他在台湾仅短短的两年，已赢得了朝野与学界的无比敬重，就因为他的坚定意志，在与台湾当局的抗衡中，最终也获得蒋介石的尊敬和器重，成为蒋介石一生无法收在掌中的一块顽石。
傅斯年出任台湾大学校长是蒋介石无奈的选择，他原本希望傅斯年终老于“中研院”，另外找一个听话的人。但在美国人的干预、美援的要挟以及学界的瞩目之下，蒋介石不得不把已到口的肥肉吐了出来，但对学生和学校而言却是好消息，因为傅斯年关怀备至，几乎以校为家，最后把自己的生命奉献给了台大！
当时治安当局为防患间谍，规定学校教职员工必须互相“联保”思想纯正，彼此没有间谍行为。傅校长认为此种做法并无实际效果，且极不方便。他对治安当局提出：“所有台大教职员工，皆由我校长一人保证，一切问题皆由我负责。”傅斯年虽然讨厌透了特务，但对学潮更为反感，他希望学校是一个专心读书的地方，对台大师生，特别是对台湾一帮光复后仍闹独立的本土政客，常常在学校或各地搞反蒋倒蒋活动一直深恶痛绝。
但他同时认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查，更坚决反对随意指责他人为共产党。当年西南联大爆发学潮，并闹出了人命，他在致其妻子俞大彩的信中谓：“西南联大学潮地方当局荒谬绝伦，李宗黄该杀，邱清泉该杀！”这便是他做人处事的主张与原则。
当时台大师生反对国民党腐败无能、以权谋私等令人激愤的丑行，学潮一浪高过一浪，而傅的对立面借着学潮运动趁机发难。
当时有国民党政客在报纸上发表致傅斯年的公开信，指责台湾大学优容共产党，并指名道姓地说法学院院长萨孟武“参共亲共”，某某院长、系主任是“共产党分子或参共分子”，他们把持院系，排除异己，把各院系变成培植共产主义势力的温床等，企图置傅氏于不忠、不孝、不仁、不义的绝地。
傅斯年读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾及地以“三字经”开骂起来，而后采取以牙还牙的战略进攻态势，在报上两次发表措词强硬的檄文予以反击：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”，“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，决不能含糊其辞，血口喷人。”
最后声明：“……贪官污吏及其他既得利益阶级把事情办坏了的，我不能引以为同志。”傅斯年声色俱厉与咄咄逼人的态势，令对方不得不暂时退却，伺机而动。
机会很快到来。1949年3月底，台湾师范大学与台湾大学学生联合闹将起来，并且高呼祖国大陆时期的学运口号“反内战、反饥饿、反迫害”等，引发台湾当局的严重关切，认为台湾校园确实受到共产党的统战与渗透，必须捉拿主谋分子，给予严厉惩治。
须知当年，国民党政府败退台湾后，对间谍问题防范特别严密，尤其对大学生监视得特别严密，常常以间谍名义进校园抓人。1949年4月6号，终于不幸发生军警进入台大校园逮捕学生的“四六事件”。
1949年3月20日晚间9点多，师院（就是今台湾师范大学）学生李元勋和台大学生何景岳共乘一辆脚踏车，被中山北路一派出所警察发现，发生争执，两人被押往第四分局——大安分局，用手铐铐于办公桌脚，并遭殴打，恰有师院同学路过看见，回校通报。11点，两百多位师院同学赶去救人，提出三条件：惩处警察、赔偿医药费、登报道歉，但是被当局悍然拒绝。
3月21日上午10点，台大及师院加上台北市各中等以上学校及高中职学生（当时台北市只有台大、师院、台北工专三所大专院校）加起来竟然有千余人，走上街头游行，唱歌，呼口号，后来包围了中山堂旁台北市警察局，要求局长公开向李、何两位同学道歉，并登报保证不再发生类似事件。局长口头答应，同学因而和平解散，但事后当局并未履行承诺。
3月29日晚上7点多，两校及中等以上学校学生千余人集结在台大法商运动场，就是现林森南路与济南路交叉口的台大法商学院学生宿舍，成立“学生联盟”，燃烧营火并呼口号及唱歌，到11点散会。会中许多同学都察觉有特务、警察及国民党职业学生穿梭其间，并搜证监视。
然而学生沿路高唱祖国大陆时期的学运歌曲、解放区歌曲，并且高呼祖国大陆时期的学运口号——“反内战”、“反饥饿”、“反迫害”，那些在解放战争时吃过大亏的政客，一听到“红歌”就心慌，引发当局高度关切，认定校园受到中国共产党的统战与渗透。
消息传到时任台湾省主席兼警备总司令陈诚那里，他正有意镇压学生运动，遂下令当时担任警备副总司令的彭孟缉缉拿“主谋分子”。
4月5日，陈诚得到蒋介石的默许，自南京抵台，下令逮捕学生主谋分子，名单上台大有21人、师院7人。5日傍晚逮捕行动开始，师院学生自治会主席周慎源首先被抓，但他后来从捕送车上跳脱逃走。
两校宿舍在4月6日凌晨为军队所包围，师院全面抵抗，军队攻坚后逮捕250余人，皆押进现在中正纪念堂旧址军营里审讯。两百余人经数日审讯后由学校领回，其余转送保安司令部保安处刑讯，数目未详，随即有7人被枪杀。
这就是震惊中外的“四六事件”。
傅斯年对当局不经法律程序进入台大校园内逮捕师生表示不满，亲自找国民党最高领导人蒋介石交涉，蒋没接见，傅斯年失望已极，但他仍不放弃，转而打电话给情特头目，要求进入台大逮捕师生必须经过校长批准，并同时强硬宣布，他将不会同意军警进入校园。
整个事件中，台大校长傅斯年唯一的目的就是力保学生免于被抓的厄运，他强硬的作风让蒋氏父子头痛，他甚至跟在台大大门前布哨警察呛声说：“如果要抓学生，就先抓我。”
警察没办法，就向上面反映，警察局长也不敢做主，把傅斯年的问题报告给上面的更高阶特务，傅斯年对特务滥捕滥刑，极为愤恨，一再要求并提醒台湾当局，逮捕审讯学生一定要经过校长批准，他甚至对蒋介石的爱将、警备副总司令彭孟缉警告：“要是有学生流血，我要和你拼命！”
彭孟缉被傅的气势镇住了，不敢造次，遂当场保证：“若有人流血，我便自杀。”未久，台大被捕的学生多数被放回，而师范大学不但近百名学生被送进监狱，还有7名学生以反革命罪名被枪杀。
听说蒋介石听罢特务头子彭孟缉与儿子蒋经国的汇报后，也被傅斯年的正气所慑，连声叹道：“罢了！罢了！就让他出出风头吧！”
“四六事件”过后，省立台湾师范大学受到了停课整顿、师生重新登记并接受军训、校园戒严等惩处。而台湾大学虽受波及，但比台湾师范大学要好得多。许多年后，台湾师范大学师生还就这次事件与台大相比，并大骂当年的学校领导者软弱无能，几乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而对傅斯年夸赞不绝，此皆得益于傅斯年竭力庇护、斡旋之功。
反观台湾师范大学，当时前、后任校长谢东闵和刘真，固无力阻止警察抓人，造成两校日后学术风气的大相径庭，甚至保守的校风至今仍存在于台湾师范大学校园之中，从学生对校务改革的漠不关心，到学生会主席约10％的超低投票率。
至今，台湾大学仍保留了傅钟、傅园，纪念这位视学生如己出的校长。而台湾师范大学则选择填平了学校大门口前的喷水池，竖立起统治者威权象征的蒋氏铜像。现实中地理距离相去不远的两校，校风、社会评价却是有天壤之别。
其实蒋氏父子不了解傅斯年，他早在祖国大陆时期就救过他的学生免于被诬为“间谍”。他的学生陈盘早期曾被诬指为共产党员，幸得恩师相救，故陈盘在怀念故恩师傅孟真先生时有以下叙述：
那是一个夏天的上午，陈盘在看守所会见傅斯年的时间不过二三十分钟。万万想不到，这短短二三十分钟的遭遇，就决定了他未来的命运。他得救了！
他回忆，就在当天下午3点左右，他在校长的办公楼会客室呆坐着，傅先生进来了，陈盘回忆道：“他看见我，问我是不是找他？我说沈教务长（鹏飞）叫人找您来的，不知道有什么事情。”说完，傅先生沉思了一下说道：“放心，没事的！”说完就忙着开会去了。一会儿，陈就被公安局释放了！
陈盘自述：“我之被拘禁，不明白是什么罪名，有何证据。但我心里明白，这是我的少数同乡诬陷我，说我是什么党。因为我常常以口头或文字的方式攻击地方上的腐败而恶劣的分子，得罪了不少人，他们就捏造罪名，告到公安局。这样，我就成了囚徒了。”
他被奸邪之辈硬指为是“政治嫌疑”分子，当公安局的人要把他带走时，他便请求沈教务长，把事情告诉正在开会的傅先生。
傅先生得到消息，即刻和主持校务会议的戴季陶校长商量营救，结果戴先生打了一个电话给公安局郭世增局长。大约是第四天，傅先生亲自到公安局交涉，于是他就恢复自由了。
陈盘犯的是什么罪？为何被不知名的什么人带到局里去，就立刻被关起来了？至今他不清楚，但他清楚的是他被恩师傅斯年所救！
“这是一场噩梦——可怕的噩梦”，陈盘回忆道。他在公安局，被关在一间约25平方米的房里，里面共有十几个所谓犯人。起居饮食，大便小便，也全在里面，而卫生设备，一点没有。
他又说，里面的人，最怕是半夜被点名，被点到的，一去就不见回来了。“就是幸而不死，他把你的案子来一个悬而不决，把你转解到河南（珠江南岸）南石头，关上三年两载，那是司空见惯。人生到此，惨状那就不用说了。”
他以感恩的语气说：“我入狱后一两天，恩师营救我的消息传出了，于是陷害我的人，特地去看孟真师，用恫吓的语势说我是共产党的重要分子，请他不要管我，否则将会对他不起！”
“恩师当然不理会他们这一套。”陈强调说，“这是我出狱后，同乡中的同学对我说起的。”
多年后的一个夏天，在台大一个硕士学位考试的场合中，陈见到傅斯年的侄子傅乐成，谈起他那回被诬入狱的经过，傅乐成告诉他：傅师为了营救他出狱，还一次付出了一百块洋钱。这是傅师母跟傅乐成聊天时，无意中说出来的。
“当然，傅师母又是在傅师生前，听到他无意中透露出来的。但这事情，从前我一点不晓得。”
“傅师不是鬻恩市义的人，当然他不会告诉我，但对于家人偶尔谈起，顺口带出，这自然是情理之常。所以我相信，这事情是千真万确的。”他说到此已是哽咽得说不出话来。
同时他也相信，这不是什么贿赂的钱，而是傅师担心他在狱中受苦受难而“打点”狱吏、狱卒的钱，因为恩师知道狱吏、狱卒之尊，在中国历史上向来是有名的。“我入狱以后，当天晚上被传讯过一回，那只是简单地问了几句。以后直到出狱，都没有被传讯过，所以在这方面，我一点没有受到折磨、痛苦，相信这就是傅师花了一百块洋钱的功果了。”他感激地说：“我是那么渺小，而师之爱护我，替我设想，则实在太周到了！太周到了！”
据当时传言，那次傅斯年为了救学生，竟然找到台湾最高当局。据说蒋介石与部属见面，只有傅斯年是敢在蒋面前“从容地跷起二郎腿，抽着烟斗”的人。那次傅师救徒见蒋有没有“跷起二郎腿”？陈认为：“救徒心切，应该没有！”
“四六事件”有惊无险地过去了，但横亘在前的危机却有增无减，直到把他整死为止。
1950年冬至的前一天上午，傅斯年离开家，去农复会参加蒋梦麟主持的一项会议。会中，他一如往常，发言时神采飞扬。中午，他开完会，回家吃了中饭，休息了一小时余，便揣了一包早上他太太在门口买来的芙蓉牌烟丝，匆匆赶去南海路的省“参议会”。
下午，将近6点10分，他答复完了第二次质询，走下讲台。这时，没有人注意到他缓重的脚步、苍白的脸色。会议散了，傅斯年却因脑溢血晕厥。当晚，没到子夜，他就死在象征民主的“参议会”里。
抵台后的傅斯年仍兼任随迁的“中央研究院”史语所所长，但主要精力则投入台大的兴建改革之中。
台湾大学的前身为台北帝国大学，是日本在中日甲午海战之后，强占台湾并于1928年创建的一所综合性大学。1945年抗日战争胜利后，台湾重新回归中国。当时国民党政府派“中央研究院”植物研究所所长罗宗洛赴台接管该校，并改名为“国立台湾大学”，罗宗洛任校长。
当时台湾大学经济拮据，举步维艰，刚上任的罗宗洛大有乱杆子扑头——痛中带晕之感，于是很快挂冠回沪，专任他的植物研究所所长去了。此后国民党政府又相继委派中央大学教授陆志鸿和北平研究院研究员庄长恭出任台湾大学校长，此二人又都因地方长官的冷漠和校内种种困难而辞职。
当傅斯年执掌台大时，已是抗战胜利之后的第四任校长，而这个时候正是国民党大败退，台湾地区大动荡、大混乱、大失控时期，台大虽名为“国立”，但国民党政府局促一隅，小朝廷的经费无着落，地方诸侯比朝廷还阔，拿人的手软，虽号为“中央”，却要仰仗它唯一能控制的台湾省来供应。
台湾大学这时经费都靠省政府支持，当时学校内部房舍狭小，经费奇缺，校务混乱，学潮迭起，傅斯年除了要“安内”，更要争取经费，要到省议会列席备询，受当时省参议员的监督与质询，因为他门控制预算，常常借机修理傅斯年，或给小鞋穿，堂堂大学校长要受他们的气。“攘外”对傅斯年而言，更是一件苦差事。
由于升学困难，本省籍学生入学更难，再加上一百多万从大陆撤退的国民党政府军政人员及家眷蜂拥而至，要求入学就读者骤然增加。原在台北“帝大”时代只有几百人的校舍，根本无�
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