湾的御用学人联署批驳的声明，台大的党务人员亲自到殷海光家请他联署，被他拒绝，“于是，多年累积的问题爆发了”。
这次爆发就是蒋介石政权有关单位高层前述秘密会议所作的决定。台大将教育主管部门的公文转给殷海光的时候，却被他拒绝接受，事隔三天，蒋政权竟然毫不掩饰地动员警备总司令部约谈他。
国民党蒋介石政权在1966年8月3日召开了一个由台湾教育主管部门、国民党中央党部及特务机关等单位一把手参加的秘密会议，正式确定了将殷海光赶离台大的方式，教育主管部门在隔天完成内部作业，8月5日发文给台大，殷海光在8月7日接到了口头通知。
8月7日那天下午，台大哲学系主任先口头告诉殷海光：“教育主管部门来了一个公事，要借聘你到教育主管部门去任职。”这样，来自最高决策的意志决定了殷海光的命运。他被赶出了台湾大学，失去了教职，文章不让发表，著作不让出版，被特务监视着生活，不让离台、不让见外国人，跟朋友的往来也降低到最低程度。“反动教授”再度变为“反动思想家”。
殷海光当时就很清楚地说：“这是调虎离山，不要我在台湾大学待下去。”到了8月9日，台大才把教育主管部门的公文转给他。8月12日，警备总部出动3名高阶特务对他进行问话，并且强迫他接受教育主管部门的聘书，但他并未屈服于特务的恫吓，仍然坚持不接受，特务因为他是知名学者而不敢多加留难。25日，警备总部又派了更高层级的官员，带着教育主管部门聘书到他家，明白地告诉他：“政府要你和台湾大学一刀两断。”殷海光照样没有屈予接受。隔天，殷海光跟当时的台大校长钱思亮见面，双方约定“课表照排，但终止上课”，也就是说，他与台大的实际关系已经结束，但形式关系则维持到1967年7月为止。
事情并没有因此结束，9月间，蒋政权又派了两名高级党务干部到他家，软硬兼施地要求他务必接受教育主管部门的聘书，他形容这种情形是：“像恶霸一样，强暴了女人，又要受害人自己代他们掩饰。”结果，这两位党干被他狠狠地骂出家门。
不久，国际知名的学术泰斗哈耶克教授来台访问，殷海光过去曾与他聚谈过一次，他这次也希望能与殷海光再见面。然而，蒋政权竟然派特务警告殷海光，不得参加哈耶克的会议和聚会。这种形同软禁的限制其实从7月间就已开始，特务如影随形的监视持续达两年之久。
他的夫人夏君璐回忆说出一段往事，一是那时台湾当局不让殷海光回台大任教，却硬要他接受教育主管部门的聘书，殷海光以手捶桌，高喊：“我用生命打赌，绝对不接受聘书！”因为他不想再回国民党体制内做国民党的官。
李敖说，当时国民党民意代表叫做胡秋原的还落井下石，他写信给台湾大学的校长钱思亮，说是殷海光没有资格在台湾大学教书，要求台大勒令殷海光停止授课；国民党开始整他，就千方百计不让他在台湾大学教书，把他逼走。台大当局告诉他，再聘一年以后，就不聘了，另一方面治安机关又在门口看着他。
结果，哲学系功课表公布出来，殷海光开什么课照样公布，可是学生呢，不被允许选他的课，殷海光也不能教书，学校只是给他一点干薪，所以殷海光很呕气，整�